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预测靶基因的扰动如何影响其他基因的表达是理解细胞生物学的关键组成部分。这是一个具有挑战性的预测问题，因为该模型必须捕获复杂的基因关系，并且输出是高维且稀疏的。为了应对这一挑战，我们提出了一种简单的方法，一种利用Genept嵌入的方法，它是使用单个基因的文本描述来得出的，以预测通过正规回归模型扰动引起的基因表达变化。在多种细胞类型和五个不同审慎的基因嵌入模型的八个CRISPR扰动屏幕数据集上进行了基准测试，Genepert始终胜过所有在Pearson相关和均值平方误差指标中测量的所有最新预测模型。即使使用有限的培训数据，我们的模型也有效地概括了，为预测扰动结果提供了可扩展的解决方案。这些发现强调了信息性基因嵌入的力量，以预测硅中看不见的遗传扰动实验的结果。genepert可从https://github.com/ zou-group/genepert获得。
genepert：利用基因嵌入基因扰动预测
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