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外染色体DNA（ECDNA）是癌症局灶性致癌基因扩增的中心机制，发生在大约15％的早期癌症和30％的晚期癌症中。ECDNA通过动态调节基因拷贝数并重新启动基因调节网络，驱动肿瘤形成，进化和耐药性。阐明ECDNA扩增的基因组结构对于理解肿瘤病理学和开发更有效的疗法至关重要。 配对的末端短阅读（Illumina）测序和映射已被用来使用断点图表示eCDNA扩增，其中将ECDNA的推断架构编码为图中的循环。 断点图的遍历已用于成功预测癌症样品中的ECDNA。 然而，在识别断点，复杂的重排和内部重复的鉴定以及ECDNA结构的细胞到细胞异质性的反卷积方面，短阅读技术在识别中固有限制。 长读技术，例如来自牛津纳米孔技术，具有改进推理的潜力，因为读取较长在映射结构变体方面更好，并且更有可能跨越重新排列或重复的区域。 在这里，我们提出了珊瑚（通过长读数的扩增完全重建），用于使用长阅读数据重建ecdna架构。 珊瑚重建可能使用二次编程的循环档案，同时优化重建的简约，解释了拷贝数和长阅读映射的一致性。 可用性：https：//github.com/ampliconsuite/coral阐明ECDNA扩增的基因组结构对于理解肿瘤病理学和开发更有效的疗法至关重要。配对的末端短阅读（Illumina）测序和映射已被用来使用断点图表示eCDNA扩增，其中将ECDNA的推断架构编码为图中的循环。断点图的遍历已用于成功预测癌症样品中的ECDNA。然而，在识别断点，复杂的重排和内部重复的鉴定以及ECDNA结构的细胞到细胞异质性的反卷积方面，短阅读技术在识别中固有限制。长读技术，例如来自牛津纳米孔技术，具有改进推理的潜力，因为读取较长在映射结构变体方面更好，并且更有可能跨越重新排列或重复的区域。在这里，我们提出了珊瑚（通过长读数的扩增完全重建），用于使用长阅读数据重建ecdna架构。珊瑚重建可能使用二次编程的循环档案，同时优化重建的简约，解释了拷贝数和长阅读映射的一致性。可用性：https：//github.com/ampliconsuite/coral与以前的基于简读的工具相比，珊瑚在广泛的模拟和9个数据集中的重建基本上改善了重建。随着长阅读的用法变得广泛，我们预计珊瑚将成为培养肿瘤中局灶性扩增的景观和演变的宝贵工具。
2021-06-19 夸贾林环礁沙漏 - 美国陆军驻地
那么，这座火山岛周围的珊瑚礁是何时形成的呢？美国地质调查局长期从事海洋矿产研究的科学家詹姆斯·海因博士给出了答案：大约 5600 万年前。从那时起，单个珊瑚群开始沿着岛屿边缘形成，并长成更大的群落，最终在岛屿边缘融合在一起，形成一个连绵不断的珊瑚动物群，我们称之为裙礁。这是环礁形成的第二个重大转变阶段。美国国家海洋和大气管理局称，岛屿周围的裙礁需要 1 万年才能形成。该机构表示，如果这些条件保持有利，那么在未来 10 万年里，珊瑚礁将继续扩大。
绘制东南亚气候适应型发展蓝图
该地区的生物多样性也是一项重要资源。该地区拥有全球三分之一的红树林和三个全球生物多样性丰富的国家，其陆地和海洋自然地形不仅为东南亚的丰富多彩增添了色彩，而且是生命线，提供超越边界的生态系统服务。在东南亚，有一些自然资源的景观和海景管理是跨境的，面积大。珊瑚三角区是世界上生物多样性最丰富的地区之一，拥有 500 多种珊瑚，横跨菲律宾、马来西亚、印度尼西亚、巴布亚新几内亚、所罗门群岛和东帝汶。婆罗洲之心是最大的完整跨境雨林之一，由文莱、马来西亚和印度尼西亚管理。湄公河下游流域横跨缅甸、老挝、泰国、柬埔寨和越南。它是亚洲的“粮仓”，也是世界上生物多样性最丰富的地区之一。
附录 J 补充航空母舰海事调查
