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使用人多能干细胞衍生的人类肢体骨骼发育进行建模
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年1月10日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.09.631479 doi：Biorxiv Preprint
使用患者衍生的多能干细胞
Yuanyuan Qin 1* , Parth Chhetri 1* , Elizabeth Theusch 1* , Grace Lim 1 , Sheila Teker 1 , Yu-Lin Kuang 1 , Shahrbanoo Keshavarz Aziziraftar 2 , Mohammad Hossein Mehraban 2 , Antonio Munoz-Howell 1 , Varun Saxena 3 , Dounia Le Guillou 4 , Aras N. Mattis 2,5,6，Jacquelyn J. Maher 4,5，Marisa W. Merisa W. 1,5,7 1加利福尼亚大学旧金山分校儿科学系2加利福尼亚州旧金山3 Kaiser Southerente Southerente Southerente South San Francisco San San Francisco Uncilent of California San San Francisco 5 Ucsf live of Cactornia of Cactornia Medicine and Stem Cell Research, University of California San Francisco 7 Institute of Human Genetics, University of California, San Francisco *Contributed equally Corresponding Author : Marisa Medina 5700 Martin Luther King Jr. Way Oakland, CA 94609 Marisa.medina@ucsf.edu Keywords : Functional lipid assessment, MASLD cohorts, precision medicine, individual susceptibility, patient-derived IPSC，MASLD预防策略电子单词计数：2000个数字和表数：2利益冲突陈述：ANM是Biomarin Pharmaceuticals，Pliant Therapeutics，Regeneron Pharmaceuticals和Hepatx的顾问。财政支持声明：这项工作得到了CIRM DISC2-12358（MWM，ANM），NIH R01 DK130391（MWM，ANM），NIH R01 DK132129（ANM），ANM），以及由Sandler Fundation的部分资金，由Sandler Fundation（MANM）（MMWMWM）（MMWMWM）资助。通过CIRM IT1-06563（JJM），R21DK118380（JJM）和UCSF肝脏中心P30 DK026743提供了。。作者贡献概念化 - MWM方法论 - AMH，VS验证 - GL正式分析 - MWM，YQ，GL，ET调查 - YQ，PC，PC，GL，ST，ST，YK Resources - SKA，MHM，MHM，DLG，ANM，ANM，JJM，JJM
临床特征和诱导多能干细胞（IPSC）疾病模型的Harel-Yoon综合征模型由复合杂合ATAD3A变体引起
ATPase家族AAA含有域的蛋白3a（ATAD3A）富含线粒体膜，对于维持线粒体结构和功能至关重要。 ATAD3A基因的变体可以导致Harel Yoon综合征（Hayos），这是神经，心血管和其他系统的发育缺陷。 这项研究旨在从患者的体细胞（Zjuchyli001-A）和阴性对照（Zjuchyli002-A）中开发出诱导的多能干细胞（IPSC），作为对ATAD3A变异疾病的病因的进一步研究的有效工具。 我们描述并分析了Proband及其家人的临床表现。 从概率和阴性对照中收集并将其重新编程为IPSC。 此外，我们测量了IPSC中的ATAD3A表达水平，以确认这些细胞系的有效性。 Proband和她的姐姐都病重病，并有复合杂合的ATAD3A变体（F459S/T498NF*13）。 他们的父母是这些变体的载体，没有任何临床表现。 两个变体都位于ATAD3A蛋白的ATPase结构域上。 细胞系Zjuchyli001-A和Zjuchyli002-A呈现多能干细胞的典型特征。 与Zjuchyli002-A相比，Zjuchyli001-A的ATAD3A表达水平显着降低。 这项研究从ATAD3A的复合杂合变体的患者中产生了IPSC，并且是负面对照，作为阐明ATAD3A变体相关疾病的分子机制的有价值工具。ATPase家族AAA含有域的蛋白3a（ATAD3A）富含线粒体膜，对于维持线粒体结构和功能至关重要。ATAD3A基因的变体可以导致Harel Yoon综合征（Hayos），这是神经，心血管和其他系统的发育缺陷。 