XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System梭菌
苯基咪唑抑制梭状芽胞杆菌艰难梭菌enoyl-ACP还原酶II（FABK）的体内评估揭示了令人鼓舞
抽象的梭状芽胞杆菌艰难梭菌感染（CDI）是医院获得性腹泻的主要原因，这通常是由于广谱抗生素破坏了肠道菌群的破坏。抗生素耐药性艰难梭菌菌株的患病率不断增加，加上最近抗生素候选物的令人失望的临床试验结果，强调了对新型CDI抗生素的迫切需求。为此，我们研究了艰难梭菌Enoyl ACP还原酶（CD Fabk），这是一种从头脂肪酸合成中的至关重要的酶，是用于抗微生物组抗生素的药物靶标。为了测试这一概念，我们评估了苯基咪唑类似物296的活性的功效和体内谱，该光谱已验证以抑制细胞内CD Fabk。的抑制浓度最小（MIC 90）为2 µg/ml，与Vanymoncin（1 µg/mL）相当，这是一种护理抗生素标准。此外，有296个达到了高结肠浓缩，并在CDI结肠炎中显示出剂量依赖性疗效。给出了296个对艰难梭菌的定殖耐药性，并具有与未处理的小鼠相似的微生物组。相反，万古霉素和虚拟霉素都以与先前的报道一致的方式对小鼠微生物组诱导了显着变化。CD Fabk代表了占微生物组的CDI抗生素的潜在靶标，而苯基咪唑为设计这种剂提供了一个很好的化学起点。
双质粒诱导型 CRISPR-Cas9 系统在拜氏梭菌中的改造及应用
CRISPR 技术的最新发展为改进梭菌属专用的基因组编辑工具开辟了新的可能性。在本研究中，我们改进了基于该技术的双质粒工具，以便对产生丙酮/丁醇/乙醇 (ABE) 或异丙醇/丁醇/乙醇 (IBE) 混合溶剂的两种拜氏梭菌参考菌株的基因组进行无瘢痕修饰。在 NCIMB 8052 ABE 生产菌株中，SpoIIE 孢子形成因子编码基因的失活导致孢子形成缺陷的突变体，并且通过用功能性 spoIIE 基因补充突变菌株可以恢复此表型。此外，将真菌纤维素酶编码 celA 基因插入拜氏梭菌 NCIMB 8052 染色体中，产生具有内切葡聚糖酶活性的突变体。接下来，我们采用类似的双质粒方法对天然 IBE 产生菌株 C. beijerinckii DSM 6423 的基因组进行编辑，该菌株此前从未进行过基因工程改造。首先，删除赋予甲砜霉素抗性的 catB 基因，使该菌株与我们的双质粒编辑系统兼容。作为概念验证，我们在 C. beijerinckii DSM 6423 Δ catB 中使用了我们的双质粒系统，以去除内源性 pNF2 质粒，从而大幅提高转化效率。
拜氏梭菌中组氨酸激酶的代谢工程用于提高丁醇产量
拜氏梭菌 (Clostridium beijerinckii) 是一种很有前途的丁醇工业生产微生物，但其丁醇产量低且缺乏高效的基因工程工具包。一些负责 Spo0A 磷酸化的组氨酸激酶 (HK) 已被证实是调控溶剂型梭菌 (如丙酮丁醇梭菌) 丁醇生物合成的重要功能组分，但尚未在拜氏梭菌中进行有关 HK 的研究。本研究通过序列比对，筛选出 6 个已注释但尚未鉴定的候选 HK 基因，这些基因与丙酮丁醇梭菌的基因具有部分同源性（不低于 30%）。利用基于 CRISPR-Cas9n 的基因组编辑技术删除这些 HK 基因的编码区。 cbei2073 和 cbei4484 的缺失导致丁醇生物合成发生显著变化，与野生型相比，丁醇产量分别增加了 40.8% 和 17.3% (13.8 g/L 和 11.5 g/L vs. 9.8 g/L)。观察到丁醇生产速率更快，丁醇生产率分别大幅提高了 40.0% 和 20.0%，表明这两个 HK 在调节 C. beijerinckii 细胞代谢中起重要作用。此外，两个 HKs 失活菌株的孢子形成频率分别降低了 96.9% 和 77.4%。与野生型相比，另外四个 HK 缺失突变菌株（包括 cbei2087、cbei2435、cbei4925 和 cbei1553）表现出的表型变化很小。本研究揭示了HKs在拜氏梭菌中孢子形成和溶剂生成中的作用，并提供了一种新的HKs工程化策略来提高代谢物的产量。本研究产生的高丁醇生产菌株在工业生物丁醇生产中具有巨大的潜力。
梭状芽胞杆菌艰难梭菌PCR核糖型046的整个基因组测序表明猪与人之间的传播
