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基于学习基因扰动效应的深度学习预测尚未胜过简单的线性方法
先进的深度学习方法，例如基于变压器的基础模型，有望学习生物学的表示，可以在硅中预测未见实验的结果，例如遗传扰动对人类细胞跨文字的影响。要查看当前模型是否已经达到了这个目标，我们对两个重要的用例中有意地模拟有意模拟的线性模型进行了基准测试：在两个重要用例中有意模拟的线性模型：对于两个基因的组合扰动，只能看到单个单个扰动的数据，我们发现一种简单的添加剂模型超过了基于深度学习的方法。，对于尚未看到的基因的扰动，但可以从生物学相似性或网络环境中“插值”，一个简单的线性模型与基于深度学习的方法一样好。虽然深层神经网络对生物系统的代表和实验结果的词语的承诺是Plausible的，但我们的工作强调了对旨在将转移学习转移到生物学的直接研究工作的批判性基准的需求。
genespider2：使用扰动的单细胞数据
抽象的单细胞数据越来越多地用于基因调节网络（GRN）推断，并且基于模拟数据开发了基准。ho w e v er，e xisting单细胞模拟器无法对基因扰动的影响进行建模。进一步的挑战在于产生经常在计算和稳定问题上挣扎的大规模GRN。我们介绍Genespider2，Genespider Mat-Lab工具X F或GRN基准测试，推理和分析SIS的更新。se v eral softw是模块的功能和出色的功能，并添加了NE W功能。一个主要的精力是在无规模的分布和模块化方面生成具有生物学上现实拓扑特性的大型GRN的能力。另一个主要补充是对单细胞数据的模拟，该数据越来越流行，作为GRN推断的输入。具体来说，我们引入了独特的功能，以基于遗传扰动生成单细胞数据。最后，将模拟的单细胞数据与来自两个细胞系的真实单细胞扰动数据进行了比较，表明合成和真实数据表现出相似的属性。
基于学习基因扰动效应的深度学习预测尚未胜过简单的线性方法
先进的深度学习方法，例如基于变压器的基础模型，有望学习生物学的表示，可以在硅中预测未见实验的结果，例如遗传扰动对人类细胞跨文字的影响。要查看当前模型是否已经达到了这个目标，我们对两个重要的用例中有意地模拟有意模拟的线性模型进行了基准测试：在两个重要用例中有意模拟的线性模型：对于两个基因的组合扰动，只能看到单个单个扰动的数据，我们发现一种简单的添加剂模型超过了基于深度学习的方法。，对于尚未看到的基因的扰动，但可以从生物学相似性或网络环境中“插值”，一个简单的线性模型与基于深度学习的方法一样好。我们的资产表明，术语模型学到的生物学尚不允许推断训练数据的特定实验条件超出特定的实验条件，而对相反的最新主张可能还为时过早。
土地扰动计划准备 (LDP) 清单
业主/开发商有责任遵守适用的国家污染排放消除系统 (NPDES) 许可证和《清洁水法》的要求。申请人应注意，审查并不构成对城市条例要求的放弃或承担全面审查城市条例要求的责任。在审查、许可或施工过程中，可能会随时注意到与条例要求的偏差。重新提交的文件应包括一份说明如何以及在何处处理审查意见的叙述。任何未提供关于如何处理意见的回复或叙述的重新提交文件都可能被拒绝且不予审查。
提交给纽波特纽斯市的所有场地、开发、细分和土地扰动活动计划的方向。
VPDES《建筑活动雨水排放许可证》（VAR10）允许建筑工地将排水排放至地表水，如果 (i) 在最新的 § 305(b)/303(d)《底栖大型无脊椎动物生物评估水质评估综合报告》中被认定为受损；(ii) 在颁发的沉积物或沉积物相关参数（即总悬浮固体或浊度）一般许可证期限前建立并获得批准的适用 TMDL 废物负荷分配，包括切萨皮克湾流域内的所有地表水；或 (iii) 在 9VAC25-260-30 A 3 c 中被认定为特殊水体，则操作人员应采用颁发的许可证第 II 部分 B 8 中包含的其中一种方法来控制和记录建筑排水排放。
