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World File Search System噬菌体
噬菌体和噬菌体抗性对微生物社区动态的影响
au：PleaseconfirmthatalleheadinglevelsarerepressedCorrectedCornecty：在有细菌的地方，会有噬菌体。这些病毒在塑造其嵌入的更广泛的微生物群落方面是重要的参与者，对人类健康产生了潜在的影响。另一方面，细菌具有一系列不同的免疫机制，可保护防止噬菌体，包括突变或完全丢失噬菌体受体，以及CRISPR-CAS适应性免疫。我们以前的工作表明了微生物群落如何影响噬菌体抗性的演变，但对逆向噬菌体的相互作用与这些不同的噬菌体抗性机制之间的相互作用如何影响嵌入它们的更广泛的微生物群落。在这里，我们进行了为期10天的完全阶乘进化实验，以研究噬菌体如何影响人造四种细菌群落的结构和动力学，其中包括铜绿假单胞菌野生型野生型或无法通过CRISPR-CAS进化噬菌体耐药性的异源突变体。此外，我们还使用数学建模来探索完整的社区行为的生态互动，并确定有关噬菌体对社区动态影响的一般原则。我们的结果表明，通过噬菌体的添加，微生物群落的结构发生了巨大改变，鲍曼尼杆菌杆菌成为主要物种和p。铜绿物被驱动几乎灭绝，而p。铜绿物胜过其他特征。此外，我们发现p。铜绿菌株具有进化基于CRISPR的抗性的能力，通常在a存在时会更好。鲍曼 - 尼（Bauman-Nii），但由于噬菌体被灭绝，因此随着时间的流逝，这种好处在很大程度上消失了。最后，我们表明，在有没有噬菌体的微生物社区进行建模时，仅成对数据是不够的，强调了高阶相互作用在管理复杂社区中的摩尔群体动态中的重要性。结合在一起，我们的数据清楚地说明了靶向主要物种的噬菌体如何允许释放最强的竞争者，同时也有助于维持社区多样性
变压器模型产生的噬菌体基因组在组成上与自然序列不同
语言模型在基因组学中的新应用有望对该领域产生重大影响。Megadna模型是创建合成病毒基因组的第一个公开可用的一代模型。评估Megadna概括病毒的非随机基因组组成以及是否可以通过算法检测到合成基因组，4,969个天然噬菌体基因组和1,002 de Novo合成细菌噬菌体的组成指标比较了。变压器生成的序列已通过Genomad分类为变化但现实的基因组长度，而58％的序列分类为病毒。然而，与天然的Bacte-riophage基因组相比，通过秩-SUM测试和原理分析分析，这些序列在各种综合度量中呈现一致的差异。一个简单的神经网络训练，可在全球组成指标上检测变压器生成的序列，其中位灵敏度为93.0％，特异性景观为97.9％（n = 12个独立模型）。总体而言，这些恢复表明，巨型群岛尚未具有逼真的组成偏见，并且基因组组成是检测该模型产生的序列的可靠方法。虽然结果是Megadna模型的特异性，但此处描述的评估框架可以应用于基因组序列的任何生成模型。
解决现代噬菌体疗法的研发差距
抗菌耐药性在全球范围内正在上升，促使噬菌体疗法的研究和发育增加（R＆D）作为解决难以处理的细菌感染的一种策略。我们回顾了噬菌体治疗研究的当前状态，包括针对噬菌体研发的主要作战，认知和生物学挑战，并讨论了一些新的方法来开发最近突破性的突破，例如人工智力和合成噬菌体生产。此外，鉴于商业抗菌创新的持续困扰以及当前的公共私人努力，我们将这些研发挑战和挑战背景下，以振兴抗菌药物发现的渠道。我们以反映了在所有收入环境中易于获得新的噬菌体疗法的潜力，以更好地确保患者的访问权限，并考虑到当前公共和公共 - 私人私人解决方案的可能替代方案。
噬菌体在非洲农业群中的应用
抗菌药物包括用于治疗或预防感染的抗生素，抗病毒药物，抗真菌药和抗寄生虫。对抗菌剂的抵抗是人类的一个问题，但也影响环境，植物和其他动物，包括用于食品生产的动物。一种健康3方法认识到人类，动物和环境的健康之间的相互作用和相互依存关系4。通过考虑使用一个健康镜头的AMR，可以确定新的解决方案，以在全球范围内解决AMR，并解决跨多个领域的实践和过程，从而阻碍了可持续使用抗菌药物。这可能包括改善医疗保健系统和生活水平
RNA和单链DNA噬菌体 书籍章节平均和时间分辨率的影响和影响对混合动力的充满活力，经济和技术问题的评估 书籍章节基于机器学习的检测，对心血管疾病的检测使用ECG信号：绩效与复杂性Huy Pham 1，Konstantin Egoro
2 Yamagata Yamagata Central Hospital，Yamagata 990-2292，日本Yamagata 990-2292的感染疾病和感染控制部朗兹·库伊（Longzhu Cui）等发表的一篇文章的出版。在2023年12月的国际分子科学杂志上。（nguyen，H.M。;渡边，; CUI，L。RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。int。J. Mol。 SCI。 2023，24，17029。https：//doi.org/10.3390/ijms242317029） RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。 