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World File Search System染色质
小鼠围产期睾丸发育中的单细胞染色质可及性景观
1 香港中文大学医学院生物医学学院发育及再生生物学项目，香港沙田，香港；2 福建医科大学医学科技与工程学院，福建，中国；3 香港中文大学医学院生物医学学院癌症生物学及实验治疗学项目，香港沙田，中国；4 广州生物医药与健康研究院广州再生医学与健康生物园实验室，广州，中国；5 哈德逊医学研究所生殖健康中心生殖干细胞生物学实验室，墨尔本，澳大利亚；6 香港中文大学化学病理学系，香港新界沙田，中国
染色质表观基因组学中的大挑战
我们对组蛋白修饰的调节和功能的理解自1960年代中期首次报道以来已经有了很长的路要走。也是如此，我们对DNA甲基化，组蛋白变体，核小体位置和排列的重要性以及逐渐影响DNA检测过程发生的高阶结构的重要性。最近的进步甚至允许从端粒到端粒的单个染色体的第一个完整的测序和表观基因组学纤维，包括以前对分析难治性的高度重复性区域。染色质组织在基因转录，DNA复制，重组和修复方面的调节能力是无可争议的。仍然，一个持续的挑战是了解影响细胞和组织（无处不在）过程以及每种变化如何影响他人的全部变化（所有事物）。
表观遗传药物对染色质环境依赖性的影响
CRISPR/Cas9 编辑的效率和结果取决于切割位点的染色质状态。研究表明，改变染色质状态可以影响效率和修复结果，并且表观遗传药物已被用于改善 Cas9 编辑。然而，由于这些药物的靶蛋白在基因组中分布不均匀，因此这些药物的疗效可能因位点而异。在这里，我们系统地分析了 160 种表观遗传药物的染色质背景依赖性。我们使用具有 19 个稳定整合报告基因的人类细胞系在不同的染色质环境中诱导双链断裂 (DSB)。然后，我们通过对突变特征进行测序来测量 Cas9 编辑效率和修复途径使用情况。我们确定了 67 种药物
染色质重塑的重新分布BRG1将平滑肌衍生的外来祖细胞 - 至肌纤维细胞分化和血管纤维
简介血管壁是一种复杂的多层组织，其中包含许多细胞群，可协调维持血管稳态并调节疾病状态下的血管重塑。主要动脉的最外层，Tunica Adventitia，由周细胞，成纤维细胞，脂肪细胞，WBC和常驻祖细胞/干细胞组成，均由细胞外基质，血管周围脂肪和Vasa vasorum（1-5）组成。外在重塑发生在慢性血管疾病或急性血管损伤之后，随着外在细胞的增殖，分泌促炎性细胞因子募集循环循环的白细胞，并增加细胞外基质沉积，从而导致慢性血管炎症和慢性血管炎症和僵硬（6，7）。在膜中发现的细胞群体，干细胞抗原-1 +祖细胞（ADVSCA1细胞）已成为兴趣增加的群体，因为这些多能细胞表现出具有特定分化能力的显着异源性基因性，因此对于病理脉管脉冲重塑和血管造成的维修可能很重要（3）。使用平滑肌细胞 - 特异性谱系跟踪和RNA-Seq，我们的组表征了通过原位重编程过程（称为ADVSCA1-SM细胞）来源于成熟平滑肌细胞（SMC）的Advsca1细胞的亚群（8）。与其他
染色质重塑的重新分布BRG1将平滑肌衍生的外来祖细胞 - 至肌纤维细胞分化和血管纤维
简介血管壁是一种复杂的多层组织，其中包含许多细胞群，可协调维持血管稳态并调节疾病状态下的血管重塑。主要动脉的最外层，Tunica Adventitia，由周细胞，成纤维细胞，脂肪细胞，WBC和常驻祖细胞/干细胞组成，均由细胞外基质，血管周围脂肪和Vasa vasorum（1-5）组成。外在重塑发生在慢性血管疾病或急性血管损伤之后，随着外在细胞的增殖，分泌促炎性细胞因子募集循环循环的白细胞，并增加细胞外基质沉积，从而导致慢性血管炎症和慢性血管炎症和僵硬（6，7）。在膜中发现的细胞群体，干细胞抗原-1 +祖细胞（ADVSCA1细胞）已成为兴趣增加的群体，因为这些多能细胞表现出具有特定分化能力的显着异源性基因性，因此对于病理脉管脉冲重塑和血管造成的维修可能很重要（3）。使用平滑肌细胞 - 特异性谱系跟踪和RNA-Seq，我们的组表征了通过原位重编程过程（称为ADVSCA1-SM细胞）来源于成熟平滑肌细胞（SMC）的Advsca1细胞的亚群（8）。与其他
