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World File Search System脱靶
利用雌激素剥夺的脱靶影响使雌激素受体负面乳腺癌对免疫杀害
抽象背景有雌激素受体（ER）+，孕酮受体（PR）+和HER2+乳腺癌的高效治疗策略。但是，对于被诊断为三阴性乳腺癌的妇女中的10％ - 15％的靶向治疗策略有限。在这里，我们假设靶向药物的ER会诱导表型变化，以使乳腺肿瘤细胞对免疫介导的杀戮敏感，无论其ER状态如何。进行了实时细胞分析，流式细胞仪，QRT-PCR，蛋白质印迹和多重RNA分析，以表征ER+和ER-乳腺癌细胞，并询问ER靶向药物的表型效应。通过他莫昔芬代谢产物4-羟基莫昔芬（4-OHT）和输卵剂的乳腺癌细胞对免疫细胞杀死的敏感性，是通过体外健康抑制天然杀伤细胞111释放内杀死测定方法来确定的。进行了一项合成性肿瘤研究，以在体内验证这些发现。用他莫昔芬代谢产物4- OHT或Fulvestrant进行预处理的结果导致ER+和ER-乳腺癌细胞的自然杀伤（NK）介导的细胞裂解增加。通过4-OHT处理的ER+和ER-细胞的多重RNA分析分析，我们确定了凋亡和死亡受体信号传导途径的激活增加，并确定了G蛋白偶联受体的雌激素（GPR30）参与度是一种假定的机制，是一种用于免疫开发的机制。使用特定的GPR30激动剂G-1，我们证明了靶向GPR30信号传导的靶向激活导致NK细胞杀死增加。此外，我们表明GPR30的敲低抑制了4-OHT和拟驱动介导的NK细胞杀伤的增加，这表明这取决于GPR30的表达。此外，我们证明了这种机制在4-OHT耐药的MCF7细胞系中保持活跃，表明即使在具有抗ER+肿瘤的患者群体中，对他莫昔芬的细胞毒性作用有抗性，4-OHT治疗也会使它们敏感它们对免疫介导的杀害。此外，我们发现肿瘤细胞的过饱和预处理与IL-15超级飞机N-803治疗NK细胞的处理协同，并使肿瘤细胞敏感到靶向高亲和力天然杀伤剂（T-Hank）细胞的编程死亡凸起1（PD-L1）。最后，我们证明了荧光动物和N-803的组合有效地在体内三阴性乳腺癌。
改进的胞嘧啶碱基编辑器的基因组和转录组范围的脱靶分析
1 博伊斯汤普森研究所，纽约州伊萨卡 14853，美国；2 马里兰大学植物科学与景观建筑系，马里兰州帕克分校，美国；3 扬州大学农学院，江苏省作物基因组学与分子育种重点实验室/植物功能基因组学教育部重点实验室，扬州 225009，中国；4 扬州大学江苏省粮食作物现代生产技术协同创新中心，扬州 225009，中国；5 康奈尔大学植物育种与遗传系，纽约州伊萨卡 14853；6 马里兰大学生物科学与生物技术研究所，马里兰州罗克维尔 20850。Ɨ 上述作者对本文贡献相同。
多尺度相互作用分析与脱靶药物预测相结合，揭示了人类冠状病毒病的药物重新利用候选
1。加拿大多伦多的瑞尔森大学化学与生物学系。2。加拿大多伦多大学多伦多大学计算机科学系3。 矢量研究所，加拿大安大略省多伦多，4。 Cyclica Inc.，加拿大安大略省多伦多，5。 分子医学计划，加拿大安大略省多伦多的病儿童研究所医院6. 加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。 7。 Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。 8。 加拿大多伦多大学医学生物物理学系9. Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。 加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。 11。 phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。 加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。 基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多大学多伦多大学计算机科学系3。矢量研究所，加拿大安大略省多伦多，4。Cyclica Inc.，加拿大安大略省多伦多，5。 分子医学计划，加拿大安大略省多伦多的病儿童研究所医院6. 加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。 7。 Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。 8。 加拿大多伦多大学医学生物物理学系9. Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。 加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。 11。 phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。 加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。 基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.Cyclica Inc.，加拿大安大略省多伦多，5。分子医学计划，加拿大安大略省多伦多的病儿童研究所医院6.加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。 7。 Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。 8。 加拿大多伦多大学医学生物物理学系9. Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。 加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。 11。 phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。 加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。 基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。7。Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。8。加拿大多伦多大学医学生物物理学系9.Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。11。phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。14。生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。15。加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。16。加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多多伦多大学外科系。17。免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多大学的实验室医学与病理学系
