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World File Search System免疫沉淀
DHX36 通过解开 G‐ 来维持基因组完整性...
含有假定的 G-四链体形成序列的寡核苷酸（PQS；G ≥ 3 N x G ≥ 3 N x G ≥ 3 N x G ≥ 3）在阳离子存在下的生理缓冲条件下（Bochman 等人，2012 年）。由于其高热力学稳定性，组装的 G4 需要通过酶促分解。已经开发出体外用于监测 G4 形成的方法（Balasubramanian 等人，2011 年；Bryan 和 Baumann，2011 年）。使用这些方法已经证明了分解 G4 的酶活性。这些酶包括具有 G4 结合和解旋活性的 DNA 解旋酶，例如 BLM、WRN、PIF1、FANCJ、XPD、DNA2 和 RTEL1（Bochman 等人，2012 年；Maizels，2015 年）。使用计算机分析或荧光成像、免疫沉淀或 pull-down 实验来预测体内 G4 的形成，使用有价值的工具 - 例如特异性识别 G4 的免疫球蛋白和单链可变片段 (scFv) (Henderson 等人，2013)、G4 结合化合物 (Mendoza 等人，2016) 或 G4 结合蛋白 (Maizels，2015)。使用这些工具，可以通过免疫沉淀或针对纯化的基因组 DNA 或染色质的 pull-down 来识别 G4 位点，并且这些位点中的很大一部分重现了 PQS (Chambers 等人，2015；Hänsel-Hertsch 等人，2016；Lam 等人，2013；Muller 等人，2010)。 PQS 在基因的调控区（例如启动子、内含子或非翻译区 [UTR]）中过度表达，包括致癌基因、重复区（例如端粒和 rDNA）和复制起点 (Maizels & Gray, 2013 )。使用抗体在人类细胞中进行的全基因组 G4 映射揭示了 G4 存在于基因调控区和端粒中 (Hänsel-Hertsch et al., 2016 ; Liu et al., 2016 )。许多 G4 被映射在转录起始位点周围，G4 形成的频率与相应基因的转录水平呈正相关 (Spiegel et al., 2021 ; Zheng et al., 2020 )。使用抗体对 G4-DNA 进行荧光标记，显示细胞核或染色体上存在颗粒状信号；一些信号位于端粒或着丝粒上 (Biffi et al., 2013; Henderson et al., 2013)。使用荧光标记化合物对 G4- DNA 进行可视化，可显示位于核仁中的较大信号，以及位于细胞核中的一些较小信号 (Rodriguez et al., 2012)，或整个细胞核中均匀分布的信号 (Shivalingam et al., 2015)。然而，人们对使用体内成像获得的许多未表征信号的亚细胞或基因组位置了解甚少。越来越多的证据表明，在基因体内或周围形成的 G4 通过促进或抑制转录来调节基因活性 (Bochman et al., 2012; Mendoza et al., 2016)。尽管具有这些生物学含义，但 G4 在空间上阻碍了 DNA 复制和转录 (Bochman et al., 2012; Maizels, 2015)。这些生物事件的拖延会增加基因毒性损害的风险；G4 结构清除不足可能
神经肿瘤学
摘要背景。开发合理的联合疗法是克服胶质母细胞瘤 (GBM) 固有治疗耐药性的关键。我们旨在通过用溴结构域和额外末端基序 (BET) 蛋白抑制剂扰乱 GBM 细胞来发现新的可用药物靶点，以揭示可能对第二种药物敏感的癌症相关弱点。BET 蛋白是表观遗传调节剂，与癌症中的原癌基因过表达有关。方法。用 BET 抑制剂 (BETi) JQ1 在 48 小时内处理 GBM 衍生的球线，然后进行 RNA 测序。通过染色质免疫沉淀后测序 (ChIP-seq) 研究了四种染色质标记。在体外和原位异种移植中对感兴趣的特征进行了功能验证。评估了联合疗法的协同作用。结果。 JQ1 显著调节的癌症相关通路包括干扰素 α (IFN- α ) 反应基因和对组蛋白去乙酰化酶抑制剂 (HDACi) 的反应特征。