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World File Search System免疫沉淀
跨学科研究与创新中心（CIRI）
哲学和道德，关于科学和研究的道德，智力诚实和研究完整性，科学不当行为：伪造，制造和窃（FFP）（FFP），多余的出版物：重复和重叠的出版物，萨拉米语，选择性的报告，选择性报告和陈述数据。出版道德：定义，引言和重要性，利益冲突，出版物不当行为：定义，概念，导致不道德行为的问题，违反出版伦理学，作者身份，出版物不当行为，投诉和上诉，掠夺性出版商和期刊。II II：生物信息学和生物统计学下一个基因组测序和分析方法。 染色体构象捕获和染色质免疫沉淀与测序（CHIP-SEQ）耦合。 序列对齐clustalw和Omega。 统计，数据类型，平均值，模式，中值，样本方差和样本标准偏差的简介。 数据解释和分析，精度和准确性，误差分析，最小二乘拟合，线性和非线性回归和相关分析，假设检验（T和F假设检验），显着性测试，拟合测试的方形优势。 拟合优度的重要性。 单元III：Techniques-1电泳：类型，原理和应用。 印迹技术：类型，原理和应用。 通过ELISA测定抗原抗体浓度。 确定解离常数和基本的生化计算。 质谱法：原理，电离方法和质谱的应用。II II：生物信息学和生物统计学下一个基因组测序和分析方法。染色体构象捕获和染色质免疫沉淀与测序（CHIP-SEQ）耦合。序列对齐clustalw和Omega。统计，数据类型，平均值，模式，中值，样本方差和样本标准偏差的简介。数据解释和分析，精度和准确性，误差分析，最小二乘拟合，线性和非线性回归和相关分析，假设检验（T和F假设检验），显着性测试，拟合测试的方形优势。拟合优度的重要性。单元III：Techniques-1电泳：类型，原理和应用。印迹技术：类型，原理和应用。通过ELISA测定抗原抗体浓度。确定解离常数和基本的生化计算。质谱法：原理，电离方法和质谱的应用。明亮场和共聚焦显微镜的原理和应用。单元IV：Techniques-2色谱原理及其类型。 紫外可见吸收光谱的原理和应用。 原理和荧光光谱的应用。 圆形二科运动（Far-UV，近紫外）。 红外光谱。 拉曼光谱和动态光散射。 X射线衍射的基本，Bragg定律，X射线晶体学，低温电子显微镜，透射电子显微镜，扫描电子显微镜，NMR光谱的基础知识及其应用。单元IV：Techniques-2色谱原理及其类型。紫外可见吸收光谱的原理和应用。原理和荧光光谱的应用。圆形二科运动（Far-UV，近紫外）。红外光谱。拉曼光谱和动态光散射。X射线衍射的基本，Bragg定律，X射线晶体学，低温电子显微镜，透射电子显微镜，扫描电子显微镜，NMR光谱的基础知识及其应用。
无细胞DNA末端基序和片段长度的整合可以鉴定液体活检中的活性基因
摘要：多项研究表明，癌症患者的无细胞DNA（CFDNA）在片段长度和片段末端基序（fem）的差异与健康个体不同，但是缺乏对这两个因素如何与癌症和基因转移相关的如何相关的。在这项研究中，我们使用肺癌患者（n = 12）和健康个体（n = 7）的血浆进行了CFDNA片段组学评估。使用H3K36ME3无细胞染色质染色质免疫沉淀测序（CFCHIP-SEQ）从血浆中建立了一个个人基因表达。与低表达的基因相比，具有最高表达的基因表现出富集短的CfDNA片段（中值= 19.99％，IQR：16.94–27.13％，p <0.0001）。