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AffLecto：一个生成Alphafold模型柔性蛋白质构象合素的Web服务器
本质上无序的蛋白质和区域（IDP/IDR）利用其结构性挠性来实现必要的细胞功能，并且功能障碍通常与严重疾病有关。然而，它们的序列，结构动力学和功能角色之间的关系仍然很少理解。将这些复杂关系熟悉的对于特性的发展至关重要，强调了对产生质量IDP/IDR构象异构体的方法的需求。 虽然Alphafold（AF）在建模结构域中表现出色，但它无法准确地代表无序区域，而蛋白质组织的很大一部分不准确。 我们提出了Afflecto，这是一种用户友好的Web服务器，用于生成蛋白质的大构象合奏，其中包括AF结构模型的结构化域和IDR。 通过分析其结构上下文，将IDR识别为尾部，接头或循环。 此外，它结合了一种方法来识别有条件折叠的IDR，AF可能错误地预测为本质上折叠的元素。 使用有效的随机采样算法在全球探索构象空间。 AffLecto的Web界面允许用户通过修改有序区域和分配区域之间的边界以及在几种采样策略之间进行选择来自定义建模。 Web服务器可在https://moma.laas.fr/applications/afflecto/免费获得。对于特性的发展至关重要，强调了对产生质量IDP/IDR构象异构体的方法的需求。虽然Alphafold（AF）在建模结构域中表现出色，但它无法准确地代表无序区域，而蛋白质组织的很大一部分不准确。我们提出了Afflecto，这是一种用户友好的Web服务器，用于生成蛋白质的大构象合奏，其中包括AF结构模型的结构化域和IDR。通过分析其结构上下文，将IDR识别为尾部，接头或循环。此外，它结合了一种方法来识别有条件折叠的IDR，AF可能错误地预测为本质上折叠的元素。使用有效的随机采样算法在全球探索构象空间。AffLecto的Web界面允许用户通过修改有序区域和分配区域之间的边界以及在几种采样策略之间进行选择来自定义建模。Web服务器可在https://moma.laas.fr/applications/afflecto/免费获得。
调节阿尔茨海默氏病的遗传变异风险如果蛋白质 - 蛋白质
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证可永久提供。是作者/资助者，他已授予Medrxiv的许可证，以显示预印本（未通过PEER REVIVE的认证）Preprint Preprint the版权所有此版本，该版本于2025年2月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.02.11.25322052 doi：medrxiv preprint
2025; 15（7）：3143-3158。 doi：10.7150/thno.104722研究论文同种异体非蛋白质生成氨基酸BMAA疫苗破坏了免疫TOR
免疫疗法的基本问题是大多数类型的肿瘤中缺乏肿瘤特异性抗原，从而导致免疫耐受性。对于大约85％的微卫星稳定患者（MSS）结直肠癌（CRC），缺乏肿瘤新抗原会导致免疫疗法功效不佳。我们先前的研究表明，非蛋白酶脯氨酸（PRO）类似物氮氮杂氨酸-2-羧酸（AZE）的掺杂可能会产生突变的蛋白质，从而显着增强肿瘤细胞抗原性和抗肿瘤免疫反应。方法：为了激活更特异性的抗肿瘤免疫反应，副作用较少，我们利用了非蛋白质生成丝氨酸（SER）类似物β-N-甲基氨基氨基 - L-丙氨酸（BMAA），可以通过适当的速率将其用作Seryl TRNA合成酶将其掺入蛋白质中。BMAA掺入的新抗原，并在鼠CRC模型中选择了具有高抗原性的癌细胞富集肽，以制备基于BMAA的自组装纳米颗粒（SAN）。单细胞测序，以分析由SAN疫苗接种诱导的免疫反应，并结合Toll样受体7激动剂（TLRA）辅助和BMAA治疗。结果：San-TlrA接种BMAA治疗诱导了抗肿瘤免疫微环境。这种组合刺激了特定CD8 + T细胞的产生和靶向BMAA的IgG衰老的Neopitopes，最终促进了CRC鼠模型中的免疫激活，抑制肿瘤和延长生存率。这种方法为CRC免疫疗法提供了新的途径。此外，BMAA与SAN疫苗相结合，显着增强了免疫检查点抑制剂抗PD-1抗体的功效。结论：我们的发现提供了一种有前途的策略，用于使用BMAA人为地引入新抗原，这可以破坏免疫耐受性而不会破坏全身免疫平衡。
