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将硅噬菌体变成体内噬菌体：
crass样噬菌体最初是从涉及元基因组测序的研究和来自多个个体（Crass-cr oss asbly）的读取的研究中得出的高度丰富和肠道微生物组的普遍成员。最近，已经确定了粘膜类细菌的骨状噬菌体感染细菌。最令人兴趣的面孔样噬菌体之一是它们在实验室和肠道中持续数量高的能力，而不会显着影响其细菌宿主的丰富性。在这里，我们重述了迄今为止，从2014年的硅硅发现以及随后鉴定唯一基因组特征的含量噬菌体，到Crass001的第一个隔离以及阐明由Vivo In Vivo的Phage-Host对研究引起的各种生物学特征的首次分离。在相对较短的时间内收集了大量信息，但是很明显，类似骨状的噬菌体研究仍处于起步阶段。未来的研究在于进一步的体内工作，与噬菌体 - 宿主对一起工作，再加上从较大的群体中分离出进一步的crass样噬菌体。引言泥泞的噬菌体是人类肠道微生物组的有趣成员。它们既多产又广泛，占肠道病毒基因组的86％以上。（Yutin等，2021）在来自全球各地的粪便中都发现了它们，并且在从婴儿到老年人的所有年龄段中都发现了它们（Edwards等，2019）。也已显示它们被转移并稳定地植入虽然crassphages很少是新生微生物组的组成部分，但它们在生命的第一年就变得越来越普遍。已经表明，垂直传播会导致这种初始定植（McCann等，2018； Siranosian等，2020）。
在计算机中，体外和体内机器学习合成...
我们已经看到过去几年对使用机器学习进行化学和生物学，合成生物学和代谢工程的兴趣越来越不例外[1]。本文回顾了工程生物系统时使用的三种主要技术。在第2节中，我们介绍了受监督和半监督的机器学习技术的概述，提供了搜索混杂酶活性的示例。在第3节中，我们讨论了通常基于监督学习的主动和强化学习方法，并在迭代过程中直接获得培训集。这些方法对设计构建测试的合成生物学周期尤其可以修改。在预测酶活性，优化代谢途径和进行重新生物合成的背景下提供了示例。生活系统中的工程信息处理设备是一项长期的合成生物学企业。然而，在机器学习中发现的基本操作的工程设备的问题在很大程度上尚未探索。第4节提出试图在体外和体内构造的尝试，这是所有人工神经网络的基本单元。
水凝胶包裹的精密切割肺切片支持体内诱导的肺部病变的体内培养
由其超微结构Daniel Scholl 1，Tumara Boyd 1，Andrew P. Latham，2,3,4，Alexandra Salazar 1，Asma Khan 1,5 Steven Boeynaems 6,7,8,9,10，Alex S. Holehouse 11,12 Keren Lasker 1*隶属关系：1综合结构与计算生物学系，Scripps研究所，加利福尼亚州拉霍拉，92037，美国2定量生物科学研究所，加利福尼亚大学，旧金山大学，旧金山，旧金山，旧金山，CA 94158，美国。3加利福尼亚大学旧金山，旧金山，加利福尼亚州94158的加利福尼亚大学生物工程和治疗科学系。4加州大学旧金山分校，旧金山，旧金山，CA 94158，美国5美国德克萨斯州休斯敦市，德克萨斯州儿童医院，美国87030，美国8治疗创新中心（THINC），贝勒医学院，美国德克萨斯州休斯敦市贝勒医学院，美国977030，美国9阿尔茨海默氏症和神经退行性疾病中心和神经退行性疾病（CARD），德克萨斯州儿童医院，德克萨斯州休斯顿，美国107030年，美国10 Dan Luncn cancer cancer intimes美国117030，美国11日，美国11个生物化学和分子生物物理系，华盛顿大学医学院，圣路易斯，密苏里州圣路易斯，12个生物分子冷凝物中心（CBC），华盛顿大学，圣路易斯，圣路易斯，密苏里州圣路易斯 *通信 *通讯：dopark@scripps.edu