此外，在CFCHIP之后，富含富含GC的FEM。将短CfDNA片段的频率与存在不同的FEM的存在相结合，从而进一步富集了表达最多的基因（中位数= 37.85％，IQR：30.10-39.49％，p <0.0001）。<150 bp cfDNA的体外尺寸选择可以分离代表活性基因的cfDNA，尺寸选择富集与CFCHIP-SEQ富集相关（Spearman R范围：0.499-0.882，p <0.0001）。这项研究扩大了有关CFDNA片段学的知识，并阐明了基因活性与CfDNA片段长度和不同的FEM的相关性的新启示。
6-ABBS-2023-500_xml-家庭1..11
抽象的癌症 - 预后差的相关死亡的重要原因是肺腺癌（LUAD）。kif5a是驱动蛋白超家族的关键成员，与恶性肿瘤的耐药性有关。这项工作的目的是在luad细胞中对多西他赛（DTX）抗性中KIF5A的机理进行验证。生物信息学分析的结果，QRT -PCR和Western印迹分析表明，与糖酵解途径有关的KIF5A在LUAD中高度表达，并且与糖酵解 - 相关基因呈正相关。我们进一步验证了KIF5A的沉默抑制LUAD细胞中DTX耐药性，糖酵解和乳酸的产生，通过细胞计数套件-8（CCK -8）-8（CCK -8），流式细胞仪，Seahorse XFE 96，乳酸和葡萄糖分析。从机械上讲，KIF5A促进了LUAD中的DTX耐药性，并且在添加LDHA抑制剂后会减弱这种效果。染色质免疫沉淀和双重 - 荧光素酶报道器分析表明，FOXP3转录在激活KIF5A。FOXP3的敲低可减少乳酸产生并增强luad中的DTX敏感性，该灵敏度在同时过表达KIF5A时恢复。我们的发现表明，FOXP3通过通过KIF5A水平的上调增强乳酸产生来增加LUAD细胞中的DTX耐药性。总而言之，我们的研究为提高LUAD的化学敏感性提供了一个新的治疗靶标。
全基因组 R 环分析确定了 DDX5、XRN2 和 PRMT5 在 DNA/RNA 杂交分辨率中的独特作用
研究表明，DDX5、XRN2 和 PRMT5 可以在少数基因组位点上解析 RNA 聚合酶 II 转录终止位点处的 DNA/RNA 杂合体 (R 环)。在此，我们使用经典的 DNA/RNA 免疫沉淀和高通量测序 (DRIP-seq) 对受 DDX5、XRN2 和 PRMT5 调控的位点进行全基因组 R 环定位。我们在缺乏 DDX5、XRN2 和 PRMT5 的 U2OS 细胞中观察到转录位点处数百到数千个 R 环增益和丢失。R 环增益是位于基因富集区域的高度转录基因的特征，而 R 环丢失则在低密度基因区域观察到。DDX5、XRN2 和 PRMT5 在转录终止位点共享许多 R 环增益位点，这与它们在 RNA 聚合酶 II 转录终止中的协调作用一致。 DDX5 缺失的细胞在转录起始位点附近具有独特的 R 环增益峰，这些峰与 siXRN2 和 siPRMT5 细胞的 R 环增益峰不重叠，表明 DDX5 在转录起始中发挥独立于 XRN2 和 PRMT5 的作用。此外，我们观察到 siDDX5、siXRN2 和 siPRMT5 细胞中基因转录起始位点附近某些位置的累积 R 环导致反义基因间转录。我们的研究结果确定了 DDX5、XRN2 和 PRMT5 在 DNA/RNA 杂交调控中的独特和共同作用。
线粒体减少氨基氧霉素的成分1 p。 ...
