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World File Search System免疫沉淀
HVWRKY2充当免疫抑制剂，并靶向HVCEBIP来调节大麦的白粉病耐药性
植物使用复杂的免疫系统来感知病原体感染并以严格控制的方式激活免疫反应。在大麦中，HV WRKY2充当了抗白粉病真菌的大麦疾病耐药性的阻遏物，blumeria graminis f。 sp。hordei（bgh）。然而，HV WRKY2在其DNA结合和抑制剂函数及其靶基因中的分子特征未经表征。我们表明，HV WRKY2的W-box结合需要完整的WRKY结构域和75个氨基酸的上游序列，并且HV WRKY2 W-box结合活性与其在疾病耐药性中的抑制剂功能有关。染色质免疫沉淀（芯片） - seq分析鉴定了一种假定的壳蛋白受体基因HVCEBIP，作为过表达转基因大麦植物中HV WRKY2的靶基因。chip-qPCR和电泳迁移率转移测定法（EMSA）验证了HV WRKY2与HVCEBIP启动子中含有W-box的序列的直接结合。HV Cebip积极调节大麦对BGH的抵抗力。我们的发现表明，HV WRKY2通过直接靶向与病原体相关的分子模式（PAMP）识别受体基因来抑制大麦的基础免疫力，这表明HV CEBIP和可能的金属蛋白信号传导在大麦PAMP PAMP触发的免疫反应中对BGH感染的免疫反应。2022年中国作物科学学会和CAAS作物科学研究所。 Elsevier B.V.的发布服务代表KEAI Communications Co. Ltd. 这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。2022年中国作物科学学会和CAAS作物科学研究所。Elsevier B.V.的发布服务代表KEAI Communications Co. Ltd.这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
theranostics USP14调节类似茎状的特性，...
原理：胶质母细胞瘤（GBM）是最具侵略性的原发性脑癌类型，并包含有助于肿瘤生长和治疗性抗性的自我更新GBM干细胞（GSC）。然而，对GSC治疗耐药性的分子决定因素知之甚少。方法：我们对患者衍生的GSC中的去泛素化酶（DUB）进行了全基因组分析，并使用基因特异性shRNA来识别有助于GSC存活和放射线抗性的重要DUB基因。随后，我们采用质谱和免疫沉淀来显示USP14和AlkBH5之间的相互作用，并确定了上游激酶MST4，这对于碱性化和稳定碱的稳定至关重要。此外，我们进行了集成的转录组和M 6 A-SEQ分析，以发现影响GSC辐射势的ALKBH5的关键下游途径。结果：我们的研究证明了去泛素酶USP14在维持GSC的干性，致癌潜力和放射线的重要作用。USP14通过防止其K48连接的泛素化和通过HECW2降解M 6 A脱甲基碱ALKBH5。通过MST4在丝氨酸64和69处的AlkBH5磷酸化增加了其与USP14的相互作用，从而促进了AlkBH5的去泛素化。此外，ALKBH5以取决于YTHDF2的方式直接与USP14转录本相互作用，建立了一个正反馈环，该反馈环维持GSC中两种蛋白质的过表达。暴露于电离辐射（IR）后，在GSC中进一步刺激了此信号级联。MST4-USP14-AlkBH5信号通路对于增强干细胞样性状，促进DNA双链断裂的同源重组修复以及促进GSC中的放射性和肿瘤性。用小分子IU1抑制USP14会破坏ALKBH5去偶联性，并提高IR疗法对GSC衍生的脑肿瘤异种移植物的有效性。结论：我们的结果将MST4-USP14-AlkBH5信号通路确定为治疗GBM的有前途的治疗靶标。
BRD4 抑制会损害 DNA 错配修复，诱导错配修复突变特征，并导致 MMR 功能正常的肿瘤对免疫检查点阻断的治疗脆弱性