执行摘要 千克码头是一个 400 英尺（122 米）长的弹药码头，位于关岛阿普拉港的奥罗特半岛。码头是阿普拉港海军综合体的一部分（图 1）。为了容纳新型补给船，必须扩建码头。目前正在编制一份环境影响报告，以解决潜在的环境问题。本报告旨在为环境影响报告流程提供支持的补充信息。关岛位于热带西太平洋，是马里亚纳群岛最南端和最大的岛屿。关岛属于被称为印度洋-太平洋的海洋生物地理区域。该地区被广泛认为是世界上最多样化的珊瑚、鱼类和其他相关珊瑚礁生物群落的支持地。2004 年，对千克码头周围海洋群落的详细定量研究完成，该地区被划分为十个不同的栖息地（图 2）。本次研究旨在为阿普拉港前方的半岛其余部分提供可比较的详细信息。我们的研究结果简要总结如下：• 礁石珊瑚是奥罗特角和苏梅湾入口水道之间 3 至 100 英尺（1 – 31 米）深度区域的主要底栖生物。• 在整个区域内，Porites rus 是主要珊瑚物种，尽管其主要地位在研究区域的东端和西端以及深度超过 70 英尺（22 米）的地方不太明显。• 根据六项全球标准，奥罗特角和苏梅湾入口水道之间的珊瑚礁具有生物学意义：1) 活珊瑚覆盖的海底百分比，2 – 4) 珊瑚的大小频率分布、生长形式和表面健康状况，5 – 6) 珊瑚礁的物理复杂性和粗糙度。 • 毗邻 Kilo Wharf 的裙礁和裙礁斜坡区域与面向阿普拉港的半岛其他部分的裙礁和裙礁斜坡并无太大差异。 • 在研究区域内发现了两种海龟，即濒危的玳瑁和受威胁的绿海龟。 • 观察到一种受关注的海洋鱼类物种——苏眉鱼 (Cheilinus undulatus)。 • 整个阿普拉港已被指定为基本鱼类栖息地 (EFH)；但是，奥罗特半岛尚未被指定为 EFH 特别关注栖息地 (HAPC)。指定 HAPC 有四个标准，只需满足其中一个标准即可。半岛的大部分地区满足指定为 HAPC 的四个标准中的两个。奥罗特角和苏梅湾入口水道之间 3 至 100 英尺（1 - 31 米）深度范围内的海洋环境表现出高度的均匀性。基洛码头附近的珊瑚礁区域提供的生态价值与半岛其余部分提供的生态价值没有实质性差异。从珊瑚、珊瑚礁和相关生物的角度来看，所有这些地点都具有重要意义。
揭示环境因素与珊瑚免疫之间的联系：对Acropora cervicornis中荧光蛋白表达和苯酚氧化酶活性的研究
由于气候变化而导致的环境状况恶化，严重影响了全球珊瑚礁的健康。因此，了解珊瑚如何对温度和/或极端太阳照射的极端水平和/或太阳照射的响应将指导该宝贵生态系统的未来保护和恢复工作。在此，我们介绍了一项研究，濒临灭绝的珊瑚Acropora cervicornis对水温（WT），光强度（LI）和水深度的季节性波动的免疫反应。免疫反应，这是一种参与光保护蛋白黑色素的生物合成的酶。为了研究这些反应，在12个月的时间内以三个月的间隔测量了视觉健康的A. cervicornis片段，深度为12 m，GFP，CYPF和PO活性。在此期间，还测量了每个深度的海水温度和光强度。使用一般线性混合模型来确定WT，LI和水深对免疫蛋白的季节性变化的影响。GFP，CYFP和PO活动在随着时间的流逝差异很大 - 在夏末/秋季秋末/秋季较低，在冬季晚期/早春较低。同样，WT和LI显着影响GFP，CYFP和PO活动。另一方面，水深仅对荧光蛋白浓度有显着影响，而不是PO活性。我们的研究表明，珊瑚可以在自然季节性爆发中调节这些关键的免疫相关蛋白质。也就是说，在较高的热和光条件下增加的几个月，同时在轻度的热和光条件下减少了几个月。
NRL 100 S&E 贡献
影响：海军研究实验室于 1939 年发明、开发并安装了美国第一台可操作的雷达 XAF，该雷达安装在纽约号战舰上。它很快被转移到工业界进行生产。到珍珠港事件发生时，已有 20 个雷达装置投入使用。这种类型的雷达为珊瑚海、中途岛和瓜达尔卡纳尔岛的胜利做出了贡献。在珊瑚海战役中得到的经验教训之一是，每艘航母都应配备两台远程雷达。雷达的发明及其衍生的发展（例如单脉冲雷达和超视距雷达）是现代军事力量的基础之一。作为导航和监视传感器，雷达在民用交通系统的运行、气象预报、天文学和自动化以及其他用途中发挥着重要作用。
第四太平洋太平洋气候变化会议
