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可转移、可极化的蛋白质粗粒度模型─ProMPT
摘要：由于表示所有原子的计算复杂性，经典分子动力学 (MD) 模拟在原子分辨率（细粒度级别，FG）下对大多数生物分子过程的应用仍然有限。这个问题在具有非常大构象空间的基于蛋白质的生物分子系统存在的情况下被放大，并且具有细粒度分辨率的 MD 模拟具有探索该空间的缓慢动态。文献中当前的可转移粗粒度 (CG) 力场要么仅限于以隐式形式编码环境的肽，要么无法捕获从氨基酸一级序列到二级/三级肽结构的转变。在这项工作中，我们提出了一种可转移的 CG 力场，它明确表示环境，以便对蛋白质进行精确模拟。力场由一组代表不同化学基团的伪原子组成，这些化学基团可以连接/关联在一起以创建不同的生物分子系统。这保留了力场在多种环境和模拟条件中的可转移性。我们添加了可以响应环境异质性/波动的电子极化，并将其与蛋白质的结构转变耦合。非键合相互作用通过基于物理的特征（例如通过热力学计算确定的溶剂化和分配自由能）进行参数化，并与实验和/或原子模拟相匹配。键合势是从非冗余蛋白质结构数据库中的相应分布推断出来的。我们通过模拟经过充分研究的水蛋白系统来验证 CG 模型，这些系统具有特定的蛋白质折叠类型 Trp-cage、Trpzip4、villin、WW-domain 和 β - α - β 。我们还探索了力场在研究 A β 16-22 肽的水聚集中的应用。■ 简介蛋白质分子的生理功能与其相关结构和动力学密切相关。1、2
RETT综合征的心脏：心脏复极化的定量分析
抽象背景尽管癌症护理和检测方面取得了进步，但> 65％的头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者将患上复发性和/或转移性疾病。这些患者的预后较差，总体生存率为39％。免疫疗法的最新治疗进展，包括pembrolizumab和nivolumab等免疫检查点抑制剂，已在一部分患者中获得临床益处。急需临床需要确定从这些反编程细胞死亡蛋白1（抗PD-1）免疫检查点抑制剂中受益的患者。在这里，我们报告了一项多中心观察性研究的发现，可通过分析在美国17个美国医疗保健系统中进行的治疗前肿瘤活检（Predapt）的分析来预测免疫疗法疗效。旨在验证Oncoprism-HNSCC，这是一种临床生物标志物测定，可预测用抗PD-1免疫检查点抑制剂作为单一药物（单一疗法）以及与化学疗法（化学治疗疗法）相结合的复发或转移性HNSCC患者的疾病控制。该测试使用RNA测序数据和机器学习模型来评分每个患者，并将其分为低，中或高的组。结果，单药疗法队列（n = 62，p = 0.004）和化学免疫疗法队列（n = 50，p = 0.01）的肿瘤hnscc预测与疾病控制均与疾病控制显着相关。Oncoprism-HNSCC还显着预测了两个队列中无进展的生存（分别为p = 0.015和p = 0.037）。uncoprism-HNSCC的特异性比编程的死亡配体1高三倍以上，比肿瘤突变负担比预测疾病控制的肿瘤突变负担高近四倍。
通过偏高（物理/工程）提高超极化的博士后职位
UT西南医学中心致力于一个教育和工作环境，为大学社区的所有成员提供了平等的机会。西南航空禁止非法歧视，包括基于种族，颜色，宗教，民族起源，性别，性取向，性别认同，性别表达，年龄，残疾，残疾，遗传信息，公民身份或退伍军人身份的歧视。要了解更多信息，请访问此处。
脑切片中扩散去极化的多尺度计算机建模
