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World File Search System阐明
阐明 CD4+ T 细胞和树突状细胞在抗肿瘤免疫中的协同作用
Espinosa-Carrasco 等人最近发表的一篇论文 1 阐明了肿瘤内免疫三联体（由 CD4 + T 细胞、CD8 + T 细胞和树突状细胞 (DC) 组成的独特集群）在介导有效的抗肿瘤反应中的关键作用。这些三联体确保 CD8 + T 细胞通过相同的 DC 介导从 CD4 + T 细胞获得必要的帮助，从而有效地靶向和摧毁癌细胞。该文章的新颖见解表明，重点应从增加免疫细胞数量转移到优化它们在肿瘤微环境中的相互作用。这项开创性的研究不仅强调了 CD4 + T 细胞和 DC 的关键作用，而且突出了肿瘤微环境中免疫细胞亚群之间错综复杂的相互作用。先前的研究已经揭示了 CD4 + T 细胞在支持 CD8 + T 细胞反应中的重要性 2 。肿瘤微环境中免疫细胞的空间定位和相互作用的重要作用也得到了强调 3,4 。过继性 T 细胞疗法的研究表明，同时转移 CD4 + 和 CD8 + T 细胞比单独转移 CD8 + T 细胞可获得更好的治疗效果 2,5 ，因为 CD4 + T 细胞有助于维持 CD8 + T 细胞的效应功能并防止其衰竭。这些研究共同支持了免疫细胞类型（特别是 CD4 + 和 CD8 + T 细胞）之间协调相互作用的要求，以实现有效的抗肿瘤免疫。
时空转录组学阐明了暴毒病毒心肌炎的发病机理
暴发性心肌炎（FM）是心肌的严重炎症状况，通常会导致猝死，尤其是在年轻人中。在这项研究中，我们采用了单核和空间转录组学对A/J小鼠的Coxsackievievirus B3（CVB3）诱导的FM进行了全面分析，涵盖了七个不同的时间点前后的时间点。我们的发现表明，通过充当CVB3感染的主要靶标，间皮细胞在心肌炎的早期起着至关重要的作用。这触发了巨噬细胞的激活，引发了一系列的炎症。随后，促炎性弹性膜膜和T细胞在心肌中填充，造成组织损伤。我们还将CD8 +效应T细胞鉴定为心肌细胞损伤的关键介体。这些细胞释放了细胞毒性分子，特别是IFN-γ，它调节了SPI1的表达，这是涉及加剧心肌细胞死亡和扩增疾病进展的因素。针对IFN-γ / SPI1轴的治疗干预措施在FM模型中表现出显着的效率。值得注意的是，静脉免疫球蛋白（IVIG）治疗降低了死亡率，抑制病毒增殖并减轻了FM的高温状态。IVIG治疗还下调IFN-γ和SPI1表达，强调其免疫调节和治疗潜力。这种全面的时空转录组分析为FM的发病机理提供了深刻的见解，并突出了可操作的治疗靶标，为这种威胁生命的状况铺平了道路，为更有效的管理策略铺平了道路。
RNA-Seq基因融合检测工具的荟萃分析 量表，新颖壁ches的高分辨率微生物分析 壳聚糖金纳米颗粒基于敏感的视觉检测组氨酸标记的重组蛋白 强化学习和工作记忆系统的双重过程障碍是生理焦虑中学习缺陷的基础 合成PPR蛋白的翻译激活阐明了拟南芥叶绿体中PSBA翻译的控制 在某些选定的白色念珠菌基因中对镜面重复序列的内部评估 生成人工智能执行基本的结构生物学建模 研究了模拟的两组分凝胶系统的组织再生 动物和机器人建模和模拟框架
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年2月2日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.09.09.03.556087 doi：Biorxiv Preprint
双重诊断：阐明线粒体呼吸的复杂性
复合物I缺乏症是线粒体疾病患者中最常见的线粒体酶缺乏症。大多数患者出现类似于白细胞营养的症状。在编码复合物的结构亚基的44个基因中鉴定出的致病突变。无法治愈复杂的I缺乏症，治疗方案仅限于有症状治疗。在这里，我们报告了一个11个月大的婴儿中线粒体复合物I缺乏症的病例，该病例未能生长，里程碑的消退和具有高阴离子间隙和高乳酸的代谢性酸中毒。MRI大脑显示出广泛的白质参与。在开始使用IEM鸡尾酒治疗之前，已发送基因测试。整个外显子组测序揭示了NDUFAF5（外显子6）中与线粒体复合物I缺乏症相关的纯合变体，而LDLR（+）家族性高胆固醇血症（FH）类型1。开始治疗后，代谢异常得到纠正。这种罕见的同事强调了考虑无法解释的代谢性酸中毒和里程碑消退的婴儿的线粒体疾病的重要性。该案件强调需要早期认可和诊断来发起适当的管理和遗传咨询。这种独特的疾病组合扩展了我们对线粒体疾病的遗传和表型谱的理解。关键词：线粒体疾病，代谢性酸中毒，FH，整个外显子组测序
