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HOMINIDS中肠道微生物组的功能性宿主特异性适应
对人类肠道微生物组组成和功能的变化的精细知识比较了我们最亲密的亲戚对于理解其发育发展的进化过程至关重要。为了推断不同时间尺度的人类肠道微生物组的分类学和功能变化，我们对来自包括多样化的人群在内的200多个类似人群的粪便微生物组进行了高分辨率的基于合理的分析，以及野生生活的黑猩猩，bonobobos，bonobobos和gorillas。我们发现在非人类猿类和宿主特异性肠道微生物群的模式中耗尽了与人类相关的分类群，这表明沿宿主的进化差异，广泛地收购了新型微生物进化枝。相比之下，我们揭示了与高人类发展指数相关的人群多样性丧失多样性的多种证据，包括进化保守的进化枝。类似地，发现微生物和宿主之间的共晶发育模式在人类中被破坏。与识别与系统发育相关的单个微生物分类群和功能适应性，这些发现提供了对特定候选者的见解。我们发现，重复水平基因转移和基因丧失，以及对瞬态微恐惧条件的适应似乎在人类肠道微生物组的进化中起了作用。
前列腺特异性抗原筛查前列腺癌
Summary of Evidence For asymptomatic individuals who receive prostate cancer screening utilizing prostate serum prostate specific antigen (PSA), the evidence includes 3 very large RCTs, each with at least a decade of median follow-up: the US-based Prostate, Lung, Colorectal, and Ovarian (PLCO) Cancer Screening Trial, the European Randomized Study of Screening for Prostate Cancer (ERSPC), and the Cluster Randomized Trial PSA测试前列腺癌（CAP）。相关结果是总体生存，特定疾病的生存，临床管理决策变化以及测试准确性和有效性。RCT解决了PSA筛查对癌症检测阶段和疾病特异性生存率的影响，并评估了PSA测试的衍生物类型的相对敏感性和特异性。即使PSA测试被广泛使用，关于基于PSA的筛查是否降低了前列腺癌死亡率的问题仍然存在争议。此外，基于PSA的筛查与过度诊断和过度治疗的风险有关。和治疗并发症（尿失禁和勃起功能障碍）。确定该服务是否适合临床医生，应通过共同决策来考虑基于家族史，种族/民族和合并医疗状况的利益和危害的平衡。证据不足以确定技术可以改善净健康结果。However, even though there is paucity in the scientific evidence regarding prostate cancer screening utilizing PSA testing in preventing morbidity associated with advanced or metastatic prostate cancer this testing is widely considered to be in accordance to generally accepted standards of medical practice in the United States (see Practice Guidelines and Position Statements ), and in certain carefully-selected individuals PSA testing for prostate cancer screening will be considered medically necessary when the criteria below is遇见，请参阅政策。
SARS-COV-2特异性T细胞和非洲人群中有和没有HIV的人的体液免疫力：一项前瞻性队列研究
目的：纵向比较SARS-COV-2特异性T细胞和HIV阳性（HIV +）和HIV阴性（HIV-）之间的SARS-COV-2特异性T细胞和体液免疫反应。方法：我们进行了酶联的免疫谱，以确定SARS-COV-2特异性T细胞对尖峰和核皮质，膜蛋白和其他开放式阅读框架蛋白（NMO）的重构，而使用了免疫荧光测定法来确定一种免疫反应。参与者在基线和随访8周后进行采样。结果：与基线时HIV +的IndiDuals相比，艾滋病毒的个体对NMO和SPIKE的T细胞反应明显高，p-值分别= 0.026和p -value = 0.029。在随访时，HIV +的个体中T细胞对NMO的反应和尖峰增加到与HIV-的个体相当的水平。T细胞反应在随访时的基线水平显着降低（Spike [p -value = 0.011]和NMO [p -value = 0.014]）。在随访期间，HIV +组中的个体数量明显更高，其对SPIKE（P-值= 0.01）和NMO（P-值= 0.026）的响应增加了HIV组。