用于体内基因组工程的精准 CRISPR
Ensoma 准备创造一个新的治疗类别。利用一流的递送和工程技术，该生物技术公司旨在利用体内造血干细胞 (HSC) 的力量，为癌症、自身免疫和遗传疾病提供一次性、现成的治疗。Ensoma 利用其病毒样颗粒 (VLP) 递送平台，专注于通过体内血液和免疫细胞的工程化来治疗疾病。利用基因编辑方法治疗更多疾病的潜力促使 Ensoma 于 2023 年初收购了 Twelve Bio，扩展了其工程工具包，包括基于成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 相关蛋白 12a (Cas12a) 的编辑器。该公司已将这些编辑器整合到其体内 Engenious 平台和管道计划中，并正在探索将其编辑器与使用各种递送技术针对其他细胞的公司合作的机会。 Ensoma 的工具包建立在结构洞察的基础上。Twelve Bio 的哥本哈根大学创始人利用 X 射线晶体学和低温电子显微镜，展示了 Cas12a 能够以极高的特异性识别 DNA 靶序列；研究了靶向 CRISPR RNA (crRNA) 的蛋白质与靶序列 DNA 之间的分子相互作用；并揭示了酶如何改变形状以适应精确结合。这些洞察使该公司能够增强 Cas12a（一种小型精确编辑蛋白）的天然优势，从而创建具有更高安全潜力、更好的多路复用能力和交付平台多功能性的编辑器。
探索化学轮廓，抗氧化剂，体内抗...
citrulluls lanatus thunb。（西瓜）属于Curcubitaceae家族，是全球最重要的作物。目前的工作旨在估计多酚含量，抗炎和抗硫磺特性，除了西瓜肉果实的乙醇提取物的抗氧化活性外。西瓜果实的乙醇提取物含有二级代谢产物，多酚，黄酮和单宁。减少功率测试和2,2'-齐诺 - 双基（3-乙基苯甲噻唑啉-6-磺酸）（ABTS）（ABTS）清除测定法来测量抗氧化活性。在所检查的两个测试中，西瓜乙醇提取物表现出有效的抗氧化潜力。在200和600 mg·kg -1的剂量下对大鼠进行预处理，表现出明显的抗炎作用，而carlageenan诱导的PAW水肿降低，抑制百分比分别为57.24±3.18和69.00±2.80％。然而，剂量的50、200和600 mg·Kg -1的西瓜提取物预处理给大鼠，可减少乙醇诱导的急性胃溃疡胃粘膜损伤，其保护为75.01±0.77，92.38±2.98±2.98和95.01±0。81％与奥美拉唑（95.92％）相比。这项研究表明，西瓜水果消耗可能是一种有希望的抗炎和胃保护剂。
酵母的组装和 CRISPR 靶向体内编辑
。CC-BY 4.0 国际许可，根据 提供（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 7 月 16 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.07.15.500277 doi：bioRxiv 预印本
造血干细胞在体内进行双向命运转变。
虽然单克隆抗体（mAb）是一类重要的药品类别，但成本，复杂性，尤其是递送仍然存在重大问题：克服经常注入抗体的概念是一个值得的目标。一种有吸引力的方法是将非整合DNA直接传递给肌肉组织，使患者充当自己所谓的“蛋白质工厂”。使用脂质纳米颗粒（LNP）和病毒载体进行了这种概念的演示，但是这些传递方法面临着重大挑战，包括肝外交付不良，货物兼容性，安全性，可重复性和成本。聚合物纳米颗粒（PNP）提供了解决这些问题的解决方案，但是面临着自己的挑战，例如大量可能的聚合物结构和多体式配方条件。然而，机器学习，材料信息学和高通量化学合成技术的进步为解决这些挑战提供了有效探索聚合物设计空间的基础。我们的Sayer TM平台利用了质粒DNA（PDNA）的大量计算数据集 - 聚合物相互作用来促进靶向剂的发现和通过深度学习的发现，并推动对各种靶向组织的新型PNP的发现。