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胰腺癌同源重组修复缺陷的检测和治疗意义：叙述性综述
PDAC 肿瘤的基因组测序研究表明，高达 15% (4) 的肿瘤存在缺陷，由于 DNA 修复缺陷而导致基因组不稳定 (5)。DNA 修复途径对于保护细胞免受外源性和内源性 DNA 损伤至关重要。这些途径在癌细胞中经常出现功能障碍，导致 DNA 损伤积累和基因组不稳定 (6)。同源重组缺陷 (HRD) 是一种复杂而动态的肿瘤表型，其特征是无法通过同源重组修复 DNA 中的双链断裂 (DSB)。另一个高度保守的 DNA 修复过程是涉及单链 DNA 断裂的碱基切除修复途径。聚 (ADP-核糖) 聚合酶 (PARP) 酶是该途径的关键元素。约 5–8% 的 PDAC 与 BRCA1/2 致病性种系变异有关，导致 BRCA 功能缺陷，因此更依赖 PARP 进行 DNA 修复；如果这些患者对含铂化疗的一线治疗有反应，他们可以从 PARP 抑制剂的维持治疗中受益 (7)。在此，我们根据叙述性综述报告清单（可访问 https://jgo.amegroups.com/article/view/10.21037/jgo-23-85/rc）对 PDAC 中的 HRD 进行了综述。
在肾移植受者中同源和异源COVID-19的疫苗接种方案
2019年冠状病毒病（Covid-19）大流行，迄今为止有670万人死亡（1）死亡，对医疗保健系统（2）和全球数十亿人的生活产生了重大影响（3，4）。今天，世界上许多国家正在寻求“新的正常”（5），因为当前的病毒变异似乎会引发严重疾病的频率（6，7）。在CoVID-199疫苗接种后免疫能力的个体开发了适应性免疫的所有效应机制，例如严重的急性急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2） - 特定的中和中和中和抗体（NABS）和病毒特异性T细胞CD4和CD8 T细胞，以防止两种侵害剂量，这可能是对8剂的影响，这可能是有效的，这可能是有效的，这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是可能的（可能是有效的（可能），这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是有效的（可能是有效的，可能是疫苗的剂量，可能是在疾病）。 免疫功能低下的患者由于免疫防御的降低而表现出更加脆弱（13）。 首先，发现几名免疫抑制患者的体液疫苗接种反应降低（14-16）。 第二，自适应免疫反应的其他臂并不总是考虑，迄今为止的新兴数据显示出不一致的图片（17-19）。 由于对疫苗的反应较低，目前在免疫抑制患者中发现了Covid-19的更严重的COVID-19和死亡率增加，即使与Delta变体的感染相比，总体死亡率显着降低了（20-22）。 在疫苗的非常快速开发之后（23），这些特殊患者组中疫苗有效的问题迅速出现（24）。免疫能力的个体开发了适应性免疫的所有效应机制，例如严重的急性急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-COV-2） - 特定的中和中和中和抗体（NABS）和病毒特异性T细胞CD4和CD8 T细胞，以防止两种侵害剂量，这可能是对8剂的影响，这可能是有效的，这可能是有效的，这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是可能的（可能是有效的（可能），这可能是有效的（可能是有效的（可能是），这可能是有效的（可能是有效的，可能是疫苗的剂量，可能是在疾病）。免疫功能低下的患者由于免疫防御的降低而表现出更加脆弱（13）。首先，发现几名免疫抑制患者的体液疫苗接种反应降低（14-16）。第二，自适应免疫反应的其他臂并不总是考虑，迄今为止的新兴数据显示出不一致的图片（17-19）。由于对疫苗的反应较低，目前在免疫抑制患者中发现了Covid-19的更严重的COVID-19和死亡率增加，即使与Delta变体的感染相比，总体死亡率显着降低了（20-22）。在疫苗的非常快速开发之后（23），这些特殊患者组中疫苗有效的问题迅速出现（24）。The aim of this study was to highlight the different pathways of the adaptive immune response after homologous and heterologous COVID-19 vaccinations (two- and threefold) in kidney transplant recipients (KTRs) in particular to contribute to the understanding of not only the less frequently studied T-cell response but also the receptor binding domain (RBD) – speci fi c B-cell response and the serum-neutralizing capacity in这个特殊的患者组。
肥厚型心肌病大鼠模型中 MYBPC3 基因突变的同源定向修复
对照 1098hom 大鼠的心脏功能受损。对照 1098hom 大鼠的射血分数 (EF) 为 61%，而 WT 组为 78%。对照 1098hom 大鼠的缩短分数 (FS)、最大 dP/dt 和最小 dP/dt 也下降。HDR 治疗部分恢复了受损的心脏功能（图 4a、b、c、d 和表 S2）。此外，心房利钠肽 (ANP) 和脑利钠肽 (BNP) 是心力衰竭的生物标志物，在对照 1098hom 大鼠心脏中升高，通过 HDR 编辑标准化（图 4e、f）。心脏切片的天狼星红染色显示对照 1098hom 大鼠的心脏纤维化增加，HDR 治疗可减轻这种纤维化。有无对照的 1098hom 大鼠的心脏肥大和心脏功能没有显着差异
