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World File Search System染色质
用于转座酶可访问的染色质测序（ATAC-SEQ）
用于转座酶可访问的染色质测序（ATAC-SEQ）的测定法用于理解和绘制细胞中DNA的表观遗传景观。组蛋白和其他蛋白质包装，并通过开放式（白染色质）或封闭（异染色质）构象调节DNA。可以通过ATAC-SEQ评估可及性的变化，并进行比较，以绘制疾病进展，药物治疗或其他实验条件期间的基因组位置和相关基因的变化。将ATAC-SEQ数据与转录组学数据配对可以增强并揭示细胞表型受表观遗传系统调节的新型机制。
基质PBRM1介导了必要的染色质重塑...
引入子宫壁上的胚胎植入是哺乳动物繁殖的关键步骤（1）。在人类中，每月周期的自然出生最大繁殖力约为30％。在GES的前20周中，超过40％至50％的概念损失了，大约75％的未成功怀孕是由于植入失败而导致的（2）。成功需要在主管胚胎胚泡和接受性子宫之间进行同步。在孕酮（P 4）和雌激素（E 2）（3，4）的控制下，子宫内膜上皮和基质的增殖和基质的增殖和分化受到了时间限制的“植入窗口”（3，4）。子宫上皮 - 核串扰涉及内分泌，少细胞蛋白和近去分花相互作用，这对于成功植入至关重要（1，3）。发育程序由染色质调节剂精确控制，这些调节剂通过基因组的表观遗传修饰来维持特定的基因表达。然而，基因的染色质重塑和时空表达的细节，这些基因指导适当的上皮巨质相互作用以确保子宫接受能力在很大程度上没有探索。作为开关/蔗糖不可发酵（SWI/SNF）染色质复合物PBAF PBAF的关键亚基，Polybromo-1-（PBRM1）编码梵天相关的基因1-相关（BRG1- AS-社会化）因子180（BAF180）（BAF180）（BAF180），该（A）（BAF180），该（A）目标
GAGA因子 - 多功能开创性染色质蛋白
果蝇GAGA因子（GAF）是一种多功能蛋白，与核小体组织有关，并重塑基因表达，长距离增强子促进剂通信，高阶染色体结构和有丝分裂。这种广泛的活动提出了有关单个蛋白质如何执行许多看似与众不同和无关的功能的问题。当前的研究认为，GAF充当“先驱”因子，为不同类别的调节元素产生染色质的无核小体区域。从调节元件中去除核小体反过来使其他因素可以与这些元素结合并执行其专业功能。与这种观点一致，GAF与染色质重塑剂的集合相关联，并与与不同调节功能有关的蛋白质相互作用。在这篇综述中，我们总结了GAF的已知活动及其蛋白质伙伴的功能。
细胞对染色质和 DNA 损伤的反应比较
DNA 靶向药物可能会损伤 DNA 或染色质。许多抗癌药物会同时损伤 DNA 和染色质，因此很难理解它们的作用机制。我们使用导致 DNA 断裂但不改变核小体结构的分子（博来霉素）或使核小体不稳定但不损伤 DNA 的分子（curaxin），研究了 DNA 或染色质损伤对正常细胞和肿瘤细胞的影响。正如预期的那样，DNA 损伤导致 p53 依赖性生长停滞，随后衰老。染色质损伤导致的 p53 积累高于 DNA 损伤；然而，生长停滞与 p53 无关，不会导致衰老。染色质损伤以 p53 非依赖性方式激活了多个基因的转录，包括经典的 p53 靶标。尽管这些基因在基础条件下表达不高，但它们具有围绕转录起始位点 (TSS) 的染色质组织，这是大多数高表达基因的特征，并且 RNA 聚合酶暂停水平最高。我们假设这些基因 TSS 周围的核小体对染色质损伤最为敏感。因此，curaxin 处理后核小体丢失将使转录无需序列特异性转录因子的协助即可进行。我们证实了这一假设，结果显示 curaxin 处理后这些基因 TSS 周围的核小体丢失较多，染色质损伤剂而非 DNA 损伤剂可激活 p53 缺陷细胞中的 p53 特异性报告基因。
ChIP-IT FFPE 染色质制备 II 53031
Active Motif 的 ChIP-IT® FFPE 染色质制备 II 和 ChIP-IT® FFPE II 试剂盒是我们的第二代 FFPE ChIP 试剂盒，其中繁琐的脱蜡和脱水程序已简化，可使用更少的试剂和手动时间制备高质量的 ChIP 富集 DNA。这种新的染色质制备方案最适合处理有限数量的新鲜制备或高质量 FFPE 组织（第一代 FFPE 染色质制备方案应用于珍贵或高度降解的 FFPE 样本）。ChIP-IT FFPE II 试剂盒已针对染色质制备后使用进行了优化，使用专门配制的试剂和方案指南来提高灵敏度，并能够从极其有限的起始材料中进行 qPCR 和下一代测序分析。
LINE-1-RNA 导致异染色质侵蚀并且是...
