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染色质构象的原发性骨关节炎软骨细胞图揭示了新型候选效应基因
抽象目标骨关节炎是一种复杂的疾病，具有巨大的公共卫生负担。基因组广泛的关联研究（GWAS）已经鉴定出数百个骨关节炎相关的序列变体，但是这些信号支撑的效应基因在很大程度上仍然难以捉摸。了解三维（3D）空间中的染色体组织对于以组织方式（例如，基因和调节元件之间的遥远基因组特征（例如，基因和调节元素之间）之间的长距离接触至关重要。在这里，我们生成了原发性骨关节炎软骨细胞的第一个整个基因组染色体构象分析（HI-C）图，并确定了该疾病的新型候选效应基因。方法从8例膝关节骨关节炎患者收集的原发软骨细胞进行了HI-C分析，以将染色体结构与基因组序列联系起来。然后将鉴定的环与骨关节炎GWAS结果和来自原发性膝关节骨关节炎软骨细胞的表观基因组数据结合在一起，以通过增强子启动子相互作用来鉴定与基因调节有关的变异。结果，我们确定了与77个骨关节炎GWAS信号相关的染色质环锚固中的345种遗传变异。例如，PAPPA与胰岛素类似生长因子1（IGF-1）蛋白的周转直接相关，而IGF-1是修复受损软骨细胞受损的重要因素。结论我们构建了第一张原代人软骨细胞的高图，并将其作为科学界的资源提供。Ten of these variants reside directly in enhancer regions of 10 newly described active enhancer- promoter loops, identified with multiomics analysis of publicly available chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP- seq) and assay for transposase- accessible chromatin using sequencing (ATAC- seq) data from primary knee chondrocyte cells, pointing to two new candidate effector genes SPRY4 and PAPPA（妊娠与血浆蛋白A）以及对已知参与骨关节炎的基因SLC44A2的进一步支持。通过将3D基因组学与大规模的遗传关联和表观遗传学数据相结合，我们确定了骨关节炎的新型候选效应基因，从而增强了我们对疾病的理解，并可以作为假定的高价值新型药物靶标。
TBX1网络中的染色质调节剂赋予22q11.2ds中的Conotruncal心脏缺陷的风险
yingjie Zhao 1，Yujue Wang 1，Lijie Shi 1，Woman M. M. McDonald-McGinn 2.3，T。BlaineCrowley 2.3，Daniel E. McGinn 2.3，Oanh T. T. T. T. T. T. 3，Daniella Miller 1，Daniella Miller 1，Jhih-Brong Lind 1，Jhih-Brong Lind 1，Elaine Zackai Zackai 2,3,3，H。Richn. John 4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4。 W. C. Chow 5，Jacob A. S. Vorstman 6，Claudia Vingerhoets 7，Therese Van Amelsvoort 7，Doron Gothelf 8，Ann Swillen 9，Jeroen Breckpot 9，Joris R. Vermeesch 9，Stephan Eliez 10，Stephan Eliez 10，Maude Schneider 10，Marianne B. Van den Bree Bree J. Owen 11, Wendy R. Kates 12.13, Gabriela M. Repetto 14, Vandana Shashi 15, Kelly Schoch 15, Carrie E. Bearden 16, M. Cristina Digilio 17, Marta UNOLT 17,18, Carolina Putotto 19, Bruno Marino 19, Maria Pontillo 20, Marco Armando 20.21, Stefano Vicari 22, Kathleen Angkustsiri, Linda, Linda, Linda Linda坎贝尔24，蒂法尼·布斯（Tiffany Busa）25，达米安·海内·苏纳（Damian Heine-Suñer）26，基兰·C·墨菲27，德克兰·墨菲28.29，六，六，路易斯·费尔南德斯30，国际22q11.2大脑和行为联盟（IBBC）*，Zhengdong D. Zhang Zhang 1，Elizabeth。 Goldmuntz 31，Raquel E. Gur 32,33，Beverly S. Emanuel 2.3，Deyou Zheng 34，Christian R. Marshall 35，Anne S. Bassett 36,37.38，Tao Wang 39和Bernice E.