缩写：165t，位于165位的苏氨酸（突变体）； A165，位于165位的丙氨酸（野生型）； AAV，腺相关病毒； ACTB，β-肌动蛋白； Alt，丙氨酸氨基转移酶； AST，天冬氨酸氨基转移酶； ATF6，激活转录因子6； CHX，环己酰亚胺； CQ，氯喹； DBEQ，Dibenzylquinazoline-2,4-二胺； ECL，增强的化学发光； ERAD，内质网相关降解； FACL4，脂肪酸-COA连接酶4; GCKR，葡萄糖酶调节剂； GWAS，全基因组协会研究； HMARC1，人线粒体减少的组件1； IP，免疫沉淀； IRE1，内切核酸酶肌醇提高酶1； ITR，反向终端重复；妈妈，线粒体相关的膜； MARC1，线粒体减少氨基氧霉素的成分1； MASLD，代谢功能障碍相关的脂肪分裂肝病； Mboat7，包含7的膜结合的O-酰基转移酶结构域； MMARC1，小鼠线粒体减少的成分1； ORO，油红色O染色； PERK，蛋白激酶R样性内质网（ER）激酶； PNPLA3，含patatin样磷脂酶结构域的蛋白3； RTA，相对总丰度； Ru，相对单位； SD，标准偏差； SDS，十二烷基硫酸钠； SDS-PAGE，十二烷基硫酸钠 - 聚丙烯酰胺凝胶电泳； SEM，平均值的标准误差； TM6SF2，跨膜6超家族成员2; UBC，泛素C; UBE2E1，泛素结合酶E2-E1; UBE3EC，泛素蛋白连接酶E3C; UPR，展开的蛋白质反应； UPS，泛素介导的蛋白酶体（降解）系统； VCP，含勇气的蛋白质。
探索生殖健康中的免疫组和微生物组相互作用：当前的知识，挑战和新颖的诊断工具
摘要生殖健康中免疫组和微生物组之间的动态相互作用是一个复杂而迅速发展的研究领域，对生殖医学的发展具有极大的可能性。这种免疫组 - 微生物组的关系影响了先天和适应性免疫反应，从而影响生殖疾病的发作和进展。但是，管理这些相互作用的机制仍然难以捉摸，需要创新的方法来收集更多的理解。这项全面的综述研究了女性生殖道各个部分的生殖微生物组的当前知识，并特别考虑了微生物组与免疫系统之间的双向相互作用。此外，它探索了先天和适应性免疫，重点是免疫球蛋白（IG）A和IgM抗体，它们的调节，自我抗原耐受机制以及它们在免疫稳态中的作用。本综述还强调了微生物群研究中正在进行的技术创新，强调了对标准化检测和分析方法的需求。例如，我们评估了创新技术的临床实用性，例如噬菌体免疫沉淀测序（PHIP-SEQ）和微生物流式细胞仪与下一代测序（Mflow-Seq）耦合。尽管进步持续发展，我们还是强调了对这一领域的进一步探索的必要性，因为对免疫组的深入了解 - 微生物组相互作用具有创新性诊断和治疗策略的希望，以进行生殖健康，例如不育治疗和妊娠管理。
搜索与tick相关的，像bronnoya一样的病毒溢出到绵羊
摘要：tick传播疾病是欧洲许多媒介传播疾病的原因。最近，在许多壁虱物种中发现了属于Bunyavirales的新病毒家族的新型病毒。在这项研究中，我们使用元文字组学来检测与从罗马尼亚和法国收集的ixodes相关的新病毒，包括新的病毒。在这些区域第一次鉴定出与野马病毒相关的类似Bunyavirus的病毒。它提供了高水平的氨基酸保护，并在挪威和克罗地亚的I. ricinus tick中鉴定出与野马相关的病毒以及2014年从日本的tick细胞系中分离出的ixodes capapularis bunyvarus。系统发育分析表明，Bronnoya病毒的子层与几个Bunyavirales家族不同，这表明它可以在该顺序内构成一个新的家族。为了确定Bronnoya病毒是否可以构成新型的tick传播arboviruse，这是一种用于检测罗马尼亚野马病毒病毒糖蛋白中抗体的荧光素酶免疫沉淀测定法，用于从暴露于滴答滴答的小反刍动物中筛选出血清中的血清。未检测到阳性血清，表明该病毒可能无法感染小型反刍动物。这项研究代表了对哺乳动物感染的首次血清学研究，这是bronnoya样病毒的第一步，也是鉴定出tick传播arbovirus的潜在新出现的第一步。
