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World File Search System真菌学
学术论文（同行评审）
Orita，A。Mukai，H。Tomita，S。Tomita，K。Bamagishi，H。Ebi，Y。Tamada，K。Kamada，H。Woo，F。Ishida，E。Takada，H。 /div;Orita，A。Mukai，H。Tomita，S。Tomita，K。Bamagishi，H。Ebi，Y。Tamada，K。Kamada，H。Woo，F。Ishida，E。Takada，H。 /div;
医学真菌学中的 CRISPR 工具箱：现状和前景
真菌病原体是人类面临的一大威胁，影响着全球十多亿人。侵袭性感染呈上升趋势，这引起了极大关注，因为它们伴随着抗真菌耐药性的不断升级。揭示毒力特性和耐药性背后的机制在很大程度上依赖于基因操作技术，例如产生携带特定突变或基因缺失的突变菌株。然而，这些过程在真菌中通常既耗时又繁琐，因为根据物种的不同，存在许多复杂情况（例如，二倍体基因组、缺乏有性周期、转化和/或同源重组效率低、缺乏克隆载体、非常规密码子使用以及显性选择标记缺乏）。这些问题正越来越多地通过将成簇的规律间隔的短回文重复序列 (CRISPR)-Cas9 介导的基因操作应用于医学相关真菌来解决。在这里，我们总结了 CRISPR–Cas9 在四种主要人类真菌病原体谱系（念珠菌、新型隐球菌、烟曲霉和毛霉）中应用的最新进展。我们重点介绍了 CRISPR 为解决不同物种中的关键问题而定制的不同方式，包括传递 CRISPR–Cas9 元件的不同策略、它们的瞬时或永久表达、使用密码子优化的 CAS9 ，以及标记回收和无疤痕编辑的方法。一些方法有助于更有效地在真菌中使用同源定向修复，其中非同源末端连接更常用于修复双链断裂 (DSB)。此外，我们重点介绍了最有希望的未来前景，包括基因驱动、可编程碱基编辑器和非编辑应用，其中一些目前仅在模型真菌中可用，但可能适用于未来在致病物种中的应用。最后，本综述讨论了 CRISPR 技术的进一步发展将如何帮助真菌学家解决真菌致病机制的多方面问题。
iMLGAM：基于集成机器学习和遗传算法驱动的多组学分析 ...
iMeta 期刊 ( 影响因子 23.8 ) 由宏科学、千名华人科学家和威立出版，主编刘双江和傅静远教授。目标为生物 医学国际综合顶刊群 ( 对标 Nature/Cell) ，任何领域高影响力的研究、方法和综述均欢迎投稿，重点关注生物 技术、生信和微生物组等前沿交叉学科，已被 SCIE 、 PubMed 等收录，位列全球 SCI 期刊前千分之五，微生 物学研究类期刊全球第一；外审平均 21 天，投稿至发表中位数 57 天。 子刊 iMetaOmics ( 主编赵方庆和于君教授 ) 、 iMetaMed 定位 IF>10 的综合、医学期刊，欢迎投稿！
真菌
FungidB（https://fungidb.org）是一种宝贵的在线资源，它无缝地集成了广泛的真菌和卵形物种的基因组和相关的大规模数据。作为VEUPATHDB生物信息学资源中心的组成部分（https：// veupathdb。org），真菌不断整合出已发表和未发表的数据，以解决真菌生物学的各个方面。成立于2011年初，该数据库已演变为支持674个数据集。数据集包含超过300个跨越各种类群的基因组（例如ascomycota，basidiomycota，blastocladiomycota，chytridiomycota，Mucoromycota，以及白曲霉中心，peronosporporales，Pythiales和Saprolecniales）。除了基因组组件和注释外，还可以提供超过300个额外的数据集，其中包含不同的信息（例如表达和变异数据）。资源还提供了一个直观的基于网络的接口，从而促进了数据挖掘和可视化的全面方法。用户可以测试其假设，并使用内置搜索策略系统通过OMICS规模数据集进行导航。此外，FungidB通过集成的VeupathDB Galaxy平台提供了私人数据分析的功能。FunGIDB还允许通过用户注释系统捕获专家知识以及用于结构和功能基因策划的Apollo基因组注释编辑器来改进基因组。真菌促进了数据探索和分析，并通过捕获真菌和卵形物种的专家知识来促进研究工作。
真菌基因组编辑新技术
■知识产权：Tokugan 2022-196304“生产基因组编辑的细胞和促进杂交的方法”，Tokugan 2024-057389“核酸裂解酶，核酸，矢量，矢量，辅助套件，用于修改核酸和核酸的方法3。碎片，套件和方法用于产生基因工程的真核细胞”，未发表的应用，Tokugan 2024-057383“产生突变体，基因表达方法和真核生物细胞的方法”，未发表的应用，■公立资助的项目的名称，使用的名称：Young Scientist（a）：2017-2019，挑战2.2022.202 Ental Research b：2023-2027
使用预先训练的深度学习模型对 EEG 数据进行内部学习......