苯胺蓝染色（ABS）和精子染色质弥散（SCD）水平可以预测宫腔内授精的结果吗？
简介：本研究旨在对在开始宫腔内人工授精 (IUI) 方法之前通过宫腔内人工授精的患者进行常规精液分析、精子 DNA 碎片化和染色质成熟度水平的精子功能测试并评估妊娠情况。材料和方法：在这项前瞻性研究中，对 2020 年 11 月至 2021 年 2 月期间入住伊拉克巴格达 Al-Farah IVF 和辅助生殖中心的 111 对接受宫腔内人工授精 (IUI) 的不明原因不孕症夫妇进行了评估。精液分析根据 (WHO 第四版) 指导规则进行。此外，用苯胺蓝染色 (ABS) 进行精子染色质分散 (晕圈试验) 和精子成熟。结果：比较了精子染色质分散 (SCD) 组的妊娠结果；正常SCD组的阳性妊娠率较高（p=0.0005）。此外，对苯胺蓝染色（ABS）组的妊娠结果进行了比较；正常ABS组的阳性妊娠率较高（p=0.017）。结论：我们的研究表明，在宫腔内授精病例中使用DNA碎片（SCD）和精子成熟测试（ABS）以及常规精液分析将对预测宫腔内授精（IUI）的结果增加做出重要贡献。因此，这些结果表明DNA碎片对宫腔内授精结果的影响存在缺陷。
对深度分辨的纳米级结构变化的标题研究调节细胞增殖和染色质降解
1。S. Iyer，R。M。Gaikwad，V。Subba-Rao，C。D。Woodworth和I. Sokolov，“原子力显微镜检测到正常和癌细胞表面刷的差异”，NAT。纳米技术。4（6），389–393（2009）。2。H. Knecht和S. Mai，“端粒和核结构的3D成像：基于3D纳米形态的诊断的新兴工具”，J。单元格。生理学。226（4），859–867（2011）。3。H. Subramanian，P。Pradhan，Y。Liu，I。R. Capoglu，X。Li，J。D. Rogers，A。Heifetz，A。Heifetz，D。Kunte，H。K. Roy，A。Taflove，A。Taflove和V. Backman，“用于检测组织学无效的纳米级后果的光学方法论，对生物学细胞进行了遗传替代。natl。学院。SCI。 U.S.A. 105（51），20118–20123（2008）。 4。 H. Subramanian, H. K. Roy, P. Pradhan, M. J. Goldberg, J. Muldoon, R. E. Brand, C. Sturgis, T. Hensing, D. Ray, A. Bogojevic, J. Mohammed, J. S. Chang, and V. Backman, “Nanoscale cellular changes in field carcinogenesis detected by partial wave spectroscopy,” Cancer Res. 69（13），5357–5363（2009）。 5。 R。K. Bista，T。A. Brentnall，M。P. Bronner，C。J. Langmead，R。E. Brand和Y. Liu，“使用非直肠直肠上皮细胞的光学标志物来鉴定患有溃疡性结肠炎相关的肿瘤的患者，” 肠dis。 17（12），2427–2435（2011）。 6。 K。J. Chalut，J。H. Ostrander，M。G. Giacomelli和A. Wax，“亚细胞结构的光散射测量可提供化学疗法诱导的凋亡的无创早期检测”，癌症Res。SCI。U.S.A. 105（51），20118–20123（2008）。 4。 H. Subramanian, H. K. Roy, P. Pradhan, M. J. Goldberg, J. Muldoon, R. E. Brand, C. Sturgis, T. Hensing, D. Ray, A. Bogojevic, J. Mohammed, J. S. Chang, and V. Backman, “Nanoscale cellular changes in field carcinogenesis detected by partial wave spectroscopy,” Cancer Res. 69（13），5357–5363（2009）。 5。 R。K. Bista，T。A. Brentnall，M。P. Bronner，C。J. Langmead，R。E. Brand和Y. Liu，“使用非直肠直肠上皮细胞的光学标志物来鉴定患有溃疡性结肠炎相关的肿瘤的患者，” 肠dis。 17（12），2427–2435（2011）。 