图 1：扩展的多尺度模型。组织尺度：脑切片中 36 · 10 3 个神经元（粉色圆圈）中的几个浸没在浴槽中；神经胶质细胞未明确建模，而是表示为每个 ECS 体素中的汇场。细胞尺度：每个神经元都有离子通道、2 个共交换器；Na + /K + 泵（星号表示 ATP/O 2 依赖性）离子在每个神经元内混合均匀（无细胞内扩散）。蛋白质尺度：表格（右）显示控制神经元和神经胶质细胞场中内在机制活动的物种。[离子] 尺度：离子根据菲克定律在 ECS 体素之间扩散，扩散系数见表 1。
三重态对自旋极化的分子控制及其光电磁共振探测
CONSPECTUS：在分子系统中制备和操纵纯磁态是利用合成化学的力量来推动实用量子传感和计算技术的关键初始要求。在有机系统中实现所需的更高自旋态的一种途径是利用单重态裂变现象，该现象从具有多个发色团的分子组装中最初光激发的单重态产生成对的三重态激发态。由此产生的自旋态的特征是总自旋（五重态、三重态或单重态）及其在特定分子或磁场轴上的投影。这些激发态通常高度极化，但表现出不纯的自旋布居模式。在此，我们报告了驱动单个纯磁态布居的分子设计规则的预测和实验验证，并描述了其实验实现的进展。这项工作的一个重要特点是理论、化学合成和光谱学之间的密切合作。我们首先介绍我们理解单重态裂变系统中自旋流形相互转换的理论框架。该理论对分子间结构和相对于外部磁场的方向做出了具体的可测试预测，这应该会导致纯磁态制备，并为解释磁谱提供了强大的工具。然后，我们通过对一系列符合一个或多个已确定的结构标准的新分子结构进行详细的磁谱实验来测试这些预测。许多这样的结构依赖于具有这项工作独有特征的分子的合成：二聚体中发色团之间的刚性桥、具有定制的单重态/三重态对能级匹配的杂并苯或侧基工程以产生特定的晶体结构。我们通过应用和开发几种磁共振方法揭示了这些系统的自旋演化，每种方法在与量子应用相关的环境中具有不同的灵敏度和相关性。我们的理论预测被证明与我们的实验结果非常一致，尽管通过实验满足理论对真正的纯态制备所要求的所有结构处方仍然是一个挑战。我们的磁谱与三重态对行为模型相一致，包括在二聚体和晶体中在特定条件下将粒子聚集到五重态的 ms = 0 磁亚能级，表明这种现象可以通过分子设计进行控制。此外，我们展示了单重态裂变系统中自旋态的新颖和/或高灵敏度检测机制，包括光致发光 (PL)、光诱导吸收 (PA) 和磁导 (MC)，为更深入地了解这些系统如何演化以及在单分子量子极限上进行计算应用所需的实验指明了技术上可行的途径。■ 主要参考文献
线性极化的Lorentz-Gauss梁具有异质分布的实验和理论研究
在实践中很难繁殖，因为它们需要以幅度和相项的调制，因此很难繁殖高斯光束。在此，计算了一种新的线性极化的Lorentz - 高斯光束，该束由螺旋隔离膜（LGB-HA）调制，并描述了该梁的两种各种实验生成方法，傅立叶变换方法（FTM）和复杂振幅调制（CAM）方法。与FTM相比，CAM方法只能通过一个反射型型相位液晶空间光调节器同时调节相位和幅度。这两种方法都与数值结果一致。CAM虽然更简单，更有效，并且通过数据比较具有更高程度的符合度。此外，考虑到具有异质分布的复杂Lorentz - 高斯光束中存在一些障碍，还实现了具有不同参数的梁的进化规律性（轴向参数，拓扑电荷和相位因子）。
在光反应式聚合物中依赖于极化的变形，由二分色染料掺杂
光代表一种非常通用的刺激，它用于控制变形聚合物中变形的用途可以利用要探索的多个参数（例如波长，功率和极化）来获得区分响应。聚合物，而依赖偏振的控制则可以利用二苯甲苯二异构化。随着由光热效应驱动的形状变化的聚合物在许多应用领域中越来越关注，探索极化以调节其响应可以扩大调谐参数空间并提供对材料光学特性的见识。在这项工作中，我们证明了光极化对少量推扣偶氮苯掺杂的液晶网络的变形。我们演示了如何增强聚合物基质中染料对齐方式如何导致正交极化的不同变形。这些结果证明了极化是一种方便的进一步自由度，除了光刺激的波长和强度。
