肩突

高度改良的肩突硬蜱基因组，含有 X 和 Y 假染色体

肩突硬蜱，即黑腿蜱，是莱姆病螺旋体伯氏疏螺旋体的主要媒介，是美国每年约 47 万例莱姆病病例中的大多数是由其引起的。肩突硬蜱可以传播另外六种对人类健康有影响的病原体。由于其医学重要性，肩突硬蜱是第一个被测序和注释的蜱基因组。然而，由于节肢动物基因组特有的长重复基因组序列以及缺乏长读长测序技术所带来的技术挑战，第一个组装体肩突硬蜱 Wikel (IscaW) 高度碎片化。尽管由于胚胎注射和 CRISPR-Cas9 介导的基因编辑等新工具的出现，肩胛带蜱已成为蜱研究的模型，但缺乏染色体级支架减缓了蜱生物学的进展和控制工具的开发。在这里，我们结合了多种技术来制作肩胛带蜱 Gulia-Nuss (IscGN) 基因组组装和基因组。我们使用了来自卵和雄性和雌性成年蜱的 DNA，并利用 Hi-C、PacBio HiFi 测序和 Illumina 短读测序技术来制作染色体水平的组装。在这项工作中，我们展示了由 13 条常染色体和性假染色体组成的预测假染色体：X 和 Y，以及与现有组装和注释相比显着改进的基因组注释。