内在语言是一种内化的语言，人们用这种语言思考纯粹的意义。从大脑活动数据中解码内在语言不仅可以促进残障患者的交流，还可以帮助健康人整理思路，提高对元认知的理解。在之前的研究中，一种名为 EEGNet 的 EEG 数据深度学习模型被用于内在语言解码。然而，它在 4 类分类任务中只达到了 30% 的准确率。数据稀缺和内在语言解码固有的难度可能是原因，但这项研究假设以前的研究中特征提取不足。为了提高解码内在语言的准确性，使用迁移学习被认为是更有效的；在这种学习中，模型事先在不同的数据集上进行训练，然后针对目标数据进行微调。然而，迁移学习尚未应用于内在语言，甚至尚未应用于 EEG 数据。迁移学习对不同任务的脑电图数据或非脑电图数据的有效性尚未得到充分验证。本研究通过使用不同任务的脑电图数据和非脑电图数据对公开的内部语音数据集进行迁移学习，验证了特征提取的改进。结果证实，使用来自不同受试者的数据的迁移学习可以提高内部语音的准确性，但使用来自不同任务的脑电图数据的迁移学习则不会。另一方面，对于图像数据集，通过冻结某些层可以确认准确性的提高，即使数据的性质与脑电图数据不同。
内生真菌
抗生素耐药性 (AMR) 的威胁日益严重，这凸显了持续供应新型抗菌剂的必要性。作为共生体寄生在植物组织内的内生菌微生物一直是潜在抗菌物质的来源。然而，许多新型和有效的抗菌剂尚未从这些内生菌中发现。本研究探讨了内生真菌作为具有抗菌能力的新型生物活性化学物质来源的潜力。这些真菌通过聚酮合酶 (PKS) 和非核糖体肽合成酶 (NRPS) 途径合成聚酮和肽等次级代谢产物。诸如异戊烯基吲哚生物碱和富马酸等著名物质已显示出对抗多重耐药性感染性病原体的良好抗菌和抗真菌特性。本综述还强调了内生菌与其宿主植物之间的共生关系，这对于次级代谢产物的产生至关重要。该研究重点关注内生菌分离方法的重要性，并提出将其用于可持续农业、生物修复和医学。未来的研究将内生菌生物多样性分析与新一代测序 (NGS) 和纳米技术相结合，可以提供对抗抗菌药物耐药性的新技术，并为多个行业的可持续发展做出贡献。
真菌边界：
Jai Narain Vyas大学，以前称为Jodhpur大学，成立于1962年。最初，乔德布尔的四所政府学院成为大学的一部分，即I. Jaswant College（成立于1892年），ii。MBM工程学院（成立于1951年），iii。S.M.K. 学院（1954年从Jaswant College分叉）和IV。 K.N. 女性学院（1956年）。 当时的印度总统S. Radhakrishnan教授于1962年8月24日在乔德布尔大学开幕，并定义了目标和目标：“年轻人将在这所大学中受过教育，将不再是过去的囚犯，而是作为他们的未来的精神，而是在他们的精神中发展成一个精神；知识，无论是科学还是人文学科”。S.M.K.学院（1954年从Jaswant College分叉）和IV。 K.N. 女性学院（1956年）。 当时的印度总统S. Radhakrishnan教授于1962年8月24日在乔德布尔大学开幕，并定义了目标和目标：“年轻人将在这所大学中受过教育，将不再是过去的囚犯，而是作为他们的未来的精神，而是在他们的精神中发展成一个精神；知识，无论是科学还是人文学科”。学院（1954年从Jaswant College分叉）和IV。K.N. 女性学院（1956年）。 当时的印度总统S. Radhakrishnan教授于1962年8月24日在乔德布尔大学开幕，并定义了目标和目标：“年轻人将在这所大学中受过教育，将不再是过去的囚犯，而是作为他们的未来的精神，而是在他们的精神中发展成一个精神；知识，无论是科学还是人文学科”。K.N.女性学院（1956年）。当时的印度总统S. Radhakrishnan教授于1962年8月24日在乔德布尔大学开幕，并定义了目标和目标：“年轻人将在这所大学中受过教育，将不再是过去的囚犯，而是作为他们的未来的精神，而是在他们的精神中发展成一个精神；知识，无论是科学还是人文学科”。