阐明SLFN11蛋白的功能，癌症治疗的新关键
癌症化疗是癌症治疗的支柱，是延长许多癌症患者生命的重要手段。然而，化疗对每个患者的作用不同，并且副作用通常很严重，并会严重损害患者的生活质量。因此，能够准确地识别哪些患者能从治疗中受益最多、哪些患者不能，将有助于提供更加个性化的护理，并选择合适的治疗方法并将副作用降至最低。 “生物标志物”（生物指标）在预测治疗效果方面发挥着重要作用。例如，在乳腺癌治疗中，需要检查癌细胞中的激素受体的数量，以确定是否使用激素药物。因此，有些治疗药物可以利用生物标志物；然而，目前还没有建立生物标志物来预测大多数化疗药物的疗效。
阐明间变性 Wilms 肿瘤中的致癌途径与免疫之间的相互作用
通过手术和放化疗相结合的方法，高达 90% 的 Wilms 肿瘤病例可以治愈，但诸如弥漫性间变性 Wilms 肿瘤等难治性肿瘤类型则带来了巨大的治疗挑战。我们的多组学分析揭示了一种独特的沙漠状弥漫性间变性 Wilms 肿瘤亚型，其特点是免疫/基质细胞耗竭、TP53 改变和 cGAS-STING 通路下调，占所有弥漫性间变性病例的三分之一。这种亚型还以 CD8 和 CD3 滤过率降低以及涉及组蛋白去乙酰化酶和 DNA 修复的致癌通路活跃为特征，与不良临床结果相关。这些致癌通路在间变性 Wilms 肿瘤细胞模型中被发现是保守的。我们认为组蛋白去乙酰化酶和/或 WEE1 抑制剂是这些肿瘤的潜在治疗弱点，它们也可能恢复肿瘤的免疫原性并可能增强免疫疗法的效果。这些见解为预测结果和针对个体免疫状况制定针对侵袭性儿童威尔姆斯肿瘤的个性化治疗策略提供了基础。
完整的基因组序列组装阐明了大鸭螺旋藻polyrhiza
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年1月27日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.26.634961 doi：biorxiv preprint
阐明...
摘要藜麦（Chenopodium Quinoa willd。）是一种伪谷物，因为其营养状况，用作超级食品。这项研究的重点是36种藜麦基因型的形态和分子表征，旨在评估其遗传多样性和繁殖潜力。选择了十个定性特征进行形态学分析，揭示了诸如Spikelet颜色，叶长度和植物高度等性状的显着变化。方差分析表明，大多数定量性状，包括花至50％开花和种子产量，在基因型之间显示出显着差异，表明遗传变异性很大。高遗传力和遗传进步，这表明遗传改善的强大潜力。基因型性能突出了基因型ACQS1，EC 896115，IGKVC-12，ACQS8，EC 896208和EC 896219中的出色特征，用于叶片长度，节间的数量，叶片的数量，叶片宽度，叶片宽度，叶柄长度，叶柄长度，植物长度，植物高度，植物高度，繁殖时间和花序数量。基因型EC 896065，EC 896213，EC 896201，SHQ4，SHQ5，ACQS1，ACQS1，ACQS2，ACQS3和EC 896218表现出更高的种子重量，而EC 896109，ACQS3，ACQS1，ACQS1和EC 896219显示出更高的收益率。High genotypic and phenotypic coefficient of variation (GCV and PCV) were recorded for leaf length (31.22, 34.71), leaf width (43.64, 44.91), number of internodes (40.47, 40.59), petiole length (35.46, 36.04), plant height (33.35, 54.47), length of inflorescence (36.41, 36.99）和种子产量（33.58，34.53）。关键字：聚类分析，遗传进步，遗传力，ISSR，藜麦，变体。的遗传力对于节间的数量最高（99.38％），并且在诸如叶片长度（57.86％）和种子产量（67.28％）等性状中观察到了显着的遗传进步。