在人DNA中,有4-6%的胞嘧啶是甲基化的,其中60-90%的甲基化胞嘧啶在CpG位点(1,2)。相比之下,微生物物种中CpG位点的甲基化很少见。NEBNEXT微生物组DNA富集试剂盒使用一种简单而快速的基于磁珠的方法来选择性结合和去除CpG-甲基化的宿主DNA。该方法使用MBD2-FC蛋白,该蛋白由甲基化的CpG特异性结合蛋白MBD2组成,该蛋白与人IgG的FC片段融合在一起。FC片段很容易与蛋白A结合,从而有效地附着在蛋白A结合的磁珠上。该蛋白质的MBD2结构域特异性结合与CpG甲基化DNA。磁场的应用然后拔出CpG-甲基化(真核)DNA,将非CPG-甲基化(微生物)DNA留在上清液中(3)。如果需要,可以洗脱在磁性珠粒中捕获的宿主DNA,并为此提供协议。