海面温度（SST）在整个太平洋地区一直在变暖，如过去40年的观察记录中所示。这种变暖与观察到的海洋热浪频率和持续时间（MHW），海洋温度异常高的时期有关，这些趋势可能会随着进一步的全球变暖而继续。MHWS对渔业和海洋生态系统产生了严重影响，包括提供关键栖息地，沿海防御和/或生态系统服务的渔业和生态系统（例如，珊瑚礁，海草）。对于许多严重依赖沿海和海洋资源来用于粮食安全和生计的太平洋岛国尤其重要。长时间暴露于过多的海洋热也会导致珊瑚应力反应称为珊瑚漂白。虽然珊瑚可以从漂白发作中恢复，但随着MHWS的频率和持续时间的增加，这会变得更具挑战性，从而减少了连续事件之间可用的恢复时间。度加热周（DHW）是一种常用的度量，该指标估计了珊瑚应力，考虑到MHW事件的长度和幅度。通过分析气候模型预测，我们可以更好地了解短期和长期变暖海洋和MHW的变化。这可以帮助为计划策略和适应性响应提供信息。作为瓦努阿图（Van-kirap）弹性开发的GCF资助的项目气候信息服务的一部分，在当前和未来的气候条件下，vanuatu（van-kirap）的海洋变暖和MHW的区域差异。SST和MHW指标是在历史时期和低（SSP126）和高（SSP585）排放途径的未来预测中提出的。未来的MHW预计在高排放情况下会达到危险水平，对粮食安全，生计和沿海防御产生了严重影响。比较结果强调了遵循低排放场景的重要性，该场景显示出更为适中的预计变化。在DHW分析中，对Van-Kirap Fisheries专家确定的位置的DHW分析也很明显。
底栖生物影像的人工智能方法
Google Scholar 上使用搜索词“CNN”、“物体检测分类”和“底栖”或“珊瑚”或“浮游生物”或“鱼类”的出版物数量，这表明在主要海洋生态学领域中使用 CNN 执行此类任务的热情高涨。
职位描述沿海和海洋生物多样性顾问（4T）项目描述印度尼西亚，马来西亚，巴布亚新几内尼亚的沿海和海洋地区
职位描述沿海和海洋生物多样性顾问（4T）项目描述印度尼西亚，马来西亚，巴布亚新几内亚，菲律宾，菲律宾，所罗门群岛和帝汶 - 所谓的珊瑚三角（CT）的沿海和海洋地区 - 代表海洋生物多样性的全球全球生物多样性中心。相关的生态系统商品和服务提供了当地生计和国家蓝色经济体的来源，但与此同时，由于人类和气候变化引起的压力因素，它们越来越有风险。珊瑚三角的巨大规模及其复杂的生态连通性模式需要大规模的管理和保护其海洋资源的方法。在共同实施的珊瑚礁，渔业和粮食安全（CTI-CFF）的共同实施的珊瑚三角举措下，六个CT国家的政府以及一系列国家和地区伙伴的政府已经发起了针对性的努力，尤其着重于三个跨界海景。目前，这些处于不同的阶段，在关键政策框架和能力中剩下差距。区域计划“针对珊瑚三角的海洋和沿海弹性解决方案”（SOMACORE）旨在支持国家和地区利益相关者在六个CT国家的多层次方法中扩大验证的实践的努力。每个国家和海景的预见措施和活动包括对制定和实施部门战略和行动计划的支持，以及在地方和国家一级促进跨部门合作。扩展成功解决方案是该计划的核心，并且通过在不同层面的工作和不同利益相关者群体的参与得到支持。知识交流，联合学习，能力发展，技术支持和政策倡导旨在促进良好实践的复制。giz负责协调该计划的产出和结果的努力，并与六个CT国家的政府，珊瑚礁珊瑚礁，渔业和粮食安全（CTI-CFF）的珊瑚三角倡议的区域秘书处（CTI-CFF）以及全球范围内，国家和地区开展业务。在菲律宾，GIZ与生物多样性和渔业部门的关键参与者紧密合作，特别是与环境与自然资源部的生物多样性管理局，以及农业部的渔业和水生资源局，重点介绍了基于生态系统资源管理和基于生态资源的基于地区资源管理的菲律宾菲律宾组合中的有效地区的保护惯例。主要角色沿海和海洋生物多样性协调员/顾问将协调基于生态系统的资源管理活动在菲律宾的实施，重点是Sulu-Sulawesi海景。此角色包括对海洋保护区和MPA网络的技术和行政支持的贡献，在国家和地方层面威胁和迁徙海洋利益相关者。