1 斯坦福大学医学院精神病学和行为科学系,斯坦福,CA 94305。2 斯坦福大学医学院神经病学和神经科学系,斯坦福,CA 94305。3 斯坦福大学医学院斯坦福神经科学研究所,斯坦福,CA 94305。4 Athena,Inria Sophia Antipolis,法国蔚蓝海岸大学,2004 route des Lucioles 06902 Sophia Antipolis CEDEX,法国。 5 普林斯顿大学普林斯顿神经科学研究所,新泽西州普林斯顿 08544 6 斯德哥尔摩皇家理工学院计算科学与技术系,新泽西州斯德哥尔摩 08544。7 Defi,Inria Saclay 法兰西岛,巴黎南大学综合理工学院 1 Rue Honoré d'Estienne d'Orves 91120 Palaiseau,法国。 8 Parietal,Inria Saclay Île-de-France,CEA University Paris Sud 1 Rue Honoré d'Estienne d'Orves 91120 Palaiseau,法国。通讯作者:Vinod Menon 博士和 Demian Wassermann 博士。电子邮件:menon@stanford.edu; demian.wassermann@inria.fr
携带 BRAF V 600 突变的转移性黑色素瘤患者可以用 BRAF 和 MEK 抑制剂(BRAFi/ MEKi)联合治疗,但不可避免地会产生先天和获得性耐药性。预测患者对靶向治疗的反应对于指导临床决策至关重要。我们在此描述了一种高效的患者来源异种移植模型的开发,该模型适用于患者黑色素瘤活检,使用禽胚胎作为宿主(AVI-PDX TM )。在这个体内范例中,我们描述了一种在胚胎皮肤内快速且可重复的患者样本肿瘤植入,保留了关键的分子和表型特征。我们表明,在这些 AVI-PDX TM 中可以可靠地模拟对 BRAFi/MEKi 的敏感性和耐药性,以及与其他药物的协同作用。我们进一步提供概念证明,AVI-PDX TM 在几天内模拟黑色素瘤患者对 BRAFi/MEKi 的反应多样性,因此将其定位为设计个性化药物检测和评估新型组合策略的有价值的工具。
人类诱导的多能干细胞(HIPSC)已在体外广泛使用,以模拟神经发育中的早期事件。由于存在许多缺点,先前的工作已经建立了移植到小鼠大脑后体内使用这些细胞的潜力。在这里,我们描述了一种系统的方法,用于分析小鼠脑中移植的HIPSC衍生神经元和神经胶质细胞。使用GCAMP6F表达人神经细胞的功能性两光子成像,我们定义并量化其自发活性的类似胚胎样特征。通过移植的详细电子显微镜(EM)来证实这一点。我们将其与神经元在体内长达7个月进行的突触发育有关。现在,可以进一步使用该系统,用于针对精神分裂症或自闭症谱系障碍(例如精神分裂症或自闭症)神经发育疾病的遗传或实验操纵。
我证明该患者已经收到了有序测试的目的,风险和好处的解释。我的签名证明了测试的医学必要性(包括测试结果将为治疗计划提供信息),并进一步证明我有权下令进行测试,并且患者已提供了满足适用法律的tempus法律要求的知情同意,或者参考了:(a)收集和使用遗传材料(包括遗传材料)和健康的信息和健康信息(包括遗传材料),并有序(包括遗传材料)和健康的信息(s); (b)根据需要报销或处理保险索赔(如果适用),获取,接收和发布健康信息(包括测试结果); (c)按照tempus同意,收集,使用和保留从患者那里获得的样本和信息,并符合患者签署的基因组测试形式。
抗性作物的抽象育种是控制疾病的可持续方法,并依赖于新型抗性基因的引入。在这里,我们测试了如何使用小麦转基因的三种策略来实现对现场真菌病原体的持久抗性。首先,我们在多年的长期野外试验中测试了春季小麦品种Bobwhite的高效,过表达的单转基因PM3E。与先前的结果一起,这表明转基因小麦系PM3E#2在总共九个野外季节中赋予了完全白粉病的耐药性,而不会对产量产生负面影响。此外,当越过精英小麦品种菲奥琳娜(Fiorina)时,PM3E过表达的PM3E对白粉病分离株的抗性对白粉病分离株有抗性。第二,我们在品种Bobwhite的背景下将四个超表达的转基因PM3A,PM3B,PM3D和PM3F上升,并表明在五个田间季节中,金字化线PM3A,B,D,F,B,D,F,F,b,d,f完全抵抗白粉病。第三,我们在三个野外季节中使用了三条大麦线的三条大麦线进行了现场试验,这些大麦线表达了成人的植物抗性基因LR34。Line GLP8在控制病原体诱导的HV-GER4C启动子的控制下表达LR34,并在该场中提供了部分大麦白粉病和抗叶锈蚀,对可能需要补偿性繁殖的产量组件产生了微小的负面影响。总的来说,我们的研究表明并讨论了三种成功的策略,以使用小麦的转基因在田间实现小麦和大麦的真菌疾病抗性。如果以可持续的方式应用,这些策略可能会赋予长期抵抗。
