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World File Search System扰动
提示：大型语言模型的视觉提示探索，扰动，测试和迭代
摘要 - LARGE语言模型（LLM）由于能够使用简单的自然语言提示执行临时自然语言处理（NLP）任务，因此获得了广泛的普及。呼吁LLM的一部分是他们对公众的可接近性，包括NLP技术专长的人。但是，提示在语言结构，上下文和其他语义方面可能会有很大的不同，并且修改其中一个或多个方面可能会导致任务绩效的显着差异。非专家用户可能会发现确定提高提示所需的更改是一项挑战，尤其是当他们缺乏特定领域的知识和适当的反馈时。为了应对这一挑战，我们提出了p rompt iD，一个视觉分析系统，旨在通过探索，扰动，测试和迭代进行交互，完善和测试提示。p rompt a ID使用协调的可视化效果，使用户可以通过三种策略改进提示：关键字扰动，释义扰动以及获得最佳的context中文字中的最佳示例。p rompt a ID是通过涉及NLP专家的预先研究设计的，并通过强大的混合方法用户研究进行了评估。我们的调查结果表明，P ROMPT I ID可以帮助用户在认知开销较少的情况下迭代提示，并在建议的帮助下产生多样的提示，并分析生成的提示的性能，同时超过现有的最新提示提示性能的互动。
用于超高动态范围基因扰动的化学诱导 CRISPR/Cas9 电路
CRISPR/Cas9 技术为疾病建模和了解基因与表型之间的联系提供了独特的能力。在培养细胞中，化学介导的 Cas9 活性控制可以限制脱靶效应，并实现对必需基因的机制研究。然而，广泛使用的 Tet-On 系统通常显示“泄漏”的 Cas9 表达，导致意外编辑，以及诱导时活性较弱。泄漏在 Cas9 核酸酶活性的背景下可能是一个明显的问题，这可能导致 DNA 损伤的累积和靶细胞基因组的降解。为了克服这些缺陷，我们建立了转基因平台，以最大限度地减少 Cas9 在关闭状态下的功能，同时最大限度地提高和不损害开启状态下的基因编辑效率。通过结合条件性不稳定和 Cas9 抑制，我们开发了一种一体化（一个或多个向导 RNA 和 Cas9）超紧密、Tet 诱导系统，在各种细胞系和靶标中具有出色的动态范围（开启状态与关闭状态）。作为 Tet 介导诱导的替代方案，我们创建了一个 branaplam 调节的剪接开关模块，用于低基线和强大的 Cas9 活性控制。最后，对于需要避免 DNA 损伤的情况，我们构建了一个双重控制、Tet 诱导的 CRISPRi 模块，用于紧密和有效的转录沉默。这套升级的诱导型 CRISPR 系统可广泛应用于多种细胞类型和实验条件。
带电的临界行为和三维晶格SU（NC）仪表模型的非扰动连续性极限
我们考虑具有多组分（n f> 1）退化标量字段的三维（3D）晶格su- ncÞ量表高度的理论，而u - nfÞ全球对称性，重点介绍了具有NC¼2的系统，以确定相应地描述的关键行为，以确定相应的3D s s s s cy ggg hig的关键行为。RG流的现场理论分析使人们可以识别出大量N F值的稳定带电的固定点，该值将控制以全局对称性模式u - nfÞ→Suð22 u - u - u - u - uðd-ðnf-2Þ的过渡。在Nf≥30的SU（2）晶格量规模型中观察到具有相同对称性模式的连续过渡。在这里，我们提供了几个较大值N f的蒙特卡洛数据的详细有限尺寸缩放分析。结果与在很大的限制中获得的现场理论预测有很大的一致。这提供了证据表明，suðncÞ量规Higgs田间理论提供了正确描述3D大n f连续过渡和无序阶段之间的连续过渡，在其中，风味对称性突破至Suð22 su-2Þ⊗u - u - u - u - u - u - u - n f-2Þ。因此，至少对于足够大的n f，具有多组分标量字段的3D su- ncÞ量规Higgs字段理论可以通过具有相同局部和全局对称性的晶格模型的连续性限制来定义。
生物扰动仍会增加时间平均 长期稳定的及时式纠正 - HHC诱导的精神病：一系列由广泛可用的半合成大麻素触发的精神病病例 费米自由电子激光的种子激光系统 语言能力调节L2拼字学学习机制：公开命名中与事件相关的大脑电位的证据 关于大语模型调节的比较观点 堪萨斯州的抗咪唑疗法的施加乳肌（高粱双色L。）种群
1个地球科学研究所，斯洛伐克科学学院，84005布拉迪斯拉瓦，斯洛伐克2号，伊利诺伊州芝加哥大学芝加哥大学地球物理科学系，伊利诺伊州60637，美国3号，美国内布拉斯加州大学医学中心，内布拉斯加州奥马哈州内布拉斯加州大学68198-438-3375，USYASIGHITIAS BIOSTATISTION，U.S.A. 3. U.S.A.佐治亚州萨凡纳，佐治亚州佐治亚州31411，美国5地球和可持续性学院，亚利桑那北部大学，弗拉格斯塔夫，亚利桑那州弗拉格斯塔夫，亚利桑那州86011 86011，美国6古生物学系，国家自然历史博物馆，史密森尼学会国家博物馆，华盛顿州华盛顿特区，20013年，美国俄亥俄州科学院，俄亥俄州7号，新星，新北，43.55。液压实验室，美国陆军工程师研发中心。Vicksburg，密西西比州39180-6199，美国9号海洋生物学实验室，洛杉矶县县卫生区，加利福尼亚州卡森，加利福尼亚州90745，U.S.A.Vicksburg，密西西比州39180-6199，美国9号海洋生物学实验室，洛杉矶县县卫生区，加利福尼亚州卡森，加利福尼亚州90745，U.S.A.
