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World File Search System尿嘧啶
基于 CRISPR-Cas9 的毛霉菌诱变......
摘要：Lichtheimia corymbifera 被认为是最常见的毛霉菌之一。缺乏有效的基因操作工具阻碍了对这种机会性致病真菌的致病机制和毒力因子的鉴定。尽管此类技术已在某些物种中得到描述，但在毛霉目真菌中，进行定向诱变和构建稳定的转化子仍然是一个巨大的挑战。在本研究中，应用无质粒的 CRISPR-Cas9 系统对 L. corymbifera 进行定向基因破坏。所述方法基于 Cas9 酶引起的双链断裂的非同源末端连接修复。利用该方法，可以在乳清苷 5'-磷酸脱羧酶基因 (pyrG) 中诱导一到五个核苷酸长的短靶向缺失，从而构建尿嘧啶营养缺陷型菌株。这些菌株可作为未来基因操作研究中的受体菌株。据我们所知，这是这种临床相关真菌的首次基因改造。
LR-Ribo-STAMP：异构体翻译分析
图 1：长读 Ribo-STAMP 的实验和计算方法。（A）LR-Ribo-STAMP 实验系统概览。RPS2 与 APOBEC1 融合，以诱导核糖体-RNA 相互作用位点附近的胞嘧啶到尿嘧啶核苷酸编辑。编辑越多表示翻译越高，编辑越少表示翻译越低。（B）LR-Ribo-STAMP 计算流程概览。输入是未对齐的长读，经过对齐、读过滤、编辑检测、编辑过滤和编辑量化。编辑后的位点输出为 BED 文件。（C）编辑过滤。通过过滤常见位点和注释的 SNP，从长读 APOBEC1 专用（绿色）信号中概述编辑过滤和描绘 LR-Ribo-STAMP（金色），表示为编辑分数（编辑读/总读数）与编辑位点覆盖率之间的关系。灰色部分中的已编辑站点表示过滤掉的读取数少于 20 的站点。
FFPE DNA 显示出两种主要错误特征，它们源自胞嘧啶和甲基胞嘧啶的脱氨作用，可以使用不同的修复策略来缓解
摘要避免由损伤引起的测序错误是准确识别 DNA 样本中中到稀有频率突变的关键步骤。在 FFPE 样本中，胞嘧啶部分的脱氨作用代表了导致 DNA 材料丢失和测序错误的重大损伤。在这项研究中，我们证明，虽然胞嘧啶和甲基化胞嘧啶部分的脱氨作用造成的损伤会导致 C 到 T 的转换升高，但错误概况和调解策略是不同的并且容易区分。虽然胞嘧啶脱氨引起的损伤诱导测序错误是由 NGS 工作流程中常用的末端修复步骤驱动的，但甲基化胞嘧啶脱氨引起的 DNA 损伤是 CpG 位点测序错误的另一个主要因素。尿嘧啶 DNA 糖基化酶和人胸腺嘧啶 DNA 糖基化酶可以分别消除和减轻 FFPE DNA 样本中的两种损伤，从而显著提高中等等位基因频率变异鉴定的测序准确性。
利用 mRNA 和合成向导 RNA 进行碱基编辑的精准平台
精确定位碱基编辑平台的开发目的是通过使用 RNA 适体 (Collantes, 2021) 来有效招募碱基修饰酶。精确定位碱基编辑系统可有效诱导靶标特异性核苷酸变化，而不会形成 DNA 双链断裂或插入缺失。该系统由三个部分组成：[1] 核酸酶缺陷型“切口酶” nCas9，仅切割或“切口”单链 DNA，与尿嘧啶糖基化酶 (UGI) 抑制剂融合 (Komor, 2016)，[2] 胞苷脱氨酶碱基编辑器 (大鼠 APOBEC) 与适体结合蛋白融合，以及 [3] 适体单向导 RNA (sgRNA)，可将 nCas9 和适体-脱氨酶融合物招募到特定的 DNA 靶位点（图 1）。将这三种成分递送到哺乳动物细胞中可诱导高度特定水平的 CG 到 TA 碱基转化，适用于涉及单个氨基酸点突变或功能性基因敲除的细胞和基因治疗应用。
利用基于结构的方法通过片段支架生长来靶向主要蛋白酶 (Mpro、nsp5)
摘要：SARS-CoV-2 (SCoV2) 的主要蛋白酶 M pro ，nsp5，是其最具吸引力的药物靶点之一。在这里，我们报告了使用核磁共振波谱 (NMR) 对四个不同文库进行的初步筛选数据，以及对从这些文库中获得的有希望的含尿嘧啶片段 Z604 的详细后续合成。Z604 显示出时间依赖性的结合。其抑制作用对还原条件敏感。从 Z604 开始，我们合成并表征了 13 种通过片段增长策略设计的化合物。每种化合物都通过 NMR 和/或活性测定进行表征，以研究它们与 M pro 的相互作用。这些研究产生了四臂化合物 35b，它可直接与 M pro 结合。35b 可以与 M pro 共结晶，揭示其非共价结合模式，从而填充所有四个活性位点亚口袋。在此，我们描述了 NMR 衍生的片段到命中管道及其在开发 SCoV2 主要蛋白酶抑制剂的有希望的起点中的应用。■ 简介
std -j bras sei病，...，SM。 1 IH 23-28，1989核酸作为性传播疾病的诊断方法
si stem biotine- avidin在杂交中使用非放射性标记的努力已开发出新系统。否，生物过程通常是由许多优点选择的。AIJ与放射性探针相反，它是相当稳定的，它保持了其活性而不会长期失去灵敏度。原则上，该系统由以下步骤组成。a（尿嘧啶）碱是由Bioti修饰的基础，在核酸中未通知。t在t处的生物 - 在高亲和力对链霉丁胺（一种分离的链霉菌蛋白）中。在反应过程中，生物素和链霉亲丁蛋白形成稳定的复合物。与链霉亲蛋白Cathasa相关的酶是在添加底物后产生沉淀的染色的反应。在以前形成的双螺旋桨形成的所有地方，这种冲洗的沉淀物形式，并且具有通过正常显微镜查看（识别）的极好优势。本次会议非常敏感，有些会议已经被设法检测32个目标DNA纤维图（FG）。
核酸代谢酶水平预测...
