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World File Search System脱靶
评估脱靶和靶评分算法并整合到向导 RNA 选择工具 CRISPOR 中。
结果：我们首次对 CRISPR/Cas9 预测进行了独立评估。为此，我们收集了八项 SpCas9 脱靶研究的数据，并将它们与流行算法预测的位点进行了比较。我们在一项实施中发现了问题，但发现基于序列的脱靶预测非常可靠，可以识别出大多数突变率高于 0.1% 的脱靶，而通过切断脱靶分数可以大大减少假阳性的数量。我们还根据可用数据集评估了靶向效率预测算法。预测与向导活性之间的相关性差异很大，尤其是对于斑马鱼。结合我们实验室的新数据，我们发现最佳靶向效率预测模型在很大程度上取决于向导 RNA 是从 U6 启动子表达还是体外转录。我们进一步证明，最佳预测可以显著减少向导筛选所花费的时间。
种群规模的细胞指南seq-2和生化变化seq-r轮廓揭示了人遗传变异经常影响cas9脱靶活动
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年2月12日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.10.637517 doi：Biorxiv Preprint
BRAF 抑制剂的脱靶会破坏内皮信号传导和血管屏障功能
针对突变型 BRAF 的靶向疗法与 MEK 抑制剂 (MEKi) 联合使用可有效治疗晚期黑色素瘤。然而，治疗成功率会受到耐药性和不良事件 (AE) 的影响。已获批准的 BRAF 抑制剂 (BRAFi) 表现出高水平的靶标混杂性，这可能会导致这些影响。血管内壁与高血浆浓度的 BRAFi 直接接触，但抑制剂对这种细胞类型的影响尚不清楚。因此，我们旨在描述血管内皮对已获批准的黑色素瘤 BRAFi 的反应。我们发现临床批准的 BRAFi 诱导了内皮 MAPK 信号的矛盾激活。此外，磷酸化蛋白质组学显示每种抑制剂都有不同的脱靶组。使用维莫非尼和下一代二聚化抑制剂 PLX8394 治疗后，内皮屏障功能和连接完整性受损，但使用达拉非尼或恩科拉非尼则没有。总之，这些发现有助于深入了解 BRAFi 对内皮信号和功能产生的惊人不同副作用。更好地了解脱靶效应有助于确定不良反应背后的分子机制，并指导 BRAF 突变型黑色素瘤疗法的持续发展。
基因组编辑产品的脱靶分析
– 具有足够灵敏度的方法 – 评估从多个供体获得的体外 GE 产品的最终临床产品 – 包括体内 GE 产品中检测到编辑事件的主要细胞类型 • 评估与脱靶编辑相关的生物学后果 • 评估基因组完整性
高性能 TadA-8e 衍生的胞嘧啶和双碱基编辑器，在植物中具有不可检测的脱靶效应
Tingting Fan 1,2Ɨ , Yanhao Cheng 3Ɨ , Yuechao Wu 4,5Ɨ , Shishi Liu 1Ɨ , Xu Tang 1,2Ɨ , Yao He 1 , Shanyue Liao 1 , Xuelian Zheng 1,2 ,Tao Zhang 4,5* , Yiping Qi 3,6* , Yong Zhang 2* 1 Department of Biotechnology, School of Life Sciences and Technology, Center for
超越承诺：评估和减轻 CRISPR 基因编辑中的脱靶效应，以实现更安全的治疗
在过去十年中，CRISPR 因其能够治愈目前无法治疗的遗传疾病的潜力而彻底改变了药物开发。2012 年，CRISPR 从细菌中被改造用于人类细胞的基因编辑，值得注意的是，仅仅 11 年后，它就首次被批准作为治疗镰状细胞病和输血依赖性 β-地中海贫血的药物。然而，CRISPR 系统的应用与非预期的脱靶和在靶改变有关（包括小插入/缺失以及结构变异，例如易位、倒位和大缺失），这对患者来说是风险来源，也是开发安全疗法的关键问题。近年来，已经开发出多种方法来检测 CRISPR-Cas 核酸酶活性的不良影响。在这篇综述中，我们总结了用于脱靶评估的不同方法，讨论了它们的优点和局限性，并重点介绍了提高 CRISPR 系统安全性的策略。最后，我们讨论了它们在当前监管环境下 CRISPR 治疗临床前风险评估的相关性和应用。
综述 CRISPR-Cas9 基因组编辑在降低脱靶效应方面取得的最新进展
摘要：CRISPR-Cas（成簇的规律间隔的短回文重复序列 (CRISPR)）和相关蛋白 (Cas9) 系统是一种年轻但研究充分的基因组编辑工具，可为多种遗传疾病提供合理的解决方案。具有 20 个碱基的用户定义间隔序列的单向导 RNA (sgRNA) 和 Cas9 内切酶构成了 CRISPR-Cas9 系统的核心。该 sgRNA 可以将 Cas9 核酸酶引导至任何基因组区域，该区域包含下游的原间隔相邻基序 (PAM) 并与间隔序列匹配。CRISPR-Cas9 基因组编辑技术在临床应用中面临的当前挑战是潜在的脱靶效应，可能导致 DNA 在错误位点裂解。脱靶基因组编辑混淆并削弱了 CRISPR-Cas9 的治疗潜力，此外还可能使人们对有关基因活动的科学发现产生怀疑。在本综述中，我们总结了减少 CRISPR-Cas9 基因组编辑脱靶效应的最新技术进展。关键词：CRISPR-Cas9、基因组编辑、脱靶效应、最新进展、综述
综述 CRISPR-Cas9 基因组编辑在降低脱靶效应方面取得的最新进展
摘要：CRISPR-Cas（成簇的规律间隔的短回文重复序列 (CRISPR)）和相关蛋白 (Cas9) 系统是一种年轻但研究充分的基因组编辑工具，可为多种遗传疾病提供合理的解决方案。具有 20 个碱基的用户定义间隔序列的单向导 RNA (sgRNA) 和 Cas9 内切酶构成了 CRISPR-Cas9 系统的核心。该 sgRNA 可以将 Cas9 核酸酶引导至任何基因组区域，该区域包含下游的原间隔相邻基序 (PAM) 并与间隔序列匹配。CRISPR-Cas9 基因组编辑技术在临床应用中面临的当前挑战是潜在的脱靶效应，可能导致 DNA 在错误位点裂解。脱靶基因组编辑混淆并削弱了 CRISPR-Cas9 的治疗潜力，此外还可能使人们对有关基因活动的科学发现产生怀疑。在本综述中，我们总结了减少 CRISPR-Cas9 基因组编辑脱靶效应的最新技术进展。关键词：CRISPR-Cas9、基因组编辑、脱靶效应、最新进展、综述
HBG启动子的基础编辑可诱导有效的胎儿血红蛋白表达，而在人HSC中无可检测到的脱靶突变
？），ying.zhang84@whu.edu.cn（y.z。）https://doi.org/10.1016/j.stem.2023.10.007https://doi.org/10.1016/j.stem.2023.10.007