基因调节网络从原发性CD4+ TCELL中的CRISPR扰动中的推断阐明了免疫疾病的基因组基础
Joshua S. Weinstock，1,2,15 Maya M. Arce，3,4,15 Jacob W. Freimer，2,3 Mineto Ota，2,3 Alexander Marson，3,4,5,6,7,7,8,8,9,9,9,9,14美国马里兰州巴尔的摩约翰·霍普金斯大学生物医学工程系2遗传学系，斯坦福大学，斯坦福大学，美国加利福尼亚州94305，美国3 Gladstone-UCSF基因组免疫学研究所，旧金山，CA 94158，美国加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，旧金山94158加利福尼亚大学伯克利分校，加利福尼亚州伯克利分校，美国6日64720，6人类遗传学研究所（IHG），加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，旧金山，加利福尼亚州94143，美国7帕克癌症癌症治疗研究所，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，美国，美国944112，旧金山，旧金山，CA 94143，美国9 UCSF Helen Diller家庭综合癌症中心，加利福尼亚大学，旧金山，旧金山，旧金山，加利福尼亚州94158，美国10马龙医疗保健中心，医疗保健中心约翰·霍普金斯大学，巴尔的摩，马里兰州，美国13号生物学系，斯坦福大学，加利福尼亚州斯坦福大学，14高级作者15这些作者同样贡献了16个铅联系 *通信 *通讯：alex.marson@gladstone.ucsf.edu（A.M。）），pritch@stanford.edu（J.K.P。）https://doi.org/10.1016/j.xgen.2024.100671https://doi.org/10.1016/j.xgen.2024.100671
CRISPR屏幕在IPSC衍生的神经元中揭示了tau proteostasis 的原理 人类诱导的多能干细胞的扰动细胞图集 多态串联重复在免疫景观上形状的单细胞基因表达 蛋白质生成进化扩散 注释冷冻卷：机器学习挑战 胎盘猪中的胎盘HIGF1纳米颗粒基因治疗在肝脂质和葡萄糖代谢相关的信号通路中以胎儿性别特异性方式改善胎儿生长限制相关的变化 西尼罗河病毒在欧洲传播的生物气候建模，特别关注乌克兰 单元格中的信号：用于治疗的多模式和上下文化的机器学习基础 SPAMTP：空间代谢组学和转录组学数据的综合统计分析和可视化 使用捕获的离子迁移率和DDAP 通过成对的细胞表面和病毒1 增强了慢病毒基因递送到哺乳动物细胞 坏死性到凋亡信号轴是炎症性肠病的基础 Devider：多种单倍型的长阅读重建 pyr1生物传感器驱动的全基因组CRISPR筛选，用于改善Kluyveromyces Marxianus的单甲苯样产生 果糖-2,6-双磷酸盐恢复TDP-43病理 - bean（psophocarpus tetragonolobus）
蛋白质tau的抽象聚集定义了tauopathies，其中包括阿尔茨海默氏病和额颞痴呆。特定的神经元亚型有选择地容易受到tau聚集的影响，随后的功能障碍和死亡，但潜在的机制尚不清楚。系统地揭示了控制人类神经元中Tau聚集体积累的细胞因子，我们在IPSC衍生的神经元中进行了基于基因组CRISPRI的修饰筛网。屏幕发现了预期的途径，包括自噬，以及意外的途径，包括ufmylation和GPI锚构成。我们发现E3泛素连接酶CUL5 SOCS4是人类神经元中tau水平的有效修饰符，泛素化tau，与小鼠和人类中的auopanty的脆弱性相关。线粒体功能的破坏会促进tau的蛋白酶体错误处理，从而产生tau蛋白水解片段
genepert：利用基因嵌入基因扰动预测
预测靶基因的扰动如何影响其他基因的表达是理解细胞生物学的关键组成部分。这是一个具有挑战性的预测问题，因为该模型必须捕获复杂的基因关系，并且输出是高维且稀疏的。为了应对这一挑战，我们提出了一种简单的方法，一种利用Genept嵌入的方法，它是使用单个基因的文本描述来得出的，以预测通过正规回归模型扰动引起的基因表达变化。在多种细胞类型和五个不同审慎的基因嵌入模型的八个CRISPR扰动屏幕数据集上进行了基准测试，Genepert始终胜过所有在Pearson相关和均值平方误差指标中测量的所有最新预测模型。即使使用有限的培训数据，我们的模型也有效地概括了，为预测扰动结果提供了可扩展的解决方案。这些发现强调了信息性基因嵌入的力量，以预测硅中看不见的遗传扰动实验的结果。genepert可从https://github.com/ zou-group/genepert获得。
