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World File Search System质谱
评估通过串联质谱蛋白型和系统肽疗法
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使用实验室（HAXPE）和飞行次级离子质谱（TOF-SIMS）
如今，“更多的摩尔”和“超过摩尔”设备体系结构已大大提高了新型材料的重要性，从而需要提供适当的表征和计量，以实现可靠的过程控制。 例如，在多通道场效应设备或升高来源中使用的SIGE或SIP化合物的引入导致需要确定所得膜的精确组成。 在这项工作中，已经使用主要无损haxpes和TOF-SIMS研究了二进制材料（例如SIP和SIGE）的定量。 的确，虽然使用RB的主要障碍是薄膜的表征，但具有适当定量功能（例如Atom探针断层扫描和传输电子显微镜）的技术既耗时又耗时，并且由于其高度局部的分析量而缺乏灵敏度。 对于定量表征，常规的X射线光电子光谱（XPS）是一个强大的工具。 然而，其低分析深度仍然是研究掩埋界面的主要限制因素，尤其是在本研究中，因为所获得的基于SI的层在环境条件下被氧化（或者应该受到一些纳米计的金属层保护）。 ，由于电子在二元材料表面的化学组成和SIO 2在层中的深入分布，因此使用了一种基于实验室的硬X射线源（HAXPE），这既要归功于层次的SIO 2的深度分布，这要归功于电子的非弹性平均自由路径随光子能量增加的增加（铬Kα，Hν= 5414.7 ev）[1] [1]。如今，“更多的摩尔”和“超过摩尔”设备体系结构已大大提高了新型材料的重要性，从而需要提供适当的表征和计量，以实现可靠的过程控制。例如，在多通道场效应设备或升高来源中使用的SIGE或SIP化合物的引入导致需要确定所得膜的精确组成。在这项工作中，已经使用主要无损haxpes和TOF-SIMS研究了二进制材料（例如SIP和SIGE）的定量。的确，虽然使用RB的主要障碍是薄膜的表征，但具有适当定量功能（例如Atom探针断层扫描和传输电子显微镜）的技术既耗时又耗时，并且由于其高度局部的分析量而缺乏灵敏度。对于定量表征，常规的X射线光电子光谱（XPS）是一个强大的工具。然而，其低分析深度仍然是研究掩埋界面的主要限制因素，尤其是在本研究中，因为所获得的基于SI的层在环境条件下被氧化（或者应该受到一些纳米计的金属层保护）。，由于电子在二元材料表面的化学组成和SIO 2在层中的深入分布，因此使用了一种基于实验室的硬X射线源（HAXPE），这既要归功于层次的SIO 2的深度分布，这要归功于电子的非弹性平均自由路径随光子能量增加的增加（铬Kα，Hν= 5414.7 ev）[1] [1]。确认通过HAXPES测量获得的感兴趣材料的组成并计算出适当的相对灵敏因子（RSF），相同的膜以TOF-SIMS为特征。但是，例如Haxpes，SIP/SIGE层的次级离子质谱法（SIMS）表征通常由于p/ge含量的电离产量的非线性变化而受到基质效应。通过分析参考样本，遵循MCS 2+辅助离子或使用完整的光谱协议[2]，可以通过分析参考样品来超越此限制。最后，计算了次级离子束的P和GE（Si）组成，并将其与X射线衍射确定的参考组成进行比较。还研究了测量值的可重复性和层氧化的影响。得出结论，通过将haxpes结果与TOF-SIM耦合，准确评估了层的深入组成和表面氧化物的厚度。
使用合并的微生物学，酶，质谱和元法编码方法
摘要这项研究旨在将海洋真菌财团（曲霉菌CRM 348和laurentii CRM 707）应用于柴油油在微量环境下的柴油污染土壤的生物修复。研究了研究对柴油生物降解，土壤质量和微生物群落结构的生物刺激（BS）和/或生物加工（BA）处理的影响。使用真菌财团以及营养物质（BA/BS）导致TPH（总石油烃）降解比自然衰减（NA）在120天内高42％。在同一时期，BA/BS获得了72％至92％的短链烷烃（C12至C19），而NA仅实现了3％至65％的去除。ba/bs在120天时还显示出长链烷烃（C20至C24）的较高降解效率，分别达到了乙烷和Heneicosane降解的90％和92％。相比之下，在综合群体处理的土壤中观察到了环氧烷的水平（以细菌生物乳化剂和生物表面活性剂为特征）。相反，NA最多显示了这些烷烃分数降解的37％。与NA相比，使用BA/BS处理的5圈PAH Benzo（a）pyre被明显更好地去除（48 vs。占生物降解的38％，从事分解）。metabarcoding分析表明，BA/BS导致土壤微生物多样性的下降，随之而来的是特定微生物群的丰度，包括碳氢化合物降解（细菌和真菌），以及土壤微生物活性的增强。我们的结果突出了柴油机溢出后该财团对土壤处理的巨大潜力，以及大规模测序，酶，微生物学和GC-HRMS分析的相关性，以更好地了解柴油生物修复。