用于转座酶可访问的染色质测序（ATAC-SEQ）
用于转座酶可访问的染色质测序（ATAC-SEQ）的测定法用于理解和绘制细胞中DNA的表观遗传景观。组蛋白和其他蛋白质包装，并通过开放式（白染色质）或封闭（异染色质）构象调节DNA。可以通过ATAC-SEQ评估可及性的变化，并进行比较，以绘制疾病进展，药物治疗或其他实验条件期间的基因组位置和相关基因的变化。将ATAC-SEQ数据与转录组学数据配对可以增强并揭示细胞表型受表观遗传系统调节的新型机制。
机械诱导的染色质体系结构的改变指导细胞塑性与机械记忆之间的平衡
表型可塑性或细胞的适应性确定其在不断变化的细胞环境中生存和功能的能力。机械环境的变化，范围从细胞外基质（ECM）到身体应力（例如张力，压缩和剪切），是影响表型可塑性和稳定性的关键环境线索。此外，已经证明对先前的机械信号的暴露在调节表型变化中起着基本作用，即使在移除了机械刺激之后，这些变化仍然存在，从而产生稳定的机械记忆。在这篇迷你综述中，我们的目标是突出机械环境如何通过染色质结构的变化来改变表型可塑性和稳定的记忆，主要集中在心脏组织中的例子上。我们首先探讨了如何根据机械环境的变化来调节细胞表型可塑性，然后将表型可塑性的变化与染色质结构的变化联系起来，以反映短期和长期记忆。最后，我们讨论了如何阐明机械诱导的染色质结构背后的机制，从而导致细胞适应并保留稳定的机械记忆，这可能会发现治疗方法以防止恶性永久性疾病状态。
活体成像揭示体内干细胞分化过程中染色质压缩转变和动态转录爆发
1 耶鲁大学医学院遗传学系，美国纽黑文；2 密歇根州立大学定量健康科学与工程 (IQ) 研究所，美国东兰辛；3 密歇根州立大学人类医学学院医学系皮肤病学分部，美国东兰辛；4 密歇根州立大学人类医学学院药理学和毒理学系，美国东兰辛；5 耶鲁大学公共卫生学院生物统计学系，美国纽黑文；6 耶鲁大学医学院细胞生物学系，美国纽黑文；7 麦吉尔大学生物化学系和罗莎琳德和莫里斯古德曼癌症研究所，加拿大蒙特利尔；8 耶鲁大学医学院耶鲁癌症中心耶鲁干细胞中心细胞生物学和皮肤病学系，美国纽黑文
T 细胞衰竭的全基因组 CRISPR 筛选可识别限制 T 细胞持久性的染色质重塑因子
利益声明 ATS 是 Immunai 的科学创始人和 Cartography Biosciences 的创始人，并从 Arsenal Biosciences、Allogene Therapeutics 和 Merck Research Laboratories 获得研究资助。JAB 是 Immunai 的顾问。SAV 是 Immunai 的顾问。KEY 是 Cartography Biosciences 的顾问。CLM 是 Lyell Immunopharma 和 Syncopation Life Sciences 的联合创始人，并为 Lyell、Syncopation、NeoImmune Tech、Apricity、Nektar、Immatics、Mammoth 和 Ensoma 提供咨询。AA 是 Tango Therapeutics、Azkarra Therapeutics、Ovibio Corporation 和 Kytarro 的联合创始人；SPARC、Bluestar、ProLynx、Earli、Cura、GenVivo、Ambagon、Phoenix Molecular Designs 和 GSK 的顾问；Genentech、GLAdiator、Circle 和 Cambridge Science Corporation 的 SAB 成员；获得 SPARC 和阿斯利康的研究支持；持有与阿斯利康共同持有的 PARP 抑制剂使用专利。AM 是 Spotlight Therapeutics、Arsenal Biosciences 和 Survey Genomics 的联合创始人。