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全身抗生素和质子泵抑制剂对梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染和复发的综合作用
结果：与对照组相比，最近的PPI和抗生素的综合作用[或AB+PPI = 17.51（17.48–17.53）]对CDI风险的效果强于个人效应[或AB = 15.37（14.83-15.93）；或PPI = 2.65（2.54– 2.76）]。结果在前几个月内暴露不足。剂量 - 反应分析显示，暴露量增加与CDI风险相关[最近使用：或AB = 6.32（6.15–6.49）；或PPI = 1.65（1.62–1.68）每个处方增加]。与没有复发的个体（RCDI）相比，最近[或AB = 1.30（1.23–1.38）]和先前[或AB = 1.23（1.16–1.31）;或PPI = 1.12（1.03–1.21）]使用也影响了复发的风险，但两者之间没有显着相互作用。最近的大环内酯/林糖酰胺/链球菌素；包括硝基咪唑包括衍生物在内的其他抗菌剂；非苯甲霉素β乳糖酰和喹诺酮与CDI风险和复发性最强的关联，尤其是最近使用时。PPI最近和前面的使用都进一步增加了与几乎所有抗生素类别相关的CDI风险。
苯基咪唑抑制梭状芽胞杆菌艰难梭菌enoyl-ACP还原酶II（FABK）的体内评估揭示了令人鼓舞
抽象的梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）是医院获得性腹泻的主要原因，这通常是由于广谱抗生素破坏了肠道菌群的破坏。抗生素耐药性艰难梭菌菌株的患病率不断增加，加上最近抗生素候选物的令人失望的临床试验结果，强调了对新型CDI抗生素的迫切需求。为此，我们研究了艰难梭菌Enoyl ACP还原酶（CD Fabk），这是一种从头脂肪酸合成中的至关重要的酶，是用于抗微生物组抗生素的药物靶标。为了测试这一概念，我们评估了苯基咪唑类似物296的活性的功效和体内谱，该光谱已验证以抑制细胞内CD Fabk。的抑制浓度最小（MIC 90）为2 µg/ml，与Vanymoncin（1 µg/mL）相当，这是一种护理抗生素标准。此外，有296个达到了高结肠浓缩，并在CDI结肠炎中显示出剂量依赖性疗效。给出了296个对艰难梭菌的定殖耐药性，并具有与未处理的小鼠相似的微生物组。相反，万古霉素和虚拟霉素都以与先前的报道一致的方式对小鼠微生物组诱导了显着变化。CD Fabk代表了占微生物组的CDI抗生素的潜在靶标，而苯基咪唑为设计这种剂提供了一个很好的化学起点。
个性化的梭状芽胞杆菌艰难梭菌植入风险预测和益生菌治疗评估
人类肠道的治疗评估。2作者：Alex Carr 1,2，Nitin S. Baliga 1,2,3,4，Christian Diener 1,5，**和Sean M. 3 Gibbons 1,2,6,7，* 4隶属关系：5 6 1 1 6 1 Systems Biology Institute for Systems Biology，Seattle，西雅图，西雅图，华盛顿州西部，美国华盛顿州，美国7 2分子工程学计划 Seattle, WA, USA 9 4 Lawrence Berkeley National Lab, Berkeley, CA, USA 10 5 Diagnostic and Research Institute of Hygiene, Microbiology and Environmental 11 Medicine, Medical University of Graz, Graz, Austria 12 6 Departments of Bioengineering and Genome Sciences, University of Washington, 13 Seattle, WA, USA 14 7 eScience Institute, University of Washington, Seattle, WA, USA 15 * correspondence can be addressed to cdiener@isbscience.org和162作者：Alex