CMIP6偏见的驱动器驱动器。第一部分：北半球 多样性对未来大西洋热带的影响... 北极云对Noresm2气候模型中冰的微物理过程的敏感性 无线电掩盖建模实验（Romex） 季节性气候异常对预期的厄尔尼诺 - 南方振荡（ENSO）的影响如何？ 大平流层水蒸气的长期气候影响 在非沉积层云中控制夹带和液态水对气雾扰动的过程 2022年气候状态：北极-AMS期刊 通过地形PV梯度抑制中尺度涡流混合 气候变化评估的新热应力指数 北大西洋上从海洋到大气的多年代变化：桥梁的扰动势能 海洋热收敛和北大西洋多年代热含量变异性 深度学习模拟器对区域气候模型预测的可转让性和解释性：未来应用的观点
摘要：气候模型代表热带风暴轨迹的能力对于提供有用的预测至关重要。在先前的工作中，发现北半球的热带风暴轨迹的表示已从耦合模型比较项目（CMIP）的第5阶段改善。在这里，我们通过将仅大气模拟（AMIP6）与历史库型模拟（CMIP6）进行了对比，从而研究了CMIP第6阶段模型中的剩余和持久偏差。对AMIP6和CMIP6模拟的比较表明，冬季跨北部Paci -fean的耦合模拟中海面温度（SST）的偏见改变了大气温度梯度，这与风暴轨迹的赤道偏置有关。在北大西洋中，旋风在耦合的模拟中没有足够的杆子传播，该模拟部分是由格陵兰岛南部的冷SST驱动的，从而减少了潜在的热量。在夏季，中亚和藏族高原的过度加热会降低当地的斜压性，导致更少的气旋形成并从中国东部传播到耦合和大气中的模拟物中。当规定SST时，耦合模型中描述的几种偏差大大减少。例如，北极风暴轨迹的赤道偏置显着减少。然而，在CMIP6和AMIP6中，其他偏见都显而易见（例如，夏季东亚的轨道密度密度和循环发生的持续降低）与其他过程有关（例如，土地表面温度）。
多组扰动seq解锁对转录组和表观基因组的综合扰动效果的可扩展发现
单细胞CRISPR筛选将遗传扰动与转录状态联系起来，但是将这些诱导的变化与其调节基础相连的高通量方法受到限制。在这里，我们引入了多种颗粒式seq，扩展了单细胞CRISPR筛选，以同时测量扰动诱导的基因表达和染色质访问性的变化。我们在人RPE-1细胞中的13个染色质重塑剂的CRISPRI筛选中应用多个颗粒式seq，通过改进的方法通过捕获来自核RNA的条形码转录的改进方法，使SGRNA身份有效地分配到单核。我们将表达和可及性测量组织到描述扰动对细胞状态的综合效果的一致程序中，发现ARID1A和SUZ12敲低诱导了富含发育特征的程序。扰动的假次分析将可访问性的变化与基因表达的变化联系起来，突出了多模式pro填充的价值。 总体而言，我们的方法提供了一个可扩展的实现系统，以剖析调节逻辑基础细胞状态。扰动的假次分析将可访问性的变化与基因表达的变化联系起来，突出了多模式pro填充的价值。总体而言，我们的方法提供了一个可扩展的实现系统，以剖析调节逻辑基础细胞状态。
电磁脉冲和几何扰动弹性
电磁脉冲（EMP）和地磁干扰（GMD）事件对国家关键基础设施构成了重大威胁。存在差距在对这些事件的硬化加强国家的基础设施（例如电网和通信系统）中。必须定义和验证EMP或GMD事件，EMP或GMD事件所带来的威胁的广泛性质，跨部门风险评估，优先级和对潜在影响的模型。此外，国土安全部（DHS）被指示进行研究和开发，以更好地了解EMP和GMD事件的影响，并制定技术和指南，以根据第2020年第2020律师事务所（FY20）（FY20）的《国家国防授权法》中根据《国家国防授权法》（FY20）（FY20），13865和6 U.S. 6 U.S. 6 U.S. 6 US COMPACION ACTION中的法定基础结构增强和保护关键基础架构。
肠道中的线粒体扰动会导致微生物群依赖性损伤和基因签名炎症性疾病
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该预印本版的版权持有人于2024年6月10日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.07.27.549844 doi：Biorxiv Preprint