AM 是 NewLimit 的科学顾问委员会成员。AM 拥有 Arsenal Biosciences、Spotlight Therapeutics、NewLimit、Survey Genomics、PACT Pharma 和 Merck 的股份。AM 曾从 23andMe、PACT Pharma、Juno Therapeutics、Trizell、Vertex、Merck、Amgen、Genentech、AlphaSights、Rupert Case Management、Bernstein 和 ALDA 收取费用。AM 是 Offline Ventures 的投资者和非正式顾问，也是 EPIQ 的客户。Marson 实验室曾从 Juno Therapeutics、Epinomics、Sanofi、GlaxoSmithKline、Gilead 和 Anthem 获得研究支持。 KAF、ES、JC、AA、AM 和 CLM 在 CAR-T 细胞治疗领域拥有专利。JAB 和 ATS 已提交与本研究内容相关的专利。
T 细胞衰竭的全基因组 CRISPR 筛选可识别限制 T 细胞持久性的染色质重塑因子
利益声明 ATS 是 Immunai 的科学创始人和 Cartography Biosciences 的创始人，并从 Arsenal Biosciences、Allogene Therapeutics 和 Merck Research Laboratories 获得研究资助。JAB 是 Immunai 的顾问。SAV 是 Immunai 的顾问。KEY 是 Cartography Biosciences 的顾问。CLM 是 Lyell Immunopharma 和 Syncopation Life Sciences 的联合创始人，并为 Lyell、Syncopation、NeoImmune Tech、Apricity、Nektar、Immatics、Mammoth 和 Ensoma 提供咨询。AA 是 Tango Therapeutics、Azkarra Therapeutics、Ovibio Corporation 和 Kytarro 的联合创始人；SPARC、Bluestar、ProLynx、Earli、Cura、GenVivo、Ambagon、Phoenix Molecular Designs 和 GSK 的顾问；Genentech、GLAdiator、Circle 和 Cambridge Science Corporation 的 SAB 成员；获得 SPARC 和阿斯利康的研究支持；持有与阿斯利康共同持有的 PARP 抑制剂使用专利。AM 是 Spotlight Therapeutics、Arsenal Biosciences 和 Survey Genomics 的联合创始人。AM 是 NewLimit 的科学顾问委员会成员。AM 拥有 Arsenal Biosciences、Spotlight Therapeutics、NewLimit、Survey Genomics、PACT Pharma 和 Merck 的股份。AM 曾从 23andMe、PACT Pharma、Juno Therapeutics、Trizell、Vertex、Merck、Amgen、Genentech、AlphaSights、Rupert Case Management、Bernstein 和 ALDA 收取费用。AM 是 Offline Ventures 的投资者和非正式顾问，也是 EPIQ 的客户。Marson 实验室曾从 Juno Therapeutics、Epinomics、Sanofi、GlaxoSmithKline、Gilead 和 Anthem 获得研究支持。 KAF、ES、JC、AA、AM 和 CLM 在 CAR-T 细胞治疗领域拥有专利。JAB 和 ATS 已提交与本研究内容相关的专利。