梭状芽胞杆菌艰难梭菌（以前是艰难梭菌）是抗生素 - 腹泻腹泻的常见原因，它会导致严重的死亡率和发病率以及医疗保健系统的高成本[1，2]。在千年开始时，PCR核糖型（RT）027在医疗保健环境中的传播将焦点放在c上。艰难梭菌感染（CDI）作为医生疾病[3]。近年来，已经观察到与社区相关的CDI发生率的升高[4]。C的流行病学研究最常见的方法。艰难梭菌，例如PCR核分型和多焦点序列分型（MLST），仅提供适度的分辨率，不足以进行爆发研究[5]。使用核心基因组MLST（CGMLST）或单核苷酸多态性（SNP）分析来分析由整个基因组测序（WGS）产生的数据[6]，并且揭示了医疗保健系统中仅考虑CDI病例的一小部分的传播。这表明无症状的运输或环境源在C的传播中起着重要作用。艰难梭菌[7]。梭状芽胞杆菌艰难梭菌也可以由猪和其他牲畜携带[8]，并已成为新生小猪搜查的原因[9]。使用WGS [10，11]中描述了活股和人之间的潜在传播，尤其是RT078被认为具有人畜共患潜力[12]。2011年，这与瑞典南部的一次基于医院的暴发有关[15]。簇，该RT是2009 - 2013年瑞典人类中最常孤立的RT之一[15]。在同一时间，这是瑞典中部多种繁殖农场的小猪中唯一发现的RT [16]。尚未为RT046建立人畜共患关系，并且克隆多样性，农场内随时间变化，或者目前已知与人类分离株的关系。这项研究的目的是检测瑞典养猪场和人类CDI病例之间RT046的传播，并使用WGS研究猪群中的RT046多样性。使用两个CGMLST方案和一项SNP分析进行了多个分析策略。
皮肤微生物组，皮肤健康与疾病
抽象的微生物组不仅存在于肠道中，还存在于口腔，鼻腔，呼吸道，生殖和尿路以及皮肤中。皮肤中的微生物组在整个皮肤中存在，尽管与肠道和口腔中的微生物组相比，每单位面积的细菌数量在10 5 /cm 2时较小。免疫学教科书指出，皮肤是防止外来物质和病原体从外部进行的障碍，并且皮肤微生物组充当生物障碍，但直到本世纪初，这几乎是一个谜，这几乎是一个谜，皮肤微生物组与人类健康和疾病之间的关系如何。随着下一代测序（NGS）分析的最新进展，已经揭示了皮肤微生物组的组成，以及皮肤稳态的维持与调节引起的各种皮肤疾病之间的关系逐渐变得明确。
儿童中的粪便菌群移植：系统评价
美国小儿胃肠病学，肝病学和营养学会以及欧洲小儿胃肠病学，肝病学和营养学会。J Pediatr胃肠道Nutr。2019; 68（1）：130-43。 5。 Fareed S，Sarode N，Stewart FJ等。 应用粪便微生物群移植（FMT）来治疗儿童的艰难梭菌感染（RCDI）。 peerj。 2018; 6：E4663。 6。 Zhang XY，Wang YZ，Li XL等。 中国儿童中粪便菌群转移的安全性：一项单中心回顾性研究。 世界J临床病例。 2018; 6（16）：1121-7。 7。 Quraishi MN，Widlak M，Bhala N等。 进行荟萃分析的系统审查：粪便菌群移植对复发和难治性艰难梭菌的治疗的功效。 Aliment Pharmacol Ther。 2017; 46（5）：479-93。 8。 Brumbaugh de，de Zoeten EF，Pyo-Twist A等。 胃内粪便微生物群移植计划用于治疗儿童的艰难梭菌的相互作用梭状芽胞杆菌是有效的，安全的且不足的。 J Pediatr。 2018; 194：123-7。 9。 Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。2019; 68（1）：130-43。5。Fareed S，Sarode N，Stewart FJ等。应用粪便微生物群移植（FMT）来治疗儿童的艰难梭菌感染（RCDI）。peerj。2018; 6：E4663。 6。 Zhang XY，Wang YZ，Li XL等。 中国儿童中粪便菌群转移的安全性：一项单中心回顾性研究。 世界J临床病例。 2018; 6（16）：1121-7。 7。 Quraishi MN，Widlak M，Bhala N等。 进行荟萃分析的系统审查：粪便菌群移植对复发和难治性艰难梭菌的治疗的功效。 Aliment Pharmacol Ther。 2017; 46（5）：479-93。 8。 Brumbaugh de，de Zoeten EF，Pyo-Twist A等。 胃内粪便微生物群移植计划用于治疗儿童的艰难梭菌的相互作用梭状芽胞杆菌是有效的，安全的且不足的。 J Pediatr。 2018; 194：123-7。 9。 Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。2018; 6：E4663。6。Zhang XY，Wang YZ，Li XL等。 中国儿童中粪便菌群转移的安全性：一项单中心回顾性研究。 世界J临床病例。 2018; 6（16）：1121-7。 7。 Quraishi MN，Widlak M，Bhala N等。 进行荟萃分析的系统审查：粪便菌群移植对复发和难治性艰难梭菌的治疗的功效。 Aliment Pharmacol Ther。 2017; 46（5）：479-93。 8。 Brumbaugh de，de Zoeten EF，Pyo-Twist A等。 胃内粪便微生物群移植计划用于治疗儿童的艰难梭菌的相互作用梭状芽胞杆菌是有效的，安全的且不足的。 J Pediatr。 2018; 194：123-7。 9。 Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。Zhang XY，Wang YZ，Li XL等。中国儿童中粪便菌群转移的安全性：一项单中心回顾性研究。世界J临床病例。2018; 6（16）：1121-7。 7。 Quraishi MN，Widlak M，Bhala N等。 进行荟萃分析的系统审查：粪便菌群移植对复发和难治性艰难梭菌的治疗的功效。 Aliment Pharmacol Ther。 2017; 46（5）：479-93。 8。 Brumbaugh de，de Zoeten EF，Pyo-Twist A等。 胃内粪便微生物群移植计划用于治疗儿童的艰难梭菌的相互作用梭状芽胞杆菌是有效的，安全的且不足的。 J Pediatr。 2018; 194：123-7。 9。 Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。2018; 6（16）：1121-7。7。Quraishi MN，Widlak M，Bhala N等。 进行荟萃分析的系统审查：粪便菌群移植对复发和难治性艰难梭菌的治疗的功效。 Aliment Pharmacol Ther。 2017; 46（5）：479-93。 8。 Brumbaugh de，de Zoeten EF，Pyo-Twist A等。 胃内粪便微生物群移植计划用于治疗儿童的艰难梭菌的相互作用梭状芽胞杆菌是有效的，安全的且不足的。 J Pediatr。 2018; 194：123-7。 9。 Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。Quraishi MN，Widlak M，Bhala N等。进行荟萃分析的系统审查：粪便菌群移植对复发和难治性艰难梭菌的治疗的功效。Aliment Pharmacol Ther。2017; 46（5）：479-93。 8。 Brumbaugh de，de Zoeten EF，Pyo-Twist A等。 胃内粪便微生物群移植计划用于治疗儿童的艰难梭菌的相互作用梭状芽胞杆菌是有效的，安全的且不足的。 J Pediatr。 2018; 194：123-7。 9。 Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。2017; 46（5）：479-93。8。Brumbaugh de，de Zoeten EF，Pyo-Twist A等。胃内粪便微生物群移植计划用于治疗儿童的艰难梭菌的相互作用梭状芽胞杆菌是有效的，安全的且不足的。J Pediatr。2018; 194：123-7。 9。 Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。2018; 194：123-7。9。Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。 粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。 开放论坛感染。 2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。Hourigan SK，Ahn M，Gibson KM等。粪便艰难梭菌儿童中的粪便移植可持续减少抗微症的耐药性和潜在的病原体负担。开放论坛感染。2019; 6（10）：OFZ379。 doi：10.1093/ofid/ofz379 10。 Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。2019; 6（10）：OFZ379。doi：10.1093/ofid/ofz379 10。Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。 Aliment Pharmacol Ther。Hourigan SK，Chen LA，Grigoryan Z等。Aliment Pharmacol Ther。微生物组的变化与患有和不发炎性肠病的儿童粪便微生物群移植后持续根除艰难梭菌有关。2015; 42（6）：741-52。 11。 li X，Gao X，Hu H等。 粪便微生物群移植后的临床疗效和微生物组的变化在艰难梭菌感染的儿童中。 前微生物。 2018; 9：2622。 12。 Nicholson MR，Mitchell PD，Alexander E等。 粪便中的粪便对艰难梭菌感染的疗效。 临床胃肠道乙醇。 2020; 18（3）：612-9。 13。 Barnes D，Ng K，Smits S，Sonnenburg J，Kassam Z，Park KT。 竞争性选择的供体粪便微生物群移植：作为供体质量的量度的浓度和多样性。