IFN 特征让人联想到由 CD274 (PD-L1) 组成的 GBM 衍生的 IFN 特征。功能通路分析表明，JQ1 直接作用于 IFN 反应基因的转录水平，而不是通过典型的 JAK/STAT 通路。这与 JQ1 调节的表达以及 BRD4 和 Pol II 在 IFN 特征基因处的占有率一致，支持直接的机制相互作用。最后，我们表明 HDACi 与 JQ1 相结合可协同降低 GS 系的细胞活力。结论。我们的方法确定了 BETi 诱导的癌症相关通路中的脆弱性，可能适合协同组合疗法，例如与 HDACi 结合。 BETi 对 GBM 细胞中 IFN 反应基因（包括 CD274）的直接抑制作用表明肿瘤免疫格局的调节，值得进一步研究。
免疫肿瘤学中的计算科学
抽象背景铁吞作用在增强反编程细胞死亡1（PD-1）免疫疗法的功效方面起着重要作用。然而，尚未阐明肿瘤铁蛋白肿瘤对黑色素瘤和肺癌对抗PD-1免疫疗法敏感的分子机制。使用细胞毒性测定，菌落形成测定，流式细胞仪和动物实验来评估甲氟喹（MEF）（MEF）对黑色素瘤和肺癌的生存和纤维毒性的影响。RNA测序，实时定量PCR（QRT-PCR），Western印迹，染色质免疫沉淀-QPCR和流式细胞仪确定MEF调节溶血磷脂酰胆碱酰基转移酶3（LPCCAT3）的分子机制。通过临床数据库和单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ）验证了LPCAT3与抗PD-1免疫疗法的疗效之间的关系。在这项研究中结果，我们发现MEF诱导了铁铁作用。此外，用MEF与T细胞衍生的干扰素γ（IFN-γ）联合治疗增强了肿瘤肿瘤的肿瘤，敏化黑色素瘤和肺癌细胞对抗PD-1免疫疗法。从机械上讲，MEF通过激活IFN-γ诱导的STAT1-IRF1信号传导LPCAT3（一种参与脂质过氧化的关键基因）的表达，并敲低LPCAT3损害了MEF+ifn-γ的诱导。结论总结，我们的研究证明了一种新的机制，通过该机制进行了调节，并证明MEF是一个高度有希望的新靶标，可用于增强抗PD-1免疫疗法的功效。在临床上，对黑色素瘤患者的转录组和单细胞测序的分析表明，黑色素瘤患者的LPCAT3表达明显低于对照组的患者，并且LPCAT3表达与抗PD-1免疫疗法的功效呈正相关。
通过癌细胞中双链RNA识别途径的抗肿瘤免疫力...
在癌细胞中，纺锤体形成检查点（SAC）的抑制剂激活了DSRNA识别途径，不仅是先前报道的DSDNA识别途径，而且还通过诱导DSRNA在细胞质量中的积累而诱导DSRNA识别途径，并具有染色与非分开（*3）。我们还揭示了DSRNA识别途径的激活诱导抗肿瘤免疫相关因子的分泌，例如T细胞趋化因子和1型干扰素，这些因子促进了T细胞迁移和激活。接下来，为了阐明与非隔离的染色对，使用免疫沉淀产生的dsRNA特异性识别dsRNA，并通过免疫药物的序列确定了序列的序列，并确定了序列的序列，并确定了序列的差异，并确定了sac抑制剂的浓缩。结果，我们发现DSRNA倾向于由散射的重复序列（*5）产生，这些重复序列（*5）相对接近基因组中的基因区域，并且在非编码区域（*4）周围被ATAC-SEQ检测为开放染色质区域，并且染色质构象可能影响散射重复的转录活性。还知道，当SAC抑制诱导染色体敞开时，形成了包含称为微核的不完整基因组的细胞内细胞器，在纯化了细胞核和微核并分析包含的RNA后，它揭示了许多转录产物。最后，在小鼠模型中，我们使用缺乏MAV中的细胞在囊肿抑制剂后分析了肿瘤的生长，该细胞在DSRNA识别途径中起着核心作用和免疫缺陷小鼠（*6），并发现囊抑制剂通过抗衰测依赖性依赖于DSRNA的活性在DSRNA上发挥治疗作用。 [展开]
分析Alx1的DNA结合特性，Alx1是棘皮动物中骨骼生成的进化保守调节剂