γ球蛋白基因启动子的腺嘌呤碱基编辑没有可检测到的脱靶RNA或DNA编辑
l i n g l i n *，l a u a u r e n yo u n g *，j e n n y o l i n s *，j e r e m y d e c k e r，a l e x a n d e r j。l i q u o r i，s。yi n g y i n g z h a n g，h a i h u a c h u，d a i s y l a m，c o n r a d r a d r i n a l d i d i，a d r i a n d r i a n P. r y b y b a k，m i c h a e l s。p a c k e r，n i c o l e m。g a u d e l l i，l u i s b a r r e r a r a r a r a r a r a r a r a r y m a r a r s h a l l l l l l l，m a t t h t h a l l l l，m a t t h u m e s，b o b o b g a n t z e r，b r i a n c a f f e f f e f f e f e r t y， N M O H A N S I N G H，A D A M J。h a r t i g a n，g i u s e p p e c i a r a m e l l a
经过精确编辑的克隆小牛基因组没有显示出脱靶事件或从头诱变增加的证据
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2021 年 1 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.01.28.428703 doi：bioRxiv 预印本
慢交换构象开关通过高保真 Cas9 调控脱靶切割
。CC-BY 4.0 国际许可（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2020 年 12 月 7 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.12.06.413757 doi：bioRxiv 预印本
Crispr2vec：机器学习模型预测 CRISPR 系统的脱靶切割
成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)/CRISPR-Cas 系统彻底改变了基因编辑，可应用于治疗、诊断、农业和开发疾病模型。然而，CRISPR-Cas 存在脱靶效应——即在使用过程中导致基因组中出现非预期的遗传修饰。在这项工作中，我们提出了 crispr2vec：一种用于嵌入 CRISPR 单向导 RNA (sgRNA) 序列并预测脱靶切割的深度度量学习方法。给定一个固定的靶序列，我们表明我们学习到的嵌入可以忠实地表示潜在的脱靶。我们提出了一种专门针对 CRISPR 序列的新型三重采样策略，可提高嵌入的质量。我们表明，生成的嵌入可推广到不同的脱靶切割检测分析中。最后，我们证明了深度度量学习方法在预测脱靶切割方面的优势，与之前的文献相比，该方法在不同数据集上对可见和未可见的 sgRNA 进行交叉折叠验证。
CRISPR 介导的基因组编辑牛胚胎中的嵌合性和脱靶突变评估
未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者（此版本于 2020 年 6 月 4 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.06.04.134759 doi：bioRxiv preprint
减轻 CRISPR/Cas9 介导的体内基因编辑中的脱靶效应
摘要 基因组编辑技术的快速发展为医学领域开辟了新的可能性。基于核酸酶的技术（例如 CRISPR/Cas9 系统）现在用于治疗以前难以治疗的遗传性疾病。与当代编辑系统相比，CRISPR/Cas9 基因编辑方法具有多种优势，特别是在组件设计、实施和多重基因组编辑选项方面更易于实现。虽然早期临床试验的结果令人鼓舞，但这些试验招募的患者人数较少，阻碍了对 CRISPR/Cas9 疗法的安全性方面做出结论性评估。潜在的安全问题包括 CRISPR/Cas9 系统缺乏保真度，这可能导致非目标基因位点的意外 DNA 修饰。本综述重点介绍了对 CRISPR/Cas9 组件的修改，这些修改可以减轻体外和临床前模型中的脱靶效应，以及其在患者群体中转化为基因治疗的可行性。
SMOOT 文库和噬菌体诱导的 Cas9 定向进化可减少脱靶活性
RNA 引导的核酸内切酶（如 Cas9）可在细胞中提供有效的靶向基因组编辑，但也可能切割整个基因组中的脱靶位点。化脓性链球菌 Cas9 (SpCas9) 的工程变体已被开发出来以全面降低脱靶活性，但个别脱靶可能仍然存在，或者靶向活性可能受到损害。为了在保持强大的靶向编辑的同时对抗特定脱靶的活性，我们开发了一种新颖的 M13 噬菌体介导选择方法。使用这种方法，连续几轮正向和负向选择用于识别增强或减弱特定基因组序列编辑活性的 Cas9 突变。我们还引入了寡核苷酸定向靶标扫描诱变 (SMOOT)，这是一种全面的诱变方法，用于创建高度多样化的 Cas9 变体库，这些库可以通过基于噬菌体的选择进行挑战。我们的平台识别出新的 SpCas9 突变体，这些突变体在生化测定和 T 细胞中减轻了对脱靶的切割，同时保持了比以前描述的变体更高的靶向活性。我们描述了一种进化的变体，S . pyogenes Adapted to Reduce Target Ambiguity Cas9 (SpartaCas)，它由最丰富的突变组成，每个突变的功能未知。这种进化的 Cas9 突变体减少了脱靶切割，同时保留了对多个治疗相关靶标的有效编辑。使用我们的系统对 Cas9 进行定向进化展示了一种改进的结构独立方法，可以有效地设计核酸酶活性。