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World File Search System外显子
通过碱基编辑环化外显子的反向剪接位点敲除环状RNA
引言与连接上游 5′ 剪接位点 (ss) 和下游 3′ ss 的经典剪接不同，反向剪接将下游 5′ 反向剪接位点 (bss) 与上游 3′ bss 连接，产生共价闭合的环状 RNA (circRNA) [1-7]。尽管反向剪接的加工方式不利，但它由与经典剪接相同的剪接体机制催化 [8-10]，表明它们之间存在直接竞争 [11]。此外，反向剪接也受顺式元件和反式因子的严格调控 [10,12-16]，导致 circRNA 在所检测的广泛细胞系、组织和物种中呈现时空表达 [17-25]。越来越多的证据表明，circRNA 表达失调与人类疾病有关，如癌症 [ 26 – 29 ]、系统性红斑狼疮 [ 30 ] 和神经元变性 [ 31 , 32 ]，表明它们在生理和病理条件下都发挥着潜在作用 [ 1 , 2 , 5 ]。从机制上讲，大多数 circRNA 位于细胞质中，有些被发现充当 miRNA 或蛋白质的诱饵 [ 12 , 15 , 19 , 22 , 30 , 32 , 33 ]。尽管如此，大多数 circRNA 的生物学意义仍未被充分探索，部分原因是其功能研究方法有限，例如 DNA 水平上的 circRNA 敲除 (KO)。例如，CRISPR/Cas9 基因组编辑去除了
靶向RBM3温度控制的毒药外显子剪接可防止体内神经变性
Self-induced transparency (SIT) in two-level atomic sys- tems is one of the most well-known coherent pulse prop- agation phenomena: Above a certain intensity threshold, the absorption of a pulse by resonant transitions decreases strongly and the medium becomes almost completely trans- parent, which is accompanied by a considerable reduction in the group velocity (for reviews, see Refs.[1 - 4]）。这是McCall和Hahn [5，6]的首次报道，他们通过使用半经典描述，证明了两级培养基通过强吸收与2π脉冲透明。现在，这种半经典模型是研究原子相干性的效果[7-9]的量子optics教科书中的标准。已经提出了SIT孤子作为脉冲挤压状态产生的候选[10]，量子非过度测量结果[11]，以及量子信息存储和检索[12]。此外，随着微观结构纤维技术的最新进展[13]，也考虑了通过气体填充的单模单型晶体纤维在sit solitons中产生的生成[14]，这简化了ES横向效应。在所有这些进步中，量子噪声和量子相关性起着不可捕获的主要作用
精确校正Duchenne肌肉营养不良外显子缺失突变通过基础和Prime编辑
摘要：Virtus项目旨在创建一个虚拟电厂（VPP）的原型，该原型协调电力系统的分布式能源（DERS），并为系统运营商和电力市场的各个参与者提供服务，并特别关注工业部门代理商。VPP将能够管理大量的DER，并模拟现实的工厂，组件和市场数据，以研究不同的运营条件以及平衡市场（BM）政策变化的未来影响。本文描述了项目的目的，提出的框架的一般结构及其优化和仿真模块。然后，我们评估优化模块的可扩展性，旨在为系统操作员提供最大可能的功能，从而利用VPP的仿真模块。
耦合DNA条形码和外显子捕获量以解决Turridae（胃足，conoidea）的系统发育