alx1是一种含同源域的转录因子，是棘皮动物中骨骼生成的高度保守调节剂。在海胆中，ALX1在分化胚胎原代间充质细胞（PMC）中起着核心作用，并积极调节这些细胞表达的大多数生物矿化基因的转录。ALX1基因通过重复而产生，并通过41 - 氨基酸基序（D2域）获得了与其旁系同源物（ALX4）不同的骨骼发育功能。alx1和alx4含有谷氨酰胺-50成对型同源域，它们在体外优先与alindromic结合位点相互作用。染色质免疫沉淀测序（CHIP-SEQ）研究表明，ALX1在体内与腔植物和一半位点结合。为了解决这种明显的差异并探索D2结构域的功能，我们使用了与SP-MTMMPB关联的内源性顺式调节模块，SP-MTMMPB是一个编码PMC特定金属蛋白酶的基因，用于分析ALX1的DNA结合特性。我们发现，Alx1在含有一半位点的TAAT上形成了二聚体复合物，该机制与众所周知的二聚体位点上的机制不同。我们使用转基因报告基因测定法分析了一半位点在体内的功能作用，并证明了两个具有部分冗余功能的位点对于SP-MTMMPB CIS-顺式调节模块的PMC特异性活性至关重要。最后，我们表明D2结构域在体外影响了Alx1的DNA结合特性，这表明该基序的免除可能促进了新的转录靶标的获取，并因此是一种新颖的发展功能。
高剂量维生素 C 通过神经保护基因的表观遗传重编程预防中风后的继发性脑损伤
摘要 维生素 C 最近被确定为一种表观遗传调节剂，它能激活十-十一个转位酶 (TET)，TET 是一种参与生成 DNA 羟甲基胞嘧啶 (5hmC) 的酶。目前，我们研究了高剂量维生素 C 是否通过表观遗传调节 5hmC 来促进神经保护，是否存在性别差异的结果，以及维生素 C 对成年小鼠中风相关合并症的治疗潜力。中风后用抗坏血酸 (还原形式) 而不是脱氢抗坏血酸 (氧化形式) 治疗，可提高 TET3 活性和 5hmC 水平，并减少局部缺血后的梗塞。羟甲基化 DNA 免疫沉淀测序表明，抗坏血酸增加了整个基因组中的 5hmC，特别是在几个中风病理生理相关基因（特别是抗炎基因）的启动子中。抗坏血酸还降低了皮层梗塞周围神经元的氧化应激、线粒体碎裂和细胞凋亡标志物，并通过 TET3 促进了两性的运动和认知功能恢复。此外，中风后抗坏血酸治疗减少了老年、高血压和糖尿病雄性和雌性小鼠的梗塞体积并改善了运动功能恢复。在再灌注 6 小时后延迟抗坏血酸治疗仍可有效减少成年小鼠的梗塞体积和运动障碍。总之，这项研究表明，中风后使用高剂量抗坏血酸治疗可通过表观遗传重编程保护大脑，并可能成为治疗中风损伤的有力方法。
原位缺失揭示了拟南芥中细胞内免疫受体基因及其共表达基因表达的调控成分
图 8 LHY1 和 bHLH28 在 SNC1 表达调控中的作用。（a）来自 DAP-seq 数据库的 SNC1 基因座中两个转录因子 LHY1 和 bHLH28 的结合。这是从浏览器图像中重新绘制的。结合用彩色块表示，高度代表检测到的结合水平。（b）野生型或 bon1 中突变体 bhlh28 和 lhy1 的生长表型。植物在 22°C 下 16 小时/8 小时光照下生长。（c）通过定量实时聚合酶链反应 (qRT-PCR) 测定 bhlh28 和 lhy1 单突变体和双突变体与 bon1 的相对 SNC1 表达。肌动蛋白被用作参考基因，并将表达水平与 Col-0 进行比较。显示的是三次生物学重复的平均值，误差线表示标准差。不同字母表示基因型之间的统计学显著差异（p < 0.05，学生 t 检验）。（d）LHY1-GFP 和 bHLH28-GFP 与 SNC1 启动子区的染色质免疫沉淀 (ChIP)-qPCR 分析。分别在“A”位点和“B”位点（如 a 所示）检测到 LHY1-GFP 和 bHLH28-GFP 的结合。显示了两个独立生物学重复的数据。“N”位点（如 a 所示）是 SNC1 基因体上的一个区域，在 DAP-seq 数据库中未检测到 LHY1 或 bHLH28 的结合信号。“GFP”是用抗 GFP 抗体孵育的样品，“NoAb”是不含抗 GFP 抗体的样品。不同字母表示通过单因素方差分析（ANOVA）得出的基因型间统计学差异具有显著性（p < 0.05）[彩色图可在 wileyonlinelibrary.com 上查看]
TSH和CTBP相互作用坐标果蝇眼发育
