XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System系统发育
在非洲植物生命树上积累的系统发育多样性的一半以上，即使在当前的生物多样性危机下也可能侵蚀，即使受到威胁的物种并不是进化上的独特
通过挖掘现代数据库来寻找具有特定功能的蛋白质，可能会导致从医学和生物技术到Material Science的广泛领域的重大进步。当前可用的算法可以根据其序列或结构来挖掘蛋白质。然而，许多蛋白质的活性，例如酶和药物靶标，是由活性位点残基及其周围环境而不是蛋白质的整体结构或序列决定的。在这里，我们提出了ActSeek（一个由计算机视觉启发的快速程序），该程序搜索具有类似种子蛋白质的活性位点的蛋白质的结构数据库。ActSeek实施从Alphafold数据库中使用所需的活动站点环境开采Proinins。通过发现可用于生产可生物降解的塑料或降解塑料的酶以及对常见药物分子的潜在非目标，可以证明ActSeek为世界上最紧迫的挑战找到创新解决方案的潜力。
遗传特性和对普通乌鸦（Corvus Splendens）的系统发育分析
普通的房屋乌鸦（Corvus Splendens）具有显着的生态适应性，使其在大陆上的快速扩张。尽管分布广泛，但仍需要遗传研究来阐明其进化史和人口结构。本研究采用DNA条形码，重点是线粒体基因细胞色素氧化酶亚基I（COX1），这对于物种鉴定和系统发育分析非常有效。从70 C.旁遮普邦的七个城市的70 C中收集了血液样本：拉合尔，卡苏尔，sialkot，narowal，pakpattan，gujranwala和bahawalpur。基因组DNA提取，并使用PCR技术扩增Cox1基因的部分序列。从10个随机选择的标本中对Cox1标记的测序揭示了9种不同的遗传变异。种间分析将我们的C. splendens序列与GenBank中的各种Corvus物种一起定位，而种内分析确定了15种遗传变异。这些变体显示核苷酸的身份率范围从98.7％到99.8％，遗传距离在0.002至0.013之间。分析表明，C。Splendens集团由一个单一的异质进化枝组成，其中包括来自多个国家的变体，包括巴基斯坦，坦桑尼亚，尼泊尔，南非，马来西亚，马来西亚，斯里兰卡，孟加拉国，孟加拉国，肯尼亚，澳大利亚，澳大利亚，澳大利亚和新加坡。这项研究显着增强了我们对C. Splendens种群中遗传多样性和进化关系的理解，强调了遗传研究的必要性，以告知保护策略。采用先进分子技术和更广泛的地理抽样的进一步研究对于评估这种适应性物种的遗传多样性和种群动态至关重要。
基因组时代的系统发育
分子系统发育学诞生于20世纪中叶，当时蛋白质和DNA测序的出现为研究生物体之间的进化关系提供了一种新颖的方式。该学科的第一个50年可以看作是对解决力量的长期追求。目标 - 重建生命之树 - 似乎是无法到达的，方法进行了严重辩论，并且数据限制了。也许是出于这些原因，即使是整个方法的相关性，也反复质疑，作为所谓分子与形态辩论的一部分。通常在长期存在的难题中结晶的争议，例如土地植物的起源，胎盘哺乳动物的多样化或原核生物/真核生物鸿沟。随着基因和物种样本的规模增加，其中一些问题已解决。多年来，分子系统发育学已经逐渐从一个辉煌的革命性思想演变成一个以可靠建造树木的问题为中心的成熟研究领域。在2000年代后期，这种逻辑进展突然中断。高通量测序出现，该领域突然移入了完全不同的东西。对基因组规模数据的访问深刻地重塑了方法论挑战，同时打开了惊人的新应用观点。系统发育学使系统学领域占据了本世纪最令人兴奋的研究领域之一 - 基因组学。这是这本书的目的：在当前的系统基因组时代，我们如何做树木以及我们对树木的工作。第2部分涵盖了数据问题过渡到基因组规模数据的一个明显的实际结果是，最广泛使用的树木建造方法基于序列进化的概率模型，需要密集的算法优化才能适用于当前数据集。本书的第1部分中考虑了此问题，其中包括对马尔可夫模型（第1.1章）的一般介绍以及如何最佳设计和实施最大可能性（第1.2章）和贝叶斯（第1.4章）系统发育推论方法的详细描述。现代系统基因组学计算方面的重要性是，有效的软件开发是该领域众多研究小组的主要活动。我们承认这一点，并包括七个“如何”章节，其中介绍了主要的系统基因组工具的最新更新 - RAXML（第1.3章），门类（第1.5章），MACSE（第2.3章），BGEE（第4.3章），Revbayes（Revbayes（第5.2章），Beagle（第5.4章），和BPP（第5.4章），和BPP（5.6）。基因组规模的数据集非常大，以至于统计能力是过去几十年中系统发育推断的主要限制因素，不再是主要问题。大量数据集倾向于扩大它们传递的信号（无论是生物学还是人工），因此偏见和不一致而不是采样方差，是基因组时代系统发育推断的主要问题。
意识的系统发育学。pdf
