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一个复合 GRanges 对象,包含来自各种来源的假定增强子元素区域,主要用于 TENET Bioconductor 包。该数据集由强增强子区域组成,这些区域由 Roadmap Epigenomics ChromHMM 扩展的基于 98 个参考表观基因组的 18 状态模型注释,并转移到 hg38 基因组(以下 4 种状态代表强增强子:7:基因增强子 1、8:基因增强子 2、9:活性增强子 1 和 10:活性增强子 2),以及 FANTOM5 项目在第 1 阶段和第 2 阶段确定的人类允许增强子区域。有关组件数据集的更多信息,请参阅托管在 https://github.com/rhielab/TENET.AnnotationHub/blob/devel/data-raw/TENET_consensus_datasets_manifest.tsv 上的清单文件。引用:Roadmap Epigenomics Consortium;Kundaje A、Meuleman W、Ernst J 等人。111 个参考人类表观基因组的综合分析。Nature。2015 年 2 月 19 日;518(7539):317-30。doi:10.1038/nature14248。PMID:25693563;PMCID:PMC4530010。Lizio M、Harshbarger J、Shimoji H 等人。通往 FANTOM5 启动子水平哺乳动物表达图谱的途径。Genome Biol 16(1),22 (2015)。Abugessaisa I、Ramilowski JA、Lizio M 等人。FANTOM 进入第 20 个年头:转录组图谱的扩展和非编码 RNA 的功能注释。 Nucleic Acids Res. 2021 年 1 月 8 日;49(D1):D892-D898。doi:10.1093/nar/gkaa1054。PMID:33211864;PMCID:PMC7779024。

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