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World File Search System外显子
表征鼠催乳素中多个第一外显子的表征...
催乳素（PRL）受体（PRLR）基因在各个大脑区域表达，最高水平存在于脉络丛中，这是受体介导的PRL从血液到脑脊液流动的转运的位点。我们研究了PRL在鼠脉络丛中PRL基因表达的调节机制。我们首先研究了鼠Prlr基因中替代的第一个外显子的组织。除了三个已知的第一个外显子ME1 1，ME1 2和ME1 3，两个第一个外显子ME1 4和ME1 5还被cDNA克隆新近识别。PRLR mRNA的每个第一个外显子变体都表现出组织或通用表达。在小鼠的脉络丛中，与二肌小鼠中的小鼠相比，泌乳小鼠中ME1 3-，ME1 4-和ME1 5 -PRLR mRNA的表达水平增加。此外，与PRL差异（PRL c / c和prl c / k）小鼠相比，PRL（PRL K / K）小鼠的ME1 4-PRLR mRNA的表达水平降低。在卵巢切除的PRL K / K小鼠中，PRL给药的ME1 4 -PRLR mRNA的表达水平显着增加，但通过17 B-雌二醇给药。PRLR mRNA的最后两个外显子变体的表达水平，编码PRLR的长和短细胞质区域，在泌乳小鼠中也升高，并在PRL K / K小鼠中降低。这些发现表明，PRL通过ME1 4前外显子的转录激活刺激PRLR基因的表达，从而导致鼠脉络膜丛中PRLR mRNA的长形和短形式变体的增加。
基因检测：诊断遗传疾病的外显子组和基因组测序
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治疗 HER2 外显子 20 突变的非小细胞肺癌
a 荷兰莱顿大学医学中心肿瘤内科系 b 荷兰 Oncode 研究所 c 荷兰阿姆斯特丹荷兰癌症研究所胸部肿瘤科 d 荷兰阿姆斯特丹癌症研究所分子肿瘤学与免疫学系 e 荷兰阿姆斯特丹自由大学阿姆斯特丹癌症中心阿姆斯特丹大学医学中心肿瘤内科系 f 荷兰阿姆斯特丹大学医学中心放射学与核医学系 g 荷兰阿姆斯特丹哈特维希医学基金会 h 荷兰乌得勒支大学医学中心病理学系 i 荷兰阿姆斯特丹荷兰癌症研究所生物识别系 j 荷兰格罗宁根大学医学中心格罗宁根大学肺部疾病系 k 荷兰奈梅亨拉德堡德大学医学中心肿瘤内科系 l 荷兰莱顿大学医学中心肺病学系
470000 个外显子组中罕见编码变异的分析...
先前的一项研究使用 200,000 名经过外显子组测序的英国生物银行参与者对罕见编码变异进行了基于基因的加权负荷分析，确定了三个与 2 型糖尿病 (T2D) 在外显子组范围内显著相关的基因，即 GCK 、 HNF4A 和 GIGYF1 [ 1 ]。尽管 GCK 、 HNF4A 已被公认为是年轻人成年型糖尿病 (MODY) 的病因，但 GIGYF1 的含义是新的，尽管另一项研究很快证实了这一点，该研究使用了 379,000 名英国生物银行参与者的序列数据[ 2 - 4 ]。虽然这三个基因是唯一达到全外显子组显著性的基因，但共有 32 个基因具有显著性，未校正的 p 值 < 0.001，而鉴于有 20,384 个信息基因，只有 20 个是偶然出现的。此外，从生物学的角度来看，这些基因中有许多似乎具有潜在的意义。值得注意的是，许多其他在 2 型糖尿病中发挥了明确作用的基因未能通过加权负担分析产生强有力的关联证据，这些基因包括 HNF1A 、 HNF1B 、 ABCC8 、 INSR 、 MC4R 、 SLC30A8 和 PAM 。随后，使用多种不同表型对来自同一英国生物银行队列的大量外显子组测序参与者进行了罕见变异分析，所研究的一些表型包括 2 型糖尿病和相关疾病 [ 5 , 6 ]。全套 470,000 名参与者的外显子组序列数据现已更广泛地开放，本研究在新样本中对先前研究中 p < 0.001 时显著的基因以及上面提到的其他与 2 型糖尿病有关的基因进行了加权负担分析。本研究旨在检测关联证据，并将结果与上述多重表型研究的结果进行比较，以及描述不同类别的编码变异对相关基因风险的影响。本研究的目的是使用 270,000 个新获得的外显子组来测试一些在早期研究中经过多重检验校正后结果不显著的基因是否可以提供与新样本关联的证据。此外，拥有 470,000 个更大的样本意味着可以更准确地模拟相关基因中不同类别变异对疾病风险的影响。
全外显子组测序线粒体 DNA 分析 + CNV
