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World File Search System粪便
通过噬菌体介导的治疗方法克服与粪便菌群移植相关的供体变异性和风险
此预印本版的版权持有人于2024年6月21日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.06.20.599976 doi：biorxiv preprint
粪便基因组DNA提取试剂盒
在吸附柱中部加入50-200μLElution Buffer或无菌水，室温放置2-5分钟，12000rpm离心1分钟。收集 DNA 溶液并储存于 -20°C。注：1）若后续检测对pH或EDTA敏感，可用无菌水洗脱。洗脱液的pH值对洗脱效率有很大影响。若洗脱液为水，则pH应为7.0～8.5（可用NaOH调节水的pH至此范围），若pH低于7.0，洗脱效率不高。
在溃疡性结肠炎患者中，细菌伴侣与粪便微生物移植衰竭的持续粘膜定植和粪便代谢功能障碍
粪便微生物移植（FMT）为治疗溃疡性结肠炎（UC）提供了希望，尽管治疗失败的机制尚不清楚。这项研究利用了纵向收集的结肠活检（n = 38）和粪便样本（n = 179），来自19名患有轻度至中度UC的成年人接受串行FMT，其中抗菌预处理和递送模式（capsules versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus versus sorge均可评估临床响应（从临床上降低）。结肠活检进行了双RNA-Seq；粪便样品接受了平行的16S rRNA和shot弹枪元基因组测序以及未靶向的代谢组分分析。与反应性（R）患者相比，无反应性（NR）患者的结肠粘膜（NR）患者的结肠粘膜（NR）患者的结肠粘膜增加了细菌的负担，包括细菌的负担增加，这些细菌表达了更多的抗菌耐药性基因。NR患者还表现出先天免疫抗菌反应基因的粘膜表达。FMT，NR和R粪便微生物组和代谢组表现出明显的差异。NR代谢组具有升高的免疫刺激化合物，包括鞘磷脂，溶血磷脂和牛磺酸。nr粪便微生物组富含菌丝脆弱的菌丝和细菌剂盐菌株，这些菌株编码了能够生产牛磺酸的基因。这些发现表明，有效的粘膜微生物清除率和重新引入细菌，使腔内代谢与FMT成功相关，以及持续的粘膜粘膜和粪便抗菌细菌菌种物种可能会导致FMT失败。
粪便DNA元法编码显示可靠的短期猎物检测，并解释了两个北极熊亚群的肠道微生物组的变化
摘要：这项研究开发并评估了DNA元法编码，以鉴定East Greenland（EG）（EG）和Southern Beaufort Sea（SB）Polars Polars Maritimus在2015年春季采样的pinniped和Cetacean Prey DNA的存在。在所有样品的一半（49/92）中检测到猎物DNA，并且在检测到响起的密封pusa hispida是主要的猎物，在Eg的100％（22/22）中鉴定出Eg的100％（22/22），SB北极熊样品的81％（22/27）鉴定出具有猎物DNA的SB北极熊样品。胡须的密封barbatus dna，检测到猎物DNA。猎物DNA检测频率和相对可怕的频率与SB北极熊子集的定量脂肪酸签名分析（QFASA）的估计进行了比较。环形密封和胡须密封是两种方法都确定的主要猎物，但Qfasa还鉴定出了猎物DNA未发现的2个鲸类猎物。DNA元法编码与QFASA结果的差异可能与每种方法捕获的不同饮食时间尺度有关，即短期与长期饮食。 猎物DNA检测，性别/年龄类别和亚群显着解释了北极熊肠道细菌相位的变化。 检测到的具有猎物DNA的北极熊样品与细菌类梭状芽胞杆菌和杆菌的丰富性较高以及否定性较低的含量有关。 因此，粪便DNA metabarcoding可用于识别北极熊的近期猎物，补充定量和可能的长期QFASA估计，并可能有助于了解北极熊肠肠肠微生物组的变化。短期与长期饮食。猎物DNA检测，性别/年龄类别和亚群显着解释了北极熊肠道细菌相位的变化。检测到的具有猎物DNA的北极熊样品与细菌类梭状芽胞杆菌和杆菌的丰富性较高以及否定性较低的含量有关。粪便DNA metabarcoding可用于识别北极熊的近期猎物，补充定量和可能的长期QFASA估计，并可能有助于了解北极熊肠肠肠微生物组的变化。关键词：饮食组成·DNA元法量·QFASA·脂肪酸特征·海洋哺乳动物·基因组学·北极海洋生态
粪便微生物群移植和下一代...