具有受控凹度的微量流量，可精确微观质谱
矩阵辅助激光解吸电离（MALDI）是一种在蛋白质组学和代谢组学生物学研究中常用的软电离质谱（MS）的一种形式[1-3]。在没有自动进料器的情况下并行快速处理多个样本的能力使其适合于高通量和单细胞应用[4-6]。该方法的关键是使用激光器中的能量促进离子物种产生的矩阵或工程底物[7,8]。底物的特性，包括其化学，电导率和微图像冲击样品电离效率，从而使测量敏感性[8-11]。例如，微米级井可用于隔离不同组成样品，因此可以分别分析它们[12-14]。井阵列也与活动[15,16]或被动加载技术[12,17]兼容，以简化样品的准备。但是，MALDI-MS需要在分析之前将样品干燥。当液滴在平坦的表面上干燥时，由于咖啡环效应，它们倾向于分配有关周长的分析物[18,19]。类似的过程发生在圆柱井中，导致沿周围的降水[20,21]，在该井中，由于壁被激光闭塞而抑制信号。两种情况下的结果均降低了灵敏度和由于样本斑点不均匀性而引起的测量变异性增加[18,22]。
利用基于质谱的蛋白质组学用于连续的定向进化
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是制作
间充质干细胞防治移植物抗宿主病临床试验技术指导原则
一、概述 ............................................................................................................... 1
基于质谱的直接测序从头开始和多个RNA修饰的定量映射
摘要：尽管RNA的下一代测序（NGS）广泛使用，但多个RNA核苷酸修饰的同时直接测序和定量映射仍然具有挑战性。质谱（MS）的测序可以直接序列所有RNA修饰，而无需限于特定的测序，但是它需要很少有TRNA可以提供的完美MS梯子。在这里，我们描述了一种MS梯子互补测序方法（MLC-SEQ），该方法避免了完美的阶梯要求，从而可以在单核苷酸精度下对全长异质细胞TRNA进行全长异质细胞TRNA的测序。与基于NGS的方法（失去RNA修改信息）不同，MLC-Seq保留了RNA序列多样性和修改信息，揭示了新的详细的化学计量tRNA修饰谱及其在使用DealKylating酶ALKB治疗时进行的更改。也可以将其与参考序列结合使用，以提供对总TRNA样品中不同TRNA和修改的定量分析。MLC-Seq可以实现RNA修改的系统，定量和特定于位点的映射，从而揭示了TRNA的真正完整信息内容。■简介
HDGraphix：一种基于网络的工具，用于可视化氢氘交换质谱数据
9。Puchała，W.，Burdukiewicz，M.，Kistowski，M.，DąBrowska，K.A.，Badaczewska-Dawid，A.E. hadex：一个R包装和网络服务器，用于分析来自氢欧交换质谱实验的数据。 生物信息学36，4516–4518。 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa587。Puchała，W.，Burdukiewicz，M.，Kistowski，M.，DąBrowska，K.A.，Badaczewska-Dawid，A.E.hadex：一个R包装和网络服务器，用于分析来自氢欧交换质谱实验的数据。生物信息学36，4516–4518。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa587。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa587。
用于建模电喷雾微型化学化学的计算方法，以改进定量质谱
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使用动物组织片段的多巴胺定量质谱成像（Q-MSI）的替代方法
质谱成像（MSI）是一种众所周知的分子在组织切片上电离及其定位的可视化方法。最近，已将不同的样品制备方法和新的仪器用于MSI，并且不同的分子变得可见。另一方面，尽管已经提出了几种量化方法（Q -MSI），但仍有开发简化过程的空间。在这里，我们尝试使用从样品冷冻片段的组织碎片制备的校准曲线来开发可再现可靠的定量方法，当我们修剪冷冻块时。我们讨论了这种方法在不同样本批次的可重复性以及生物矩阵（离子抑制）对我们的结果的影响。根据准确性和相对标准偏差评估了定量性能，并通过酶联免疫吸收测定（ELISA）进一步评估了通过基质辅助激光解吸/电离MSI获得的定量值的可靠性。我们的Q -MSI方法用于定量小鼠脑组织中多巴胺的方法是高度线性，准确且精确的。发现，通过MSI获得的定量值与ELISA从同一组织提取物获得的结果高度可比（> 85％相似性）。