组成性异染色质负责基因组抑制富含重复序列、端粒和着丝粒的 DNA。在生理和病理性过早衰老过程中，异染色质稳态受到严重损害。在这里，我们表明 LINE-1（长散布核元件-1；L1）RNA 积累是典型和非典型人类早衰综合征的早期事件。L1 RNA 负向调节组蛋白赖氨酸 N -甲基转移酶 SUV39H1（抑制杂色 3-9 同源物 1）的酶活性，导致异染色质丢失和体外衰老表型的出现。使用特异性反义寡核苷酸 (ASO) 消除不同早衰综合征患者的真皮成纤维细胞中的 L1 RNA，可恢复异染色质组蛋白 3 赖氨酸 9 和组蛋白 3 赖氨酸 27 三甲基化标记，逆转 DNA 甲基化年龄，并抵消衰老相关分泌表型基因的表达，例如 p16、p21、激活转录因子 3 (ATF3)、基质金属肽酶 13 (MMP13)、白细胞介素 1a (IL1a)、BTG 抗增殖因子 2 (BTG2) 以及生长停滞和 DNA 损伤诱导 β (GADD45b)。此外，全身性输送 ASO 可挽救组织的组织生理学并延长 Hutchinson-Gilford 早衰综合征小鼠模型的寿命。 L1 RNA 耗尽后对人类和小鼠样本的转录分析表明，与核染色质组织、细胞增殖和转录调控相关的通路得到富集。同样，与衰老、炎症反应、先天免疫反应和 DNA 损伤相关的通路也下调。我们的研究结果强调了 L1 RNA 在早衰综合征中异染色质稳态中的作用，并确定了治疗过早衰老和相关综合征的可能治疗方法。
针对染色质重塑的裁缝抑制和降解策略
查看我们的其他演讲和海报！•SY12研讨会：针对降解剂的染色质调节癌驱动器（S. Bellon）：星期二早晨•FHD-909海报（J. Lee）：星期一下午； 3230 /14•CBP选择性降级海报（D. Sappal）：星期二下午； 6067 /26•EP300选择性降级海报（M. Zimmerman）：星期二下午； 6064 /23•长效注射平台海报（M. Lin）：星期三早晨； 7185 /26 < / div>
二价染色质作为癌症治疗靶点
肿瘤细胞异质性是有效设计靶向抗癌疗法的主要障碍。药物治疗前表型不同的肿瘤细胞亚群的多样化分布容易导致反应不一致，导致敏感癌细胞被消除，而耐药亚群却不受伤害。很少有人提出量化与个体癌细胞异质性相关的变异性并将其对临床结果的不良影响降至最低的策略。在这里，我们报告了一种计算方法，该方法可以合理设计涉及针对染色质修饰剂的表观遗传药物的组合疗法。我们制定了一个二价转录因子的随机模型，使我们能够表征三种不同的定性行为，即：双稳态、高基因表达和低基因表达。分析结果与实验数据的比较确定了所谓的双稳态和高基因表达行为可以分别与未分化和分化细胞类型识别。由于具有异常自我更新潜能的未分化细胞可能表现出癌症/转移起始表型，我们在双稳态子集合内的异质性背景下分析了表观遗传药物组合的效率。虽然单靶向方法大多无法规避肿瘤异质性所代表的治疗问题，但组合策略的效果要好得多。具体而言，预计更成功的组合涉及组蛋白 H3K4 和 H3K27 去甲基化酶 KDM5 和 KDM6A/UTX 的调节剂。然而，那些涉及 H3K4 和 H3K27 甲基转移酶 MLL2 和 EZH2 的策略预计效果较差。我们的理论框架为开发一种计算机模拟平台提供了连贯的基础，该平台能够识别最适合治疗管理异质癌细胞群非均匀反应的表观遗传药物组合。
染色质状态在脑功能和疾病中的作用
染色质是携带DNA序列的基因组的物理底物，并确保其在细胞核中的适当功能和调节。虽然在编程的细胞过程（例如开发）过程中染色质的动力学知之甚少，但染色质在经验依赖性功能中的作用仍未得到很好的定义。积累的证据表明，在脑细胞中，环境刺激可以触发可能影响未来转录程序的染色质结构和三维（3D）组织的长期变化。本综述描述了最新发现，表明染色质在细胞记忆中起着重要作用，尤其是在维持大脑中先前活性痕迹中。受到免疫和上皮细胞发现的启发，我们讨论了潜在的机制及其对健康和疾病中经验依赖性转录调控的影响。我们通过提出染色质的整体观点作为分子底物的整体观点，以整合和同化环境信息，这可能构成未来研究的概念基础。
有丝分裂染色质标记控制DNA损伤的不对称分离
Mitotic chromatin marking governs asymmetric segregation of DNA damage Juliette Ferrand #1 , Juliette Dabin #1 , Odile Chevallier 1 , Matteo Kane-Charvin 1 , Ariana Kupai 2 , Joel Hrit 2 , Scott B. Rothbart 2 , Sophie E. Polo 1 † 1 Laboratory of Epigenome Integrity, Epigenetics & Cell Fate Centre, UMR7216 CNRS，巴黎大学，巴黎，法国2表观遗传学系，范·安德尔研究所，美国密歇根州大急流城。＃同等贡献