摘要 全基因组功能性遗传筛选已成功发现基因型-表型关系并设计新表型。虽然广泛应用于哺乳动物细胞系和大肠杆菌,但在非常规微生物中的使用受到限制,部分原因是无法准确设计此类物种的高活性 CRISPR 向导。在这里,我们开发了一种针对所选生物体(在本例中为产油酵母解脂耶氏酵母)的 sgRNA 设计实验计算方法。在不存在非同源末端连接(主要的 DNA 修复机制)的情况下进行负选择筛选,用于生成 SpCas9 和 LbCas12a 的单个向导 RNA (sgRNA) 活性谱。这种全基因组数据作为深度学习算法 DeepGuide 的输入,该算法能够准确预测向导活性。 DeepGuide 使用无监督学习来获取基因组的压缩表示,然后通过监督学习来映射具有指导活性的 sgRNA 序列、基因组背景和表观遗传特征。全基因组和选定基因子集的实验验证证实了 DeepGuide 能够准确预测高活性 sgRNA。DeepGuide 提供了一种生物体特异性的 CRISPR 指导活性预测因子,可广泛应用于真菌物种、原核生物和其他非常规生物。
• 责任 责任——我们相信,机构自治、学术诚信、学术自由以及对科学和艺术卓越与创造力的追求是取得真实和高质量成就的先决条件 • 开放 开放——我们培养好奇心、勇气、包容性、多样性、参与度和团结精神,将其作为进步和公正机构的必要条件 • 创新 创新——我们认识到可持续发展、社区参与、满足劳动力市场和未来就业需求的教育以及知识转移作为学术机构社会信任支柱的重要性 • 联系 联系——我们合作并鼓励各种形式的国际关系,以真实地促进欧洲和平、启蒙和和谐关系的价值观
特殊说明 AD 跑道 05/23 的使用条件:主跑道 跑道 13/31:仅在气象条件不再允许使用 05/23 或无法使用时才可使用的辅助跑道 13:禁止 LDG,除经 AD 主管豁免的国家 ACFT 外 跑道 31:禁止在顺风分量中 LDG 风速限制:所有 QFU,最大侧风限制 25 kt 干跑道,20 kt 湿跑道,按平均风计算 为了减少噪音污染,如果气象条件允许,跑道 05/23 优先于 TKOF PAPI 跑道 05:强制昼夜使用 跑道带的特殊存在: - 在 05 跑道最后 1000 米向北:带有红色夜间标记的围栏:高度2.5米,峰顶高度3.86米;土丘:43°06'12''N - 006°09'16''E; 05 号跑道沿线的运河:43°06'14'' - N 006°09'18''E - 05 号跑道带南侧末端:带红色夜间标记的围栏:高 2.5 米,顶峰海拔 3.07 米 QFU 05 北侧和南侧有沼泽 QFU 05 北侧有未标记的温室,43°06'05.85''N - 006°08'58.78''E,高 25 米,圆圈直径 500 米
将 DLW 制备的微结构应用于功能设备中,需要具有不同电学、光学、机械和化学特性的各种材料。自适应性材料(即其特性可以在制造后进行定制)是人们所迫切需要的,而可降解性则是人们所最需要的自适应特性之一。[7–9] 然而,DLW 过程中产生的交联聚合物结构(尤其是使用商用光刻胶时)是永久性的。降解此类材料通常需要苛刻的条件,例如经典 (甲基) 丙烯酸网络中酯键的高温水解或激光烧蚀。[7,8] 光刻胶配方中加入了各种化学功能,使印刷结构在特定刺激下破裂,例如化学试剂、[10–12] 酶、[13] 温度或光。[14] 其中,光是首选触发器,可对降解过程进行空间和时间控制。为了将光降解性引入微结构,必须在光刻胶的化学结构中整合一个光不稳定部分。设计光可降解 DLW 光刻胶的一个关键挑战是选择合适的、在写入过程中稳定的光不稳定基团。某些光化学反应,例如香豆素、蒽和肉桂酸酯等化学实体的可逆光二聚化可能适合这些目的,因为它们的二聚化/交联可以在 300 至 400 nm 的紫外线下诱导,而环消除可以在较短波长的紫外线(≤ 260 nm)照射下发生。[15] 然而,这种高能量的 UVA/UVB 照射对于许多应用来说可能过于剧烈,特别是细胞支架。可能更合适的可见光响应光不稳定部分在紫外线下会迅速降解,因此无法在写入过程中存活,而写入过程大多采用这种紫外线波长。 [16] 到目前为止,我们团队只有一份关于从 DLW 中获得光降解网络的报告,其中书写和
2020 当选为美国国家发明家科学院 (NAI) 院士 2017 当选为美国国家工程院 (NAE) 院士 2015 印度理工学院孟买分校杰出校友奖 2015 年 P4 论文荣获 SIGCOMM CCR 最佳论文奖 2014 年 SIGCOMM 终身奖,表彰其“对网络算法的持续和多样化贡献,对研究和工业界都产生了深远影响” 2014 年 Koji Kobayashi 计算机与通信奖,表彰其“对网络算法领域及其在高速分组网络中的应用所做出的贡献” 2014 年 SIGCOMM 最佳论文奖,表彰其“分布式拥塞感知负载平衡” 2014 年 IETF 应用网络研究奖,表彰其“报头空间分析” 最佳论文奖,ANCS 2013,表彰其“数据包解析器的设计原理” 2010-2011 斯坦福大学计算机科学系杰出访问学者 2008 OSDI 最佳论文奖,OSDI 2008 论文“Harnessing Memory Redundancy” 2002,当选为 ACM 会士 2001 计算机科学最佳教师奖,加州大学圣地亚哥分校,2001,由毕业本科生投票选出 1998 最佳导师奖,SIGMETRICS 1997 Big Fish,年度导师奖,华盛顿大学研究生工程学生协会 (AGES) 1997。 1996 ONR 青年研究员奖 1996(在 416 名科学领域的申请者中,有 34 人获奖,1996 年选出 2 名计算机科学家) 1996 PODC 最佳学生论文,与学生 Mahesh Jayaram 合作撰写的论文。 1993 1989-1991 DEC 研究生教育项目 (GEEP) 学者