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利用人工智能设计功能有机分子
利用人工智能设计功能性有机分子 用户名：Masato Sumida 1,2 Xiufeng Yang 2 日本理化学研究所实验室隶属关系： 1. 先进智能项目中心富士通协作中心 2. 先进智能项目中心目标导向平台技术研究组分子信息学团队
CRISPR-CasとOMEGashisutemuの分子基盘 - 生化学
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巨型DNA分子内的相变：自消除和凝聚链
Minagawa, K., Matsuzawa, Y., Yoshikawa, K. (1992) J. Polym. Sci. Part B: Polym. Phys. 30, 779 11) Minagawa, K., Matsuzawa, Y., Yoshikawa, K., Matsumoto, M. 和 Doi, M. (1991) FEBS. lett. 295, 67
不同取向B2 结构FeAl 合金纳米线弯曲行为的分子动力学模拟*
（b），6.000 nm（c），8.900 nm（d）和9.300 nm（e），其中颜色表示不同的局部晶体结构：蓝色-BCC，绿色-FCC，RED-HCP和White-Inninnown； （f）在1860 PS和d = 9.300 nm的纳米线内的应变分布，其中原子是通过其局部剪切应变颜色的。
神经tRNA修饰疾病的分子机制 - 生物化学
1）Suzuki，T。（2021）tRNA修改的扩展世界及其疾病相关性。nat。修订版mol。细胞生物。 ，22，375 - 392。 2）Chujo，T。＆Tomizawa，K。（2021）人类转移RNA模量：由转移RNA修改中的畸变引起的疾病。 febs J.，288，7096 - 7122。 3）Asano，K.，Suzuki，T.，Saito，A.，Wei，F.-Y.，Ikeuchi，Y.，Numata，T.，Tanaka，R.，tanaka，R.，Yamane，Y. （2018）与牛磺酸降低和人类疾病相关的tRNA修饰的代谢和化学调节。 核酸res。 ，46，1565 - 1583。 4） （2011）CDKAL1对TRNA（LYS）修饰的词置换会导致小鼠2型糖尿病的发展。 J. Clin。 投资。 ，121，3598 - 3608。 5） （2021）FTSJ1的损失渗透了大脑中特定的翻译效率，并且与X连锁的智力障碍有关。 SCI。 adv。 ，7，EABF3072。 6）Tresky，R.，Miyamoto，Y.，Nagayoshi，Y.，Yabuki，Y.，Araki，K.，Takahashi，Y.，Komohara，Y. （2024）TRMT10A功能障碍Perturbs密码子蛋氨酸和谷氨酰胺的平移，并损害小鼠的脑功能。 nucl。 酸res。细胞生物。，22，375 - 392。2）Chujo，T。＆Tomizawa，K。（2021）人类转移RNA模量：由转移RNA修改中的畸变引起的疾病。febs J.，288，7096 - 7122。3）Asano，K.，Suzuki，T.，Saito，A.，Wei，F.-Y.，Ikeuchi，Y.，Numata，T.，Tanaka，R.，tanaka，R.，Yamane，Y.（2018）与牛磺酸降低和人类疾病相关的tRNA修饰的代谢和化学调节。核酸res。，46，1565 - 1583。4）（2011）CDKAL1对TRNA（LYS）修饰的词置换会导致小鼠2型糖尿病的发展。J. Clin。 投资。 ，121，3598 - 3608。 5） （2021）FTSJ1的损失渗透了大脑中特定的翻译效率，并且与X连锁的智力障碍有关。 SCI。 adv。 ，7，EABF3072。 6）Tresky，R.，Miyamoto，Y.，Nagayoshi，Y.，Yabuki，Y.，Araki，K.，Takahashi，Y.，Komohara，Y. （2024）TRMT10A功能障碍Perturbs密码子蛋氨酸和谷氨酰胺的平移，并损害小鼠的脑功能。 nucl。 酸res。J. Clin。投资。，121，3598 - 3608。5）（2021）FTSJ1的损失渗透了大脑中特定的翻译效率，并且与X连锁的智力障碍有关。SCI。 adv。 ，7，EABF3072。 6）Tresky，R.，Miyamoto，Y.，Nagayoshi，Y.，Yabuki，Y.，Araki，K.，Takahashi，Y.，Komohara，Y. （2024）TRMT10A功能障碍Perturbs密码子蛋氨酸和谷氨酰胺的平移，并损害小鼠的脑功能。 nucl。 酸res。SCI。adv。，7，EABF3072。6）Tresky，R.，Miyamoto，Y.，Nagayoshi，Y.，Yabuki，Y.，Araki，K.，Takahashi，Y.，Komohara，Y.（2024）TRMT10A功能障碍Perturbs密码子蛋氨酸和谷氨酰胺的平移，并损害小鼠的脑功能。nucl。酸res。，52，9230 - 9246。7）Blanco，S.，Dietmann，S.，Flores，J.-V.，Hussain，S.，Kutter，C.，Humphreys，P.，Lukk，M.，Lombard，P.，Treps，L.，Popis，M。等。（2014）TRNA的异常甲基化将细胞应激与神经发育疾病联系起来。Embo J.，33，2020 - 2039。
小分子1
SEC61复合物在内质网（ER）22膜中形成蛋白质导通通道，该通道是可溶性蛋白分泌和生产许多膜23蛋白所必需的。几个天然和合成的小分子特异性抑制了SEC61通道，24产生细胞作用，这些效应可能对治疗目的有用，但它们的抑制作用25机制尚不清楚。Here we present near-atomic-resolution structures of the human 26 Sec61 channel inhibited by a comprehensive panel of structurally distinct small molecules— 27 cotransin, decatransin, apratoxin F, ipomoeassin F, mycolactone, cyclotriazadisulfonamide 28 (CADA) and eeyarestatin I (ESI).非常明显，所有抑制剂都与通道的部分开放侧门和塞子域形成的常见脂质暴露29口袋结合。突变30赋予对抑制剂的耐药性在此结合口袋上聚集。结构31表明SEC61抑制剂以封闭状态稳定Sec61的塞域，从而防止蛋白质转换孔打开。我们的研究揭示了Sec61与其抑制剂之间的分子相互作用，以原子细节为单位，并为进一步的34药理学研究和药物设计提供了结构框架。35
分子
我们很高兴宣布该分子特刊“结构生物学和药物发现研究中的NMR光谱”的发布。本期特刊旨在收集与基于NMR的结构生物学和药物发现研究的尖端趋势有关的通信，完整论文和评论。详细，本期特刊将重点放在两项技术研究上，例如与1-Novel NMR筛选库的开发相关的研究，2-原始的NMR筛选策略超出了古典FBDD（基于碎片的药物发现方法），以及针对NMR驱动的ligandsixiends and Nomfimiment of Target and toste intere of Target Macrores（包括MaCress MaCress）（众所周知）（众所周知）的工作。蛋白质/蛋白质相互作用在癌症发作和进展以及神经退行性疾病中起着至关重要的功能）。对多学科研究报告的研究文章非常欢迎将虚拟筛查结果与NMR数据合并，以及来自其他实验技术的研究文章。
