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摘要在SARS-COV-2大流行期间，许多国家指示大量资源用于基因组监测，以检测和跟踪病毒变异。关于SARS-COV-2和未来大流行威胁的国家监视专业人士中需要多少测序努力存在争议。我们的目的是研究瑞士大型基因组数据集中测序对监视结果的影响，其中包括超过143K序列。We employed a uniform downsam pling strategy using 100 iterations each to investigate the effects of fewer available sequences on the surveillance outcomes: (i) first detection of variants of concern (VOCs), (ii) speed of introduction of VOCs, (iii) diversity of lineages, (iv) first cluster detection of VOCs, (v) density of active clusters, and (vi) geographic spread of clusters.对于三个VOC谱系，下采样对VOC检测的影响是不同的，但是即使只有35％的原始测序工作，也可以概括包括介绍和群集检测在内的许多结果。分别对某些VOC（尤其是Omicron和delta）的测序工作减少对观察到的引入速度和首次检测的影响更为敏感。一项基因组监测计划需要在社会福利与成本之间保持平衡。虽然可以通过减少的测序工作来概括大流行的总体民族动态，但这种效果非常依赖于谱系，这在测序时是未知的，并且以准确性为代价，尤其是为了跟踪潜在VOC的出现。
COV-2监视工作
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