种子重量显示出最高的正直接效应（0.701），其次是每植物的花序数量（0.700），而天数为50％开花（-0.768）显示出最高的负面直接效应。使用16个ISSR标记的分子多样性分析显示，多态性率为56.1％，标志物之间存在显着的等位基因变化。 多态性信息内容（PIC）值在0.274到0.797之间，表明标记信息的水平不同。 聚类分析将基因型分为两个主要簇，证明了研究的基因型之间的遗传多样性。 探索关键特征的遗传基础并进行进一步的分子表征可以为藜麦的遗传结构提供更深入的见解。 此外，结合更先进的基因组工具并扩展基因型池可以促进高产物，弹性藜麦品种的发展。使用16个ISSR标记的分子多样性分析显示，多态性率为56.1％，标志物之间存在显着的等位基因变化。多态性信息内容（PIC）值在0.274到0.797之间，表明标记信息的水平不同。聚类分析将基因型分为两个主要簇，证明了研究的基因型之间的遗传多样性。探索关键特征的遗传基础并进行进一步的分子表征可以为藜麦的遗传结构提供更深入的见解。此外，结合更先进的基因组工具并扩展基因型池可以促进高产物，弹性藜麦品种的发展。
RSPO3介导的代谢肝分离化调节小鼠的全身葡萄糖代谢和体重 特定染色体的非整倍性对缺乏纺锤体检查点蛋白BUB3 的细胞有益 dolosigranulum pigrum：有希望的鼻益生菌候选 对气候变化适应的性别关系和东非家庭的气候变化的决策：定性系统评价 哺乳动物病毒的细胞受体 使用机器学习阐明精神疾病与累犯之间的关系：一项回顾性研究 用量子计算机优化mRNA密码子
肝脏的独特建筑由肝叶组成，将代谢的肝特征分为两个不同的区域，即围围和周围区域，其空间特征广泛定义为代谢齐射。r-spondin3（rspo3），一种促进Wnt信号通路的生物活性蛋白，调节尤其是在肝中心静脉周围的代谢特征。然而，由RSPO3/WNT信号通路调节的肝代谢分区的功能影响，对全身代谢稳态的理解仍然很差。在这项研究中，我们通过使用鼠模型分析了肝脏中RSPO3的局部功能以及肝RSPO3在人体其他器官上的远程作用。RSPO3表达分析表明，RSPO3表达模式在鼠肝脏中被空间控制，使其位于腹膜区域并在进食后收敛，这些过程的动力学在肥胖症中受到干扰。我们发现，病毒介导的肥胖肝组织中RSPO3的诱导可改善胰岛素抵抗，并通过恢复减弱的器官胰岛素敏感性，减少脂肪组织增大并逆转过度刺激的适应性热量烯二还是SIS来防止体重增加。肝迷走神经的修饰抑制了源自肝RSPO3诱导的这些远程作用，向脂肪组织和骨骼肌降低，这表明信号是通过由传入的迷走神经和富有效应的症状神经来传递的。此外，非神经元间的通信上调上调肌肉脂质利用是部分原因是肥胖症中脂肪肝发育和骨骼肌质量降低的改善。相反，通过CRE-LoXP介导的重组系统抑制肝RSPO3由于葡萄糖不耐症和胰岛素抵抗而加剧糖尿病，从而促进脂肪肝发育并降低骨骼肌质量，从而导致肥胖。总的来说，我们的研究结果表明，肝RSPO3的调节有助于通过新鉴定的器官间通信机制维持全身性葡萄糖代谢和身体组成。
肠炎沙门氏菌 ATCC 13076 中浮游细胞和固着细胞的比较代谢研究：阐明驱动生物膜形成的代谢途径
微生物倾向于积聚在表面，形成诸如生物膜之类的聚集体，这使它们能够抵抗各种环境压力和抗菌剂。这种能力阻碍了对包括沙门氏菌在内的致病微生物引起的疾病的有效治疗，沙门氏菌是造成全球大量死亡的罪魁祸首。本研究旨在使用代谢组学方法比较肠炎沙门氏菌浮游细胞和固着细胞的代谢特征。用 LC/MS 方法分析从细菌细胞中提取的代谢物。使用 Thermo Xcalibur v 3.1 软件分析原始数据。对于数据处理，使用 XCMS 进行特征检测、保留时间、校正和对齐。通过 MetaboAnalyst 软件 v 6.0 中的单变量和多变量统计方法（PCA、PLS-DA、热图）分析数据矩阵。总共 121 种代谢物被推定为两种细菌状态之间的差异代谢特征，并且它们与它们相应的代谢途径相关。在浮游细胞中表现出正向调节的代谢物包括脯氨酸、苯丙氨酸，它们是必需代谢物的前体，也是应激适应机制的一部分。此外，腐胺和尸胺在生长、应激反应和细胞稳定性中起着至关重要的作用。相反，固着细胞中最具代表性的代谢物包括赖氨酸、腺苷、嘌呤、嘧啶和柠檬酸，主要与维持细胞稳态、应激反应和代谢调节有关。最后，通路富集分析确定了 11 条通路的代谢变化，主要涉及嘌呤和嘧啶代谢、精氨酸和脯氨酸代谢以及维生素 B6 代谢。这些发现有助于鉴定与肠炎沙门氏菌固着细胞生物膜形成有关的潜在代谢途径。