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植物合成基因电路的设计
自植物生物技术诞生以来，人们就一直对能够改造植物并使其功能增强的可能性充满兴趣。在气候变化和人口增长的压力下，这种前景在当今时代变得更加重要。当今的植物生物技术专家利用合成生物学工具来应对这一挑战，合成生物学有助于从其模块化组件组装合成基因电路 (SGC)。转录 SGC 接收环境或内源输入，并使用转录信号以自然界中不一定发生的方式对其进行操作，从而产生新的生理输出。多年来，人们开发了许多可用于设计和构建植物 SGC 的遗传组件。本综述旨在提供可用组件的最新视图，提出一种通用方案，以促进对传感器、处理器和执行器模块中的电路组件进行分类。按照这种类比，我们回顾了 SGC 设计的最新进展，并讨论了未来的主要挑战。
农作物抗生物性的转基因改良
摘要：生物限制因素包括病原真菌、病毒细菌、食草昆虫以及寄生线虫等，造成作物产量损失和品质下降，常规管理措施对这些生物限制因素的效果有限。转基因技术的进步为改良作物的生物抗性提供了直接而有方向性的途径。目前，通过异源表达外源基因和RNAi技术，已培育出上百个抗食草昆虫、病原病毒和真菌的转基因事件和数百个抗性品种，并获准种植和上市，显著减少了产量损失和品质下降。然而，通过过量表达内源基因和RNAi技术进行抗细菌和线虫的转基因改良的探索尚处于试验阶段。 RNAi 和 CRISPR/Cas 技术的最新进展为提高作物对病原细菌和植物寄生线虫以及其他生物限制的抵抗力开辟了可能性。
在糖尿病患者的葡萄糖预测背景下的语法指导遗传编程中的表征进行比较
最近开发的CRISPR激活剂（CRISPRA）系统使用基于CRISPR-CAS效应子的转录激活剂有效地控制靶基因的表达而不会引起DNA损伤。但是，基于CAS9/CAS12A的现有CRISPRA系统必须在效力和准确性方面提高，这是由于与CRISPR-CAS模块本身相关的限制。为了克服这些局限性，并有效，准确地调节基因表达，我们基于小的CRISPR-CAS效应子candidatus woesearchaeota cas12f（CWCAS12F）开发了一个有效的CRISPRA系统。通过设计CRISPR-CAS模块，链接激活域，并使用接头和核定位信号序列的各种组合，优化的ECWCAS12F-VPR系统启用了与使用现有CRISPRA系统相比，基因表达的有效和目标特定于基因表达的调节。这项研究中开发的ECWCAS12F-VPR系统具有控制生物体内源基因转录的巨大潜力，并为未来的基因疗法和生物学研究提供了基础。
通过体内 CRISPR 编辑剖析 Fgf8 调控环境，揭示了增强子内和增强子之间的大量冗余
发育基因通常由多种具有重叠活性的元件调控。然而，在大多数情况下，这些元件的相对功能及其对内源基因表达的贡献仍未得到很好的表征。这种现象的一个例子是，已经提出了不同的增强子组来指导肢体顶端外胚层脊和中脑-后脑边界中的 Fgf8。利用体内 CRISPR/Cas9 基因组工程，我们从功能上剖析了这个复杂的调控集合，并展示了两种不同的调控逻辑。在顶端外胚层脊中，Fgf8 表达的控制似乎分布在不同的增强子之间。相反，我们发现在中脑-后脑边界中，三个活性增强子中的一个是必需的，而另外两个是可有可无的。我们进一步剖析了必需的中脑-后脑边界增强子，揭示它也是由必需和可有可无的模块混合组成的。该增强子的跨物种转基因分析表明，其组成可能发生在脊椎动物谱系中。
guide-it™长SSDNA生产系统V2协议-A ...
I.使用单链DNA（SSDNA）而不是双链DNA（DSDNA）作为CRISPR/CAS9敲击实验中同源指导修复（HDR）的供体模板的引言具有几个重要优势。ssDNA在传递到靶细胞时不会触发强烈的细胞毒性反应，与DSDNA不同，将随机整合到基因组中的可能性要小得多（Roth等人，2018年）。对于涉及较长SSDNA的应用，例如用荧光记者标记内源基因，通常以具有成本效益的方式生产无错误的长ssDNA链（超过200个基础）是一个挑战。指南长ssDNA生产系统V2（Cat。编号632666）旨在在涉及CRISPR/CAS9或其他基因编辑工具的敲击实验中生产长ssDNA寡素（从500 nt至5,000 nt）作为供体模板。
有机阳离子转运蛋白抑制剂的处方药文库的高吞吐量筛选3，1CT3
摘要简介有机阳离子转运蛋白3（OCT3，SLC22A3）无处不在表达，并与包括内源分子，环境毒素和处方药在内的多种化合物相互作用。OCT3被研究为药代动力学和药效学的决定因素，有可能成为药物吸收和处置的主要决定因素，并成为药物 - 药物相互作用（DDIS）的靶标。目的是当前研究的目的是确定OCT3的药物抑制剂。我们使用高吞吐量测定在HEK-293细胞中稳定表达OCT3的HEK-293细胞中筛选了一个由2556种处方药，生物活性分子和天然产物组成的化合物文库。结果，我们确定了210种化合物，这些化合物在20μm时抑制了50％或更多的OCT3介导的4-DI-1-ASP摄取（2μm）。中，预计有9个会抑制在临床上相关的非结合血浆浓度下的运输。包括结构活性关系（SAR）模型
