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World File Search System上皮细胞
靶向基因插入，恢复气道上皮细胞中的 CFTR 功能
囊性纤维化 (CF) 是由分布在 CFTR 基因位点约 25 万个碱基对上的多种突变引起的，其中至少有 382 个是致病突变 (CFTR2.org)。尽管现在有多种编辑工具可用于校正单个突变，但可以强烈支持一种更通用的基因插入方法，原则上能够校正几乎所有的 CFTR 突变。如果这种方法能够有效校正气道上皮的相关干细胞，那么它就有可能为肺部提供终身校正。在本文中，我们重点介绍了将基因有效插入气道上皮干细胞的几个要求。此外，我们重点关注转基因构建体和内源性 CFTR 位点的特定特征，这些特征会影响插入的基因序列是否会在气道上皮中产生强大且生理相关的 CFTR 功能水平。最后，我们考虑如何将体外基因插入方法应用于直接体内编辑。
病毒组装抑制剂阻止气道上皮细胞中的SARS-COV-2复制
SARS-COV-2逃避疫苗和治疗剂的持续进化强调了对具有高遗传障碍的创新疗法的需求。因此，在SARS-COV-2病毒生命周期中识别新的药理学靶标有明显的兴趣。通过无细胞的蛋白质合成和组装筛选鉴定出的小分子PAV-104最近以某种方式针对病毒组装来靶向宿主蛋白质组装机械。在这项研究中，我们研究了PAV-104抑制人类气道上皮细胞中SARS-COV-2复制的能力（AEC）。我们表明，在永生的AEC中，PAV-104抑制了> 99％的SARS-COV-2变体的感染，而在空气界面（ALI）中培养的原代AEC中，代表体内的肺微环境。我们的数据表明，PAV-104抑制SARS-COV-2的产生，而不会影响病毒入口，mRNA转录或蛋白质合成。PAV-104与SARS-COV-2 Nucleocapsid（N）相互作用，并干扰其寡聚化，阻止粒子组装。转录组分析表明，PAV-104逆转了I型干扰素反应的SARS-COV-2诱导以及已知支持冠状病毒复制的核蛋白信号传导途径的成熟。我们的发现表明PAV-104是Covid-19的有前途的治疗候选者，其作用机制与现有的临床管理方法不同。
全球，Inn-ex Vivo扩展了含有干细胞的自体角膜上皮细胞
该药物会受到其他监测。这将允许快速识别新的安全信息。医疗保健专业人员被要求报告任何可疑的不良反应。有关如何报告不良反应的第4.8节。1。药用产品全克拉尔79,000-316,000单元/厘米2的名称2.定性和定量组成2.1一般描述离体扩展了含有干细胞的自体角膜上皮细胞。2.2定性和定量组成全球由300,000至1,200,000的透明循环片组成，可行的自体角膜上皮细胞（79,000-316,000个细胞/ cm 2），包括平均3.5％（0.4至16％至16％）的边缘干细胞，以及临时临时的临时型号和临时的相互作用，并具有临时的2.临时相互作用，并具有临时的相互作用。纤维蛋白层并保持在传输介质中。有关赋形剂的完整列表，请参见第6.1节。3。药物形式等效的生物组织。透明的圆形纸。4。临床细节4.1治疗指示的治疗中等至重度缘干细胞缺乏症的成年患者（由至少两个角膜象限的表面角膜新生血管造成的存在定义，中央角膜介入，并且由于物理或化学性角膜燃烧而具有严重的角膜参与，并严重受损的视力）。活检需要至少1-2 mm 2的未损坏的边缘。Posology此药物仅用于自体使用。4.2 Posology和Admissional Woloclar的方法必须由经过适当培训和合格的外科医生管理，并且仅限于医院使用。要施用的细胞量取决于角膜表面的大小（表面为Cm²）。每种制剂的全球制剂都包含一个单独的治疗剂量，并具有足够数量的细胞覆盖整个角膜表面。建议的全球剂量为79,000-316,000/cm²，对应于1cm²的产物/cm²缺陷。每种制剂全体平台的准备都旨在作为单一治疗方法。如果治疗医师指示的话，可以重复治疗。
CRISPR-Cas9 介导诱导人类支气管上皮细胞发生大型染色体倒位