摘要 背景 错配修复缺陷 (dMMR) 是免疫检查点阻断 (ICB) 反应的一个公认的生物标志物。将 MMR 熟练 (pMMR) 转化为 dMMR 表型以使肿瘤对 ICB 敏感的策略受到高度追捧。含溴结构域 4 (BRD4) 抑制和 ICB 的结合提供了有希望的抗肿瘤作用。然而，其潜在机制仍然未知。在这里，我们发现 BRD4 抑制会在癌症中诱导持续的 dMMR 表型。方法我们通过对癌症基因组图谱和临床蛋白质组肿瘤分析联盟数据进行生物信息学分析以及对卵巢癌标本的免疫组织化学 (IHC) 评分进行统计分析，证实了 BRD4 与错配修复 (MMR) 之间的相关性。通过定量逆转录 PCR、蛋白质印迹和 IHC 测量 MMR 基因 (MLH1、MSH2、MSH6、PMS2)。通过全外显子组测序、RNA 测序、MMR 检测和次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶基因突变检测确认 MMR 状态。在体内和体外诱导 BRD4i AZD5153 耐药模型。通过细胞系之间的染色质免疫沉淀和来自 Cistrome 数据浏览器的数据研究了 BRD4 对 MMR 基因转录的影响。在体内证明了对 ICB 的治疗反应。通过流式细胞术测量了肿瘤免疫微环境标志物，例如 CD4、CD8、TIM-3、FOXP3。结果我们在转录和翻译方面确定了 BRD4 和 MMR 基因之间的正相关性。此外，BRD4 转录抑制会降低 MMR 基因表达，导致 dMMR 状态和突变负荷升高。此外，长期暴露于 AZD5153 可在体内和体外促进持久的 dMMR 特征，增强肿瘤的免疫原性，并且尽管获得了耐药性，但仍增加了对 α - 程序性死亡配体-1 疗法的敏感性。
2025 年 Hanna H. Gray 研究员计划竞赛 成功科学研究提案示例
摘要 mTORC1 蛋白激酶响应各种输入（包括氨基酸）调节细胞生长，这些输入向 Rag GTPases 发出信号，促进 mTORC1 易位到溶酶体表面（其激活位点）。这种途径在许多疾病中失调，包括糖尿病和癌症；然而，我们对氨基酸激活 mTORC1 的机制的理解并不完整。长期以来，一个谜团是氨基酸缺乏时抑制 mTORC1 的成分的身份。作为一名研究生，我推断负调节剂可能会影响 Rags，因为它们在营养感知中起着核心作用。我们对 Rags 进行了免疫沉淀，然后进行质谱分析 (IP/MS)，结果发现了两个相互作用的蛋白质复合物，我们称之为 GATOR1 和 GATOR2。GATOR2 正向调节 mTORC1 并在 GATOR1 上游或与 GATOR1 并行发挥作用，GATOR1 是一种 Rag GTPase 激活蛋白，也是 mTORC1 的关键抑制剂。 GATOR1 成分在癌症中发生突变，可能有助于识别对 mTORC1 抑制有反应的癌症。第二个未解之谜是 mTORC1 上游氨基酸传感器的身份。为了识别假定的传感器，我们对已知的 mTORC1 调节剂进行了广泛的 IP/MS。我们发现 Sestrin2 和 CASTOR1 是与 GATOR2 相互作用的蛋白质，分别起到亮氨酸和精氨酸传感器的作用。Sestrin2 和 CASTOR1 与 GATOR2 结合以抑制 mTORC1，并且在存在氨基酸的情况下这种抑制会得到缓解。重要的是，这些传感器的氨基酸结合能力是 mTORC1 感知氨基酸存在所必需的。总之，这些成分的发现澄清了我们对氨基酸如何向 mTORC1 发出信号的理解，并提供了在疾病状态下调节 mTORC1 活性的目标。
锌指抗病毒蛋白 ZAP 限制人类巨细胞病毒并选择性结合和破坏病毒 UL4/UL5 转录本
摘要 干扰素刺激基因产物 (ISG) 在早期感染控制中起着至关重要的作用。ISG 锌指 CCCH 型抗病毒蛋白 1 (ZAP/ZC3HAV1) 通过与富含 CG 的 RNA 序列结合来对抗多种 RNA 病毒，而其对 DNA 病毒的影响尚不明确。在这里，我们揭示了 ZAP 在人类巨细胞病毒 (HCMV) 感染中的作用，该病毒是一种疱疹病毒，与免疫抑制个体和新生儿的高发病率有关。我们表明，在 HCMV 感染期间会诱导 ZAP 的两种主要亚型 ZAP-S 和 ZAP-L 的表达，并且这两种亚型都会对 HCMV 复制产生负面影响。转录组和蛋白质组分析表明，ZAP 的表达会导致病毒 mRNA 和蛋白质水平降低，并减缓 HCMV 感染的进展。代谢 RNA 标记与高通量测序 (SLAM-seq) 相结合表明，感染后期的大多数基因表达变化是由 HCMV 的普遍减弱引起的。此外，在感染的早期阶段，ZAP 通过破坏一组独特的病毒 mRNA（尤其是来自之前未表征的 UL4-UL6 HCMV 基因位点的 mRNA）来限制 HCMV。通过增强交联免疫沉淀和测序分析 (eCLIP-seq)，我们将从该 HCMV 位点表达的转录本确定为 ZAP 的直接靶标。此外，我们的数据显示 ZAP 不仅优先识别 CG，还优先识别其他富含胞嘧啶的序列，从而扩大了其靶标特异性。总之，本报告首次揭示了 HCMV 感染过程中 ZAP 的直接靶点，这强烈表明来自 UL4-UL6 基因座的转录本可能在 HCMV 复制中发挥重要作用。