这项研究旨在从患者的体细胞（Zjuchyli001-A）和阴性对照（Zjuchyli002-A）中开发出诱导的多能干细胞（IPSC），作为对ATAD3A变异疾病的病因的进一步研究的有效工具。 我们描述并分析了Proband及其家人的临床表现。 从概率和阴性对照中收集并将其重新编程为IPSC。 此外，我们测量了IPSC中的ATAD3A表达水平，以确认这些细胞系的有效性。 Proband和她的姐姐都病重病，并有复合杂合的ATAD3A变体（F459S/T498NF*13）。 他们的父母是这些变体的载体，没有任何临床表现。 两个变体都位于ATAD3A蛋白的ATPase结构域上。 细胞系Zjuchyli001-A和Zjuchyli002-A呈现多能干细胞的典型特征。 与Zjuchyli002-A相比，Zjuchyli001-A的ATAD3A表达水平显着降低。 这项研究从ATAD3A的复合杂合变体的患者中产生了IPSC，并且是负面对照，作为阐明ATAD3A变体相关疾病的分子机制的有价值工具。ATAD3A基因的变体可以导致Harel Yoon综合征（Hayos），这是神经，心血管和其他系统的发育缺陷。这项研究旨在从患者的体细胞（Zjuchyli001-A）和阴性对照（Zjuchyli002-A）中开发出诱导的多能干细胞（IPSC），作为对ATAD3A变异疾病的病因的进一步研究的有效工具。我们描述并分析了Proband及其家人的临床表现。从概率和阴性对照中收集并将其重新编程为IPSC。此外，我们测量了IPSC中的ATAD3A表达水平，以确认这些细胞系的有效性。Proband和她的姐姐都病重病，并有复合杂合的ATAD3A变体（F459S/T498NF*13）。他们的父母是这些变体的载体，没有任何临床表现。两个变体都位于ATAD3A蛋白的ATPase结构域上。细胞系Zjuchyli001-A和Zjuchyli002-A呈现多能干细胞的典型特征。与Zjuchyli002-A相比，Zjuchyli001-A的ATAD3A表达水平显着降低。这项研究从ATAD3A的复合杂合变体的患者中产生了IPSC，并且是负面对照，作为阐明ATAD3A变体相关疾病的分子机制的有价值工具。
2024; 20（15）：6255-6278。 doi：10.7150/ijbs.100113研究论文来自人类诱导的多能干细胞的细胞外囊泡表现出独特的MIC
1。fondazione irccs ca'granda ospedale maggiore Policlinico，意大利米拉诺的fondazione irccs ca和Gene疗法单位。2。瑞士苏黎世大学医院医学肿瘤学和血液学系。3。ITB-CNR，国家研究委员会生物医学技术研究所，意大利分离。4。脑损伤和神经保护症实验室，急性脑和心血管损伤部，意大利米兰的Istituto di Ricerche Farmacogiche Mario Negri Irccs。5。San Raffaele科学研究所，意大利米拉诺神经科学部，神经科学部。 6。 意大利L'Aquila大学的生活，健康与环境科学系。 7。 Epiget Lab，米兰米兰大学临床科学与社区健康系。 8。 意大利米兰米兰比科卡大学生物技术与生物科学系。 9。 移植免疫学SC Trapianti Lombardia的实验室 - NITP。 fondazione irccs ca'granda ospedale maggiore Policlinico，意大利米兰。San Raffaele科学研究所，意大利米拉诺神经科学部，神经科学部。6。意大利L'Aquila大学的生活，健康与环境科学系。 7。 Epiget Lab，米兰米兰大学临床科学与社区健康系。 8。 意大利米兰米兰比科卡大学生物技术与生物科学系。 9。 移植免疫学SC Trapianti Lombardia的实验室 - NITP。 fondazione irccs ca'granda ospedale maggiore Policlinico，意大利米兰。意大利L'Aquila大学的生活，健康与环境科学系。7。Epiget Lab，米兰米兰大学临床科学与社区健康系。 8。 意大利米兰米兰比科卡大学生物技术与生物科学系。 9。 移植免疫学SC Trapianti Lombardia的实验室 - NITP。 fondazione irccs ca'granda ospedale maggiore Policlinico，意大利米兰。Epiget Lab，米兰米兰大学临床科学与社区健康系。8。意大利米兰米兰比科卡大学生物技术与生物科学系。9。移植免疫学SC Trapianti Lombardia的实验室 - NITP。fondazione irccs ca'granda ospedale maggiore Policlinico，意大利米兰。
花卉文化中的智能干预措施，用于增强货架寿命和增值
使用先进的收获后治疗方法以及可持续包装解决方案已彻底改变了花卉保存和增值。这些智能干预措施的重点是减少变质，保持美学质量并优化资源使用。此外，增值技术，例如生物防腐剂的开发，装饰性增强和环保包装解决方案，进一步有助于提高市场吸引力和可持续性。这些技术的整合不仅提高了花卉养殖领域的盈利能力，而且还与可持续性的全球趋势和对环保产品的消费者偏好的趋势保持一致。本文重点介绍了创新在推动花卉文化的未来朝着更有效，有利可图和可持续发展方向发展的关键作用。