硫化氢（H2S）作为心血管疾病中潜在治疗剂的作用：叙事评论
心血管疾病（CVD）是全球发病率和死亡率的主要原因之一，继续寻找新型治疗剂对于应对这一全球健康挑战至关重要。在过去十年中，硫化氢（H₂S）在医学研究领域引起了极大的关注，因为它已被证明是心脏保护气体信号分子。它以内源产生的燃气递质加入一氧化氮和一氧化碳。至于其机制，H₂S通过在称为硫化的过程中对靶蛋白上的半胱氨酸残基的翻译后添加到半胱氨酸残基来发挥作用。因此，观察到的H₂S的生理作用包括血管舒张，抗凋亡，抗炎，抗氧化作用以及离子通道的调节。各种研究都观察到H₂S在心肌梗塞，缺血 - 重新灌注损伤，心脏重塑，心力衰竭，心律失常和动脉粥样硬化等疾病中的心脏保护益处。在这篇综述中，我们讨论了各种CVD中H₂的机制和治疗潜力。
连续靶向策略中断胶质母细胞瘤中Akt驱动的亚克隆介导的进展
摘要的最新发现表明，翻译伸长率会影响mRNA稳定性。与mRNA衰变和翻译速度之间有关这种联系的因素之一是酵母死盒解旋酶DHH1P。在这里，我们证明了DHH1P的人类直系同源物DDX6触发了人类细胞中未效率低下的mRNA的依赖性衰减。ddx6通过其reca2域中的phe-aspphe（FDF）基序与核糖体相互作用。此外，ddx6需要reca2-介导的相互作用和ATPase活性才能使降低效率低下的mRNA。使用核糖体分析和RNA测序，我们确定了以DDX6依赖性方式调节的两类内源mRNA。确定的靶标在稳态水平上进行翻译调节或调节，并且要么表现出较差的总体翻译或局部降低的核糖体易位速率的特征。将确定的序列延伸到报告基因mRNA中，导致报告基因mRNA的翻译和DDX6依赖性降解。总而言之，这些结果将DDX6识别为mRNA翻译的关键调节剂，并由缓慢的核糖体运动触发，并洞悉DDX6降低了效率低下的mRNA的机制。
DNA扩散：利用生成模型来控制染色质的可及性和通过合成调节元件的基因表达
序列为热编码格式，并引入固定量的标准正常噪声。训练有素的U-NET使用预期噪声水平（由时间步骤确定）和单元格类型信息来预测和删除添加的噪声。在整个序列数据集的训练过程中，都重复使用这种噪声预测过程，并具有不同的噪声强度。一旦受过训练，U-NET就可以预测原始DHS内源序列中添加的初始噪声，从而能够生成针对不同细胞类型的新序列。e）要产生一个给定细胞类型标签的新序列，生成了带有随机高斯噪声的热编码的DNA矩阵，U-NET迭代在50个步骤上逐渐融合了该矩阵，逐渐收敛到反映目标细胞类型的特征性的序列。f）用于评估DNA扩散和内源性DHS区域的可及性，调节活性和基序组成的可及性，调节活性和基序组成。g）为基于细胞类型的信号特异性，强度或基序组成选择和解释生成的序列而开发的框架。
dexdesign：一种用于设计从头D肽抑制剂
摘要在人类基因组中具有超过270个独特的发生，肽识别的PDZ结构域在调节极化，信号传导和传统途径中起着核心作用。PDZ结构域中的突变导致癌症和囊性纤维化等疾病，从而使PDZ结构域成为治疗干预的有吸引力的靶标。 D肽抑制剂作为治疗剂具有独特的优势，包括代谢稳定性提高和免疫原性。 在这里，我们介绍了DexDesign，这是一种基于鱼鹰的新型算法，用于计算设计从头D肽抑制剂。 dexDesign利用了三种新型技术，这些新技术广泛适用于计算蛋白设计：最小柔性集，基于K ∗的突变扫描和逆丙氨酸扫描。 我们应用这些技术和脱氧设计来生成两个生物医学上重要的PDZ域靶标的新型D肽抑制剂：CAL和MAST2。 我们引入了一个用于分析从头肽的框架 - 沿复制/恢复轴的评估 - 并将其应用于右启动生成的D肽。 值得注意的是，我们生成的肽被预测将其靶标比其靶标的内源配体结合，从而验证了肽的潜力作为铅抑制剂。 我们还提供了免费和开源计算蛋白设计软件Osprey中dexdesign的实现。PDZ结构域中的突变导致癌症和囊性纤维化等疾病，从而使PDZ结构域成为治疗干预的有吸引力的靶标。D肽抑制剂作为治疗剂具有独特的优势，包括代谢稳定性提高和免疫原性。在这里，我们介绍了DexDesign，这是一种基于鱼鹰的新型算法，用于计算设计从头D肽抑制剂。dexDesign利用了三种新型技术，这些新技术广泛适用于计算蛋白设计：最小柔性集，基于K ∗的突变扫描和逆丙氨酸扫描。我们应用这些技术和脱氧设计来生成两个生物医学上重要的PDZ域靶标的新型D肽抑制剂：CAL和MAST2。我们引入了一个用于分析从头肽的框架 - 沿复制/恢复轴的评估 - 并将其应用于右启动生成的D肽。值得注意的是，我们生成的肽被预测将其靶标比其靶标的内源配体结合，从而验证了肽的潜力作为铅抑制剂。我们还提供了免费和开源计算蛋白设计软件Osprey中dexdesign的实现。