评估蛋白质配体复合物的结合自由能是药物设计中最重要的任务之一。与自由能扰动(FEP)和热力学整合(Ti)等方法相比,这些方法是准确但资源昂贵的,并且对接得分功能,这些功能较不可靠但有效,分子力学/广义力学/广义(Poisson-Boltzmann)表面积(MM/GB(PB)SA)(MM/GB(PB)SA),以适用于精确效果和效率,这是一个很好的选择。有几种用于执行MM/GB(PB)SA计算的开源工具,但是它们不容易使用,尤其是在处理大量分子时。在这里,我们介绍了Uni-GBSA,这是一种自动工作流程,从力场构建中执行MM/GB(PB)SA计算,结构优化到自由能计算。用于在虚拟筛选中评估一个针对一个蛋白质靶标的几个分子,Uni-GBSA提供了批处理模式,消除了许多重复计算,以同时有效地处理多分子的计算。实验表明,具有精心设计的参数和工作流程默认设置的UNI-GBSA可以获得可靠的结合自由能评估。Uni-GBSA软件(包括源代码)是免费的,可以在https://github.com/dptech-corp/uni-gbsa上找到。
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