基于CRISPR的单细胞转录组筛选是有效的遗传工具,可同时评估由一组指南RNA(GRNA)靶向的细胞的表达式,并从观察到的扰动中推断靶基因函数。然而,由于各种局限性,这种方法在检测弱扰动方面缺乏灵敏度,并且在研究主调节器(例如转录因子)时基本上是可靠的。为了克服检测微妙的GRNA诱导的转录组扰动和对响应最快的细胞进行分类的挑战,我们开发了一种新的监督自动编码器神经网络方法。我们稀疏的监督自动编码器(SSAE)神经网络提供相关特征(基因)和实际扰动细胞的选择。我们将此方法应用于基于基于缺氧的长期非编码RNA(LNCRNA)的子集的基于内部单细胞CRISPR干扰(CRISPRI)转录组筛查(CROCPRI)转录组筛选(CROP-SEQ),该子集受缺氧调节的疾病,该疾病在肺腺癌(Lung adenacoarcinoma)(LUAD)的背景下促进了肿瘤的侵略性和耐药性。针对LNCRNA的子集进行了经过验证的GRNA的农作物序列库,并且作为阳性对照,HIF1A和HIF2A(低氧反应的2个主要转录因子)在3、6或24 h期间在正态氧中培养的A549 LUAD细胞中转导的2个主要转录因子。我们首先通过确定在低氧反应的时间开关期间确定其敲低的特定效应,从而验证了HIF1A和HIF2上的SSAE方法。接下来,SSAE方法能够检测出稳定的短缺氧依赖性转录组特征,该特征是由某些LNCRNA候选者的敲低诱导的,表现优于先前发表的
AS5601 是一款易于编程的磁性旋转位置传感器,具有增量正交 (A/B) 和 12 位数字输出。该非接触式系统测量直径磁化轴上磁铁的绝对角度。此外,PUSH 输出指示 AS5601 和磁铁之间的快速气隙变化,可用于实现非接触式按钮功能,按下旋钮即可将磁铁移向 AS5601。该位置传感器设计用于非接触式
自我监督的学习吸引了越来越多的关注,因为它在没有注释的情况下从数据中学习了数据驱动的代表。基于视觉变压器的自动编码器(VIT-AE)(He等人,2021)是一种最近的自我监督的学习技术,它采用补丁掩盖策略来学习有意义的潜在空间。在本文中,我们专注于改善VIT-AE(绰号为VIT-AE ++),以更有效地表示2D和3D医疗信息。我们提出了两个新的损失功能,以增强训练阶段的表示。第一个损失术语旨在通过考虑建立依赖性并间接改善表示形式来改善自我重建。第二损失项的利用对比损失,以直接从两个随机掩盖的视图中优化表示形式。作为独立的贡献,我们将Vit-ae ++扩展到3D fash-im,以进行体积医学图像。我们在自然图像和医学图像上广泛评估VIT-AE ++,这表明对香草Vit-Ae的持续改善及其优于其他对比学习方法。我们的代码可在https://github.com/chinmay5/vit_ae_plus_plus.git关键字:表示;自学学习;蒙版视觉变压器
1 香港大学计算机科学系 QICI 量子信息与计算计划,香港薄扶林道。2 香港大学计算机科学系人工智能技术实验室,香港薄扶林道。3 北京大学前沿计算研究中心。4 北京大学计算机学院。5 麻省理工学院理论物理中心。6 牛津大学计算机科学系,英国牛津帕克斯路 OX1 3QD。7 圆周理论物理研究所,加拿大安大略省滑铁卢 N2L 2Y5 Caroline Street North 31 号。8 香港大学深圳科研创新研究院,中国深圳市南山区月星二路。9 浙江大学计算机科学与技术学院,中国。