人体肠道菌群是一个多样化的微生物生态系统，影响宿主的生理、代谢和免疫功能。1,2 菌群失调或微生物组成和功能紊乱与多种疾病有关。2 肥胖、糖尿病和代谢综合征等代谢紊乱是全球主要的健康问题，导致疾病、死亡和高昂的医疗费用。3 越来越多的证据表明，肠道菌群失衡也可能是导致这些疾病的原因之一。4 因此，人们对以微生物为靶向的疗法的兴趣日益浓厚，以调节微生物群落并恢复代谢紊乱的体内平衡。5–9 消化道中的微生物被称为人体胃肠道菌群。它们的数量是人类细胞的 10 倍，微生物与人类细胞的平均比例为 1:3。 10 FMT 是一种重塑肠道菌群、治疗代谢功能障碍和自身免疫性疾病的潜在干预措施。11,12 它涉及将
CRISPR-Cas 抑制质粒转移并使细菌免疫，防止粪便中产生抗生素耐药性
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2024 年 5 月 8 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.09.26.559507 doi：bioRxiv 预印本
生长猪的粪便菌群谱及其与生长性能的关系
早期的肠道微生物群组成对仔猪的健康至关重要，影响了长期的微生物组发育和免疫力。在这项研究中，将肠道大坝的肠道菌群与三个生长阶段的三个芬兰猪农场中的后代进行了比较。在出生时（初始暴露阶段），断奶（过渡阶段）和屠宰（稳定阶段）分析了三个研究开发组（良好，良好，良好和过早）粪便菌群的差异。大坝乳杆菌科的舞蹈比出生时低于小猪。limosilactobacillus reuteri和氨基杆菌在大坝及其后代中主要表达。在初始暴露阶段，用乳杆菌科确定了17头仔猪（68％），在发育组之间不均匀地划分：85％的良好，37.5％的差，占早产猪的75％。开发组的良好是微生物多样性最高的，而开发小组的多样性最低。断奶后，小猪中乳杆菌科的丰度和多功能性减少，向大坝的微生物组转移。总而言之，尽管开发组和饲养环境，猪的粪便微生物群仍倾向于向类似的α和β多样性发展。
粪便菌群移植临床覆盖标准
梭状芽胞杆菌（以前为梭状芽胞杆菌）艰难梭菌感染发生时，细菌产生毒素会引起腹泻和结肠的炎症。这些感染的严重程度从轻度症状到威胁性结肠炎。复发性艰难梭菌感染定义为艰难梭菌感染的发作，该发作在初次发作后八周或以下的发作发生在有或没有治疗的情况下。口服抗生素是艰难梭菌感染的第一线治疗方法。发布的数据表明，使用粪便菌群恢复肠道菌群可能是一种有效的治疗艰难梭菌感染的治疗方法。经历了2种或以上艰难梭菌感染的患者可能是粪便菌群移植以防止进一步复发的候选者。
牛奶替代品中的精油补充：短期和长期对饲料效率的影响，粪便菌群和乳制品犊牛的血浆代谢组
早期补充牛奶替代品（MR）中的牛至精油（EO）可能会改善生长，免疫反应，微生物群和乳制品犊牛的代谢组，并在奶牛场和成年期间。将16个女奶牛犊（3天）分为两组（n = 8/组）：对照组（无EO）和EO组（在45天内，MR为0.23 mL的EO）。断奶后，小牛被放在饲养场中并随意喂食。称重动物，并在第3天（T0），45（T1）和370（T2）收集血液和粪便样品，以测量生化谱并表征外周血单核细胞（PBMCS;CD4Þ，CD8，CD8Þ，CD14Þ，CD14þ，CD21-，CD21-和WC1-和WC1 and），并及时。EO组在哺乳期（补充EO）期间仅具有更大的平均每日体重增加（P = 0.030）。EO组显示出较高的平均CD14Þ种群（单核细胞）值，浓度较低的Ruminococcaceae UCG-014，粪便核酸杆菌，Blautia和Alloprevotella以及Allistipes和Akkermansia的丰度增加。在血浆中的某些代谢产物的修饰，例如丁酸，3-吲哚丙酸和琥珀酸，尤其是在T1时，与肠道菌群的变化一致。数据表明，早期的EO补充剂仅在哺乳期间提高饲料效率，而微生物群和等离子体代谢组的显着变化。但是，从肠道健康的角度来看，并非所有这些变化都可以认为是可取的。需要进行其他研究以证明EOS是改善小腿生长性能和健康的抗生素的可行自然替代品。
粪便微生物群移植对轻度至中度帕金森氏病（肠道疾病）患者的安全性和功效：双盲，安慰剂对照，随机，随机，2期试验
方法在2020年12月1日，2020年12月1日至2022年12月12日之间在根特大学医院进行了肠道折扣试验，单中心随机，双盲，安慰剂对照试验。参与者（50-65岁，Hoehn和Yahr阶段2）被随机分配，以健康的供体凳子或自己的凳子接收Nasojejunal FMT。计算机生成的随机化以1：1的比例通过排列的块计划完成。对参与者和研究人员隐藏了治疗分配。在12个月时的主要结果度量是运动障碍社会未注明帕金森氏病评级量表（MDS- UPDRS）运动评分的变化。使用混合模型进行重复测量分析进行了意图对治疗分析。此完成的试验已在clinicaltrials.gov（NCT03808389）上进行注册。