保守转录因子的不同组合调节眼睛前体细胞的分裂，然后在果蝇（果蝇）幼虫前体组织中诱导感光细胞规范，称为眼盘。在第三龄幼虫寿命中，由凹入细胞层制成的形态发生沟（MF）起源于眼盘后缘，并朝着眼盘前侧传播。MF前面的细胞处于增殖阶段，其后部细胞开始分化为感光体。分化的视网膜细胞形成果蝇中化合物成年眼睛的单位。先前的研究表明，锌指转录因子（TSH）促进了MF前方的细胞分裂。C末端结合蛋白（CTBP）是一种保守的转录共抑制剂，可限制眼盘中的细胞分裂。有趣的是，我们的免疫沉淀分析表明，TSH和CTBP分子在眼盘中相互作用。因此，我们的研究目标是确定分子相互作用是否与果蝇中的眼睛发育途径相关。我们已经开发了蝇菌株，在MF前部的分裂细胞中TSH＆CTBP过表达。结果，我们发现苍蝇中没有TSH过度表达的苍蝇中没有或微小的成年眼睛，并且在CTBP过表达的苍蝇中出现了微妙的较大的成年眼。接下来，我们计划通过过度表达TSH＆CTBP来评估其相互作用对眼表型的影响来制作双突变体。结果将有助于确定由TSH和CTBP调节的眼睛发育过程。
循环经济和循环商业模型
进步背景计划：需要宽B细胞抗原受体（BCR）曲目才能建立对任何类型的入侵病原体的体液免疫力，例如病毒以及疫苗接种。最近的一个例子是COVID大流行，其中免疫力基于B细胞在其表面表达BCR的B细胞，以识别病毒。遇到病毒/疫苗接种后，共vid特异性B细胞将分化为分泌大量可溶性BCR的浆细胞，实际上，可以结合并消除病毒的抗体。几十年前，在小鼠中与BCR和BCR组装有关的一种称为VPREB3的多肽。但是，由于尚未发表其他研究，因此VPREB3的作用尚不清楚。我们假设组装相应受体需要VPREB3，这最终会影响BCR曲目。目的：该计划的目的是通过探索VPREB3在受体大会中的作用及其对BCR曲目的影响，为成功的候选人提供机会促进其职业生涯。方法：基于计算机的BCR/BCR的建模，具有/不带VPREB3，蛋白质印迹，免疫沉淀，共聚焦显微镜，对VPREB3 KO小鼠中BCR库的分析。时间计划：第一年，我们将努力开发所需的所有方法和知识，第二年我们将完成实验。结果：对BCR和BCR组装的了解增加，以及VPREB3在这些过程中的潜在作用。在缺乏VPREB3的条件下，确定对BCR曲目的潜在后果。此外，如果成功的话，候选人应该为他/她在学术界的未来职业发展做好准备。（请注意，奖学金是由于工作或研究以外的其他原因而建立的）
lncRNA-PART1-PHB2轴的阻塞赋予对PARP抑制剂的抗性，并促进卵巢癌的细胞衰老 场景设置和强迫数据进行影响模型评估和影响归因于部门间影响模型的第三轮 5：2饮食会影响有或没有2型糖尿病的受试者的胰岛素分泌和灵敏度的标记 - 非随机对照试验 在地下地雷管理电池电动汽车（BEV）的消防安全 由大量元素制成的钠离子电池的前瞻性生命周期评估 基于属性的遥测数据共享 - 适应欧盟项目的国际业务模型：跨国协作中Uppsala模型的宏观和微观创建 福利技术的想象力和政治 用于多功能应用的基于物理壳聚糖的可持续涂料中的博士学位论文 进一步开发瑞典可持续林业指标 机器人技术和自主系统 使用终身自我适应性来处理基于学习的自适应系统中适应空间的漂移
parpi目前是几十年来治疗卵巢癌的最重要突破，并且已融入了卵巢癌的初始维持疗法中。然而，导致PARPI耐药性的机制仍然没有核定。我们的研究旨在筛选新的目标，以更好地预测对PARPI的耐药性并探索潜在机制。在这里，我们对TCGA卵巢癌队列中的铂敏感和抗铂抗性基团之间的差异表达基因进行了比较分析。分析表明，与TCGA-ov队列中抗铂的个体相比，LNCRNA Part1在铂敏感的患者中得到了高度表达，并在GEO数据集和Qilu医院队列中进一步验证。此外，部分1的上调与卵巢癌的有利预后正相关。此外，体外和体内实验表明，部分1抑制对顺铂和PARP抑制剂的耐药性并促进了细胞衰老。衰老细胞对化学疗法更具耐药性。RNA反义纯化和RNA免疫沉淀测定法显示了Part1和PHB2（一种至关重要的线粒体受体）之间的相互作用。敲低部分可以促进PHB2的降解，损害线粒体并导致细胞衰老。 救援分析表明，PHB2的过表达明显降低了对PARPI的耐药性和由部分1敲低引起的细胞衰老。 PDX模型被用于进一步确认发现。敲低部分可以促进PHB2的降解，损害线粒体并导致细胞衰老。救援分析表明，PHB2的过表达明显降低了对PARPI的耐药性和由部分1敲低引起的细胞衰老。PDX模型被用于进一步确认发现。总的来说，我们的研究表明，lncRNA Part1有可能成为逆转parpi抗性并改善卵巢癌预后的新颖目标。