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对人类肠道微生物组组成和功能的变化的精细知识比较了我们最亲密的亲戚对于理解其发育发展的进化过程至关重要。为了推断不同时间尺度的人类肠道微生物组的分类学和功能变化，我们对来自包括多样化的人群在内的200多个类似人群的粪便微生物组进行了高分辨率的基于合理的分析，以及野生生活的黑猩猩，bonobobos，bonobobos和gorillas。我们发现在非人类猿类和宿主特异性肠道微生物群的模式中耗尽了与人类相关的分类群，这表明沿宿主的进化差异，广泛地收购了新型微生物进化枝。相比之下，我们揭示了与高人类发展指数相关的人群多样性丧失多样性的多种证据，包括进化保守的进化枝。类似地，发现微生物和宿主之间的共晶发育模式在人类中被破坏。与识别与系统发育相关的单个微生物分类群和功能适应性，这些发现提供了对特定候选者的见解。我们发现，重复水平基因转移和基因丧失，以及对瞬态微恐惧条件的适应似乎在人类肠道微生物组的进化中起了作用。
HOMINIDS中肠道微生物组的功能性宿主特异性适应
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