研究人员分析特定脑细胞的蛋白质组如何随着年龄增长而变化
“转录组（即内皮细胞中所含的 RNA）已经得到了相当全面的绘制，”慕尼黑大学医院中风和痴呆症研究所所长、SyNergy 卓越集群首席研究员、慕尼黑大学教授 Martin Dichgans 说道。“目前缺少的是细胞中完整蛋白质组（蛋白质组）的相应数据。”
蛋白质组学对应用肌科中卫星细胞功能的深入生物分析研究的潜力
抽象简介：再生肌发生在成熟的肌纤维中起着至关重要的作用，可抵消神经肌肉疾病引起的肌肉损伤或功能障碍。专门的肌源性干细胞的激活（称为卫星细胞）本质上与增殖和分化有关，然后是肌细胞融合和多核肌纤维的形成。涵盖的区域：本报告概述了卫星细胞在神经肌肉系统中的作用以及蛋白质组学分析对生物标志物发现的潜在影响，以及鉴定新的治疗靶标在肌肉疾病中的影响。本文回顾了单细胞蛋白质组学对卫星细胞，成肌细胞和心肌细胞进行系统分析的方式，可以帮助更好地理解肌纤维再生过程。专家意见：为了更好地理解神经肌肉疾病中的卫星细胞功能障碍，基于质谱的蛋白质组学是一种出色的大规模分析工具，用于对病理生理过程进行系统分析。可以通过机械/酶促解离方案通常执行优化的肌肉衍生细胞的隔离，然后在专用的流式细胞仪中进行荧光激活的细胞分类。使用标记的自由定量方法或使用串联质量标签的方法是研究干细胞在神经肌肉疾病中的病理生理作用的理想生物分析方法。
Novavax 向美国 FDA 提交 2024-2025 年更新版蛋白质基 COVID-19 疫苗配方申请
前瞻性声明本文中与 Novavax 的未来、其运营计划和前景、其疫苗技术针对变异毒株的免疫原性反应以及未来监管备案和行动的范围、时间和结果（包括任何 FDA 或 CDC 建议）、准备在 8 月中旬之前交付基于 JN.1 蛋白的非 mRNA COVID-19 疫苗的意图有关的声明均为前瞻性声明。Novavax 警告称，这些前瞻性声明受多种风险和不确定因素的影响，这些风险和不确定因素可能导致实际结果与此类声明明示或暗示的结果大不相同。这些风险和不确定性包括但不限于 SARS-CoV2 刺突蛋白的抗原漂移或转移、单独或与合作伙伴共同满足各种安全性、有效性和产品特性要求的挑战，包括与工艺鉴定和检测验证相关的要求，这些要求是满足适用监管机构的要求所必需的；难以获得稀缺的原材料和供应品；资源限制（包括人力资本和制造能力）影响 Novavax 寻求计划的监管途径的能力；获得其候选产品的监管授权的挑战或延迟，包括基于 JN.1 蛋白的非 mRNA COVID- 19 疫苗或未来的 COVID-19 变异株变化；临床试验的挑战或延迟；制造、分销或出口的延迟或挑战；Novavax 对印度血清研究所私人有限公司的独家依赖，以及其运营中的任何延迟或中断对客户订单交付的影响；满足与多个商业、政府和其他实体达成的协议下的合同要求的挑战；以及 Novavax 截至 2023 年 12 月 31 日的 10-K 表年度报告和随后的 10-Q 表季度报告中“风险因素”和“管理层对财务状况和经营成果的讨论和分析”部分中确定的其他风险因素，已提交给美国证券交易委员会 (SEC)。我们提醒投资者不要过分依赖本新闻稿中的前瞻性陈述。我们鼓励您阅读我们向美国证券交易委员会提交的文件，这些文件可在 www.sec.gov 和 www.novavax.com 上查阅，以了解这些风险和其他风险和不确定性。本新闻稿中的前瞻性陈述仅代表本文件发布之日的观点，我们不承担更新或修改任何陈述的义务。我们的业务面临重大风险和不确定性，包括上述风险和不确定性。投资者、潜在投资者和其他人应仔细考虑这些风险和不确定性。