6。 K。J. Chalut，J。H. Ostrander，M。G. Giacomelli和A. Wax，“亚细胞结构的光散射测量可提供化学疗法诱导的凋亡的无创早期检测”，癌症Res。U.S.A. 105（51），20118–20123（2008）。4。H. Subramanian, H. K. Roy, P. Pradhan, M. J. Goldberg, J. Muldoon, R. E. Brand, C. Sturgis, T. Hensing, D. Ray, A. Bogojevic, J. Mohammed, J. S. Chang, and V. Backman, “Nanoscale cellular changes in field carcinogenesis detected by partial wave spectroscopy,” Cancer Res.69（13），5357–5363（2009）。5。R。K. Bista，T。A. Brentnall，M。P. Bronner，C。J. Langmead，R。E. Brand和Y. Liu，“使用非直肠直肠上皮细胞的光学标志物来鉴定患有溃疡性结肠炎相关的肿瘤的患者，”肠dis。17（12），2427–2435（2011）。6。K。J. Chalut，J。H. Ostrander，M。G. Giacomelli和A. Wax，“亚细胞结构的光散射测量可提供化学疗法诱导的凋亡的无创早期检测”，癌症Res。69（3），1199–1204（2009）。7。I. Itzkan，L。Qiu，H。Fang，M。M. Zaman，E。Vitkin，I。C. Ghiran，S。Salahuddin，M。Modell，C。Andersson，L。M. Kimerer，P。B. Cipolloni，P。B. Cipolloni，K。H. H. Lim，S。D. Freedman，S。D. Freedman，I.Bigio，I.Bigio，I.B.Sachs，E。B. Sachs，E。B. Hanlon，L.Hanlon，l. t. t. t. t. t. t. pering and L. T.光谱显微镜在没有外源标签的活细胞中监测细胞器”。natl。学院。SCI。 U.S.A. 104（44），17255–17260（2007）。 8。 Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。 选择。 16（11），116017（2011）。 9。 G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。 xx，362 p。SCI。U.S.A. 104（44），17255–17260（2007）。 8。 Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。 选择。 16（11），116017（2011）。 9。 G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。 xx，362 p。U.S.A. 104（44），17255–17260（2007）。8。Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。 选择。 16（11），116017（2011）。 9。 G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。 xx，362 p。Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。选择。16（11），116017（2011）。9。G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。xx，362 p。
分子生物学的当前问题
亲爱的同事，表观遗传修饰和染色质重塑通过动态调节基因表达而不改变DNA序列，在癌症中起着核心作用。异常的DNA甲基化，组蛋白的修饰和染色质可及性的变化可以激活癌基因或沉默的肿瘤抑制剂，从而有助于肿瘤的启动和进展。该特刊探讨了了解癌症中表观遗传失调和染色质重塑的分子机制的最新进展。我们重点介绍了用于检测ctDNA表观遗传改变的新技术，这些技术提供了有希望的非侵入性癌症生物标志物。此外，我们讨论了关键的染色质重塑剂，组蛋白修饰酶和NCRNA在塑造癌症表观基因组中的作用。特刊还涵盖了新兴的治疗策略，包括表观遗传抑制剂和靶向染色质改良药物。通过整合表观遗传学，功能基因组学和精度肿瘤学的发现，该系列旨在提供有关癌症染色质动力学及其临床应用潜力的全面观点。
