领养

2025年1月22日机构名称:

“领养组织”计划推动了识别马组织特异性组蛋白标记的努力

马遗传学和基因组学研究界有着长期的协同合作历史，致力于开发工具和资源来推动马生物学的发展。从 1995 年由 Dorothy Russell Havemeyer 基金会支持举办的第一届国际马基因图谱研讨会 ( Bailey, 2010 ) 开始，研究人员合作构建了全面的马连锁图谱 ( Guérin 等人, 1999, 2003; Penedo 等人, 2005; Swinburne 等人, 2006 )、辐射杂交和比较图谱 ( Caetano 等人, 1999; Chowdhary 等人, 2002 )、物理标记和 BAC 重叠群图谱 ( Raudsepp 等人, 2004, 2008; Leeb 等人, 2006 )、马的参考基因组 ( Wade 等人, 2009; Kalbfleisch 等人, 2018 ) 和基因分型阵列，以经济地绘制和研究马感兴趣的性状主人和饲养者（McCue 等人，2012 年；McCoy 和 McCue，2014 年；Schaefer 等人，2017 年）。为了延续基于社区的进步的传统，作为国际动物基因组功能注释 (FAANG) 联盟的一部分，一项新的集体努力于 2015 年启动，旨在对马的 DNA 元素进行功能注释（Andersson 等人，2015 年；Tuggle 等人，2016 年；Burns 等人，2018 年）。让人想起人类和小鼠的 ENCODE 项目（Dunham 等人，2012 年），FAANG 联盟的最终目标是注释家养动物物种基因组中的主要功能元素（Andersson 等人，2015 年）。具体来说，该联盟选择了四种组蛋白修饰来表征增强子（H3K4me1）、启动子和转录起始位点（H3K4me3）、具有活性调控元件的开放染色质（H3K27ac）和具有无法接近或受抑制的调控元件的兼性异染色质（H3K27me3）的基因组位置（Andersson 等人，2015；Giuuffra 和 Tuggle，2019）。最初的马 FAANG 努力通过对四个目标组蛋白标记进行染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），在八个优先关注的组织（TOI）中确定了假定的调控区域（Kingsley 等人，2020）。在该研究中，整个马基因组中表征了超过一百万个假定的调控位点。马生物库中储存了 80 多种组织、细胞系和体液（Burns 等人，2018 年），因此有更多机会扩大注释工作的范围。为了充分利用生物库的优势，合作赞助

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