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World File Search System生物群落
通过硫酸盐还原细菌修饰的细菌驱动在缺氧海洋沉积物中的微生物群落组装
抽象硫酸盐还原细菌（SRB）是在缺氧海洋环境中降解有机物（OM）的必不可少的功能性微生物分类群。但是，关于SRB如何调节微生物群落的实验数据很少。在这里，我们通过抑制SRB来阐明其在OM退化期间对微生物群落的贡献，采用了自上而下的微生物社区管理方法。基于五个不同的孵化阶段的高度复制的缩影（n = 20），我们发现在抑制SRB（包括组成，结构，网络和社区组装过程）后，许多微生物群落特性受到影响。我们还通过正频依赖性选择发现了SRB和其他丰富的系统发育局部之间的强共存模式。Fami的相对丰度在抑制OM降解期间抑制SRB后同时抑制SRB后，同时抑制了Srixibaccaceae，Dethiosulfatibactacteraceae，prolixibacteraceae，Marinilabiliaceae和Mariniieae。SRB与共存分类单元之间的Marinilabiliales之间的密切关联是最突出的。他们在网络演替期间有助于保存的模块，是介导网络社区的基石节点，并有助于同质的生态选择。对海洋质体分离菌株的钼耐受性检验表明，抑制的SRB（不是SRB本身的抑制剂）触发了海洋质体的相对丰度的降低。这些数据支持SRB可以修改生态位以影响物种共存。我们还发现，抑制SRB导致pH值降低，这不适合大多数海洋属性菌株的生长，而在SRB抑制处理中，添加pH缓冲液（HEPE）可恢复这些细菌的pH和相对丰度。
储存时间对青海玉米高原中混合玉米和Faba Bean的青贮质量和微生物群落的影响
藏族高原由于其特殊地理位置而面临冬季和春季饲料的严重短缺。对草料的利用可用于缓解冬季和春季的草料短缺。因此，目前的研究旨在评估玉米（Zea Mays L.）和Faba Bean（Vicia Faba L.）在Qinghai-tibet Plateau的混合青贮饲料的储存时间对玉米青贮质质量和微生物群落的影响。玉米和Faba Bean的新鲜重量比为7：3，其次是30、60、90和120天的沉默。结果表明，在所有发酵日，混合青贮饲料的pH值均低于4.2。la（乳酸）含量在发酵时间的延伸时略微闪烁，在90天的衰落时，含有33.76 g/kg DM。随着发酵时间的延长，AA（乙酸）和NH 3 -N/TN（氮/总氮）含量增加，在90天到120天之间没有明显不同的含量。混合青贮饲料的CP（粗蛋白）和WSC（水溶性碳水化合物）含量显着降低（p <0.05），但静止时间，但WSC含量在90天保持稳定。蛋白杆菌是新鲜玉米和Faba Bean的主要门，假单胞菌和鞘氨拟补体是主要的属。夺取后，乳酸杆菌在所有灭绝的日子里都是普遍的属。乳酸球菌的相对丰度在90天的降落时迅速增加，直到发酵120天。总体而言，
甘蔗稻草返回是一种即将改善根际土壤功能，微生物群落和不同甘蔗品种的产量的技术
- N为31.94和29.58％，可用的磷（AP 53.21和27.19％），RR和ZZ中可用的钾（AK 42.43和11.92％）的可用钾（AK 42.43和11.92％）的含量超过RZ和ZR。用相同品种（RR，ZZ）返回的稻草可显着提高根际微生物群落的丰富性和多样性。品种Z9（处理Z）的微生物多样性大于品种ROC22（处理R）的微生物多样性。在根际中，有益微生物的相对丰度Gemmatimonadaceae，Trechispora，链霉菌，Chaetomium等在稻草返回后增加。甘蔗稻草增强了假单胞菌和曲霉的活性，从而提高了甘蔗的产量。Z9成熟时的Z9根际微生物群落的丰富性和多样性增加。在ROC22中，细菌多样性增加，真菌多样性减少。这些发现共同表明，Z9稻草返回的影响比ROC22对根际微生物的土壤功能和甘蔗产生的活性更有益。