抗蛋白酶和抗核苷酸抗体滴度很高（1：1280），在基线时HIV-和HIV +的个体之间没有显着差异。在随访时，在HIV-（p -value = 0.0 0 01）和HIV +（p -value = 0.001）组中观察到了抗核苷酸滴度的显着降低。SARS-COV-2疫苗接种在增强T细胞方面比感染后不久更有效。©2022作者。结论：患有晚期免疫抑制的艾滋病毒 +个体中SARS-COV-2特异性T细胞免疫受损。SARS-COV-2特异性T细胞免疫反应可能会延迟HIV +的分裂，即使在抗逆转录病毒治疗的患者中也可以延迟。艾滋病毒和艾滋病毒 +的个体之间的SARS-COV-2-特定体液免疫没有差异。由Elsevier Ltd代表国际传染病学会出版。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章
用于斑马鱼组织特异性基因破坏的 CRISPR/Cas9 载体系统
CRISPR/Cas9 基因组编辑技术极大地促进了多种生物体内和体外基因的靶向失活。在斑马鱼中，只需将向导 RNA (gRNA) 和 Cas9 mRNA 注射到单细胞阶段胚胎中，即可快速生成敲除系。在这里，我们报告了一种简单且可扩展的基于 CRISPR 的载体系统，用于斑马鱼的组织特异性基因失活。作为原理证明，我们使用带有 gata1 启动子的载体来驱动 Cas9 表达，以沉默与血红素生物合成有关的 urod 基因，特别是在红细胞谱系中。Urod 靶向在斑马鱼胚胎中产生了红色荧光红细胞，重现了在 yquem 突变体中观察到的表型。虽然 F0 胚胎表现出嵌合基因破坏，但这种表型在稳定的 F1 鱼中似乎非常明显。该载体系统构成了空间控制基因敲除的独特工具，大大拓宽了斑马鱼功能丧失研究的范围。
长期适应淋巴瘤细胞对缺氧的适应性是由特异性抑制剂
大量证据表明，低氧驱动恶性细胞的侵略性分子特征，而与癌症类型无关。非霍奇金淋巴瘤（NHL）是最常见的血液系统恶性肿瘤，其特征是频繁涉及多样的低氧微环境。我们研究了长期深缺氧（1％O2）对淋巴瘤细胞生物学的影响。在缺氧下≥4周，有6种测试的细胞系（RAMOS和HBL2）中只有2个。缺氧适应的（HA）B RAMOS和HBL2细胞的增殖速率降低，伴随着对氧化磷酸化和糖酵解途径的显着抑制。转录组和蛋白质组分析表明，线粒体呼吸复合物I和IV的基因和蛋白质的下调明显下调，以及线粒体核糖体蛋白。尽管观察到了糖酵解的抑制抑制，但对两个HA细胞系的蛋白质组分析表明，与葡萄糖利用的调节有关的几种蛋白质的上调，包括丙酰-4-羟化酶P4HA1的活性催化成分，这是一种重要的可药物果仁。ha细胞系显示自动/线粒体的关键调节剂的转录增加，例如神经蛋白，Bcl2相互作用蛋白3（BNIP3），BNIP3样蛋白和BNIP3 pseudogene。对缺氧的适应性进一步与凋亡失调，即Bcl2l1/bcl-XL的上调，BCl2L11/BIM的过表达，BIM与Bcl-XL的结合增加，显着提高了对A11555463的细胞对A1155463的细胞敏感性的敏感性。负责葡萄糖利用的蛋白质的上调，2。最后，在两个HA细胞系中，Akt激酶均经过过度磷酸化，并且细胞对Copanlisib的敏感性增加，这是PAN-PI3K抑制剂。总而言之，我们的数据报告有关淋巴瘤细胞适应长期缺氧的几种共享机制，包括：1。线粒体蛋白降解潜在的线粒体回收（通过线粒体）和3。增加对BCL-XL和PI3K-AKT信号的依赖性。在翻译中，抑制糖酵解，BCL-XL或PI3K-AKT级联反应可能导致靶向消除HA淋巴瘤细胞。
评估玉米（Zea Mays L.）基因型的遗传变异性和相互关系归因于白人尼罗河状态的基因型，苏丹
玉米是世界许多国家人类生活中卡路里和蛋白质的重要来源，是非洲的主要主食食品，特别是在非洲东部。在苏丹，玉米的低收益主要是由于使用低屈服的陆地。有必要执行繁殖计划，以处理高产，适应性新品种的生产。因此，本研究旨在估计特征之间的遗传变异性，遗传力，基因型性能和相互关系。在2021年和2022年的两个季节中，在农业研究公司（ARC）的WAD MEDANI SUDAN的Kosti White Nile Research Station Farm评估了十种玉米基因型。大多数评估的基因型在11个测得的特征中表现出广泛而显着的变化。在两个季节中，记录了几天的变异和遗传进展的基因型基因型系数，每行耳朵直径（CM），每行谷物数量（T/HA）。记录了高遗传力和遗传进展的谷物产量，耳长，耳朵高度，植物高度，每耳朵的行，耳朵重量，天数至50％的流苏，100粒的重量以及天数至50％丝线。超过了，谷物产量与每耳的行数（r = 0.479），耳朵长度（r = 0.381），100粒重量（r = 0.344）和天数到50％的流苏（r = 0.214）。在整个季节中，最高的五种基因型是TZCOM1/ZDPSYN（4.2 T/HA），EEPVAH-3（4.2 T/HA），F2TWLY131228（4.1 T/HA）（4.1 T/HA），PVA SYN6F2（3.9 T/HA）和MAIMIE SIMIED MAIMIES SURGITION和EEPVAH-9（3.8 T/HA），以使其稳定稳定。释放的声音建议。
激光诱导瞬态各向异性和大振幅...
