另一个问题是这些可再生饲料来源可能包含各种污染物。对几种不同生物饲料来源的分析表明存在钠、钙和磷等污染物。由于这些可再生饲料来自生物来源,因此它们还含有高浓度的氧气。氧气含量范围为 10% 至 15%,完全取决于脂肪酸链的长度和饱和度。这种氧气量很重要,因为在正常的加氢处理条件下,氧气会与氢气反应生成水。如果产生的水量足够大,可能会导致催化剂载体减弱或活性金属重新分布以及表面积损失等问题。在预期的 10% 混合比下,氧气含量约为 1 至 1.5 wt%,即使所有氧气都转化,也不太可能产生足够的水而造成严重问题。