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参考序列数据库的十个常见问题以及如何减轻它们

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元基因组测序彻底改变了我们对微生物学的理解。虽然对元基因组工具和方法进行了广泛的评估和基准测试，但对元基因组分类中使用的参考序列数据库的关注得多。参考序列数据库的问题无处不在。数据库污染是文献中最公认的问题；但是，在大多数分析中，它仍然相对不容置疑。参考序列数据库的其他常见问题包括分类错误，不当包含和排除标准以及序列内容错误。本评论涵盖了参考序列数据库的十个常见问题以及这些问题的潜在下游后果。讨论了每个问题的缓解措施，包括生物信息学工具和数据库策略。在一起，这些策略为更准确，可再现和可翻译的宏基因组测序提供了一条途径。

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主要关键词

生物学测序数据库序列基因组公认的常见问题分类问题缓解措施包括广泛的工具生物参考错误使用的

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