图1无脊椎动物和水产养殖软体动物中受过比较训练的免疫反应模型。该图说明了在无脊椎动物和海洋软体动物中观察到的训练反应的多样性。训练诱导后的免疫反应（主要反应）和挑战（次要反应）。 文献中描述的不同响应模式由不同颜色的曲线表示。 传说指示观察到不同模式的物种：训练时诱导的持续反应，没有消光期，直到次级响应（深蓝色线）；免疫移位显示出定性不同的主要和次要反应，涉及不同的基因集（浅蓝色和深绿色线）；具有主要响应的公差响应，但没有次级响应（浅蓝色线）。 双相反应，命名为召回响应，其主要响应随后是灭绝阶段，以及对后续挑战（浅绿线）的相似或更强大，更快，更快的次要响应。训练诱导后的免疫反应（主要反应）和挑战（次要反应）。文献中描述的不同响应模式由不同颜色的曲线表示。传说指示观察到不同模式的物种：训练时诱导的持续反应，没有消光期，直到次级响应（深蓝色线）；免疫移位显示出定性不同的主要和次要反应，涉及不同的基因集（浅蓝色和深绿色线）；具有主要响应的公差响应，但没有次级响应（浅蓝色线）。双相反应，命名为召回响应，其主要响应随后是灭绝阶段，以及对后续挑战（浅绿线）的相似或更强大，更快，更快的次要响应。
编码淋巴细胞寄托受体CD44的基因组结构至少揭示了12个剪接外显子
摘要CD44分子已知表现出大小的异质性，这既归因于替代剪接和差异糖基在繁殖域内的差异糖基化。尽管从cDNA测序中部分推断出了几个替代外显子的存在，但据我们所知，尚未描述CD44基因的精确内含子外观。在本研究中，我们描述了人类CD44基因的结构，该基因至少包含19个外显子DNA的大约50个基因酶。我们已经确定了10个在细胞外域内的剪接外显子，包括1个以前没有报道的外显子。除了整个外显子的cluson或辩解外，还通过在单个外显子2中的内部剪接供体和受体位点的uztion产生更多的多样性。先前报道的细胞质结构域的变异表明是由2个外显子的替代剪接引起的。CD44的基因组结构揭示了显着的复杂性，我们证实了替代剪接作为CD44分子中结构和功能多样性的基础的作用。
SALSA® 参考选择和分类 DNA SD084-S02
131 参考 00797-L25925 A1 2 136 参考 18457-L23634 A1 2 143 SMN1 / 内含子 7 S0938-L26163 A1 nag27134T>G 148 SMN1 / 外显子 8 S0961-L25586 A1 nag27706-27707delAT 154 SMN1 / 外显子 8 S0960-L25957 A1 2 163 参考 02291-L17086 A1 2 172 参考 02978-L17087 A1 2 183 SMN1 / 外显子 7 14919-L17081 A1 2 191 参考 00559-L17088 A1 2 200 参考 00976-L17298 A1 2 208 参考 12490-L17096 A1 2 228 参考 14498-L17101 A1 2 237 参考 02334-L17301 A1 2 245 参考 14293-L17100 A1 2 255 参考 13128-L17099 A1 2 264 参考 07630-L17091 A1 2 272 参考 14361-L17098 A1 2 282 SMN2 / 外显子 7 14921-L17083 A1 2 292 参考 18491-L23716 A1 2 301 参考 12783-L13918 A1 2 311 参考 06425-L17092 A1 2 321 参考 01042-L17093 A1 2 331 参考 01043-L17094 A1 2 注意：此处使用的突变命名法可能与文献不同！此 SD084-S02 参考选择和分箱 DNA 产品说明中使用的外显子编号是传统的外显子编号（外显子 1、2a、2b 和 3-8）。此外显子编号与 SMN1 和 SMN2 的 NCBI 参考序列不同。有关所用外显子编号和基因转录本的更多信息，请查阅相应的探针混合物产品说明。
基于机器学习的 CRISPR gRNA 设计