关于意识的本体论和起源的文献表明，依赖意识的本质和起源的材料和材料理论。那些将意识视为复杂的大脑神经元计算的新兴特性（a），（b）是宇宙的精神质量，与纯粹的物理作用不同，（c）是由离散的“原始意识”事件组成的，这些观点主要是复杂的大脑神经元计算的新兴特性（a），（b），这是纯粹的物理行为，而（c）是根据尚未尚未完全理解的。前者（a）是唯物主义的观点，它强调了古典物理学的定律将意识视为物质大脑物理基质的神经相关性的副产品（Chalmers，1996）。后两个（B和C）是理解意识的后材料的方法，强调
阿特拉托滑龟（Trachemys medemi，陆龟科）的完整线粒体基因组和系统发育分析
首次对 3 只巴西龟的线粒体基因组进行了测序和注释。线粒体基因组是一个环状 DNA 分子，大小为 16,711–16,810 bp，AT 含量为 60.9%。它包括 13 个蛋白质编码基因、2 个 rRNA 基因、22 个 tRNA 基因和非编码控制区。基因组组成以正 AT 偏斜（0.123）和负 GC 偏斜（-0.342）为特征。基于完整线粒体基因组（缺少一些巴西龟物种）的系统发育分析将 T. medemi 列为 T. venusta 的姐妹。来自同一数据集的系统发育分析，但包括大多数巴西龟物种可用的较短线粒体 DNA 信息，恢复出 T. medemi 是 T. dorbigni 的姐妹，而该进化枝是 T. venusta 、 T. yaquia 和 T. ornata 的姐妹。新获得的数据对于未来对巴西龟的线粒体基因组学研究很有价值。此外，我们的结果强调了分类单元抽样不完整的影响。
在COVID-19的阴影下流感监测大流行：Tourkiye在Türkiye的系统发育分析（H1N1）PDM09病毒在2019-20季节
对于一种可预防疫苗的传染病流感，季节性流感疫苗菌株的选择过程很复杂，并且依赖于来自多个国家和网络的数据，这些数据大量参与了监视工作。世界卫生组织（WHO）建议根据广泛的病毒基因组信息为每个流感季节的两个半球疫苗菌株，以对循环进化枝和菌株的影响进行准确的预测。在2019-2020季节，与2018/19季节相比，对流感A疫苗成分进行了更新。这些更新涉及从6b.1促进性转变为6B.1A1菌株（H1N1）PDM09（A/Brisbane/02/2018类似），从促进3C.2A1菌株转变为Carde 3C.3A，用A（H3N2）（H3N2）（A//Kansas/14/14/14/14/14/14/14/14/14）。流感B疫苗成分没有变化[6]。
系统空间：空间系统发育分析
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使用 nrITS 和叶绿体 rbcL 基因序列对印度叶下珠进行 DNA 条形码编码和系统发育分析，以进行分子鉴定
叶下珠属植物因其生态和治疗意义而闻名。准确识别这些物种对于保护和研究目的至关重要。由于植物的表型可塑性以及在检测植物产品中的替代品或掺假物方面存在挑战，传统的分类学鉴定往往不够完善。因此，通过 DNA 条形码进行分子鉴定已成为草药产品质量控制和国际草药贸易的新标准。本研究使用 DNA 条形码工具来识别印度叶下珠属物种，重点关注 nr 内部转录间隔区 2 (ITS2) 和叶绿体 rbcL 基因。系统发育分析显示高度的遗传相似性和很强的系统发育关系。这些发现证实了与全球同类的遗传亲缘关系，突出了进化模式。ITS2 区域的结构使用最小自由能计算来验证物种鉴定。这项研究展示了如何将 rbcL 基因分析与基于 ITS2 的 DNA 条形码相结合来准确识别印度叶下珠属物种，这种方法增强了这些宝贵植物资源的可持续利用，确保了产品质量，最大限度地减少了掺假，并支持生物多样性保护。
getphylo：快速自动生成多洛克斯系统发育树
抽象背景：基因组数据的增加数量呼吁工具可以快速有效地产生基因组规模的系统发育。现有工具依赖于大型参考数据库或需要长长的从头计算来识别直系同源物，这意味着它们的运行时间很长，并且在分类学范围上受到限制。为了解决这个问题，我们创建了GetPhylo，这是一种从注释序列中快速生成系统发育树的python工具。结果：我们提出了GetPhylo（Ge nbank t o phylo Geny），该工具会自动从一个带注释的基因组中构建系统发育树。直系同源物是通过最大可能性的所有编码序列的串联比对来推断系统发育的。我们对两种现有工具AutoMlst和gtdb-tk进行了彻底的Get-Phylo基准测试，以表明它可以在很短的时间内生产出可比质量的树。我们还展示了在包括细菌和真核基因组以及生物合成基因簇在内的四个案例研究中Getphylo的屈曲。结论：GetPhylo是一种自动产生基因组规模系统发育树的快速可靠工具。getPhylo可以在很短的时间内产生与其他软件相当的系统发育，而无需大型本地数据库或强烈的计算。getphylo可以从各种数据集中迅速识别直系同源物，无论分类学或基因组范围如何。getphylo的可用性，速度，灵活性使其成为系统发育工具包的宝贵补充。