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2018; 67（2）：185-7。 14。 Zeky N.艰难梭菌感染的儿科患者的住院和门诊粪便菌群移植。 实践胃肠道。 2020; 44（7）：38-46。 15。 Drewes JL，Corona A，Sanchez U等。 在粪便微生物群移植期间，反复发作的梭状芽胞杆菌艰难梭菌的传播和明确的procarcinogic细菌。 JCI Insight。 2019; 4（19）：E130848。 16。 Bluestone H，Kronman MP，Suskind DL。 粪便微生物群移植，用于小儿造成的He-Matopoietic干细胞移植受者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 17。2015; 42（6）：741-52。11。li X，Gao X，Hu H等。粪便微生物群移植后的临床疗效和微生物组的变化在艰难梭菌感染的儿童中。前微生物。2018; 9：2622。12。Nicholson MR，Mitchell PD，Alexander E等。 粪便中的粪便对艰难梭菌感染的疗效。 临床胃肠道乙醇。 2020; 18（3）：612-9。 13。 Barnes D，Ng K，Smits S，Sonnenburg J，Kassam Z，Park KT。 竞争性选择的供体粪便微生物群移植：作为供体质量的量度的浓度和多样性。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2018; 67（2）：185-7。 14。 Zeky N.艰难梭菌感染的儿科患者的住院和门诊粪便菌群移植。 实践胃肠道。 2020; 44（7）：38-46。 15。 Drewes JL，Corona A，Sanchez U等。 在粪便微生物群移植期间，反复发作的梭状芽胞杆菌艰难梭菌的传播和明确的procarcinogic细菌。 JCI Insight。 2019; 4（19）：E130848。 16。 Bluestone H，Kronman MP，Suskind DL。 粪便微生物群移植，用于小儿造成的He-Matopoietic干细胞移植受者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 17。Nicholson MR，Mitchell PD，Alexander E等。粪便中的粪便对艰难梭菌感染的疗效。临床胃肠道乙醇。2020; 18（3）：612-9。13。Barnes D，Ng K，Smits S，Sonnenburg J，Kassam Z，Park KT。 竞争性选择的供体粪便微生物群移植：作为供体质量的量度的浓度和多样性。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2018; 67（2）：185-7。 14。 Zeky N.艰难梭菌感染的儿科患者的住院和门诊粪便菌群移植。 实践胃肠道。 2020; 44（7）：38-46。 15。 Drewes JL，Corona A，Sanchez U等。 在粪便微生物群移植期间，反复发作的梭状芽胞杆菌艰难梭菌的传播和明确的procarcinogic细菌。 JCI Insight。 2019; 4（19）：E130848。 16。 Bluestone H，Kronman MP，Suskind DL。 粪便微生物群移植，用于小儿造成的He-Matopoietic干细胞移植受者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 17。Barnes D，Ng K，Smits S，Sonnenburg J，Kassam Z，Park KT。竞争性选择的供体粪便微生物群移植：作为供体质量的量度的浓度和多样性。J Pediatr胃肠道Nutr。2018; 67（2）：185-7。 14。 Zeky N.艰难梭菌感染的儿科患者的住院和门诊粪便菌群移植。 实践胃肠道。 2020; 44（7）：38-46。 15。 Drewes JL，Corona A，Sanchez U等。 在粪便微生物群移植期间，反复发作的梭状芽胞杆菌艰难梭菌的传播和明确的procarcinogic细菌。 JCI Insight。 2019; 4（19）：E130848。 16。 Bluestone H，Kronman MP，Suskind DL。 粪便微生物群移植，用于小儿造成的He-Matopoietic干细胞移植受者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 17。2018; 67（2）：185-7。14。Zeky N.艰难梭菌感染的儿科患者的住院和门诊粪便菌群移植。实践胃肠道。