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World File Search System可重复性
杰克逊·科尔维特（Jackson S. Colvett），博士学位
Bugg，J.M.，Suh，J.，Colvett，J.S。，＆Lehmann，S.G。（2020）。 在特定于上下文的比例一致性范式中可以学到什么？ 对可重复性的影响。 实验心理学杂志：人类感知与表现，46（9），1029–1050，doi：10.1037/xhp0000801Bugg，J.M.，Suh，J.，Colvett，J.S。，＆Lehmann，S.G。（2020）。在特定于上下文的比例一致性范式中可以学到什么？对可重复性的影响。实验心理学杂志：人类感知与表现，46（9），1029–1050，doi：10.1037/xhp0000801
血浆蛋白质组学方法|数据表 - 智商生物
由于液体生物样本中纳米颗粒与蛋白质之间的微弱理化学相互作用，对纳米颗粒提取的事先努力受到了过度的技术差异的限制，并且需要样品分馏以实现高蛋白质计数。这些关键约束限制了可重复性，减少发现的统计能力，并增加每个样品仪器的分析时间。智慧的优化纳米颗粒系统采用专门的捕获和持有的化学反应，从而实现了单个分数注射处理处理以实现出色的可重复性。
![arXiv:2111.00826v4 [cs.AI] 2021 年 12 月 17 日](/simg/g:\will\search\icon\source\d\d4e727c16ad3d32ed6dc0b79aaf9f4b1f3039c71.png)
arXiv:2111.00826v4 [cs.AI] 2021 年 12 月 17 日
在本研究中，我们解释了阿姆斯特丹大学关于人工智能的公平性、责任性、保密性和透明度 (FACT-AI) 的技术研究生课程的设置，该课程通过可重复性的视角教授 FACT-AI 概念。该课程的重点是一个小组项目，该项目基于重现顶级 AI 会议上现有的 FACT-AI 算法并撰写相应的报告。在课程的第一次迭代中，我们创建了一个开源存储库，其中包含来自小组项目的代码实现。在第二次迭代中，我们鼓励学生将他们的小组项目提交给机器学习可重复性挑战赛，结果我们课程的 9 份报告被接受在 ReScience 期刊上发表。我们回顾了两年来教授该课程的经验，其中一年恰逢全球大流行，并提出了在研究生水平的人工智能学习课程中通过可重复性教授 FACT-AI 的指导方针。我们希望这可以成为未来想要开设类似课程的教师的有用资源。
入门解密
编译的核心原理之一是非破坏性工作流程的概念。这个概念围绕以下观点：原始序列信息绝不应更改。本质上，数据库中的序列信息被认为是原始序列文件的备份，并且没有函数能够直接更改序列数据。所有工作流程都只需在数据库中添加信息，这些信息可用于分析，组织和维护序列。是时候将所有或部分序列导出时将其保存在其原始状态而不会改变的情况下。与Decipher的相互作用代表与典型的生物信息学管道不同的范式。R中的数据通常在函数之间移动，而无需编写文件。 这避免了与大多数生物信息学管道相关的混乱。 使用R软件包（包括Decipher），可以从输入数据转到输出一系列命令，通常无需留下R或将中间结果写入文件。 这比传统管道保持整体工作流程更加平移，并支持可重复性和可重复性。R中的数据通常在函数之间移动，而无需编写文件。这避免了与大多数生物信息学管道相关的混乱。使用R软件包（包括Decipher），可以从输入数据转到输出一系列命令，通常无需留下R或将中间结果写入文件。这比传统管道保持整体工作流程更加平移，并支持可重复性和可重复性。
双重因果效应的强大估计Niculescu，A。B.和Le-Niculescu，H。（2020）。最近的GWAS数据与以前的血液生物标志物的收敛：独立reproducibili
niculescu，A。B.和Le-Niculescu，H。（2020）。 最近的GWAS数据具有自杀性与以前的血液生物标志物的收敛：在独立人群中使用独立方法的独立可重复性。 分子精神病学，25（1），19-21。 https://doi.org/10.1038/s41380-019-0465-6B.和Le-Niculescu，H。（2020）。最近的GWAS数据具有自杀性与以前的血液生物标志物的收敛：在独立人群中使用独立方法的独立可重复性。分子精神病学，25（1），19-21。https://doi.org/10.1038/s41380-019-0465-6https://doi.org/10.1038/s41380-019-0465-6
Duoseq的临床实验室绩效特征，A ...
目标2：使用475个基因面板评估了分析性能，该基因面板包括在已知等位基因频率下具有广泛临床重要变体（SNV，INDELS和SVS）的FFPE病例中大量已知基因驱动因素。通过对FFPE细胞系颗粒的稀释研究，我们确定SNV的LOD为≥5％突变等位基因频率（MAF），Indels的MAF≥10％，SVS的肿瘤纯度≥20％（表1）。duoseq在跑步和运算符精确研究中均达到了> 98％的可重复性（数据未显示）。内部和LAB间的可重复性，并在可比等位基因频率下对事件进行了高度可重复的检测（表2中的数据）。 这些结果表明，杜塞克能够在实验室之间进行均匀的肿瘤分析。内部和LAB间的可重复性，并在可比等位基因频率下对事件进行了高度可重复的检测（表2中的数据）。这些结果表明，杜塞克能够在实验室之间进行均匀的肿瘤分析。
验证LabCorp等离子体焦点测试，通过无细胞的DNA基因组分析
基因组促进对于指导治疗决策的精确肿瘤学至关重要。液体活检测试是一种互补的组织测试方法，尤其是在不容易获得组织时。LabCORP等离子体焦点测试是一种无细胞的DNA基因组促进测试，该测试可确定固体癌症中可起作用的变体，包括非E小细胞肺，结直肠癌，黑色素瘤，乳腺癌，食管，食管，胃癌和恐同学连接和胃癌。这项研究强调了测试的分析验证，包括与正交方法相比的准确性，以及灵敏度，特殊性，精确性，可重复性和可重复性。与正交方法的一致性表明，单核苷酸变体（SNV），插入/缺失（INDELS）和副本数量放大器（CNAS）分别为98.7％，89.3％和96.2％，分别为crelpliancation和100.0％的clentrycation和Microsatellite Instelite（MSSATELLITE INSTISSII）。分析灵敏度显示，SNV和Indels的检测中位数为0.7％和0.6％，CNA的1.4倍，易位等位基因频率为0.5％，MSI为0.6％。SNV/INDELS的特定峰为99％，CNA，易位和MSI为100％。对于SNVS/Indels和CNA的精度，可重复性和可重复性实验的平均正相一致性为97.5％和88.9％，易位和MSI的平均值为100％。综上所述，这些数据表明，LabCorp等离子体焦点测试是一种高度准确，敏感和特定的方法，用于无细胞的DNA基因组促进，以补充组织测试并提供治疗决策。（J Mol诊断2023，25：477在489和489中；