借助光，人们可以找到耗散最小的机制来影响磁化。[1] 在这方面，亚铁磁材料迄今为止对超快激光激发表现出最显著的响应，首先是用单个 40 飞秒激光脉冲观察到金属亚铁磁合金 GdFeCo 中的磁化转换。[2] 已证明该机制是通过激光诱导加热后的强非平衡瞬态铁磁相 [3] 进行的。[4] 后来，通过光诱导磁各向异性变化，在介电亚铁磁体中实现了磁位的非热光学记录机制。[5] 最近，人们发现这种亚铁磁性电介质还能实现一种新颖的热辅助磁记录 (HAMR) 机制，[6,7] 它不需要像 GdFeCo 那样几乎完全退磁，而是依赖于磁各向异性的温度依赖性。 [8] 这就提出了一个问题：磁各向异性的超快变化是否也会在金属亚铁磁体中发挥作用。然而，尽管人们对金属亚铁磁体的研究兴趣浓厚，但尚未讨论磁各向异性超快动力学导致的磁化动力学和最终的磁切换。在这里，为了研究磁各向异性的温度依赖性在金属亚铁磁体的激光诱导磁化动力学中的作用，我们考虑了亚铁磁 Gd/FeCo 多层。在过去的几年中，人们研究了激光诱导的稀土过渡金属 (RE-TM) 多层异质结构现象，并将其与合金进行了比较，主要关注全光切换。 [9–13] 在这方面，多层膜与合金相比最大的区别在于，由于 RE-TM 接触面积减小，且被限制在界面上，因此稀土和过渡金属自旋之间的有效反铁磁交换相互作用较弱。一个较少暴露的方面是结构各向异性对磁各向异性的影响，这种影响是由各向同性合金的层状排列引起的。也就是说，当界面处的对称性被破坏时，结构可以获得对磁各向异性的额外和可控贡献。[14,15] 通过对磁场和泵浦通量进行泵浦探测磁光测量，我们发现我们的多层膜中的激光诱导动力学与已知的
由于内部气候变异性，预计南极对海平面的不确定性
摘要。在南极冰盖（AIS）对未来气候变化的反应中识别和量化不可还原和还原的不确定性对于指导缓解和适应政策的决定至关重要。然而，由于气候系统的固有过程而导致的不可还原内部气候变异性的影响仍然很少了解和量化。在这里，我们在选择三个耦合模型对比项目中的大气和海洋内部气候变异性中都表征了第6阶段（CMIP6）模型（UKIP6）模型（UKESM1-0-LL，IPSL-CM6A-LR和MPI-ESM1.2-HR），并估计它们对SEAR-TEL-VEL-VEL-VEL-21 CONTER SESUIRE估算的影响。为了实现这一目标，我们使用了由海洋通过参数化的基础熔化驱动的独立冰片模型，并通过大气层通过所符合的表面质量平衡估计值。南极内部气候变异性的大气成分在三种CMIP6模型中具有相似的振幅。相反，海洋成分的幅度在很大程度上取决于气候模型及其在海洋中对流混合的表示。海冰产量的低偏见和过度地分层的海洋导致缺乏深对流的混合，从而在冰架腔入口附近导致海洋变异性较弱。内部气候变异性会影响南极对海平面变化的贡献，直到2100，根据CMIP6模型的不同。这可能是一个较低的估计值，因为CMIP模型中内部气候变化可能被低估了。大气内气候变化对表面质量平衡的影响使海洋内部气候变异性对动态冰截面质量损失的影响增加了2至5倍，除非在Dronning Maud区域以及Amundsen，Getz和Aurora盆地中，这两个贡献都可能取决于CMIP模型。基于这些结果，我们建议冰盖模型预测考虑（i）（i）几种气候模型和单个气候模型的几个成员来说明内部气候变异性的影响，以及（ii）纠正历史气候强迫当前观察结果时的较长时间时期。
MAPK和JAK/ ... div>中的种族特异性分子变化
MAPK和JAK/STAT途径的种族特异性分子变化早期发作结直肠癌Cecilia Monge，M.D.，M.P.H.，F.A.C.P.1，Brigette Waldrup，B.S。 2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。 尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。 MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。 本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。 此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。 方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。 该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。1，Brigette Waldrup，B.S。2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。 2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。 尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。 MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。 本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。 