Carr 1,2，Nitin S. Baliga 1,2,3,4，Christian Diener 1,5，**和Sean M. 3 Gibbons 1,2,6,7，* 4隶属关系：5 6 1 1 6 1 Systems Biology Institute for Systems Biology，Seattle，西雅图，西雅图，华盛顿州西部，美国华盛顿州，美国7 2分子工程学计划 Seattle, WA, USA 9 4 Lawrence Berkeley National Lab, Berkeley, CA, USA 10 5 Diagnostic and Research Institute of Hygiene, Microbiology and Environmental 11 Medicine, Medical University of Graz, Graz, Austria 12 6 Departments of Bioengineering and Genome Sciences, University of Washington, 13 Seattle, WA, USA 14 7 eScience Institute, University of Washington, Seattle, WA, USA 15 * correspondence can be addressed to cdiener@isbscience.org和16
CAS型IB系统艰难梭菌-RUA
摘要CRISPR-CAS系统为原核宿主提供了针对移动遗传元件的适应性免疫力。许多噬菌体编码抑制宿主防御的抗危机（ACR）蛋白。ACR蛋白的识别由于其尺寸小和高序列多样性而具有挑战性，并且迄今为止仅表征有限的数字。在这项研究中，我们报告了一种新型ACR蛋白Acrib2的发现，该蛋白是由φCD38-2梭状芽胞杆菌艰难梭菌噬菌体编码的，可有效抑制宿主的I型I型CRISPR-CAS系统的干扰，并可能充当DNA模拟物。大多数艰难梭菌菌株包含两个CAS操纵子，一个编码一套全套干扰和适应蛋白，另一种仅编码干扰蛋白。出乎意料的是，我们证明了只有部分操纵子才能进行干扰，并且会受到Acrib2的抑制作用。
艰难梭菌中的 IB 型 Cas 系统
摘要 CRISPR-Cas 系统为原核宿主提供了针对移动遗传元件的适应性免疫。许多噬菌体编码抑制宿主防御的抗 CRISPR (Acr) 蛋白。由于 Acr 蛋白体积小、序列多样性高，因此其鉴定具有挑战性，迄今为止仅对有限数量的 Acr 蛋白进行了表征。在本研究中，我们报告了一种由 φCD38-2 艰难梭菌噬菌体编码的新型 Acr 蛋白 AcrIB2，它能有效抑制宿主 IB 型 CRISPR-Cas 系统的干扰，并可能充当 DNA 模拟物。大多数艰难梭菌菌株含有两个 cas 操纵子，一个编码全套干扰和适应蛋白，另一个仅编码干扰蛋白。出乎意料的是，我们证明只有部分操纵子是干扰所必需的，并且会受到 AcrIB2 的抑制。
肠道菌群与三个临床组（炎症性肠病，艰难梭菌感染和医疗保健工人）相关的梭状芽胞杆菌艰难梭菌运输
摘要：锌离子电池（ZIBS）由于其出色的安全性，低运营成本和环境优势而获得了非常有前途的可充电电池的认可。尽管如此，与水解物相关的固有挑战（包括水分解反应，蒸发和液体泄漏），固定的挑战阻碍了Zibs储能的广泛利用。幸运的是，固态电解质研究的最新进展在解决这些挑战方面具有巨大的潜力。此外，固态电解质的灵活性和新化学性质为其在可穿戴电子设备和多功能设置中的应用提供了更多机会。尽管如此，尽管近年来基于固态电解质的齐布斯的流行日益普及，但固态电解质的发展仍处于早期阶段。弥合存在的巨大差距在固态Zib成为实际现实之前至关重要。本评论介绍了各种类型的ZIB固态电解质的进步，包括纤维分离器，无机添加剂和有机聚合物。此外，它讨论了固态电解质的性能和影响。最后，它概述了固态Zibs开发的未来方向。
