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新的计算工具有助于检测与癌症和其他疾病有关的隐藏基因突变
该算法通过克服将遗传突变与蛋白质水平变化联系起来的关键挑战来解锁蛋白质组学的全部潜力。
来源:UCLA加州大学洛杉矶分校和多伦多大学的科学家开发了一种名为 moPepGen 的先进计算工具，可帮助识别蛋白质中以前看不见的基因突变，从而开启癌症研究及其他领域的新可能性。
moPepGen《自然生物技术》中描述的该工具将帮助科学家了解 DNA 的变化如何影响蛋白质并最终导致癌症、神经退行性疾病和其他疾病。它提供了一种新的方法来创建诊断测试并找到研究人员以前看不见的治疗目标。
描述于 Nature Biotechnology，蛋白质基因组学结合了基因组学和蛋白质组学的研究，提供全面的疾病分子谱。然而，一个主要挑战是无法准确检测变异肽，限制了在蛋白质水平上识别基因突变的能力。现有的蛋白质组学工具通常无法捕获蛋白质变异的全部多样性。
为了克服这一挑战，研究人员开发了 moPepGen，它可以更精确地识别蛋白质变异。
“我们开发 moPepGen 是为了帮助研究人员确定哪些遗传变异在蛋白质水平上真正表达，解决蛋白质基因组领域长期存在的挑战，”加州大学洛杉矶分校人类遗传学系博士后学者、该研究的共同第一作者 Chenghao Zhu 说。 “我们的工具通过使用基于图形的方法有效地处理所有类型的遗传变化，显着改进了隐藏蛋白质变异的检测。这提供了蛋白质多样性的更全面的视图，并使研究人员能够更准确地了解突变如何影响疾病。”
朱成浩，研究人员指出，moPepGen 最令人兴奋的应用之一是免疫治疗，因为它可以识别可能作为新抗原候选物的癌症特异性变异肽，这是开发个性化癌症疫苗和细胞疗法的关键。