此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。 方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。 该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。2，Francisco G. Carranza博士2和恩里克·韦拉斯克斯·维尔雷尔（Enrique Velazquez-Villarreal），医学博士，博士，M.P.H。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。 2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。 3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。 *通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。 尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。 MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。 本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。 此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。 方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。 该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。2,3 * 1贝塞斯达医学博士国家癌症研究所的癌症研究中心。2希望城市，贝克曼研究所，综合翻译科学系，杜阿尔特，加利福尼亚州。3希望之城综合癌症中心，加利福尼亚州杜阿尔特。*通讯：evelazquezvilla@coh.org摘要背景/目标：早期发作的结直肠癌（EOCRC），定义为50岁之前诊断为结直肠癌（CRC）的发病率，尤其是在西班牙裔/拉丁裔（H/L）种群中。尽管这种趋势，但驱动EOCRC差异的潜在分子机制仍然很少理解。MAPK和JAK/STAT途径在肿瘤进展，增殖和治疗反应中起关键作用；但是，它们参与特定于种族的EOCRC差异尚不清楚。本研究旨在表征EOCRC患者MAPK和JAK/STAT途径基因的分子改变，重点是H/L和非西班牙裔白人（NHW）患者之间的差异。此外，我们评估了这些特定途径的变化是否有助于H/L EOCRC患者的生存结果。方法：我们使用公开可用的CRC数据集进行了生物信息学分析，以评估MAPK和JAK/STAT途径基因中的突变频率。该研究中总共包括3,412例患者，包括302 h/L的患者和3,110名NHW患者。患者按年龄分层（EOCRC：<50岁，晚期结直肠癌 - locrc：≥50岁）和种族（H/L vs. NHW），以评估突变患病率的差异。卡方检验以比较组之间的突变率，并使用Kaplan-Meier生存分析来评估基于H/L和NHW EOCRC患者途径改变的总体生存差异。结果：比较H/L患者的EOCRC和LOCRC时，在MAPK途径相关基因中观察到显着差异。NF1 (11.6% vs. 3.7%, p = 0.01), ACVR1 (2.9% vs. 0%, p = 0.04), and MAP2K1 (3.6% vs. 0%, p = 0.01) were more prevalent in EOCRC, while BRAF mutations (18.3% vs. 5.1%, p = 9.1e-4) were significantly more frequent in LOCRC among H/L patients.此外，当将H/L患者的EOCRC与NHW患者的EOCRC进行比较时，关键MAPK途径基因（例如Akt1（5.1％vs. 1.8％vs. 1.8％，P = 0.03），MAPK3（3.6％，0.7％，P = 6.83E-3），NF1（11.6％vs. 6.1％，P = 0.0％，PD） = 0.02）在H/L EOCRC患者中显着富集。
熵和变异性：深度学习的第二种观点
摘要：背景：分析在多序列比对中等效位置上发现的氨基酸类型分布已应用于人类遗传学、蛋白质工程、药物设计、蛋白质结构预测和许多其他领域。这些分析往往围绕在进化等效位置上发现的二十种氨基酸类型的分布测量：多序列比对中的列。常用的测量方法是变异性、平均疏水性或香农熵。其中一种称为熵-变异性分析的技术，顾名思义，将一列中观察到的残基类型的分布简化为两个数字：香农熵和由观察到的残基类型数量定义的变异性。结果：我们应用了一种深度学习、无监督特征提取方法来分析所有人类蛋白质的多序列比对。对 27,835 个人类蛋白质多序列比对训练了自动编码器神经架构，以获得最能描述七百万种变异模式的两个特征。这两个无监督学习的特征与熵和变异性非常相似，表明这些是在降低多序列比对中列中隐藏信息的维数时保留最多信息的投影。