蛋白质语言模型加速了塑料降解酶的发现
塑料污染提出了一个关键的环境挑战，需要创新和可持续的解决方案。在这种情况下，使用微生物和酶的生物降解提供了环保的替代方法。这项工作引入了AI驱动的框架 - 将机器学习（ML）和生成模型集成在一起，以加速塑料降解酶的散发和设计。通过利用预先训练的蛋白质语言模型和策划数据集，我们开发了七个基于ML的二进制分类模型，以识别针对特定塑料底物的酶，平均准确度为89％。该框架应用于从补充B中的6,000多个酶序列，以对靶向多种塑料（包括PET，PLA和尼龙）的酶进行分类。此外，还将这项工作中训练有素的分类模型结合在一起，用于从头产生宠物降解酶。结构生物信息学通过内部分析验证了潜在的候选物，突出了生成和经过实验验证的酶之间物理化学特性的差异。此外，生成的序列表现出较低的分子量和较高的脂肪族指数，这些序列可能会增强与疏水性塑料底物相互作用的特征。这些发现突出了酶发现中基于AI的方法的实用性，为解决塑料污染提供了可扩展有效的工具。未来的工作将着重于对有希望的候选人的实验验证，并进一步完善生成策略以优化酶促性能。
废水元蛋白质组学：跟踪微生物和人类蛋白质生物标志物
*联系人：m.pabst@tudelft.nl摘要基于废水的监视已成为监测病原体，抗生素耐药性基因以及测量种群水平暴露于药物和化学物质的强大工具。虽然监视方法通常靶向小分子，DNA或RNA，但废水也包含大量蛋白质。然而，尽管环境蛋白质组学最近取得了进步，但对废水中蛋白质生物标志物的大规模监测仍然远非常规。分析原始废水由于有机和无机物质，微生物，细胞碎片和各种化学污染物的异质混合物而提出了挑战。为了克服这些障碍，我们开发了一种废水元蛋白质组学方法，包括有效的蛋白质提取和优化的数据处理管道。管道利用从头测序来自定义大型公共序列数据库，以实现全面的元蛋白质组学覆盖范围。使用这种方法，我们分析了从两个城市地点收集的三个月内收集的废水样品。这揭示了一个核心微生物组，其中包括大量微生物，肠道细菌和潜在的机会病原体。此外，我们确定了近200种人类蛋白质，包括有前途的人口水平的健康指标，例如免疫球蛋白，泌尿瘤蛋白和与癌症相关的蛋白质。废水流是化学物质，有机化合物，微生物和生物分子（例如DNA和蛋白质）的复杂集合，其中很大一部分来自人类活动。关键词：荟萃蛋白质组学，废水，基于废水的流行病学，生物标志物，肠道微生物在全球介绍，每年生产约380万亿升的废水，并且随着世界人口的稳步增长，在未来50年中估计它将在未来50年中估计几乎是两倍。对微生物病原体，病毒和物质（例如药物，农药和压力和饮食的生物标志物）的废水分析已成为常规实践。Cristian G. Daughton在2001年2 - 4年被称为基于废水的流行病学（WBE）。今天，WBE包括各种生物学生物标志物，以评估人群5级的健康状况。基于废水的流行病学（WBE）已被证明可有效识别和监测流行病暴发。 ，例如，在1980年代，芬兰和以色列的废水监视提供了对脊髓灰质炎病毒传播6 7的见解。 此外，在冠状病毒大流行期间，各种研究小组和政府建立了COVID-19-19监视计划8 9 10。 这个知情的政府机构和公众关于SARS-COV-2 11、12的传播。 此外，某些细菌的存在还可以告知抗菌耐药性和各种疾病的传播13-17 18 19。 除了匿名的优势外，废水的收集相对便宜，并且可以适用于较大的人口规模。 对小分子（例如药物）的检测采用色谱分离，并结合了质谱20。基于废水的流行病学（WBE）已被证明可有效识别和监测流行病暴发。，例如，在1980年代，芬兰和以色列的废水监视提供了对脊髓灰质炎病毒传播6 7的见解。此外，在冠状病毒大流行期间，各种研究小组和政府建立了COVID-19-19监视计划8 9 10。这个知情的政府机构和公众关于SARS-COV-2 11、12的传播。此外，某些细菌的存在还可以告知抗菌耐药性和各种疾病的传播13-17 18 19。除了匿名的优势外，废水的收集相对便宜，并且可以适用于较大的人口规模。对小分子（例如药物）的检测采用色谱分离，并结合了质谱20。对病毒，微生物或抗菌耐药基因的分析通常采用靶向方法，例如各种基于核酸的聚合酶链反应方法21-26。最近，使用下一代测序方法的非靶向方法变得更加负担得起，并且在研究水和废水环境方面越来越流行24，27-30。