2020; 44（7）：38-46。15。Drewes JL，Corona A，Sanchez U等。在粪便微生物群移植期间，反复发作的梭状芽胞杆菌艰难梭菌的传播和明确的procarcinogic细菌。JCI Insight。 2019; 4（19）：E130848。 16。 Bluestone H，Kronman MP，Suskind DL。 粪便微生物群移植，用于小儿造成的He-Matopoietic干细胞移植受者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 17。JCI Insight。2019; 4（19）：E130848。 16。 Bluestone H，Kronman MP，Suskind DL。 粪便微生物群移植，用于小儿造成的He-Matopoietic干细胞移植受者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 17。2019; 4（19）：E130848。16。Bluestone H，Kronman MP，Suskind DL。粪便微生物群移植，用于小儿造成的He-Matopoietic干细胞移植受者的复发性梭状芽胞杆菌感染。17。儿科感染soc。2018; 7（1）：E6-E8。 Chen LA，Hourigan S，Radin A等。 粪便菌群移植后6个月内的胆汁酸成分在艰难梭菌感染的儿童中发生了6个月的变化：2016 ACG总统期海报奖。 Am J胃肠道。 2016; 111：S453-S454。 18。 CHO S，Spencer E，Hirten R，Grinspan A，Dubinsky MC。 粪便中的粪便中，用于小儿炎症性肠病中艰难梭菌感染的复发性梭状芽胞杆菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2019; 68（3）：343-7。 19。 Kronman MP，Nielson HJ，Adler AL等。 粪便微生物群通过鼻胃管转移了小儿患者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2015; 60（1）：23-6。 20。 Pierog A，Mencin A，Reilly NR。 粪便菌群复发性艰难梭菌感染儿童的移植。 儿科感染Dis J. 2014; 33（11）：1198-200。 21。 Russell GH，Kaplan JL，Youngster I等。 粪便移植用于患有炎症性肠病和炎症性炎症性疾病的儿童艰难梭菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2014; 58（5）：588-92。2018; 7（1）：E6-E8。Chen LA，Hourigan S，Radin A等。粪便菌群移植后6个月内的胆汁酸成分在艰难梭菌感染的儿童中发生了6个月的变化：2016 ACG总统期海报奖。Am J胃肠道。2016; 111：S453-S454。 18。 CHO S，Spencer E，Hirten R，Grinspan A，Dubinsky MC。 粪便中的粪便中，用于小儿炎症性肠病中艰难梭菌感染的复发性梭状芽胞杆菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2019; 68（3）：343-7。 19。 Kronman MP，Nielson HJ，Adler AL等。 粪便微生物群通过鼻胃管转移了小儿患者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2015; 60（1）：23-6。 20。 Pierog A，Mencin A，Reilly NR。 粪便菌群复发性艰难梭菌感染儿童的移植。 儿科感染Dis J. 2014; 33（11）：1198-200。 21。 Russell GH，Kaplan JL，Youngster I等。 粪便移植用于患有炎症性肠病和炎症性炎症性疾病的儿童艰难梭菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2014; 58（5）：588-92。2016; 111：S453-S454。18。CHO S，Spencer E，Hirten R，Grinspan A，Dubinsky MC。粪便中的粪便中，用于小儿炎症性肠病中艰难梭菌感染的复发性梭状芽胞杆菌感染。J Pediatr胃肠道Nutr。2019; 68（3）：343-7。 19。 Kronman MP，Nielson HJ，Adler AL等。 粪便微生物群通过鼻胃管转移了小儿患者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2015; 60（1）：23-6。 