Magic-Cryo-Em：磁珠上稀缺的大分子的结构测定
魔术 - 晶体：在异质样品中稀缺大分子的结构性确定Yasuhiro arimura 1,2*，hide A. Konishi 1，Hironori funabiki 1* 1* 1 1* 1 1* 1个伪装体和细胞生物学实验室，纽约州纽约州立大学，纽约州纽约州立大学。中心，美国华盛顿州西雅图市，98109-1024 *通信：funabih@rockefeller.edu，yarimura@rockefeller.edu或yarimura@fredhutch.org摘要冷冻冷冻级单 - 单点分析通常需要在0.05〜5.5.5.0 mg/ml上达到目标Macromolecule浓度，以下是iSMACromolecule浓度。在这里，我们设计了磁隔离和浓度（魔术）-cryo-em，这是一种能够对磁珠上捕获的靶标的直接结构分析，从而将目标的浓度需求降低到<0.0005 mg/ml。将魔术 - 晶体EM适应染色质免疫沉淀方案，我们表征了连接器组蛋白H1.8相关的核小体的结构变化，这些核小体是从异叶鸡蛋提取物中的相间和中期染色体分离出来的。将重复的选择组合以排除垃圾颗粒（Duster），这是一种去除低信噪比粒子颗粒的粒子策划方法，我们还解决了H1.8结合的核纤维蛋白NPM2的3D冷冻EM结构与与跨相染色体和露出不同的敞开和封闭的结构变体的3D冷冻EM结构。我们的研究表明，魔术 - 晶体EM对异质样品中稀缺的大分子的结构分析的实用性，并为H1.8与核小体关联的细胞周期调节提供了结构见解。关键字冷冻EM，磁珠，Xenopus鸡蛋提取物，核小体，接头组蛋白H1，核纤维蛋白
治疗诊断学 致癌非V600突变逃避...
Ser/Thr 激酶 RAF，特别是 BRAF 亚型是致癌突变的主要靶点，在各种癌症中都发现了许多突变。然而，除 V600E 之外的这些突变如何逃避 RAF 蛋白的调节机制并因此引发其致癌性仍不清楚。方法：在本研究中，我们使用诱变、肽亲和力测定、免疫沉淀、免疫印迹和互补分裂荧光素酶测定以及小鼠异种移植肿瘤模型来研究 RAF 的功能如何由 Cdc37/Hsp90 分子伴侣和 14-3-3 支架协同调节，以及这种调节机制如何被普遍的非 V600 突变逃避。结果：我们发现 Cdc37/Hsp90 分子伴侣与成熟的 BRAF 蛋白结合，与 14-3-3 支架一起促进 BRAF 蛋白从活性开放二聚体转变为非活性封闭单体。大多数非 V600 突变富集在 BRAF 的 Cdc37/Hsp90 结合片段上或周围，这会削弱 CDc37/Hsp90 分子伴侣与 BRAF 的结合，从而使 BRAF 处于有利于二聚化的活性开放构象中。这些具有高二聚体倾向的 BRAF 突变体维持了长时间的 ERK 信号传导，并且在体外和体内被 RAF 二聚体破坏剂 plx8394 有效靶向。相反，CRAF 和 ARAF 以未成熟单体的形式存在，与 Cdc37/Hsp90 分子伴侣高度包装，在 RAS-GTP 与其 N 端结合以及 14-3-3 支架与其 C 端结合的驱动下，二聚化后释放。成熟的 CRAF 和 ARAF 二聚体也像非 V600 BRAF 突变体一样维持了长时间的 ERK 信号传导，这是由于缺乏 C 端 Cdc37/Hsp90 结合片段。结论：Cdc37/Hsp90 分子伴侣和 14-3-3 支架协同促进 RAF 蛋白从开放活性二聚体转变为封闭无活性单体。非 V600 突变会破坏这种调节机制，并将 RAF 困在二聚体中，而二聚体可能成为 RAF 二聚体破坏剂的目标。
ezh2/hsulf1轴介导受体酪氨酸激酶信号传导以塑造软骨肿瘤进展