PARP抑制剂和蛋白质与SLX4相互作用
PARP-1蛋白通过将XRCC1募集到修饰的DNA位置来参与单链断裂修复。当抑制PARP时，细胞依赖其他DNA修复机制，尤其是同源重组，以正确复制基因组信息，而无需进行致命性有丝线的风险。在具有同源重新组合的细胞中，例如BRCA1-或BRCA2突变的细胞，PARP抑制是致命的[1，2]。在2005年提供了这些描述后，合成致死性的概念出现，而PARP抑制剂（PARPI）的开发是为了治疗BRCA-Muthated患者，在该患者中，非癌细胞具有一个野生型等位基因，而癌细胞则是BRCA的定义，因此是特异性敏感的，因此具有特异性敏感性。几个PARPI已在临床上进行了研究，可用于治疗癌症患者（Olaparib，Rucaparib，Talazoparib，Niraparib和Veliparib（ABT-888））。有关PARPI的科学文献非常丰富（自2005年以来> 12,000篇论文），研究论文，临床试验和评论涉及有关作用机理，抗药性，临床活动以及新化合物的发展。最初认为PARPI的作用机理是对PARP1相关的单链破裂修复的“简单”抑制作用，随后出现更具毒性和更容易恢复的双链断裂。然而，真理要复杂得多，正如T. Helleday [3]已经讨论的那样，自从该出版物[4]开始。关于Parpi的许多知识仍然未知，它们的临床可能比今天所描述的要强。基于这些知识的工作促进了与PARPI活性和耐药机制有关的其他蛋白质的鉴定，并有助于发展与其他DNA相关蛋白（如RAD51 [5]和EZH2 [6]的药理抑制其他与DNA相关蛋白的相关策略[6]。特别是其他DNA修复的可能参与
探索血浆蛋白质组的研究论文：识别连接衰老，稳态和器官功能的枢纽蛋白
1。北京第七医学中心临床实验室，北京100700，P.R。中国。 2。 北京IPE临床实验室公司研究与发展部，北京100176，P.R。 中国。 3。 生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r. 中国。 4。 呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。 中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。2。北京IPE临床实验室公司研究与发展部，北京100176，P.R。中国。 3。 生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r.中国。3。生物化学和分子生物学系，神经和血管生物学的主要实验室，中国教育部，河比医科大学，赫吉亚岛，赫比050017，p.r.中国。 4。 呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。 中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。4。呼吸科，北京儿童医院，首都医科大学，国家国家临床研究中心，国家儿童健康中心，北京100045，P.R。中国。 5。 北京医院，北京医院100730，P.R。 中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。5。北京医院，北京医院100730，P.R。中国。 6。 北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R. 中国。中国。6。北京老年医学研究所老年医学研究所，老年医学研究所，中国医学科学院，北京医院/国家卫生卫生委员会老年医学中心，北京100730，P.R.中国。中国。