20。 Pierog A，Mencin A，Reilly NR。 粪便菌群复发性艰难梭菌感染儿童的移植。 儿科感染Dis J. 2014; 33（11）：1198-200。 21。 Russell GH，Kaplan JL，Youngster I等。 粪便移植用于患有炎症性肠病和炎症性炎症性疾病的儿童艰难梭菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2014; 58（5）：588-92。2019; 68（3）：343-7。19。Kronman MP，Nielson HJ，Adler AL等。 粪便微生物群通过鼻胃管转移了小儿患者的复发性梭状芽胞杆菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2015; 60（1）：23-6。 20。 Pierog A，Mencin A，Reilly NR。 粪便菌群复发性艰难梭菌感染儿童的移植。 儿科感染Dis J. 2014; 33（11）：1198-200。 21。 Russell GH，Kaplan JL，Youngster I等。 粪便移植用于患有炎症性肠病和炎症性炎症性疾病的儿童艰难梭菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2014; 58（5）：588-92。Kronman MP，Nielson HJ，Adler AL等。粪便微生物群通过鼻胃管转移了小儿患者的复发性梭状芽胞杆菌感染。J Pediatr胃肠道Nutr。2015; 60（1）：23-6。 20。 Pierog A，Mencin A，Reilly NR。 粪便菌群复发性艰难梭菌感染儿童的移植。 儿科感染Dis J. 2014; 33（11）：1198-200。 21。 Russell GH，Kaplan JL，Youngster I等。 粪便移植用于患有炎症性肠病和炎症性炎症性疾病的儿童艰难梭菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2014; 58（5）：588-92。2015; 60（1）：23-6。20。Pierog A，Mencin A，Reilly NR。粪便菌群复发性艰难梭菌感染儿童的移植。儿科感染Dis J.2014; 33（11）：1198-200。 21。 Russell GH，Kaplan JL，Youngster I等。 粪便移植用于患有炎症性肠病和炎症性炎症性疾病的儿童艰难梭菌感染。 J Pediatr胃肠道Nutr。 2014; 58（5）：588-92。2014; 33（11）：1198-200。21。Russell GH，Kaplan JL，Youngster I等。粪便移植用于患有炎症性肠病和炎症性炎症性疾病的儿童艰难梭菌感染。J Pediatr胃肠道Nutr。2014; 58（5）：588-92。2014; 58（5）：588-92。
附则1无菌药品的制造(Manufacture of Sterile Medicinal ...
The manufacture of sterile products covers a wide range of sterile product types (active substance, excipient, primary packaging material and finished dosage form), packed sizes (single unit to multiple units), processes (from highly automated systems to manual processes) and technologies (e.g. biotechnology, classical small molecule manufacturing systems and closed systems). This Annex provides general guidance that should be used in the design and control of facilities, equipment, systems and procedures used for the manufacture of all sterile products applying the principles of Quality Risk Management (QRM), to ensure that microbial, particulate and endotoxin/pyrogen contamination is prevented in the final product. QRM 完全適用於本文件各章節，通常不會於特定 段落中再提及。在指出特定限量、頻率或範圍的地 方，這些應被視為最低要求；之所以加以陳述，是 基於監管經驗識別出且影響患者安全的歷史事件。