使用深神经网络的智能分类和诊断糖尿病和葡萄糖耐受性受损 肠道菌群与三个临床组（炎症性肠病，艰难梭菌感染和医疗保健工人）相关的梭状芽胞杆菌艰难梭菌运输 锌电池的固态电解质的微型景 心血管疾病和糖尿病之间共享途径涉及的分子过程 对治疗和预防的影响 对氨基酸水平和认知di 的影响 DNA基本三重态中的短距离电荷传输 精确肿瘤学是年龄的：设计最佳... 通过波长分辨中子成像揭示电池电解质中温度的影响 一种预防妊娠糖尿病史的亚洲妇女预防2型糖尿病的整体方法：可行性研究和飞行员随机对照试验 血管紧张素转换酶（ACE）抑制剂 - 与肌细胞收缩和心室隔隔发育有关的基因突变，法洛>非伴有四方四边形 呼吸基因治疗的进展
摘要：时间序列分类是数据挖掘中的一个具有挑战性且令人兴奋的问题。根据时间序列进行了分类和诊断的某些疾病。糖尿病是这种情况，可以根据口服葡萄糖耐受性测试（OGTT）的数据进行分析。及时诊断糖尿病对于疾病管理至关重要。糖尿病不会突然出现。取而代之的是，患者表现出葡萄糖耐受性受损的症状，也可以通过葡萄糖耐受性测试来诊断。这项工作使用基于时间序列数据的深神经网络提出了疾病，特定糖尿病和葡萄糖耐受性差的分类和诊断方案。此外，通过Dalla Man和UVA/Padova模型获得了虚拟患者的数据；对实际患者的数据进行了验证。结果表明，深神经网络的精度为96％。这表明DNNS是一个有用的工具，可以在早期检测中改善疾病的诊断和分类。
与人类考古遗迹有关的古代梭菌 DNA 和破伤风神经毒素变体
对人类考古样本中微生物基因组的分析提供了古代病原体的历史快照，并深入了解了现代传染病的起源。在这里，我们分析了来自 38 个人类考古样本的宏基因组数据集，并确定了与现代破伤风梭菌相关的细菌基因组序列，该梭菌会产生破伤风神经毒素 (TeNT) 并导致破伤风。这些基因组组装的完整性水平各不相同，其中一部分显示出古代 DNA 损伤的特征。系统发育分析揭示了已知的破伤风梭菌进化枝以及可能与破伤风梭菌密切相关的新梭菌谱系。基因组组装编码了 13 种具有独特替换谱的 TeNT 变体，包括仅在南美洲古代样本中发现的 TeNT 变体亚组。我们通过实验测试了从智利古代木乃伊样本中选出的 TeNT 变体，发现它会导致小鼠破伤风肌肉麻痹，其效力与现代 TeNT 相当。因此，我们的古代 DNA 分析在考古人类样本中发现了产神经毒素的破伤风梭菌 DNA，以及一种可导致哺乳动物患病的新型 TeNT 变体。
外源 β-葡萄糖苷酶的靶向整合增强了纤维素梭菌中的纤维素降解和乙醇生产
细菌 Clostridium cellulolyticum 是整合生物加工 (CBP) 的有希望的候选者。然而，需要进行基因工程来提高这种生物的纤维素降解和生物转化效率，以满足标准的工业要求。在本研究中，CRISPR-Cas9n 用于将高效的 β -葡萄糖苷酶整合到 C. cellulolyticum 的基因组中，破坏乳酸脱氢酶 ( ldh ) 表达并降低乳酸产量。与野生型相比，工程菌株的 β -葡萄糖苷酶活性增加了 7.4 倍，ldh 表达减少了 70%，纤维素降解增加了 12%，乙醇产量增加了 32%。此外，ldh 被确定为异源表达的潜在位点。这些结果表明，同时进行 β -葡萄糖苷酶整合和乳酸脱氢酶破坏是提高 C. cellulolyticum 中纤维素到乙醇的生物转化率的有效策略。
通过基于 Cas12a 的 CRISPR 干扰对溶剂产气梭菌进行单基因和多基因抑制
构成梭菌属的革兰氏阳性、产芽孢、专性厌氧厚壁菌种具有广泛的原料消耗能力并产生增值代谢产物，但基因操作困难，限制了它们的广泛吸引力。CRISPR-Cas 系统最近已应用于梭菌种，主要使用 Cas9 作为反选择标记与基于质粒的同源重组结合。CRISPR 干扰是一种通过精确靶向核酸酶缺陷型 Cas 效应蛋白来降低特定基因表达的方法。在这里，我们开发了一种基于 dCas12a 的 CRISPR 干扰系统，用于抑制多种中温梭菌种的转录基因。我们表明，与源自其他细菌的 CRISPR Cas 系统相比，由于梭菌种中的 GC 含量低，基于新凶手弗朗西斯菌 Cas12a 的系统具有更广泛的适用性。我们证实，丙酮丁醇梭菌中靶基因的转录水平降低了 99% 以上，巴氏梭菌中靶基因的转录水平降低了 75% 以上。我们还通过使用单个合成 CRISPR 阵列证实了多重抑制，靶基因表达降低了 99%，并阐明了其表达降低的独特代谢特征。总体而言，这项工作为无需基因编辑的高通量遗传筛选奠定了基础，而基因编辑是梭菌群落当前使用的筛选方法的一个关键限制。