1. 通过 UCSC 基因组浏览器 ( https://genome.ucsc.edu/ ) 可获得用于设计两个 gRNA 的目标 DNA 序列。a. 选择感兴趣的基因组版本。在我们的例子中，使用的是“人类 GRCh38/hg38”。b. 根据已知的倒位断点 1 的位置，标记断点前 100-150 bp 到断点后 100–150 bp 范围内的基因组区域。例如，如果断点 1 位于 chr3:2,920,305，则在 UCSC 基因组浏览器搜索框中输入“chr3:2,920,205–2,920,405”以标记所需的染色体区域，然后单击“Go”。c. 在 UCSC 基因组浏览器工具栏上选择“查看”，然后单击“DNA”选项。d.在新窗口中，单击“获取 DNA”以获得准确的 DNA 序列。这是使用 CRISPOR 算法设计 gRNA 引物所需的序列（见下面的步骤 2a）。e. 对倒位的断点 2 重复步骤 1a-1d。2. 要设计 gRNA，请使用 CRISPOR 算法（http://crispor.tefor.net/）：a. 输入从步骤 1d 获得的断点 1 的 DNA 序列。确保参考基因组与 UCSC 浏览器（步骤 1a）中使用的基因组相匹配，然后选择可通过转染载体编码的 Cas9 酶类型识别的 Protospacer Adjacent Motif (PAM)。如果转染载体表达 SpCas9，则选择 20 bp-NGG PAM 格式。单击“提交”以获得针对模板 DNA 的候选 gRNA 序列。b. CRISPOR 算法默认按特异性从高到低对候选 gRNA 序列进行排序，因为这是关键参数。从新页面上出现的候选 gRNA 列表中，选择具有最高麻省理工学院 (MIT) 和切割频率确定 (CFD) 特异性得分的指导序列（Doench 等人，2016 年；Hsu 等人，2013 年；Tycko 等人，2019 年）。这些分数根据以下方面评估候选 gRNA
使用人类诱导的多能干细胞衍生的感光细胞和视网膜色素上皮细胞
自从发现诱导的多能干细胞（IPSC）技术以来，已经有许多尝试创建遗传性视网膜疾病（IRD）的细胞模型来研究致病过程以促进目标发现和验证活动。一致性仍然是确定这些发现的效用的关键。尽管一致性很重要，但质量控制指标仍未得到广泛使用。在这篇综述中，提供了用于利用IPSC技术生成感光器，视网膜色素上皮细胞和类器官疾病模型的工具包。在开发IPSC衍生的IRD模型（例如IPSC来源）时，讨论了重新编程方法，质量控制指标，控制策略和分化协议时的考虑。剖析了各种IPSC IRD模型，并讨论了基于IPSC的疾病建模的科学障碍，以概述当前方法和未来的方向。
赖氨酸和蛋氨酸对牛乳腺上皮细胞候选转录因子mRNA表达的影响
已确定必需氨基酸 (EAA) 通过快速改变翻译因子的磷酸化状态来调节乳腺上皮细胞的蛋白质合成。然而，对 EAA 供应的长期转录反应研究得很少。选定了八种转录因子作为 EAA 通过氨基酸反应 (ATF4、ATF6)、丝裂原活化蛋白激酶 (JUN、FOS、EGR1) 和雷帕霉素复合物 1 的机制靶点 (MYC、HIF1A、SREBF1) 影响乳腺细胞功能的候选介质。目的是确定在施加 EAA 缺乏 24 小时后，这些候选基因的表达是否以及何时在牛乳腺上皮细胞原代培养物中受到影响，并评估 EAA 缺乏对蛋白质合成、内质网大小、细胞增殖和脂肪形成的影响。将分化细胞在代表所有氨基酸的正常生理浓度 (CTL)、低赖氨酸 (LK) 或低蛋氨酸 (LM) 的 3 种处理培养基中的 1 种中培养 24、40、48 或 60 小时。LK 和 LM 均抑制蛋白质合成并激活 ATF4 表达，表明经典的氨基酸反应途径已被触发。然而，LK 或 LM 对内质网大小没有影响，可能与 LM 上 ATF6 表达升高有关。早期反应基因 JUN 、 FOS 、 EGR1 和 MYC 的表达没有因 EAA 缺乏而升高，但 LM 降低了 EGR1 的表达。LM 还增加了 HIF1A 的表达。EGR1 和 HIF1A 的表达结果与观察到的细胞增殖率下降一致。不同时间点 SREBF1 表达对 LK 和 LM 的不同反应可能导致对脂肪生成率没有影响。这些发现表明，EAA 缺乏可能通过转录因子抑制乳腺蛋白质的合成和细胞增殖。
一种调节粘膜免疫并驱动人类克罗恩病的特殊上皮细胞类型
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2023 年 10 月 2 日发布。；https://doi.org/10.1101/2023.09.30.560293 doi：bioRxiv 预印本
表皮生长因子受体调节Cofilin活性，并促进可传播的胃肠炎病毒进入肠道上皮细胞