通过诱导有害外显子跳跃来恢复基因功能已被证明可有效治疗遗传疾病。然而，许多临床上成功的外显子跳跃疗法都是基于寡核苷酸的短暂疗法，需要频繁给药。基于 CRISPR-Cas9 的基因组编辑可导致外显子跳跃，是一种有前途的治疗方式，可以永久缓解遗传疾病。我们表明，机器学习可以选择破坏剪接受体并导致目标外显子跳跃的 Cas9 向导 RNA。我们通过实验测量了小鼠胚胎干细胞中 1,063 个向导 RNA 靶向的 791 个剪接序列的多样化基因组整合文库的外显子跳跃频率。我们发现，当使用阈值预测的外显子跳跃频率分别为 50% 和 70% 时，我们的方法 SkipGuide 能够以 0.72 和 0.91 的精度识别有效的向导 RNA。我们预计 SkipGuide 将有助于选择用于评估 CRISPR-Cas9 介导的外显子跳跃疗法的引导 RNA 候选物。
反义寡核苷酸调节与SCN1A相关的Dravet综合征中毒药外显子的异常包含
摘要：随着发现诱导的多能干细胞（IPSC），现在可以从无限的体细胞来源产生多种细胞类型，包括IPSC衍生的心肌细胞（IPSC-CM）。这些IPSC-CM用于不同目的，例如疾病建模，药物发现，心脏毒性测试和个性化医学。2D IPSC-CM模型已显示出令人鼓舞的结果，但与体内成人心肌细胞相比，它们更不成熟。新颖的方法创建3D模型，并可能正在开发其他（心脏）细胞类型。这不仅会改善细胞的成熟度，而且还会导致更与人心脏更相似的生理相关模型。在这篇综述中，我们着重于2D和3D中遗传性心律不齐的建模以及这些模型在治疗开发和药物测试中的使用。
EGFR 或 HER2 外显子 20 插入突变的非小细胞肺癌：诊断和治疗方案
摘要 由于针对致癌突变的靶向治疗取得了巨大成功，因此在诊断出非小细胞肺癌 (NSCLC) 后便会进行分子检测。表皮生长因子受体 (EGFR) 突变是 NSCLC 中最常见的突变，EGFR 外显子 20 插入突变 (exon20ins) 是继 EGFR 外显子 19 缺失和外显子 21 L858R 突变之后的第三大 EGFR 突变。EGFR 外显子 20ins 通常对经典 EGFR 抑制表现出耐药性。mobocertinib 和 amivantamab 两种治疗方法最近成为美国食品药品监督管理局 (FDA) 批准用于治疗铂类疗法后出现这些突变的肺癌的首批药物。围绕这两种药物的研究表明其疗效强劲，但副作用很大。另一个可靶向的驱动突变是人表皮生长因子受体 2 (HER2) 外显子 20ins，约占 NSCLC 患者的 2-3%。这种突变已在体外和临床上得到大量研究，曲妥珠单抗德鲁替康最近刚刚获得 FDA 的加速批准，这是基于 Destiny-Lung01 研究中证明的高效性。然而，与 EGFR 抑制剂类似，HER2 抑制剂在临床研究中也有毒性证据。在本文中，我们讨论了 EGFR 和 HER2 外显子 20 对多种标准治疗方案（例如铂类化疗和经典 EGFR 酪氨酸激酶抑制剂）以及免疫疗法的有限反应。我们还回顾了最近批准和即将推出的靶向治疗方案，考虑了目前正在进行的关于疗效和减少副作用的研究，以及将这些药物纳入已获批准的治疗方案的风险和益处。
非小细胞肺癌 MET 外显子 14 跳跃变异的当前和未来治疗选择
近膜 (JX) 结构域，其中包含 PKC 磷酸化位点 (S985)、胱天蛋白酶切割位点 (D1002) 和 E3 泛素连接酶 CBL (Casitas-B 系淋巴瘤) 对接位点 (Y1003)，均控制 RTK 活性的下调 (图 1a)。3–7 这种改变破坏了外显子 14 两侧的内含子剪接位点，包括内含子 13 的剪接受体位点和内含子 14 的剪接供体位点，或外显子 14 编码序列本身内的突变，都会导致外显子 14 在转录本中跳跃。这些突变中最常见的是碱基替换，其次是插入/缺失。因此，导致MET外显子14跳跃的可变剪接事件会激活MET-HGF通路，促进肿瘤细胞增殖、迁移，并阻止细胞凋亡（图1b）。