在这项工作中，我们证明了设计PNP的能力，可以为PGT121提供PDNA编码，PGT121是一种广泛中和的抗HIV抗体，该抗体靶向HIV-1 Invelope糖蛋白上的V3 GlyCan依赖性表位位点。Sayer设计的聚合物与PGT121质粒形成小稳定的PNP。此外，我们表明我们可以通过延长来提高抗体水平和耐用性。与其他状态的DNA降低车辆相比，转染后1天，在转染后1天表现出强血清PGT121蛋白水平。更重要的是，纳米PNP的肌内递送启用了大于1.0 µg/ml峰蛋白表达水平，注射后> 56天，有意义的，耐用的表达水平。在肌肉内输送PNP时，可以看到较低剂量和较低的N/P比的一般趋势。这些参数与聚合物结构分开，提供了不同的机制，可以使用机器学习技术优化体内递送性能。可以将概念扩展到其他抗体，蛋白质或酶的连续产生，这表明PDNA通过PNPS作为治疗方式具有广泛的适用性。最后，我们强调，通过安全有效的PNP在体内提供DNA编码的分泌蛋白的策略可能适用于广泛的其他疾病方式。
使用 - UCL Discovery 的体内 CRISPR-Cas9 递送
隐性营养不良型大疱性表皮松解症是一种破坏性的皮肤脆弱性疾病，其特征是皮肤反复起水疱、瘢痕，并且有较高的罹患鳞状细胞癌的风险，该病是由 COL7A1 基因突变引起的，COL7A1 基因编码 VII 型胶原蛋白，而 VII 型胶原蛋白是连接真皮和表皮的锚定纤维的主要成分。以前已经通过基因编辑在患者细胞中体外校正 COL7A1。然而，要想直接治疗这种疾病特有的水疱性病变，就必须采用体内编辑方法。我们现在已经生成了用于 CRISPR-Cas9 递送的腺病毒载体，以去除 COL7A1 的第 80 外显子，该外显子包含西班牙患者中非常普遍的移码突变。为了进行体内测试，使用了人源化皮肤小鼠模型。在用外科打孔器在再生患者皮肤移植上产生的切除伤口中填充嵌入纤维凝胶中的腺病毒载体后，观察到皮肤的有效病毒转导。用载体治疗的伤口区域基底膜区 VII 型胶原沉积与真皮-表皮粘连的恢复相关，表明隐性营养不良性大疱性表皮松解症 (RDEB) 患者的皮肤病变可以通过体内 CRISPR-Cas9 递送直接治疗。
开发体内和体外模型的痤疮逆转
基础层的另一个关键成分是黑色素，它会产生黑色素，保护人体免受紫外线的侵害，并给皮肤和/或其附属物（头发，羽毛，鳞片）的色素沉着。在人类中，黑素细胞位于基础层的干细胞之间，它们通常小于基础干细胞，但具有广泛的细胞质树突，延伸到颗粒层。每平方英尺的皮肤有大约1500个黑素细胞，与基础层干细胞的比例为1:10。人们可能认为皮肤色素沉着与黑素密度有关，但实际上与黑素细胞活性有关4,5。黑色素细胞的主要作用是黑色素或黑色素发生的产生，黑色素生成是eumelanin是人类中最丰富成员的色素蛋白家族。黑色素发生发生在黑色素体中，黑色素细胞的高度专业细胞器具有酸性内部。它始于氨基酸酪氨酸，该氨基酸酪氨酸被黑素细胞特异性酶转化为多季季酮：酪氨酸酶6。一旦Eumelanin成熟，它就会包装在黑色素体内。它们通过黑色素细胞细胞质扩展向上传播，直到它们被颗粒层7的角质形成细胞释放并占据。
使用药物盒在体内淘汰基因
“基因敲除”或“敲除”是一种使基因功能失活的突变。这些突变对于经典的遗传研究以及包括功能基因组学在内的现代技术非常有用。过去，细菌基因的敲除通常是通过转座子诱变做出的。在这种情况下，需要费力的屏幕才能找到感兴趣的基因的淘汰赛。传统上，首先使用体外基因工程来修改质粒或细菌性人工染色体（BAC）的基因，然后将这些修饰的构建体移至细胞培养技术感兴趣的生物。利用基因工程和体内同源重组的组合的其他方法充其量效率低下。重新组合提供了一种直接在细菌染色体上产生基因敲除突变的新方法，或者将体内任何质粒或BAC修改为在其他生物体中敲除的前奏。构造设计为基础对，