印度的独立研究员印度印度C raiganj政府医学院和医院C内科医学院,Rutgers Health Community Medical Center,Toms River,NJ,美国新泽西州汤姆斯河D,美国纽约州Bronxcare Health System,美国纽约州Bronxcare Health System,美国E纽约州纽约州e,哈佛大学,美国医学院/BIDMC,BOSTON,美国波士顿,美国医学院。印度勒克瑙(Lucknow),HO OO Bogomolets国家医科大学,基辅,乌克兰I内科学系,德克萨斯理工大学健康科学系,美国德克萨斯州埃尔帕索市,美国J.华沙医科大学药理学,临床前研究与技术中心,华沙,波兰n心脏病学系,奥地利维也纳医科大学印度印度C raiganj政府医学院和医院C内科医学院,Rutgers Health Community Medical Center,Toms River,NJ,美国新泽西州汤姆斯河D,美国纽约州Bronxcare Health System,美国纽约州Bronxcare Health System,美国E纽约州纽约州e,哈佛大学,美国医学院/BIDMC,BOSTON,美国波士顿,美国医学院。印度勒克瑙(Lucknow),HO OO Bogomolets国家医科大学,基辅,乌克兰I内科学系,德克萨斯理工大学健康科学系,美国德克萨斯州埃尔帕索市,美国J.华沙医科大学药理学,临床前研究与技术中心,华沙,波兰n心脏病学系,奥地利维也纳医科大学
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证(未经同行评审证明)获得的是作者/资助者,他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可,以永久显示预印本。这是此预印本版本的版权持有人,该版本发布于2025年2月1日。 https://doi.org/10.1101/2025.01.31.635969 doi:Biorxiv Preprint
我们已经看到过去几年对使用机器学习进行化学和生物学,合成生物学和代谢工程的兴趣越来越不例外[1]。本文回顾了工程生物系统时使用的三种主要技术。在第2节中,我们介绍了受监督和半监督的机器学习技术的概述,提供了搜索混杂酶活性的示例。在第3节中,我们讨论了通常基于监督学习的主动和强化学习方法,并在迭代过程中直接获得培训集。这些方法对设计构建测试的合成生物学周期尤其可以修改。在预测酶活性,优化代谢途径和进行重新生物合成的背景下提供了示例。生活系统中的工程信息处理设备是一项长期的合成生物学企业。然而,在机器学习中发现的基本操作的工程设备的问题在很大程度上尚未探索。第4节提出试图在体外和体内构造的尝试,这是所有人工神经网络的基本单元。
对于表观遗传汇集筛选,对具有强力霉素诱导的 Cas9 等位基因 (KH2/iCas9;杰克逊实验室,库存编号 029415) 的 8 至 12 周龄小鼠实施安乐死,并对总共 100 万个 Lin – Sca-1 + c-Kit + (LSK) 细胞进行分选并用含有表观遗传 sgRNA 文库的慢病毒进行体外转导 (补充表 1) 14,然后移植到 B6/129 受体小鼠中 (有关更多详细信息,请参阅补充材料)。简而言之,LSK 细胞在 96 孔圆底微孔板中培养,培养基为 StemSpan 无血清扩增培养基(StemCell Technologies),其中添加了 100 ng/mL 重组鼠干细胞因子 (rmSCF)、10 ng/mL rm 白细胞介素-11 (IL-11) 和 5 ng/mL rmFlt3l (R&D Systems),并以低感染复数共转导,慢病毒表达 Tet2 sgRNA (Tet2_e10.1;完整序列见补充表 1) 和表观遗传 sgRNA 文库,以实现 ~50% 的感染效率。24 小时后,将培养的细胞汇集、洗涤
临床过程 根据 CLN2 临床评分量表,患者的运动评分为 1,语言评分为 1,表明疾病处于晚期阶段。1 入院前 4 个月,患者一直接受疾病改良疗法(重组人 cerliponase alfa)。患者最初因插入胃造口管而住院,但随后出现严重感染,并发腹腔内脓肿和真菌性腹膜炎。根据临床和生化指标,持续评估和调整针对腹腔内感染的抗生素和抗真菌方案。最终采用美罗培南(20 mg/kg,每日三次)和阿尼芬净(1.5 mg/kg,每日一次)强化抗菌治疗,符合当地儿科严重感染指南。住院期间,患者出现混合型癫痫、肌阵挛性抽搐和