简讯 通过同源定向修复实现小麦体内精准基因组编辑
通过同源定向修复 (HDR) 进行的基因组编辑 (GE) 可以最大程度地灵活地修改基因组。先前的基因打靶 (GT) 研究表明，将带有供体模板的 Cas9 或 Cas12a 表达盒通过基因枪递送到水稻愈伤组织中，可以使用 HDR 途径在靶位点进行精确替换或插入 (Li et al., 2016 , 2018 , 2019 ; Lu et al., 2020 )。其他研究小组还报告在玉米 (Svitashev et al., 2016 ) 和大麦 (Lawrenson et al., 2021 ) 中成功创建 GT 植物。然而，这些策略仅适用于适合细胞培养和再生的基因型。为了规避与细胞培养和再生相关的限制，我们最近开发了植物内粒子轰击 (iPB) 方法，该方法允许在小麦中进行基因型独立的基因组编辑 (Hamada 等人，2017 年；Liu 等人，2021 年)。iPB 方法利用茎尖分生组织 (SAM)，其中包含注定在花发育过程中发育成生殖细胞的表皮下层 (L2) 细胞。成功将 Cas9 核糖核蛋白 (RNP) 递送到 SAM 可促进基因组编辑的发生，并可遗传给下一代 (Kumagai 等人，2022 年)。由于 SAM 具有细胞分裂活跃的特点，许多细胞处于 HDR 的先决条件 G2/M 阶段，我们假设可以通过 iPB 方法将设计的供体 DNA 与 RNP 一起递送到小麦 SAM 中，实现基于 HDR 的 GT（图 1a）。
MutT 同源物 1 (MTH1) 从 dNTP 池中去除 N6-甲基-dATP
MutT 同源物 1 (MTH1) 可从核苷酸池中去除氧化核苷酸，从而防止其掺入基因组，并降低基因毒性。我们之前曾报道 MTH1 是 O6-甲基-dGTP 水解的有效催化剂，这表明 MTH1 还可以清除核苷酸池中的其他甲基化核苷酸。我们在此显示 MTH1 可有效催化 N6-甲基-dATP 水解为 N6-甲基-dAMP，并进一步报道 dATP 的 N6-甲基化可显著增加 MTH1 活性。我们还观察到 MTH1 与 N6-甲基-ATP 的活性，尽管水平较低。我们发现 N6-甲基-dATP 会在体内整合到 DNA 中，与未注射 N6-甲基-dATP 的胚胎相比，微注射 N6-甲基-dATP 的 MTH1 敲除斑马鱼卵子发育而成的胚胎中 N6-甲基-dA DNA 水平升高就是明证。远亲脊椎动物的 MTH1 同源物中存在 N6-甲基-dATP 活性，这表明其具有进化保守性，也表明这种活性很重要。值得注意的是，在相关的 NUDIX 水解酶中，N6-甲基-dATP 活性是 MTH1 所独有的。此外，我们展示了 N6-甲基-dAMP 结合的人类 MTH1 的结构，揭示了 N6-甲基被容纳在疏水活性位点亚口袋内，这解释了为什么 N6-甲基-dATP 是良好的 MTH1 底物。据报道，DNA 和 RNA 的 N6 甲基化具有表观遗传作用并影响 mRNA 代谢。我们认为 MTH1 与腺苷脱氨酶样蛋白异构体 1 (ADAL1) 协同作用
食肉动物中发散乙型肝炎和C病毒同源物的自然共感染
图2铃声肝炎病毒的基因组表征。（a）左，Ringtail Hepadnavirus（RTHBV）的基因组组织。右：上插入，前S1区域。人类乙型肝炎病毒（HBV）中的必要NTCP结合结构域被突出显示。点表示相同的氨基酸残基。右：较低的插入，比较翻译的前核心和N末端核心结构域。（b）铃声肝病毒（RTHV）的基因组组织。RTHV的结构蛋白颜色为绿色，而非结构性（NS）蛋白为蓝色。 与样本CO-09/924相比，RTHV样本CO-08/923之间的差异显示为黑线，而非同义替代品则显示为橙色三角形。 RTHV内部核糖体入口位点（IRES）和3'UTR的预测结构。 pk，pseudoknot。 （c）RTHBV与其他正腺病毒的成对核苷酸序列距离的比较。 序列距离使用SSE使用300的滑动窗口和80个核苷酸的步长计算。 LHB，大表面蛋白。 （d）RTHV与其他肝病病毒的成对氨基酸序列距离的比较。 序列距离使用SSE使用400个氨基酸的滑动窗口计算。RTHV的结构蛋白颜色为绿色，而非结构性（NS）蛋白为蓝色。与样本CO-09/924相比，RTHV样本CO-08/923之间的差异显示为黑线，而非同义替代品则显示为橙色三角形。RTHV内部核糖体入口位点（IRES）和3'UTR的预测结构。pk，pseudoknot。（c）RTHBV与其他正腺病毒的成对核苷酸序列距离的比较。序列距离使用SSE使用300的滑动窗口和80个核苷酸的步长计算。LHB，大表面蛋白。（d）RTHV与其他肝病病毒的成对氨基酸序列距离的比较。序列距离使用SSE使用400个氨基酸的滑动窗口计算。病毒缩写，名称（GenBank登录号）：RTHBV，Ringtail Hepadnavirus（MZ393519）； GSHV，松鼠肝炎病毒（K02715.1）； LFBHBV，长指的蝙蝠乙型肝炎病毒（JX941466）； RLBHBV，圆形蝙蝠乙型肝炎病毒（NC_024443）; TMBHBV，制造帐篷蝙蝠乙型肝炎病毒（NC_024445）； AGSHV，北极松鼠肝炎病毒（U29144）； TFOHBV，太极肝炎B病毒（MK620908）； DMHBV，家猫B病毒（MH307930）； HBV，乙型肝炎病毒（AP007263）； EQHBV，马乙型肝炎病毒（MT134279）； HCV，肝病毒C（M62321）；懒惰HV（MH844501）; NRHV1，Hepacivivirus G（KJ950938）;松鼠HV，肝病毒P（MG211815）； RTHV，Ringtail Hepaciviviarus（MZ393518）
密切相关的 II-C 型 Cas9 直系同源物识别多种...