为生物搜索中使用的显微镜图像仍然是一个重要的挑战,尤其是对于跨越数百万图像的大规模实验。这项工作探讨了经过越来越较大的模型骨架和显微镜数据集训练时,弱监督的clasifirers和自我监管的蒙版自动编码器(MAE)的缩放属性。我们的结果表明,基于VIT的MAE在一系列任务上的表现优于弱监督的分类器,在召回从公共数据库中策划的已知生物学关系时,相对实现的相对效果高达11.5%。此外,我们开发了一种新的通道敏捷的MAE架构(CA-MAE),该体系结构允许在推理时输入不同数字和通道的图像。我们证明,在不同的实验条件下,在不同的实验条件下,CA-MAE通过推断和评估在显微镜图像数据集(Jump-CP)上有效地概括了,与我们的训练数据(RPI-93M)相比,通道结构不同。我们的发现促使人们继续研究对显微镜数据进行自我监督学习,以创建强大的细胞生物学基础模型,这些模型有可能促进药物发现及其他方面的进步。与此工作发布的相关代码和选择模型可以在以下网址找到:https://github.com/ recursionpharma/maes_microscopy。
实习的主要目标是对网格代表领域内的当前文献进行彻底审查。随后,目的是设计和实现3D网格自动编码器,以便能够准确捕获对象的形状并有效地将它们压缩到潜在表示中。利用潜在空间已被证明在生成模型中非常有效,如文本对图像模型中所示[6,7]。该自动编码器的潜在应用是多种多样的。主要是,它有可能通过促进潜在空间内的直接操作来大大减轻模型的计算负担。这不仅解锁了在网格序列上无缝工作的运动模型的可能性,而且还使模型的扩展能够处理多个字符,从而结合了它们之间的相互作用。其次,潜在空间可用于生成模型中,从而促进了从文本/图像/视频到姿势/运动的翻译。
• 普通自动编码器和变分自动编码器之间的主要区别在于潜在空间的结构。在 VAE 中,潜在空间是连续且概率性的。这一特性使得 VAE 特别适用于生成建模,因为它们可以通过从潜在空间中学习到的分布中进行采样来生成新的数据点。
对机器任务的深视频压缩(DVC)的事先研究通常需要为每个特定任务培训一个独特的编解码器,从而规定每个任务的专用解码器。相比之下,传统视频编解码器采用了flex ible编码器控制器,从而通过模式预测等机制使Single编解码器适应了不同的任务。从中汲取灵感,我们引入了一个创新的编码器控制器,以用于机器的深度视频压缩。此控制器具有模式预测和一组图片(GOP)选择模块。我们的AP-ARACH在编码阶段集中控制控制,从而允许跨不同任务(例如检测和跟踪)进行适应性的编码器调整,同时与标准的预训练的DVC解码器保持合理性。示例证明我们的方法是在具有各种现有预训练的DVC的多个任务中适用的。此外,广泛的实验表明,对于不同的任务,我们的方法比以前的DVC比以前的DVC大约25%,只有一个预先训练的解码器。
基于大脑计算机界面(BCI)系统的情绪分类是一个吸引人的研究主题。最近,已经对BCI系统的情绪分类进行了深入学习,并与传统的分类方法进行了比较。在本文中,提出了一种新型的深层神经网络,用于使用脑电图系统进行情绪分类,该系统结合了卷积神经网络(CNN),稀疏自动编码器(SAE)和深神经网络(DNN)。在拟议的网络中,CNN提取的功能首先发送到SAE进行编码和解码。然后将冗余降低的数据用作分类任务的DNN的输入特征。使用DEAP和种子的公共数据集用于测试。实验结果表明,所提出的网络比情绪识别的常规CNN方法更有效。对于DEAP数据集,价值和唤醒的最高识别精度分别达到了89.49%和92.86%。但是,对于种子数据集,最佳识别精度达到96.77%。通过组合CNN,SAE和DNN并分别训练它们,提出的网络被显示为具有比常规CNN更快的收敛速度的有效方法。