热应力强度如何影响塞内加尔花生盆地中野外和霍姆菲尔德耕种实践中微生物活性和土壤微生物群落多样性的稳定性？
塞内加尔花盆盆地中的农业生态系统经历了长时间的高温和干旱，这破坏了土壤微生物群落的稳定性。这项研究评估了该稳定性如何受房屋和外场的农业实践以及热应激的持续时间的影响。，我们从有机耕种的田野中收集了土壤，这些土壤受到了粪便（Homefields）的段落，以及很少有（外场）的田地。土壤样品在60°C下以3、14和28天的形式提交人造热应激，然后在28°C时恢复28天。我们通过量化C矿物质来检查微生物群落的功能稳定性，并通过高通量DNA测序表征了社区分类学组成的稳定性。我们发现，微生物群落对两种田地的土壤中的热应激的抗性低。然而，粪便的做法确实会影响微生物群落的功能稳定性如何响应不同的热应激持续时间。al-尽管两种土壤中的功能稳定性均未完全回收，但在Homefield土壤中，微生物群落的弹性似乎更大。
人为硝酸盐污染影响Marchica泻湖（摩洛哥）的一氧化二氮排放和微生物群落
1 Life and Health Sciences Laboratory, Faculty of Medicine and Pharmacy, Abdelmalek Essaadi University, Tanger 90000, Morocco 2 Department of Soil Microbiology and Symbiotic Systems, Estaci ó n Experimental del Zaid í n-CSIC, E-18008 Granada, Spain 3 Conservation and Valorization of Natural Resources Laboratory, Faculty of Sciences Dhar El Mehraz, Sidi Mohammed Ben Abdellah大学，FèZ-Atlas 30003，摩洛哥4植物和微生物生物技术实验室，生物多样性与环境，生物多样性与环境，科学院，Mohammed v University，Rabat 10000，Rabat 10000，摩洛哥5，摩洛哥5，摩洛哥5号，摩洛哥5号，摩洛哥5号，摩洛哥5号科学系，国家科学系，国家科学研究所（CORICTORIAN和CRICTORATY）。生物学，生物技术，民族药理学与健康，科学学院，穆罕默德第一大学，摩洛哥Oujda 60000 *通信：ach@ugr.es
miRNA 和 siRNA 对口腔生物群落影响的范例
短核苷酸序列（如 miRNA 和 siRNA）在口腔生物群落研究中引起了广泛关注。miRNA 是一小类非编码 RNA，可调节基因表达以有效调控转录后。相反，siRNA 是 21 – 25 个核苷酸的 dsRNA，通过抑制 mRNA 实现同源依赖性基因沉默，在转录后损害基因功能。本综述重点介绍了 miRNA 在口腔生物群落中的应用，包括口腔癌、牙种植体、牙周病、牙龈成纤维细胞、口腔黏膜下纤维化、放射性口腔黏膜炎、牙髓和口腔苔藓样病。此外，我们还讨论了 siRNA 在上述疾病中的应用，以及 miRNA 和 siRNA 对牙科疾病的各种途径和分子效应物的影响。阐明了 miRNA 和 siRNA 治疗后分子效应物的上调和下调及其对临床环境的影响。因此，上述有关 miRNA 和 siRNA 应用的细节将为学者们提供一个新途径，不仅可以缓解牙科领域的长期问题，还可以开发新的诊断方法。
药物会影响水生环境中的微生物群落吗？评论
