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SCRL：利用加固学习来评估单细胞数据中的命运决策
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
celluntangler：用深层生成模型在单细胞数据中分离不同的生物学信号
单细胞RNA-seq数据为细胞内和细胞间13个过程提供了新的见解。由于多个过程在每个细胞中同时处于活动状态，例如14个细胞类型程序，分化，细胞周期和环境响应，因此它们的15个信号可以相互混淆，需要可以分离的方法可以分离和16个滤波不同的复杂生物学信号。每个这样的信号基于不同的基因17个性，可以定义细胞之间的不同关系。但是，现有方法18通常集中于单个过程或依靠过度限制的假设，从而消除了19，而不是解开生物学信号。在这里，我们开发了Celluntangler，这是一个深20个生成模型，将细胞嵌入由多个21个子空间组成的柔性潜在空间中，每个空间都设计了适当的几何形状以捕获独特的信号。22我们将Celluntangler应用于仅包含循环细胞和循环和23个非循环细胞的数据集，生成嵌入，其中细胞周期信号从非细胞周期特定信号（例如细胞类型或分化轨迹）中脱离了24个。我们25通过使用捕获和将空间26与非空间信号分开的空间26来证明Celluntangler的可扩展性。使用Celluntangler，我们可以获得27个捕获各种生物学信号并在基因28表达水平上进行增强或过滤的潜在嵌入，以进行下游分析。29
genespider2：使用扰动的单细胞数据
抽象的单细胞数据越来越多地用于基因调节网络（GRN）推断，并且基于模拟数据开发了基准。ho w e v er，e xisting单细胞模拟器无法对基因扰动的影响进行建模。进一步的挑战在于产生经常在计算和稳定问题上挣扎的大规模GRN。我们介绍Genespider2，Genespider Mat-Lab工具X F或GRN基准测试，推理和分析SIS的更新。se v eral softw是模块的功能和出色的功能，并添加了NE W功能。一个主要的精力是在无规模的分布和模块化方面生成具有生物学上现实拓扑特性的大型GRN的能力。另一个主要补充是对单细胞数据的模拟，该数据越来越流行，作为GRN推断的输入。具体来说，我们引入了独特的功能，以基于遗传扰动生成单细胞数据。最后，将模拟的单细胞数据与来自两个细胞系的真实单细胞扰动数据进行了比较，表明合成和真实数据表现出相似的属性。
Cellagent：自动单细胞数据分析的LLM驱动的多代理框架
单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）数据分析对于生物学研究至关重要，因为它可以精确地表征细胞异质性。但是，对各种工具的手动操纵来实现预期的结果，对于研究人员来说可能是劳动密集型的。为了解决这个问题，我们介绍了cillagent（http://cell.agent4science.cn/），这是一个LLM-drien的多机构框架，专门设计用于自动处理和执行SCRNA-SEQ数据分析任务，无需提供人为干预的高素质结果。首先，为了将一般LLM适应生物学领域，Cellagent构造了LLM驱动的生物专家角色（Planner，opecutor and Executor and Executor and Executor and Issutor），均具有特定的责任。然后，Cillagent引入了层次决策机制来协调这些生物专家，有效地推动了复杂数据分析任务的计划和逐步执行。此外，我们提出了
比例生物科学宣布在不断增长的单细胞OMICS解决方案的投资组合中，新的单细胞数据集在线和Chan Zu
量表生物科学宣布在越来越多的单细胞奥甘装解决方案的投资组合中的进展，吉恩在网上和陈Zuckerberg细胞中提供的新单细胞数据集，吉恩发现数据库，因为扩展的产品组合开始运送给客户San Dieago，Sanive.San Dieago，San Dieago。可访问的成本，今天宣布了三个新数据集的可用性，展示了其新发布的产品的性能，包括Scalebio单细胞甲基化试剂盒，ScaleBio单细胞RNA v1.1带有扩展吞吐量的v1.1和Scalbio crispr指南富集套件，所有这些套件现在都是运输的。数据集可在ScaleBio网站上下载，此外，RNA数据集可通过Gene Discover Database在Chan Zuckerberg单元格中提供。“ ScaleBio的建立是为了以前所未有的规模启用广泛的单细胞多组学应用程序，而无需牺牲数据质量。我们已经提供了几个独特的套件，以将新的功能掌握在客户手中，并通过发布完整的公共数据集证明了我们对透明度的承诺，” Scalebio首席执行官Giovanna Prout说：“我们很高兴能够发挥唯一的商业可用的全基因组单基因组单细胞甲基化产品，并期待与研究人员使用它。此外，用甲基化试剂盒对2,000个PBMC进行了测序，以在所有产品中生成数据集。公司计划将来发布其他数据集，以显示其工具具有不同样本类型的鲁棒性和适用性。通过我们的单细胞RNA v1.1套件和CRISPR富集套件继续增加细胞吞吐量并降低每个细胞的成本，我们将帮助越来越大的超高吞吐量研究，尤其是在功能性和CRISPR筛查中，赋予我们的客户扩大单细胞OMICS的可能性。” ScaleBio生成了这些数据集用RNA和47,000个带有CRISPR的心脏类细胞的人类外周血单核细胞（PBMC），以使研究界能够了解公司套件的能力和高性能“我们对使用Scalbio套件进行单细胞RNA测序和甲基化生成的初始数据的鲁棒性给我们留下了深刻的印象，” Marble Therapeutics首席执行官Denitsa Milanova说。“我们期待利用公司不断扩大的单细胞OMICS工具的投资组合来研究细胞再生的新生物学。”现在，全球发货的新套件包括：
星形胶质细胞靶向基因传递白细胞介素 2 可特异性增加脑内驻留调节性 T 细胞数量，并预防病理性
4. van Boxelaere, M.、Clements, J.、Callaerts, P.、D'Hooge, R. 和 Callaerts-Vegh, Z. 不可预测的慢性轻度压力对两种近交系小鼠的社交和情境辨别学习有不同程度的损害。PLoS One 12, e0188537 (2017)。