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World File Search System染色质
染色质拓扑的组织者RIF1确保细胞对DNA复制应力的弹性
真核基因组是由数千个复制起源重复的，这些复制起源是依次形成了复制簇的定义时空模式。DNA反应的时间顺序是通过染色质结构来确定的，并且更具体地通过RIF1稳定的染色质接触来确定。在这里，我们表明RIF1位于新合成的DNA附近。暴露于DNA复制抑制剂蚜虫蛋白的细胞中，RIF1的抗压显着降低了蛋白质在阳性DNA上分离的有效性，这表明蛋白质对蛋白质在新生DNA过程中的分离是由染色质拓扑降低的。RIF1来限制蚜虫治疗诱导的DNA病变的积累，并促进新生DNA附近的粘着素的募集。共同表明，通过RIF1对染色质拓扑的稳定限制了复制 - 相关的基因组不稳定性。
PRC1 凝聚物的扩散破坏了多梳染色质结构域和环
多梳抑制复合物 1 (PRC1) 强烈影响 3D 基因组组织，介导目标基因座的局部染色质压缩和聚集。几种 PRC1 亚基能够在体外通过液-液相分离形成生物分子凝聚物，并且在细胞中标记和过表达时也是如此。在这里，我们使用可以破坏液体状凝聚物的 1,6-己二醇来检查内源性 PRC1 生物分子凝聚物对 PRC1 结合基因座的局部和染色体范围聚集的作用。使用成像和染色质免疫沉淀，我们表明，PRC1 介导的目标基因组基因座（在不同长度范围内）的染色质压缩和聚集可以通过向小鼠胚胎干细胞中添加并随后去除 1,6-己二醇来可逆地破坏。多梳结构域和簇的解压缩和分散不能完全归因于 1,6-己二醇处理后染色质免疫沉淀检测到的 PRC1 占有率降低，因为添加 2,5-己二醇对结合有类似的影响，尽管这种酒精不会干扰 PRC1 介导的 3D 聚类，至少在亚兆碱基和兆碱基尺度上不会。这些结果表明 PRC1 分子之间的弱疏水相互作用可能在多梳介导的基因组组织中发挥作用。
NPM1介导基因组核核的相互作用及其抑制性染色质状态
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权所有此版本发布于2024年7月3日。 https://doi.org/10.1101/2024.07.03.601885 doi：Biorxiv Preprint
细胞外信号调节激酶介导肺癌中的染色质和谱系转化
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2020年11月13日发布的此版本中显示在版权所有的此版本中。 https://doi.org/10.1101/2020.11.12.368522 doi：Biorxiv Preprint
ETTIN-生长素直接相互作用控制雌蕊发育过程中染色质的状态
摘要动物体内的激素信号传导通常涉及直接转录因子-激素相互作用，从而调节基因表达。相比之下，植物激素信号传导最常见的是基于通过转录阻遏物的降解来解除阻遏。最近，我们发现了一种植物激素生长素的非典型信号传导机制，其中生长素直接影响非典型生长素反应因子 (ARF) ETTIN 对靶基因的活性，而无需蛋白质降解。在这里，我们表明 ETTIN 直接结合生长素，导致与 TOPLESS/TOPLESS-RELATED 家族的辅阻遏蛋白分离，随后组蛋白乙酰化并诱导基因表达。这种机制让人想起动物激素信号传导，因为它影响对靶基因的调节活性，并提供了植物中 DNA 结合激素受体的第一个例子。虽然生长素通过促进 Aux/IAA 阻遏物的降解间接影响典型的 ARF，但 ETTIN-生长素直接相互作用允许以可立即逆转的方式在抑制和去抑制染色质状态之间切换。
标题：“染色质在转录，拟南芥中的压力反应和减数分裂重组中的功能”
带有评论[PZ1]：也许从转录调节到重组的过渡更加顺利，您可以写出，这种“本地招聘”不仅导致了基因的转录，而且还会影响减数分裂的交叉形成
g4access识别G Quadruplexes及其与开放的染色质和印迹控制区域的关联
后唑启动子富集于次级DNA结构形成基序中，例如G-四链体（G4S）。在这里，我们描述了“ G4Access”，这是一种通过核酸酶消化与开放染色质相关的分离和序列G4的方法。g4Access是抗体和交联的非依赖性和富集的计算预测G4S（PG4S），其中大多数在体外得到了证实。使用人和小鼠细胞中的G4ACCESS，我们鉴定出与核小体排除和启动子转录相关的细胞类型的G4富集。G4ACCESS允许测量G4配体处理后G4曲目使用的变化，HDAC和G4解旋酶抑制剂。将G4ACCESS应用于来自相互杂交小鼠交叉的细胞表明G4在控制活动印迹区域中的作用。一致地，我们还观察到G4ACCESS峰是未甲基化的，而PG4S的甲基化与DNA上的核小体重新定位相关。总体而言，我们的研究为研究细胞动力学的G4提供了一种新工具，并突出了它们与开放染色质，转录及其对DNA甲基化的拮抗作用的关联。
表观遗传学，增强剂功能和3D染色质组织在重编程中
摘要：基因组结构，表观遗传学和增强子功能控制细胞的命运和身份。重新编程对诱导的多能干细胞（IPSC）将起始体细胞的转录率和染色质景观更改为逐步的多能细胞的转录景观。在正常胚胎发育过程中，调节网络的变化受到严格的调节，以确定细胞命运，并且同样需要在重编程过程中在细胞命运控制中发挥作用。关闭躯体程序并打开多能计划涉及表观遗传景观，增强子功能，染色质访问性和3D Chro-Matin拓扑的动态重组。在这种情况下，我们将在这里审查有关控制在体细胞重编程过程中控制和维护多能力的过程的当前知识。
新型的染色质途径控制转座元件和对基因组稳定性的影响
hal是一个多学科的开放访问档案，用于存款和传播科学研究文件，无论它们是否已发表。这些文件可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
hi-c，一种染色质3D结构技术，推进了免疫细胞的功能基因组学
免疫细胞的功能性能依赖于复杂的转录调节网络。染色质的三维结构可以影响染色质状态和基因表达模式，并在基因转录中起重要的调节作用。目前用于研究染色质空间结构的技术包括染色质构象捕获技术及其衍生物，染色质可及性测序技术等。此外，最近出现的深度学习技术可以用作增强数据分析的工具。在这篇综述中，我们阐明了三维染色质结构的定义和意义，总结了可用于研究它的技术，并描述了树突状细胞，巨噬细胞，巨噬细胞，T细胞，B细胞和中性粒细胞的染色质空间结构的研究进展。