Yukawa理论非扰动政权
摘要我们研究了在Z 2 - invariant Yukawa系统中具有无数费米子和实体标量范围的Z 2- Invariant Yukawa系统中可能提示的提示。使用用于通过雅各比椭圆形函数研究非扰动物理的工具，对于给定但不是独特的真空状态选择，我们发现了标量领域的确切绿色功能，以便在整合了标量的自由度之后，我们能够恢复过低元素的notio nocial n locial nj-nj nj nj nj nj nj nj nj nj nj nj nj nj nj anj nj nj nj nj nj nj nj nj nj。我们为在强耦合方案中标量扇区中的自相关耦合的肾构化组（RG）提供了分析结果。在Fermion部门中，我们提供了一些使用非本地NJL模型的差距方程后，我们提供了一些线索，该属性众所周知，该属性不会在该模型的局部限制中出现。我们得出的结论是，对于我们选择真空状态的非扰动领域中的标量野川理论，理论形式形式的基本费用结合了状态，不能被视为渐近状态。
使用因果启发神经网络对治疗扰动进行组合预测
作为靶点驱动药物发现的替代方案，表型驱动方法通过分析表型特征来识别可抵消整体疾病影响的化合物。我们的研究为该领域引入了一种新方法，旨在扩大新治疗药物的搜索空间。我们介绍了 PDGrapher，这是一种受因果启发的图神经网络 (GNN)，旨在预测能够逆转疾病影响的组合扰动因素（治疗靶点集）。与学习对扰动的反应的方法不同，PDGrapher 解决了逆问题，即推断实现特定反应所必需的扰动因素，即通过了解哪些扰动会引起期望的反应来直接预测扰动因素。通过编码基因调控网络或蛋白质-蛋白质相互作用，PDGrapher 可以预测看不见的化学或遗传扰动因素，有助于发现新药或治疗靶点。对九种具有化学扰动的细胞系进行的实验表明，PDGrapher 成功预测了多达 13.33% 的额外测试样本中的有效扰动剂，并将治疗目标的排名提高了多达 35%，并且该方法在十个遗传扰动数据集中表现出了竞争力。PDGrapher 的一项关键创新是其直接预测能力，这与传统上用于表型驱动药物发现的间接、计算密集型模型形成鲜明对比，这些模型只能预测由于扰动导致的表型变化。直接方法使 PDGrapher 的训练速度比 scGEN 和 CellOT 等方法快 25 倍，代表着效率的显著飞跃。我们的结果表明，PDGrapher 可以推进表型驱动的药物发现，提供一种快速而全面的方法来识别有治疗用途的扰动。
增强器AAV工具箱用于访问和扰动纹状体单元格类型和电路作者Avery C. Hunker 1，＃，Morgan E. Wirthlin 1，＃，Gursajan
增强器AAV工具箱用于访问和扰动纹状体细胞类型和循环作者Avery C. Hunker 1，＃，Morgan E. Wirthlin 1，＃，Gursajan Gill 2，Nelson J. Johansen 1，Marcus Hooper 1，Marcus Hooper 1，Marcus Hooper 1，Marcus hooper 1，Marcus hooper 1，Marcus wivoria Omstead 1，Naz taskin 1，Naz Taskin 1，Natalie Vargquel 2 Gore 1，Yoav Ben-Simon 1，Yeme Bishaw 1，Ximena Opitz-Araya 1，Refugio A. Martinez 1，Sharon Way 1，Bargavi Thyagarajan 1，M。NathalyLerma 1，Will Laird 1，Will Laird 1，Otto Sven 1，Otto Sven 1，Raymond E.A.，Raymond E.A.最佳的课堂载体被策划，用于访问包括中刺神经元（MSN），直接和间接途径MSN以及SST-ChoDL，PVALB-PTHLH和胆碱能中的杂种途径，包括中型棘神经元（MSN），直接和间接途径。特异性通过多种分子验证模式，三种不同的病毒输送途径以及不同的转基因货物评估。重要的是，我们提供详细信息