暴露于渗透或代谢应激的脑切片中扩散去极化的比较分析
摘要背景：复发性扩散性去极化 (SD) 发生在卒中和创伤性脑损伤中，被认为是损伤进展的标志。活体大脑中与 SD 相关的条件很复杂，这促使研究人员研究活体大脑切片制剂中的 SD，但实验室之间的方法差异使综合数据解释变得复杂。在这里，我们对活体大脑切片中 SD 的演变进行了比较评估，这些切片响应选定的 SD 触发器并在各种培养基中，在其他标准化实验条件下进行。方法：制备大鼠活体冠状脑切片 (350 μm) (n = 51)。使用低渗培养基 (Na + 含量从 130 降至 60 mM，HM) 或氧-葡萄糖剥夺 (OGD) 来引起渗透性或缺血性挑战。用人工脑脊液 (aCSF) 灌注的脑切片作为对照。在对照条件下通过压力注射 KCl 或电刺激诱发 SD。通过皮层内玻璃毛细管电极记录局部场电位 (LFP)，或在白光照射下进行内在光信号成像以表征 SD。使用 TTC 和苏木精-伊红染色评估组织损伤。结果：严重渗透应激或 OGD 会引发自发性 SD。与 aCSF 中触发的 SD 相反，这些自发去极化的特点是复极不完全且持续时间延长。此外，HM 或 OGD 下的皮质 SD 会传播到整个皮质，偶尔会侵入纹状体，而 aCSF 中的 SD 在停止之前覆盖的皮质区域要小得多，并且从未扩散到纹状体。HM 中的 SD 显示出最大的幅度和最快的传播速度。最后，HM 中的自发性 SD 以及尤其是在 OGD 下的自发性 SD 之后会出现组织损伤。结论：虽然 Na + /K + ATP 酶的失效被认为会损害 OGD 相关 SD 的组织恢复，但组织肿胀相关的过度兴奋和星形胶质细胞缓冲能力的耗尽被认为会促进渗透应激下的 SD 进化。与 OGD 相比，在低渗透条件下传播的 SD 不是终点，但它与不可逆的组织损伤有关。需要进一步研究以了解 HM 中自发发生的 SD 进化与 OGD 下的 SD 进化之间的机制相似性或差异性。关键词：脑切片、脑缺血、扩散性去极化、渗透应激、氧葡萄糖剥夺
用于冷原子中两个正交极化的腔增强和长寿命光学存储器
摘要：光量子存储器的存储和检索效率 (SRE) 和寿命是扩大量子信息处理规模的两个关键性能指标。在这里，我们通过实验演示了用于冷原子集合中的两种极化的腔增强长寿命光学存储器。利用电磁感应透明 (EIT) 动力学，我们分别演示了左圆和右圆偏振信号光脉冲在原子中的存储。通过使信号和控制光束共线穿过原子并将信号光的两种偏振存储为两个磁场不敏感的自旋波，我们实现了长寿命 (3.5 毫秒) 的存储器。通过在冷原子周围放置一个低精度光学环腔，信号光和原子之间的耦合得到增强，从而导致 SRE 增加。所提出的腔增强存储表明 SRE 约为 30%，对应于固有 SRE 约为 45%。
危机与融合：弱经济和主流政党意识形态去极化的组合如何促进反系统支持
摘要激进党何时获得支持？先前的研究认为经济和主流政党意识形态融合很重要。为了回应早期不一致的发现，我提供了一种互动方法的证据。反系统政党成功了。两项研究支持这种“危机与融合”模型。在总体级别上，反系统投票在负面经济增长时期和广泛主流党意识形态脱极化期间最强劲。在选民级别上，负面的经济评估与激进党投票之间的联系更加强烈，反之亦然，当宏观经济经济性生病时，个人对融合的看法本身与对这些政党的支持更加紧密相关。主流党的同质性激进地进行了经济投票，并加强了反系统挑战者。