CHD3 33 中的新生变异和遗传变异。CHD3 蛋白中几处基因突变位置的示意图(图 1a)。使用上海交通大学医学院新华医院获得的一名 SNIBCPS 儿童及其未受影响的父母的基因组 DNA 进行全外显子组测序,我们在 CHD3 基因中发现了一个新生 SNV(c.C3073T,NM_001005271.3;p.R1025W,NP_001005271.2),并使用 Sanger 测序进行了验证(图 1b)。新生变异引起的氨基酸变化(R1025W)位于 CHD3 蛋白的解旋酶 ATP 结合结构域和解旋酶 C 末端结构域之间(图 1a)。 gnomAD 数据库 (http://gnomad.broadinstitute.org) 中的数据表明,该变异 (CHD3,17号染色体:7803967) 在东亚人群中不存在,这表明它是一种罕见变异。
摘要我们计算研究Zika NS3解旋酶,这是一种使用ATP水解能进行核酸重塑的生物运动。通过经典和QM/MM模拟,我们探索了图案V的构象局势,该构象形象V连接了用于ATP水解和核酸结合的活性位点的保守环。由元磷酸组形成引发的ATP水解涉及由GLU286质子抽象激活的水分子的亲核攻击。基元V氢键通过Gly415骨干NH组与该水键合,从而有助于水解。当无机磷酸盐从镁离子的配位壳移开时,释放自由能,自由能被释放出来,从而诱导了基序V的构象构象构象构象构象形态的显着转移,以在Gly415 NH和Glu285之间建立氢键。Zika NS3解旋酶充当棘轮生物电动机,其基序V转变由Gly415的γ-磷酸在ATPase位点引导。
DNA 聚合酶 theta (Polθ) 是一种参与 DNA 双链断裂 (DSB) 修复的酶。Polθ 包含一个 N 端 ATPase 驱动的 DNA 解旋酶结构域和一个 C 端 DNA 聚合酶结构域,它们协同作用,通过 theta 介导的末端连接 (TMEJ) 修复 DSB。在大多数情况下,Polθ 活性不是必需的,因为同源重组 (HR) 是修复 DNA 复制过程中出现的 DSB 的首选途径。然而,HR 介导的 DNA 修复所需的基因通常在肿瘤中发生突变或缺失,导致 DSB 修复和细胞存活严重依赖 Polθ 介导的 TMEJ。MOMA-313 是一种新型、有效且选择性的 Polθ 解旋酶活性抑制剂,旨在利用 HR 缺陷型肿瘤受损的 DNA 修复能力来获得潜在的治疗益处。
2.2.1 质粒在感受态细胞中的转化 ...................................................................................... 14 2.2.2 taXPD 的蛋白质纯化 ................................................................................................ 14 2.2.3 体外 ATP 测定 ............................................................................................................. 15 2.2.4 体外解旋酶测定 ............................................................................................................. 15 2.2.5 化学类似物的合成、纯化和验证 ............................................................................. 16 2.2.6 抑制剂研究 ............................................................................................................. 16 2.2.7 米氏动力学 ............................................................................................................. 17 2.2.8 结晶筛选 ............................................................................................................. 17 2.2.9 统计分析 ............................................................................................................. 17
silvia.onesti@elettra.eu解旋酶是必不可少的,无处不在的酶,在各种细胞过程中起着关键作用,从DNA复制到修复,重组以及RNA翻译和运输。由于它们在病毒,细菌和真核细胞中的重要作用,它们正成为一类新的抗菌,抗病毒和蚂蚁癌药物靶标。通过解决/重塑各种非典型的DNA结构(例如G-四链体,Triplexe,holliday连接器,以及流离失所环(D-ROOPS和R-Loops))来发挥专业和特定功能:在这些主要作用中,有两个家族由Helicases of Helicases of Helicases of Helicases of Helicases formals of Family,扮演的是helicase of Helicases famessemass famesse formals formemase forme of Helicase,Floop femers of Helicases,Floops。含有FES群体的解旋酶无处不在,但其确切的作用机理知之甚少。特别是,对于FANCJ,DDX11和RTEL1,没有任何与医学上的与医学上的成员相关的结构信息。固有构象柔韧性,FES群集的稳定性和大小的结合使它们具有挑战性的结构生物学目标。
作者手稿已通过同行评审并接受出版,但尚未编辑。作者手稿于 2021 年 4 月 9 日首次在线发表;DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1508
*乔纳森·J·西尔伯格(Jonathan J. Silberg),莱斯大学生物科学系,大街6100号,MS-140,德克萨斯州休斯敦,77005;电话:713-348-3849;电子邮件:joff@rice.edu关键字:腺相关病毒,DNA包装,定向进化,基因治疗,解旋酶,蛋白质工程,蛋白质工程,转化读取
1 卡坦扎罗“大希腊”大学健康科学系,S 校区。 Venuta”,Viale Europa,88100 Catanzaro,意大利 2 Net4Science 学术衍生公司,卡坦扎罗“大希腊”大学,校区“S. Venuta”,Viale Europa,88100 Catanzaro,意大利 3 卡坦扎罗“大希腊”大学实验和临床医学系,S 校区。 Venuta”,Viale Europa,88100 Catanzaro,意大利 4 卡利亚里大学生命与环境科学系,Cittadella Universitaria di Monserrato,09124 卡利亚里,意大利 5 罗马 Tor Vergata 大学实验医学系,Via Montpellier,1,00133 罗马,意大利 6 计算应用研究所“Mauro Picone”-CNR,00185 罗马,意大利 * 通讯地址:artese@unicz.it;电话:+39-0961-3694297
摘要MCM8和MCM9形成了一种功能性解旋酶复合物(MCM8/9),该复合酶在DNA同源重组修复中起着DNA双链断裂的作用。但是,DNA结合/放松的MCM8/9的结构表征尚不清楚。在这里,我们使用冷冻电子显微镜单粒子分析报告了MCM8/9复合物的结构。结构表明,MCM8/9通过三倍的对称轴排列到异己盒中,从而形成一个可容纳DNA的中央通道。MCM8/9的N-最小寡糖/寡核苷酸(OB)结构域的多种特征发夹突出进入中心通道,并放松双链DNA。被HROB激活时,MCM8/9的N层环的结构将其对称性从C3转换为C1,并通过扩展MCM8/9的Trimer界面的构象变化。此外,我们的结构动态分析表明,柔性C-Tier环相对于N层环表现出旋转运动,这是MCM8/9的放松能力所必需的。总而言之,我们的结构和生物化学研究为理解同源重组中MCM8/9解旋酶的DNA解体机制提供了基础。