对于淋巴结转移的结肠直肠癌 (CRC)，术后辅助化疗已被证实可抑制复发，IDEA 研究表明，氟嘧啶类抗癌药物联合奥沙利铂 6 个月是标准疗法 (Shi et al., 2017)。此前，对氟尿嘧啶联合亚叶酸钙 (5FULV2) 疗法的疗效进行了评估，IMPACT 研究表明，与未治疗组相比，复发率被抑制了 18% (国际结肠癌试验 (IMPACT) 联合研究的研究人员，1995)，口服尿嘧啶/替加氟/Yuzel 与卡培他滨也显示出等效性 (Twelves et al., 2005)。因此，预测氟嘧啶酶的作用具有重要的临床意义，并且已经开展了各种研究。另一方面，目前尚无临床研究证明 5-氟尿嘧啶 (5-FU)/亚叶酸钙联合伊立替康 (FOLFIRI) 与分子靶向疗法 (Allegra 等，2011；Alberts 等，2012) 或 FOLFIRI 作为辅助化疗 (Saltz
由 TadA 变体生成的改进的胞嘧啶碱基编辑器
胞嘧啶碱基编辑器 (CBE) 可实现可编程的基因组 C·G 到 T·A 转换突变，通常包含经过修饰的 CRISPR-Cas 酶、天然存在的胞嘧啶脱氨酶和尿嘧啶修复抑制剂。先前的研究表明，利用天然存在的胞嘧啶脱氨酶的 CBE 可能导致无引导的全基因组胞嘧啶脱氨。尽管随后报道了可减少随机全基因组脱靶的改进型 CBE，但这些编辑器的靶向性能可能不理想。本文，我们报告了使用 TadA 的工程变体 (CBE-T) 的 CBE 的生成和表征，这些变体可在序列多样的基因组位点上实现高靶向 C·G 到 T·A，在原代细胞中表现出强大的活性，并且不会导致全基因组突变的可检测升高。此外，我们报道了胞嘧啶和腺嘌呤碱基编辑器 (CABE)，它们可催化 A 到 I 和 C 到 U 编辑 (CABE-T)。与 ABE 一起，CBE-T 和 CABE-T 可使用实验室进化的 TadA 变体对所有转换突变进行可编程安装，与之前报道的 CBE 相比，这些变体具有更好的特性。
模板 DNA 链中未修复的碱基切除修复中间体引发复制叉崩溃和 PARP 抑制剂敏感性
DNA 单链断裂 (SSB) 会破坏 DNA 复制并诱导染色体断裂。然而，SSB 存在于复制叉后还是复制叉前时会诱导染色体断裂尚不清楚。为了解决这个问题，我们利用了缺乏 PARP 活性或 XRCC 1 的 SSB 修复缺陷人类细胞对胸苷类似物 5 - 氯-2 0 - 脱氧尿苷 (CldU) 的极佳敏感性。我们表明，在这些细胞中与 CldU 一起孵育会导致染色体断裂、姐妹染色单体交换和细胞毒性，其机制取决于尿嘧啶 DNA 糖基化酶 (UNG) 的 S 期活性。重要的是，我们表明，在一个细胞周期中 CldU 的掺入仅在下一个细胞周期中才具有细胞毒性，此时 CldU 存在于模板 DNA 中。与此一致的是，尽管 UNG 既能诱导复制叉后新生链中的 SSB，也能诱导复制叉前的模板链中的 SSB，但只有后者会触发叉塌陷和染色体断裂。最后，我们表明 BRCA 缺陷细胞对 CldU 高度敏感，无论是单独使用还是与 PARP 抑制剂联合使用，这表明 CldU 可能具有临床实用性。
它本应修复受损的基因，但它却在其他区域造成了损害……
我们的结果表明，NEIL1 作用于 8-氧代-7,8-二氢鸟嘌呤（8-羟基鸟嘌呤），导致多个尿嘧啶损伤，从而诱导远处位点的突变。这意味着 NEIL1 具有双重作用，既可以防止氧化鸟嘌呤形成位点发生突变，同时又可以通过诱导远处位点损伤的产生来促进突变。 OGG1 具有类似的功能，表明它并不是一个例外的实体。 [未来发展] 未来我们将阐明 NEIL1 和 OGG1 之间的关系以及远距离位点发生突变的机制。预计该研究结果将有助于更好地了解致癌机制并开发抑制致癌的方法。 [参考资料] 论文标题：NEIL1：参与 8-氧代-7,8-二氢鸟嘌呤诱导的远距离作用突变的第二个 DNA 糖基化酶 作者：Yoshihiro Fujikawa、Tetsuya Suzuki、Hidehiko Kawai、Hiroyuki Kamiya* (*通讯作者) 期刊：Free Radical Biology and Medicine 于 1 月 21 日在线发表。以下是该论文的链接。 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0891584925000516