抽象的软骨肉瘤是软骨组织的主要癌症，能够改变高度侵略性，转移性和治疗难治性状态，导致预后较差，五年的生存率在11个月时进行了分化的亚型。目前，软骨肉瘤的手术切除是唯一有效的治疗方法，并且没有其他治疗选择，包括靶向疗法，常规化学疗法或免疫疗法，可用于这些患者。在这里，我们确定了涉及EZH2/SULF1/CMEM轴的信号途径，该方法有助于软骨肉瘤的恶性肿瘤，并为该疾病提供了潜在的治疗选择。一种非偏置的染色质免疫沉淀序列，cDNA微阵列分析和软骨肉瘤细胞系的验证，鉴定出硫酸酶1（SULF1）是最高的EZH2靶向基因，以调节软骨肉瘤的进展。过表达的EZH2导致软骨肉瘤细胞系中的Sulf1下调，这又激活了CMET途径。对CMET或遗传沉默的CMET途径的药物抑制显着降低了软骨肉瘤的生长并扩展了小鼠的存活。 在软骨肉瘤的患者样品中，进一步验证了EZH2/ SULF1/ CMET轴的调节。 结果不仅建立了促进软骨肉瘤恶性肿瘤的信号途径，而且还为进一步开发有效的靶向治疗治疗软骨肉瘤提供了挑战潜力。对CMET或遗传沉默的CMET途径的药物抑制显着降低了软骨肉瘤的生长并扩展了小鼠的存活。在软骨肉瘤的患者样品中，进一步验证了EZH2/ SULF1/ CMET轴的调节。结果不仅建立了促进软骨肉瘤恶性肿瘤的信号途径，而且还为进一步开发有效的靶向治疗治疗软骨肉瘤提供了挑战潜力。
生物系课程大纲 - 约克大学
课程内容 讲座主题： 农业生物技术（转基因食品、转基因植物、限制转基因传播） 工业和环境生物技术（生物催化、新型化合物、生物修复） 医学生物技术（克隆、干细胞、基因编辑、基因治疗） 学期报告评分（20%） 您需要就与本生物技术课程相关的主题进行非常简明且组织良好的口头报告。根据您最近发表的一篇论文的选择（选择必须由课程主任从提供的列表中批准），就该论文进行 10 分钟的报告，然后有 5 分钟的提问时间。您对课堂问题的回答将用于评估您的背景知识和对该工作的理解（使用的方法、潜在应用、道德问题）。 参与度（10%） 这个成绩将基于您在实验练习和报告中的参与情况。这意味着您必须在两种环境中提问！课程主任将评估您在口头报告中的参与度；即您的出勤率和讨论期间提出的问题。实验室表现成绩取决于您的实验室技术、您对实验室的准备程度、实验室清洁、您在实验室的态度以及您的实验室笔记本（助教会定期审查）。实验室表现成绩由参与管理实验室的所有人决定：课程主任、助教和实验室技术员。实验报告 (40%) 实验室 1，基于植物 - 瞬时转化和 RT-PCR 12% 实验室 3，基于哺乳动物细胞 - 活化 MAP 激酶的免疫沉淀 12% 实验室 4，基于微生物和体外 - 蛋白质表达和纯化，体外转录和翻译 16% 实验室测验 (10%) 实验室 2，基于酵母 - 使用 CRISPR-Cas9 进行基因组编辑 10% 期末考试 (20%) 本次考试将基于讲座材料和同学演示，并将在正常考试期间亲自举行。
醛脱氢酶2介导的醛代谢通过调节点头/Vista轴促进肿瘤免疫逃避
抽象背景醛脱氢酶2（ALDH2）是参与内源性醛解毒毒素的关键酶，并且与肿瘤进展有关。然而，其在肿瘤免疫逃避中的作用尚不清楚。方法，我们分析了多种癌症中ALDH2表达与抗肿瘤免疫特征之间的关系。ALDH2敲除肿瘤细胞。在免疫能力的乳腺癌EMT6和黑色素瘤B16-F10小鼠模型中，我们研究了ALDH2阻断对流式细胞仪，质量细胞仪，Luminex液体悬浮液检测以及免疫组织组织的细胞量表仪，质量细胞仪，Luminex液体悬浮液的影响。还采用了RNA测序，流式细胞仪，蛋白质印迹，染色质免疫沉淀测定法和荧光素酶报告基因测定法，以探索参与肿瘤免疫逃避的ALDH2的详细机制。最后，在小鼠模型中研究了通过遗传耗竭或其抑制剂二硫次与免疫检查点封闭（ICB）结合使用的阻断ALDH2的协同治疗功效。在我们的研究中，我们发现了多种癌症中AldH2和T细胞功能障碍的表达水平之间的正相关。此外，通过增强CD8 + T细胞的细胞毒性活性并重塑体内肿瘤的免疫景观和细胞因子环境，可以显着抑制ALDH2。结果，CD8 + T细胞的细胞毒性功能得到了振兴。重要的是，ALDH2阻滞显着增强了ICB治疗的功效。从机理上讲，醛的ALDH2介导的代谢抑制了T细胞激活（VISTA）的V域Ig抑制剂的表达，通过灭活核苷酸寡聚结构域（NOD）/核因子Kappa-kappa-k（NF-κB）信号通路。结论我们的数据描述了ALDH2介导的醛代谢通过激活NOD/NF-κB/Vista轴通过激活肿瘤免疫逃避。靶向ALDH2为免疫疗法提供了有效的组合治疗策略。