纤维素分解菌热纤梭菌中 IB 型和 II 型 CRISPR/Cas 基因组编辑系统的开发
C. thermocellum 强大的木质纤维素溶解活性使其成为生物燃料生产综合生物加工的最佳候选者。C. thermocellum 的遗传技术落后于模式生物，从而限制了改进生物燃料生产的尝试。为了提高对 C. thermocellum 进行工程改造的能力，我们表征了天然的 I-B 型和异源的 II 型成簇的规律间隔短回文重复 (CRISPR)/cas（CRISPR 相关）系统。我们将天然的 I-B 型系统重新用于基因组编辑。我们测试了三种嗜热 Cas9 变体（II 型），发现从 Geobacillus stear-othermophilus 中分离的 GeoCas9 在 C. thermocellum 中具有活性。我们采用 CRISPR 介导的同源定向修复将无义突变引入 pyrF 。对于这两种编辑系统，修复模板和基因组之间的同源重组似乎是限制步骤。为了克服这一限制，我们测试了三种新型嗜热重组酶，并证明从 Acidithiobacillus caldus 中分离的 exo / beta 同源物在 C. thermocellum 中具有功能性。对于 I-B 型系统，一种名为 LL1586 的工程菌株在 pyrF 基因座处产生了 40% 的基因组编辑效率，当表达重组机制时，这一效率增加到 71%。对于 II 型 GeoCas9 系统，观察到 12.5% 的基因组编辑效率，当表达重组机制时，这一效率增加到 94%。通过将嗜热 CRISPR 系统（I-B 型或 II 型）与重组酶相结合，我们开发了一种可实现高效 CRISPR 编辑的新工具。现在，我们准备利用 CRISPR 技术更好地改造 C. thermocellum，以增加木质纤维素降解和生物燃料生产。
通过基于 Cas12a 的 CRISPR 干扰对溶剂产气梭菌进行单基因和多基因抑制
构成梭菌属的革兰氏阳性、产芽孢、专性厌氧厚壁菌种具有广泛的原料消耗能力并产生增值代谢产物，但基因操作困难，限制了它们的广泛吸引力。CRISPR-Cas 系统最近已应用于梭菌种，主要使用 Cas9 作为反选择标记与基于质粒的同源重组结合。CRISPR 干扰是一种通过精确靶向核酸酶缺陷型 Cas 效应蛋白来降低特定基因表达的方法。在这里，我们开发了一种基于 dCas12a 的 CRISPR 干扰系统，用于抑制多种中温梭菌种的转录基因。我们表明，与源自其他细菌的 CRISPR Cas 系统相比，由于梭菌种中的 GC 含量低，基于新凶手弗朗西斯菌 Cas12a 的系统具有更广泛的适用性。我们证实，丙酮丁醇梭菌中靶基因的转录水平降低了 99% 以上，巴氏梭菌中靶基因的转录水平降低了 75% 以上。我们还通过使用单个合成 CRISPR 阵列证实了多重抑制，靶基因表达降低了 99%，并阐明了其表达降低的独特代谢特征。总体而言，这项工作为无需基因编辑的高通量遗传筛选奠定了基础，而基因编辑是梭菌群落当前使用的筛选方法的一个关键限制。
改良产气荚膜梭菌肠毒素靶向 claudin 过度表达的甲状腺癌和肺癌
产气荚膜梭菌肠毒素 (CPE) 可用于消除细胞表面 CPE 受体（一种 claudins 亚群，例如 Cldn3 和 Cldn4）过表达的癌细胞。但是，CPE 无法靶向仅表达 CPE 不敏感 claudins（例如 Cldn1 和 Cldn5）的肿瘤。为了克服这一限制，使用结构引导修饰来生成可以与 Cldn1、Cldn2 和/或 Cldn5 强结合的 CPE 变体，同时保持与 Cldn3 和 Cldn4 结合的能力。这使得 (a) 能够靶向最常见的内分泌恶性肿瘤，即 Cldn1 过表达的甲状腺癌，以及 (b) 能够更好地靶向全球最常见的癌症类型，即非小细胞肺癌 (NSCLC)，该类型的特点是高表达几种 claudins，包括 Cldn1 和 Cldn5。不同的 CPE 变体，包括新型突变体 CPE-Mut3 (S231R/S313H)，被应用于甲状腺癌 (K1 细胞) 和 NSCLC (PC-9 细胞) 模型。体外实验中，CPE-Mut3 而非 CPEwt 表现出对 K1 细胞的 Cldn1 依赖性结合和细胞毒性。对于 PC-9 细胞，与 CPEwt 相比，CPE-Mut3 改善了紧密连接蛋白依赖性的细胞毒性靶向性。体内实验中，在带有 K1 或 PC-9 肿瘤的异种移植模型中瘤内注射 CPE-Mut3 可诱导坏死并减缓两种肿瘤类型的生长。因此，通过使用新型 CPE-Mut3，定向修饰 CPE 能够消灭 CPEwt 无法靶向的肿瘤实体，例如过表达 Cldn1 的甲状腺癌。