对于外显子组重新分析，无需收集或发送新样本，因为对于此项检查，使用已处理样本的原始数据获得的分析会进行重新处理，从而避免对样本进行新的技术处理。然而，有必要使用医疗请求中的当前信息，告知患者的临床状况、新的临床发现、诊断假设以及外显子组重新分析请求。
转化基因组学的临床混合基因组外显子组（CBGE）
另一个利用CBGE高质量和低价点的项目是南方研究。在Myome支持的情况下，他们最近推出了Catalyst，该计划将为整个阿拉巴马州的患者提供免费的基因测试和有关某些慢性疾病的药物和风险的临床见解，重点是服务不足的社区。
外显子组和基因组测序，用于先天性免疫误差
2010年下一代测序（NGS）的出现已经改变了医学，尤其是单基因先天性免疫误差（包括原发性免疫缺陷）（PID）的生长领域。ngs促进了引起疾病的新基因的发现和PID患者的遗传诊断。全外观测序（WES）目前是PID研究和诊断的最具成本效益的方法，尽管整个基因组测序（WGS）具有多种优势。科学或诊断挑战是在数千个NGS调用中选择一个或两个候选变体。变体和基因级计算方法以及免疫学假设可以帮助缩小整个基因组搜索的范围。成功的关键是关于三个关键方面的良好信息遗传假设：遗传方式，临床渗透率和病情的遗传异质性。这确定了搜索策略和候选等位基因的频率截止。随后对候选变异的致病作用的功能验证至关重要。即使没有调味的湿实验室，即使是最新的干燥实验室也无法获得此验证。变化的多种性需要
通过基础编辑循环外显子的后剪接位点敲除circrnas
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本于2021年8月6日发布。 https://doi.org/10.1101/2021.08.05.455347 doi：biorxiv Preprint
介导 DMD 基因外显子跳跃的主要编辑策略
杜氏肌营养不良症是一种罕见且致命的遗传性疾病，因 DMD 基因突变导致进行性肌肉萎缩。我们使用 CRISPR-Cas9 Prime 编辑技术开发了不同的策略来纠正 DMD 基因中外显子 52 或外显子 45 至 52 缺失的移码突变。使用优化的 epegRNA，我们能够在高达 32% 的 HEK293T 细胞和 28% 的患者成肌细胞中诱导外显子 53 剪接供体位点的 GT 核苷酸的特异性替换。我们还分别在 HEK293T 细胞和人类成肌细胞中实现了外显子 53 的 GT 剪接位点的 G 核苷酸的缺失高达 44% 和 29%，以及在外显子 51 的 GT 剪接供体位点之间插入 17% 和 5.5% 的 GGG。修改外显子 51 和外显子 53 的剪接供体位点可引发它们的跳跃，从而分别允许外显子 50 连接到外显子 53 和外显子 44 连接到外显子 54。如蛋白质印迹所示，这些修正恢复了肌营养不良蛋白的表达。因此，使用 Prime 编辑在外显子 51 和 53 的剪接供体位点诱导特定的替换、插入和缺失，以分别纠正 DMD 基因中携带外显子 52 和外显子 45 至 52 缺失的移码突变。
非小细胞肺癌中的 EGFR 外显子 20 插入突变
其结构主要由胞外区、跨膜区和胞内酪氨酸激酶结构域三部分组成。EGFR基因全长192kbp，由28个外显子组成，位于7号染色体短臂7p21-14区域。大多数突变发生在18～21外显子，不同类型的突变对EGFR TKI临床疗效的影响不同。外显子19的缺失和外显子21的L858R替换是EGFR最常见的两种突变，且对TKI敏感。EGFR Ex20Ins突变是第三种最典型的EGFR突变类型，已知其与吉非替尼、厄洛替尼等常见TKI耐药有关。目前，EGFR外显子20插入突变类型共122种，位于C螺旋后的Met766-Cys775，少数位于C螺旋后的G1u762-Tyr764。其中20.5%的插入发生在Val769位氨基酸之后，28.7%的插入发生在Asp770位氨基酸之后，17.2%的插入发生在Pro772位氨基酸之后，14%的插入发生在His773位氨基酸之后（5）。最常见的突变类型为Asp770_Asn771ins，其次为Va1769_Asp770ins、Asp770_Asn771ins、A1a767_Va1769、Va1769_Asp770ins和Ser768_Asp770，其插入序列基本相似。 EGFR Ex20Ins 是一个高度异质性的激活突变家族，其分子结构、生物学特性和对 EGFR TKI 的反应存在复杂的差异。对 EGFR 外显子 20 突变进行了分析