in：编辑Noor Zarina Abd Wahab。 分子科学中的Prime档案：第4版。 印度海得拉巴：录像。 2024。J. Mol。SCI。 2023，24，17029。https：//doi.org/10.3390/ijms242317029） RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。 in：编辑Noor Zarina Abd Wahab。 分子科学中的Prime档案：第4版。 印度海得拉巴：录像。 2024。SCI。2023，24，17029。https：//doi.org/10.3390/ijms242317029）RNA和单链DNA噬菌体：从未经忽视的病毒世界中揭示了承诺。in：编辑Noor Zarina Abd Wahab。分子科学中的Prime档案：第4版。印度海得拉巴：录像。2024。
噬菌体的抗菌潜力
编号 段落 建议 1. 41 我们建议卫生和社会保健部 (DHSC)、药品和保健产品管理局 (MHRA)、国家健康和护理卓越研究所 (NICE) 和国家健康和护理研究所 (NIHR) 现在应考虑需要哪些具体证据和标准来全面评估噬菌体的安全性和有效性，以便它们在 NHS 和其他英国医疗保健环境中得到更广泛使用，包括长期使用。DHSC、MHRA、NICE 和 NIHR 应与噬菌体研究人员合作，就这些问题展开对话。Innovate UK 建立的噬菌体知识转移网络将汇集噬菌体利益相关者，将是进行这种对话的合适论坛。 2. 50 我们建议政府在其应对 AMR 的计划中审查噬菌体的状况。我们还更具体地建议国家健康和护理研究所和英国卫生安全局与噬菌体研究人员合作，以改善噬菌体相关研究资助申请的前景。 3. 57 我们建议卫生和公众服务部审查噬菌体转化研究的当前资金安排，并确定此类研究的瓶颈所在。审查应考虑噬菌体转化研究需要哪些具体援助，以增加资金竞标成功的可能性。
具有抗菌 CRISPR–Cas 的工程噬菌体可选择性地减少小鼠中的大肠杆菌负担
抗生素治疗会对微生物群产生有害影响并导致抗生素耐药性。为了开发一种针对多种临床相关的大肠杆菌的噬菌体疗法，我们筛选了一个包含 162 种野生型 (WT) 噬菌体文库，确定了 8 种对大肠杆菌具有广泛覆盖度、与细菌表面受体互补结合并能稳定携带插入货物的噬菌体。选定的噬菌体经过尾纤维和 CRISPR-Cas 机制改造，以专门针对大肠杆菌。我们发现，工程噬菌体可以靶向生物膜中的细菌，减少噬菌体耐受性大肠杆菌的出现，并在共培养实验中胜过其祖先 WT 噬菌体。四种最具互补性的噬菌体的组合，称为 SNIPR001，在小鼠模型和小型猪中均具有良好的耐受性，并且比单独的组成部分更好地减少小鼠肠道中的大肠杆菌负荷。 SNIPR001 目前正在临床开发中，旨在选择性杀死大肠杆菌，大肠杆菌可能会导致血液癌症患者出现致命感染。
使用新型的高通量方法探索噬菌体 - 宿主相互作用的转录景观
在过去十年中，出现了强大的高通量测序方法，以分析全球尺度的微生物转录组。迄今为止，这些方法应用于噬菌体等微生物病毒的应用仍然很少。根据感染病毒感染的细菌量身定制这些技术有望获得感染过程中未充分倍增的RNA生物学和分子过程的详细图片。此外，受感染细菌宿主噬菌体引起的应激和扰动的转录组研究可能揭示了细菌代谢和基因调节的新基本机制。在这里，我们提供参考和蓝图，以实施新兴的转录方法，以解决转录组体系结构，RNA – RNA和RNA - 蛋白质相互作用，RNA修饰，结构和转录谱的异质性和异质性的感染细胞中的转录谱性，这些概况将为噬菌体构型式治疗和微生物的未来指导提供指导，并提供指南。
旧工具，新应用：使用环境噬菌体对伤寒监测和评估疫苗影响
伤寒 - 缀合物疫苗（TCV）提供了一个机会，以减轻特有区域沙门氏菌Typhi引起的伤寒负担。作为决策者设计疫苗接种策略，有关疾病负担的准确和高分辨率数据至关重要。然而，基于传统的血液培养监测是资源扩大的，禁止其大规模和可持续的实施。鼠伤寒沙门氏菌是一种水传播的病原体，在这里，我们测试了地表水体中Typhi特异性噬菌体监测的潜力，作为一种低成本工具，可确定沙门氏菌在环境中循环的地方。在2021年，收集了水样并测试了孟加拉国两个地点沙门氏菌鼠疫斑点的存在：达卡城市首都市和米尔萨普尔乡村地区。沙门氏菌特异性噬菌体在达卡的211个（31％）环境样本中的66个（与Mirzapur的92（3％）环境样本中的3个（3％）相比。在同年，达卡两家最大的小儿医院的4,620个血液培养物产生了215例（5％）培养确认的伤寒病例，在米尔扎普尔最大的医院产生了3,788种血液培养，产生了2（0.05％）病例。从污水中收集了75％（52/69）正噬菌体样品。对来自孟加拉国循环的不同sal-monella typhi基因型的一组分离株进行了测试，发现它们表现出各种杀戮谱，表明分离了各种噬菌体。这些结果表明，环境中特异性噬菌体的存在与伤寒的负担之间存在关联，以及利用环境噬菌体监视作为一种低成本工具的潜力，以协助对伤寒控制的政策决策。
时间表观基因组调节可实现有效的噬菌体工程和噬菌体 DNA 修饰的功能分析
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