对改变转录因子间距的自然插入和缺失的系统分析可识别耐受性和敏感的转录
基因表达的抽象调节需要在启动子和增强子上对序列特异性转录因子（TFS）的联合结合。先前的研究表明，TF结合位点之间间距的改变会影响启动子和增强子活性。然而，由于自然发生的插入和删除（Indels）导致的TF间距改变的重要性尚未系统地分析。为了解决这个问题，我们首先表征了通过ChIP-Seq（Chro-Matin免疫沉淀测序）确定的人类K562细胞中73 TF的全基因组间距关系。我们发现了协作因素之间放松的间距的主要模式，其中包括45个TFS专门与其结合伴侣展示了放松的间距。接下来，我们利用了遗传多样的小鼠菌株和人个体提供的数百万个indels来研究间距改变对TF结合和局部组蛋白乙酰化的影响。这些分析表明，与直接影响TF结合位点的遗传变异相比，通常可以容忍自然存在的插入的间距改变。为了实验验证这一预测，我们在巨噬细胞系中的六个内源基因组基因座上引入了PU.1和C/EBPβ结合位点之间的合成间距改变。在这些位置，PU.1和C/EBPβ的合作结合明显，可耐受的间距的变化范围从5 bp增加到> 30 bp的降低。总的来说，这些发现对理解增强子选择的机制以及对非编码遗传变异的解释具有影响。
植物
摘要：研究表观遗传调控与抗生物胁迫之间的关系为植物保护和作物改良提供了替代方法。为了阐明番茄对灰葡萄孢菌的反应机制，我们进行了染色质免疫沉淀 (ChIP) 分析，结果显示沿着早期诱导基因 SlyDES、SlyDOX1 和 SlyLoxD（编码氧化脂质途径酶）以及 SlyWRKY75（编码激素信号转录调节剂）的 H3K9ac 标记增加。这种组蛋白标记比之前研究的 H3K4me3 分布更为明显。RNAPol-ChIP 分析反映了与组蛋白修饰增加相关的实际基因转录。抗 P. syringae 的氧化脂质相关基因中标记的不同模式支持病原体特异性谱，而 SlyWRKY75 中没有出现显著差异。内含子结合 miR1127-3p 对 SlyWRKY75 的表观遗传调控得到了对照植物中 SlyWRKY75 前 mRNA 存在的支持。有趣的是，研究发现，在 B. cinerea 和 P. syringae 的响应下，mRNA 会积累，而 miRNA 的减少只发生在 B. cinerea 上。内含子区域呈现出与两种致病系统中的基因其余部分相似的标记模式，B. cinerea 上的 miRNA 结合位点的 H3K4me3 除外。我们定位了编码 Sly-miR1127-3p 的基因，该基因在 B. cinerea 的启动子上呈现出降低的 H3K4me3。
康斯坦斯改变了拟南芥的昼夜节律
植物是无柄生物，已经获得了高度塑料发育策略以适应环境。在这些过程中，口腔过渡对于确保生殖成功至关重要，并且受到多个内部和外部遗传网络的最终调节。控制植物对白天长度的响应的光周期途径是控制流动的最重要的途径之一。在ara-bidopsis光周期旋转中，constans（CO）是中心基因，它在漫长的一天结束时在叶片中激活了叶片开花基因座t（ft）的表达。昼夜节律强烈地表达了CO的表达。迄今为止，尚无关于从光周期途径回到昼夜节律的反馈回路的证据。使用转录网络，我们确定了相关的网络图案，可以调节昼夜节律之间的相互作用。基因表达，染色质免疫沉淀实验和表型分析使我们能够阐明CO在昼夜节律中的作用。植物具有改变的CO表达的植物显示出不同的内部时钟周期，通过每日叶子节奏运动来衡量。我们表明，通过与启动子上的特定位点结合，CO上调了与昼夜节律时钟相关的关键基因的表达，例如CCA1，LHY，PRR5和GI。CO上的大量PRR5抑制靶基因上调，这可以解释COCo-Prr5复合物与BZIP转录因子HY5相互作用，并有助于将复合物定位在时钟基因的启动子中。总而言之，我们的结果表明，可能有一个反馈循环，可以在其中将循环回到昼夜节律时钟，从而为昼夜节律提供了季节性信息。