药物已被确定为对环境的重要威胁。它们不断进入水生生态系统意味着生物会长期暴露。迄今为止，已经有大量科学论文评估了药物对不同分类学群体的单个生物的影响。但是，药物对环境的影响可能比在毒性测试中对单个生物的毒性测试所确定的影响要广泛得多。这些化合物会破坏整个社区。在这种情况下，应特别关注微生物社区，该社区规范了许多基于水生食物网和生态系统服务的基本过程。本文回顾了与药物对微生物的影响有关的当前发展，特别关注新鲜和盐水中的全社区研究。我们还总结了与原位和实验室研究相关的机会，并突出了重要的知识差距。
在生物膜中开发微生物群落和混合反应器中的活化污泥
微生物在生物废水处理中起关键作用。由于各种微生物结构的不同条件，生物质形式的形式决定了有机化合物转化的效率和机制。但是，比较生物膜和活性污泥中微生物群落的研究结果经常发生冲突。因此，本研究比较了使用16S rRNA测序的杂种反应器中生物膜中细菌群落和活化污泥的组成和发展。统计分析包括鉴定生物膜特征和活性污泥，α和β多样性分析以及网络分析的分类单元。这些分析表明，生物膜细菌群落比激活的污泥社区更丰富，更多样化。在生物膜中的平均数量为1614，而活化污泥的平均数为993，而CHAO1（1735 vs. 1105）和Shannon（5.3 vs. 4.3）生物多样性指数的平均值显着更高。生物膜是硝化剂（例如硝基瘤，硝基螺旋体）和磷积聚生物体（Candidatus累积）的更好环境。生物膜共发生网络中的细菌彼此之间具有更多的连接（基于Spearman的等级相关系数），这表明它们的相互作用比活性污泥中的相互作用更多。
高维成分数据的稳健协方差估计及其在微生物群落分析中的应用
现今随着高通量测序技术的飞速发展，微生物群落分析受到越来越多的关注。观测数据具有以下典型特征：高维、成分复杂（处于单纯形状态），甚至由于种类过于丰富而呈现尖峰性和高度偏斜性，这使得传统的相关性分析无法研究微生物种类之间的共现和共排斥关系。在本文中，我们解决了该类数据的协方差估计难题。假设基协方差矩阵位于一类公认的稀疏协方差矩阵中，我们采用文献中称为中心对数比协方差矩阵的代理矩阵，由于维数趋向于无穷大，因此它与真实的基协方差矩阵几乎无法区分。我们为中心对数比协方差矩阵构建了一个均值中位数 (MOM) 估计量，并提出了一种可适应各个条目变化的阈值处理程序。通过施加一个比文献中的亚高斯条件弱得多的有限四阶矩条件，我们推导出谱范数下的最佳收敛速度。此外，我们还为支持恢复提供了理论保证。MOM 估计量的自适应阈值处理程序易于实现，并且在存在异常值或重尾时具有稳健性。进行了彻底的模拟研究，以显示所提出的程序优于一些最先进的方法。最后，我们应用所提出的方法来分析人类肠道中的微生物组数据集。用于实现该方法的 R 脚本可在 https://github.com/heyongstat/RCEC 获得。
雪茄烟草中微生物群落和化合物的氧气调节
1卫生服务研究与健康经济学研究所，德国糖尿病中心，莱布尼兹糖尿病研究中心，德国杜塞尔多夫的海因里希海因 - 海因 - 海因 - 美因氏菌； 2卫生服务研究与卫生经济学研究所，卫生与社会中心，医学院和大学医院，杜塞尔多夫，海因里希 - 海因 - 美因大学杜塞尔多夫，德国杜塞尔多夫； 3德国糖尿病研究中心，杜塞尔多夫合作伙伴，德国穆尔申 - 诺伊尔伯格； 4 Medistatistica，德国Neuenrade； 5德国埃森大学埃森大学医院医学信息学研究所； 6德国吉恩大学吉恩大学医院心理学和心理治疗研究所； 7糖尿病学院Mergentheim和糖尿病中心Mergentheim，德国Bad Mergentheim； 8德国糖尿病中心，德国糖尿病中心的临床糖尿病学研究所，位于德国杜塞尔多夫的海因里希海因 - 海因斯大学杜塞尔多夫； 9内分泌与糖尿病学系，医学院，海因里希海恩大学杜塞尔多夫，杜塞尔多夫，德国，德国