cofilins3e f：tagcatggcc gaa ggtgtggtctctctctctggggggggtcatcaaag r：cagccacaccc ttc ggccatgccagccagccagccagcttgggtgggtcctcctt n19rhoa n19rhoa TT TT TTTGCCAGAGCCCCABCCAATCACCCACCICACICACICCICCIachIs N17Rac1 F:GTGGGGTGTGTGTGTGTACCICCCAATGCs R CAGGGGHTTITTITTITITITITIES GTCCAGTATATATATAGCATCETCETC42 F : GTTGTGTGTGTCCTSATATATATATATATATATATATATATATATATATATITITITITITITITITITITITITITITITITITITITITY
基因校正恢复了源自视网膜炎色素炎的视网膜色素上皮细胞增多症
1个神经退行性疾病实验室中的干细胞疗法，Centro deInvestivaciónPrincipe Felipe（CIPF），西班牙瓦伦西亚46012； aartero@cipf.es（A.A.-C。）; frodriguez@cipf.es（F.J.R.-J.）; ecmente@cipf.es（E.C。）2 Wellcome Sanger Institute，Wellcome Genome Campus，Hinxton，Cambridge CB10 1SA，英国； kl16@sanger.ac.uk（k.l.）; ab42@sanger.ac.uk（A.B。）3遗传学和基因组学系，IIS-FundaciónJiménezDíAz（IIS-FJD，UAM），西班牙马德里28040； aavila@quironsalud.es（a.á.-f。）; mcorton@quironsalud.es（M.C。）; cayuso@fjd.es（c.a.）4稀有疾病生物医学网络研究中心（Ciberer），ISCIII，28040，西班牙马德里5号代谢研究实验室，惠康信托MRC代谢学院，剑桥大学，阿德布鲁克大学，阿德布鲁克医院，剑桥CB2 CB2 CB2 0QQ，英国； ajv22@medschl.cam.ac.uk 6捷克科学学院神经代理部实验医学研究所，捷克共和国14220布拉格； pavla.jendelova@iem.cas.cz 7国家干细胞库 - 瓦伦西亚节点，蛋白质组学，基因分型和细胞系平台，PRB3，ISCIII，ISCIII，研究中心Principe Felipe，C/ Eduardo PrimoyúFera3，46012 Valencia，Spain * sassceence：Ceceg@serceg@cipf。电话。： +34-963-289-680（Ext。1102）
使用以人血清为单一补充物的培养基在羊膜上体外扩增自体角膜缘上皮细胞
对于角膜缘干细胞缺乏症 (LSCD) 患者，体外扩增的人角膜缘上皮细胞 (HLEC) 移植可恢复角膜表面的结构和功能完整性。然而，HLEC 的培养和移植方案差异很大，大多数方案中都使用霍乱毒素、外源性生长因子、激素和胎牛血清等生长添加剂。本文首次比较了在含有胎牛血清的复合培养基 (COM) 中培养的人羊膜 (HAM) 上的人角膜缘上皮细胞 (HLEC) 和在仅添加人血清作为生长添加剂的培养基 (HSM) 上的培养情况，并报告了我们对在自体 HSM 中扩增并用于 LSCD 患者移植手术的 HLEC 的首次研究。利用全基因组微阵列、RT-PCR、Western印迹法对扩增的HLEC进行检测，并评估其细胞活力、形态、免疫组化标志物表达和集落形成效率。在HSM中培养HLEC可产生多层上皮，其中在基底层检测到了与LESC相关的标志物细胞。在HSM和COM中培养的细胞之间转录差异很小，细胞活力相当。与LESC相关的p63基因在HSM中的表达量是COM的3.5倍，Western印迹法证实HSM培养物中p63a带更强。角膜特异性角蛋白CK12在两种培养条件下的发现量相同，但HSM中的CK3阳性细胞明显更多。 LSCD 患者移植手术后，HAM 上皮片中残留的细胞表现出中心上皮特征，在生长停滞的成纤维细胞上低密度培养的分离细胞产生的克隆包含 21.12% 的 p63a 阳性细胞（n = 3）。综上所述，不含动物来源或动物细胞培养物来源的生长添加剂，仅以人血清作为单一生长添加剂的培养基，可以作为 HAM 上 HLEC 体外扩增常用复合培养基的等效替代品。2012 Elsevier Ltd. 保留所有权利。