摘要 RNA 引导的 CRISPR/Cas9 系统是基因组编辑的强大工具，但其靶向范围受到原型间隔区相邻基序 (PAM) 的限制。为了扩大靶向范围，开发能够识别多种 PAM 的 CRISPR 工具箱至关重要。在这里，我们使用 GFP 激活分析测试了与 Nme1Cas9 密切相关的 29 种 II-C 型直系同源物的活性，其中 25 种在人类细胞中有活性。这些直系同源物识别具有不同长度和核苷酸偏好的多种 PAM，包括富含嘌呤、富含嘧啶以及混合嘌呤和嘧啶的 PAM。我们深入表征了 Nsp2Cas9 的活性和特异性。我们还生成了一种识别简单 N 4 C PAM 的嵌合 Cas9 核酸酶，这代表了迄今为止紧凑型 Cas9 最宽松的 PAM 偏好。这些 Cas9 核酸酶显著增强了我们进行等位基因特异性基因组编辑的能力。
将核酸外切酶与 Cas9 融合可增强毕赤酵母中的同源重组
HR 比 NHEJ 慢得多，NHEJ 可以从 DSB 事件中拯救更多细胞。NHEJ 几乎不需要或根本不需要末端切除来直接重新连接 DSB 末端。相比之下，HR 需要短距离切除和长距离切除 DSB 以及供体来实施修复过程。此外，其他蛋白质也可能是 HR 修复途径的限制因素 [18, 19]。我们在此发现，在同时删除两个基因和整合多个片段期间，将 MRE11 与 CAS9 融合可提高 CFU 数量
表达异源重组酶的植物中同源重组的刺激
背景：CRISPR/Cas 和 TALEN 技术的进步激发了人们对植物基因编辑机会的兴奋。CRISPR/Cas 被广泛用于通过诱导靶向双链断裂 (DSB) 来敲除或修改基因，而双链断裂主要通过易出错的非同源末端连接或微同源介导的末端连接进行修复，从而导致可能改变或消除基因功能的突变。尽管此类突变是随机的，但它们发生的频率足以使有用的突变能够通过筛选定期识别。相比之下，用替代等位基因或具有特定特征修饰的拷贝替换整个基因的基因敲入目前还不常见。通过同源定向修复进行基因替换（或基因靶向）在高等植物中发生的频率极低，使得筛选有用事件变得不可行。通过抑制非同源末端连接和/或刺激同源重组 (HR) 可以增加同源定向修复。在这里，我们通过评估多种异源重组酶表达对烟草植物染色体内同源重组 (ICR) 的影响，为提高基因置换效率铺平了道路。结果：我们在含有高度敏感的 β -葡糖醛酸酶 (GUS) 型 ICR 底物的烟草转基因系中以不同的组合表达了几种细菌和人类重组酶。使用病毒 2A 翻译重编码系统实现了多种重组酶的协调同时表达。我们发现大多数重组酶在花粉中显著增加了 ICR，其中 HR 将由减数分裂期间发生的程序化 DSB 促进。DMC1 表达在初级转化体中产生了对 ICR 的最大刺激，其中一种植物的 ICR 频率增加了 1000 倍。对纯合 T2 植物系中的 ICR 的评估表明，ICR 增加了 2 倍到 380 倍，具体取决于表达的重组酶。相比之下，营养组织中的 ICR 仅适度增加，异源重组酶的组成性表达也降低了植物的育性。结论：异源重组酶的表达可以大大增加植物生殖组织中 HR 的频率。将此类重组酶表达与使用 CRISPR/Cas9 诱导 DSB 相结合可能是从根本上提高植物基因替换效率的途径。