表观遗传学的两个先驱：它们的染色质研究和DNA甲基化的不同途径，以及对表观遗传学的一般反射
在19世纪后期产生了染色质作为DNA（当时核素）和真核细胞核中的蛋白质的概念。自20世纪后期以来，起源于1970年代的DNA甲基化和染色质研究的研究也被标记为表观遗传学，该术语起源于1940年代的发育生物学。表观遗传学现在包括与基因活性调节有关的许多不同的研究链，例如组蛋白和DNA的化学修饰，染色质组织，基因组结构，不同类型的RNA分子等。展示了表观遗传学研究的各种途径，我介绍了两个先驱者的研究和反映，后来被称为表观遗传学，Gary Felsenfeld和Adrian Bird。他们在非常不同的科学背景下开始了科学职业，他们俩分别有助于现代染色质研究和对DNA甲基化的理解至关重要。本文基于我与这些研究人员进行的访谈的授权成绩单，重点关注与染色质研究和表观遗传学有关的部分，以及对表观遗传学和生物学的一般反映。
调节DNA的单细胞映射：蛋白质相互作用
由染色质结合因子（包括转录因子（TFS）和染色质重塑剂）策划的调节控制是负责维持细胞身份，执行细胞功能并响应环境刺激的基因表达程序的基础。这些DNA：蛋白质相互作用是通过表观遗传特征1引导的，例如组蛋白修饰和DNA甲基化（DNAME），它们建立染色质景观，调节特定因子的结合，从而根据细胞的需求雕刻功能基因组。重要的是，表观遗传失调与疾病，癌症和衰老的细胞功能障碍有关，在该疾病，癌和衰老中，异常染色质景观会改变TFS 2的结合景观，从而改变了细胞3的正常生物学过程。因此，了解TF跨不同
核小体中的DNA修复：来自组蛋白修饰和突变体的见解
摘要：DNA修复途径在基因组稳定性中起关键作用，但是在真核细胞中，它们必须在染色质的紧凑和纠结环境中进行修复DNA病变。先前的研究表明，将DNA包装到核小体中，构成了染色质的基本构件，对DNA修复具有深远的影响。在这篇综述中，我们讨论了有关染色质DNA修复的原理和机制。我们关注组蛋白翻译后修饰（PTM）在修复中的作用，以及组蛋白突变体影响细胞对DNA损伤剂和染色质修复活性的分子机制。重要的是，这些机制被认为会显着影响人类癌症的体细胞突变率，并有可能导致癌变和其他人类疾病。例如，许多主要在酵母中研究的组蛋白突变体已被确定为不同癌症中酒精酮突变的候选者。本综述强调了这些联系，并讨论了DNA修复在染色质中的潜在重要性。
IGF168PD124
理解染色质功能对于不清除欧洲核心中基因组调节的复杂性至关重要。染色质的基本亚基是Nu-Cleosome，它是由包裹在八个组蛋白蛋白的DNA形成的。Berger组的研究重点是研究组蛋白变体和重塑剂的进化论和功能，这是染色质调节的关键成分。在去年，Berger组证明了组蛋白变体与组蛋白的翻译后修饰至关重要，从而塑造了染色质指示转录调控。His-Tone变体H2A.X在维修DNA的机械中起着关键作用。Berger Group在拟南芥中确定了这一途径的两个关键参与者。此外，他们还表征了与调节转座活性的特定类型组蛋白变体的沉积相关的染色质重塑剂。最近该组还表明，在陆地植物的进化过程中，翻译后修饰H3K27me3将其靶标从转座子转换为控制基因沉默的顺式元素。H3K27me3的新功能有可能重塑植物的基因组。
对Dravet综合征IPSC和治疗意义中GABA能发展的表观遗传学见解
抽象Dravet综合征（DS）是由SCN1A基因中变体引起的毁灭性早期发作性癫痫综合征。受干扰的GABA能中间元功能与DS的进展有关，但潜在的发育和病理生理机制仍然难以捉摸，尤其是在染色质水平上。诱导的多能干细胞（IPSC）源自DS病例和健康供体，用于模拟与疾病相关的GABA能发育的表观遗传异常。在多个时间点（第19天，第19天，第35天和第65天）评估了染色质的可及性。此外，在GABA能细胞中阐明了常用的抗塞氏菌药物丙戊酸（VPA）对染色质可及性的影响。DS IPSC的染色质曲线中的独特动力学预测了早期的GABA能发育，在D19处显而易见，并且与控制IPSC的模式进一步分化，并持续分化，表明GABAERGAGIC成熟度破坏了。在D65处暴露于VPA，在不同的IPSC线中以可变程度重塑了染色质景观，并挽救了某些DS IPSC-GABA观察到的功能障碍的发育。DS-PA-PA-PA-teent IPSC中GABA能分化的染色质景观的全面研究提供了对与DS中与间隔功能障碍相关的表观遗传失调的有价值的见解。此外，IPSC-GABA中VPA引起的染色质变化的详细分析具有改善个性化和靶向抗癫痫疗法的发展。