CRISPR屏幕在IPSC衍生的神经元中揭示了tau proteostasis 的原理 人类诱导的多能干细胞的扰动细胞图集 多态串联重复在免疫景观上形状的单细胞基因表达 蛋白质生成进化扩散 注释冷冻卷：机器学习挑战 胎盘猪中的胎盘HIGF1纳米颗粒基因治疗在肝脂质和葡萄糖代谢相关的信号通路中以胎儿性别特异性方式改善胎儿生长限制相关的变化 西尼罗河病毒在欧洲传播的生物气候建模，特别关注乌克兰 单元格中的信号：用于治疗的多模式和上下文化的机器学习基础 SPAMTP：空间代谢组学和转录组学数据的综合统计分析和可视化 使用捕获的离子迁移率和DDAP 通过成对的细胞表面和病毒1 增强了慢病毒基因递送到哺乳动物细胞 坏死性到凋亡信号轴是炎症性肠病的基础 Devider：多种单倍型的长阅读重建 pyr1生物传感器驱动的全基因组CRISPR筛选，用于改善Kluyveromyces Marxianus的单甲苯样产生 果糖-2,6-双磷酸盐恢复TDP-43病理 - bean（psophocarpus tetragonolobus）
蛋白质tau的抽象聚集定义了tauopathies，其中包括阿尔茨海默氏病和额颞痴呆。特定的神经元亚型有选择地容易受到tau聚集的影响，随后的功能障碍和死亡，但潜在的机制尚不清楚。系统地揭示了控制人类神经元中Tau聚集体积累的细胞因子，我们在IPSC衍生的神经元中进行了基于基因组CRISPRI的修饰筛网。屏幕发现了预期的途径，包括自噬，以及意外的途径，包括ufmylation和GPI锚构成。我们发现E3泛素连接酶CUL5 SOCS4是人类神经元中tau水平的有效修饰符，泛素化tau，与小鼠和人类中的auopanty的脆弱性相关。线粒体功能的破坏会促进tau的蛋白酶体错误处理，从而产生tau蛋白水解片段
在微尺度液滴中培养多能干细胞可调节芯片上类器官的分化和组织模式
多能干细胞 (PSC) 的分化及其向类器官的自组织受到细胞间相互作用的影响，这些相互作用由接触和分泌分子介导。由于限制和小的培养体积，这些相互作用在微流体液滴中得到增强。然而，尚未对液滴内 PSC 的培养及其微环境的影响进行全面研究。在本研究中，我们提出了一个液滴平台，用于在细胞定型的各个阶段对 PSC 进行 3D 培养。我们展示了 PSC 分化为三个胚层以及在液滴内形成类器官的可行性。我们的研究结果表明，在密闭空间中培养 PSC 可以调节细胞命运决定，通过依次诱导不同分化细胞群的生长和迁移来促进类原肠胚中的组织模式形成，并促进心脏类器官的自组织。这种技术方法为体外调节组织自模式形成的内在因素提供了独特的见解。
丝氨酸整合酶 BxbI 高度增强人类多能干细胞中的转基因整合
现代基因组工程技术已经能够以有针对性的方式对哺乳动物细胞进行改造，从单核苷酸改变到插入更大的转基因有效载荷。然而，利用靶向核酸酶（如 CRISPR/Cas9）的方法依赖于细胞 DNA 修复机制进行同源定向修复介导的整合，需要产生暴露的 DNA 双链断裂 (DSB)，在插入较大的 DNA 货物时效率极低，并且经常导致不必要的编辑结果 1–4 。人类多能干细胞 (hPSC) 通过整合治疗有效载荷基因并分化为所需的细胞类型，为细胞治疗应用提供了巨大的潜力 5–8 然而，hPSC 特别难以工程化，因为它们易受 p53 介导的 DNA 损伤反应诱导的细胞凋亡的影响 9,10 。丝氨酸整合酶（例如 BxbI）不依赖于细胞机制并且不被认为产生暴露的 DSB，因此最近它们已被用于成功地将大有效载荷整合到 hPSC 中，既直接整合到预先设计的着陆垫中 11-13 ，也与 Cas9 介导的靶向结合使用 14-16 。通过整合选择标记 11,17,18 ，可以生成 100％ 工程化的 hPSC 群体，但是如果没有选择，报告的靶向效率仍然非常低，通常低于 1％ 13,18 。许多应用将受益于 hPSC 中大有效载荷的更高整合效率，因此一直在努力开发更有效的 BxbI 蛋白，但是到目前为止，这些努力仅导致 hPSC 靶向效率达到 3.8％ 16,19 。在本研究中，我们着手测试是否可以通过优化核苷酸序列、递送方法和抑制 p53 通路来提高 BxbI 整合酶在 hPSC 中的靶向效率。
STRAIGHT-IN Dual：一种将 DNA 有效载荷和基因回路以双重、单拷贝方式整合到人类诱导性多能干细胞中的平台
将 DNA 有效载荷靶向人类 (h)iPSC 涉及多个耗时、低效的步骤，每个构建体都必须重复这些步骤。在这里，我们介绍了 STRAIGHT-IN Dual，它能够在一周内以 100% 的效率同时、等位基因特异性、单拷贝整合两个 DNA 有效载荷。值得注意的是，STRAIGHT-IN Dual 利用 STRAIGHT-IN 平台实现几乎无疤痕的货物整合，促进组件回收以进行后续的细胞修饰。使用 STRAIGHT-IN Dual，我们研究了启动子选择和基因语法如何影响转基因沉默，并展示了这些设计特征对 hiPSC 向神经元正向编程的影响。此外，我们设计了一种格拉瑞韦诱导的 synZiFTR 系统来补充广泛使用的四环素诱导系统，提供转录因子和功能报告基因的独立、可调和时间控制的表达。 STRAIGHT-IN Dual 生成同质基因工程 hiPSC 群体的空前效率和速度代表了合成生物学在干细胞应用领域的重大进步，并为精准细胞工程开辟了机会。